SVMCrossVal.git

1) % filenameList (e.g. as in SPM.xY.VY)
2) % voxelList in [x y z], 1 coordinate per row, untransformed

3) 

4) function extr = calculateImageData(filenameList, voxelList, imageOpts)
5) TRANSFORM_METHOD = 'image';

6) 

7) V = filenameList;

8) 
9) vox = voxelList;

10) nVoxel = size(vox,1);
11) nImage = numel(V);

12) nRoiFiles = ;

13) 

14) for kImage=1:nImage

15)     extr(kImage) = struct(...
16)         'dat',   repmat(NaN, [1 nVoxel]),...
17)         'mean',  repmat(NaN, [1 nVoxel]),...
18)         'sum',   repmat(NaN, [1 nVoxel]),...
19)         'nvx',   repmat(NaN, [1 nVoxel]),...
20)         'posmm', repmat(NaN, [3 nVoxel]),...
21)         'posvx', repmat(NaN, [3 nVoxel]));

22) 

23)     switch TRANSFORM_METHOD
24)         case 'single'
25)             roicenter = round(inv(V(kImage).mat)*[vox, ones(nVoxel,1)]');
26)             x = roicenter(1,:);
27)             y = roicenter(2,:);
28)             z = roicenter(3,:);
29)         case 'image'

30)             x = []; y = []; z = [];
31)             for iRoiFile = 1:nRoiFiles

32)                 [x1 y1] = ndgrid(1:V(k).dim(1),1:V(k).dim(2));
33)                 for p = 1:V(k).dim(3) % resample mask Vm(iRoiFile) in space of V(k)
34)                     B = spm_matrix([0 0 -p 0 0 0 1 1 1]);
35)                     M = inv(B*inv(V(k).mat)*Vm(iRoiFile).mat);
36)                     msk = find(spm_slice_vol(Vm(iRoiFile),M,V(k).dim(1:2),0));
37)                     if ~isempty(msk)
38)                         z1 = p*ones(size(msk(:)));
39)                         x = [x; x1(msk(:))];
40)                         y = [y; y1(msk(:))];
41)                         z = [z; z1];
42)                     end;
43)                 end;
44)             end
45)     end

46) 

47)     dat = spm_sample_vol(V(kImage), x, y, z,0);
48)     extr(kImage).dat(iVoxel)      = dat;
49)     extr(kImage).mean(iVoxel)     = nanmean(dat);
50)     extr(kImage).nvx(iVoxel)      = numel(dat);

51) end;

52)