SVMCrossVal.git

1) function ui_main(varargin)
2) 

3) DEFAULT.selectedSubject = 2;

4) 

5) DEFAULT.pststart        = -15;
6) DEFAULT.pstend          = 40;
7) DEFAULT.baselinestart   = -3;
8) DEFAULT.baselineend     = -1;
9) DEFAULT.frameshiftstart = -5;
10) DEFAULT.frameshiftend   = 35;
11) DEFAULT.frameshiftdur   = 0;
12) DEFAULT.classdefstring  = 'left,\t[9,11,13]\nright,\t[10,12,14]';
13) DEFAULT.voxelstring     = 'SPL l + [ 0, 0, 0] \nSPL r + [ 0, 0, 0]\n';

14) DEFAULT.svmoptstring    = '-s 0 -t 0 -c 1';
15) DEFAULT.svmnfold        = '6';

16) DEFAULT.searchlightradius = 3;
17) 

18) DEFAULT.wd  = fullfile('d:','Analyze','Choice','24pilot');
19) 

20) %  Initialize and hide the GUI as it is being constructed.
21)     frameWidth=450;

22)     frameHeight=450;

23)     
24)     frame = figure('Visible','off','Position',[0,0,frameWidth,frameHeight]);
25)     movegui(frame,'west'); % get this thing visible on smaller displays.
26)     set(frame,'Name','SVMCrossVal Decode Performance 4 SPM');
27)     set(frame,'NumberTitle','off');
28)     set(frame,'MenuBar','none');

29) %     set(frame,'Color',get(0,'defaultUicontrolBackgroundColor'));

30)     set(frame,'Resize','on');

31)     set(frame,'Units','normalized');

32)     set(frame,'Color','y');

33) 

34)     task = struct;
35)     

36)     model1 = struct;
37)     model1.baseDir = DEFAULT.wd;

38) 

39)     model1.txtBaseDir = createLabel(frame,[0 0.97 1 0.03],model1.baseDir);
40)     set(model1.txtBaseDir,'BackgroundColor','w');
41)     set(model1.txtBaseDir,'ForegroundColor','b');

42)     

43)     TASK_HEIGHT = 1-0.13;
44)     
45)     % PREPROCESSING
46)     task.preprocessing   = uipanel(frame,'Title','Preprocessing','Position',[0 0.0 1 TASK_HEIGHT]);
47)     set(task.preprocessing,'BackgroundColor','w');
48)     set(task.preprocessing,'Units','normalized');

49)     

50)     model1.selectedSubject = DEFAULT.selectedSubject;
51)     model1 = createFirstStepPanel(model1,task.preprocessing,DEFAULT);

52)     

53)     % fill with data
54)     model1 = scanDirs(model1);

55)     

56)     % CLASSIFICATION

57)     model2 = struct;
58)     

59)     task.classification = uipanel(frame,'Title','Classification','Position',[0 0.0 1 TASK_HEIGHT]);
60)     set(task.classification,'BackgroundColor','w');

61)     model2 = createSecondStepPanel(model2,task.classification,DEFAULT);

62)     

63)     % PLOT

64)     model3 = struct;

65)     task.plot = uipanel(frame,'Title','Plot','Position',[0 0.0 1 TASK_HEIGHT]);
66)     set(task.plot,'BackgroundColor','w');

67)     model3 = createVisualStepPanel(model3,task.plot,DEFAULT);

68)     

69)     % TASK
70)     task.taskSwitch = uipanel(frame,'Position',[0 1-0.13 1 0.10]);
71) %         set(task.taskSwitch,'Title','TASK');
72)         set(task.taskSwitch,'BackgroundColor','w');
73)         set(task.taskSwitch,'Units','normalized');
74)     
75)         btnSwitchPreprocessing = uicontrol(task.taskSwitch,'String','ImageProcessing',...
76)             'Units','normalized','Position',[0.0 0.0 0.33 1]);
77)         set(btnSwitchPreprocessing,'Callback',{@cbSwitchTask,'PRE',task}); 
78)         set(btnSwitchPreprocessing,'Enable','on');
79) 
80)         btnSwitchClassify = uicontrol(task.taskSwitch,'String','Decode',...
81)             'Units','normalized','Position',[0.33 0.0 0.33 1]);
82)         set(btnSwitchClassify,'Callback',{@cbSwitchTask,'CLASSIFY',task}); 
83)         set(btnSwitchClassify,'Enable','on');
84) 
85)         btnSwitchPlot = uicontrol(task.taskSwitch,'String','Plot',...
86)             'Units','normalized','Position',[0.66 0.0 0.33 1]);
87)         set(btnSwitchPlot,'Callback',{@cbSwitchTask,'PLOT',task}); 
88)         set(btnSwitchPlot,'Enable','on');
89) 
90)     % menu
91)     

92)     savemenu = uimenu(frame,'Label','Save/Load');

93)         uimenu(savemenu,'Label','Save Preprocessing Parameter','Callback',{@mcb_save,model1});
94)         uimenu(savemenu,'Label','Load Preprocessing Parameter','Callback',{@mcb_load,model1});
95)         uimenu(savemenu,'Label','Save Decode Parameter','Callback',{@mcb_save,model2},'Enable','off');
96)         uimenu(savemenu,'Label','Load Decode Parameter','Callback',{@mcb_load,model2},'Enable','off');
97)         uimenu(savemenu,'Label','Save All','Callback',{@mcb_save,model1},'Enable','off');
98)         uimenu(savemenu,'Label','Load All','Callback',{@mcb_load,model1},'Enable','off');
99)         
100)     uimenu(frame,'Label','change Study','Callback',{@mcb_cd,model1},'Enable','off');

101)     

102)     cbSwitchTask(0,0,'PRE',task);

103) 

104) 

105)     set(frame,'Visible','on');
106) 

107) %     assignin('base','model',model);

108) end

109) 
110) function model = createFirstStepPanel(model,parent,DEFAULT)

111) 

112)     main_grid = cell(2,4);
113)     main_grid{1,1} = [0 0.7 0.4 0.3];
114)     main_grid{1,2} = [0 0.5 0.5 0.2];
115)     main_grid{1,3} = [0 0.1 0.5 0.4];
116)     main_grid{1,4} = [0 0.0 1.0 0.1];

117)     

118)     main_grid{2,1} = [0.4 0.7 0.6 0.3];
119)     main_grid{2,2} = [0.5 0.5 0.5 0.2];
120)     main_grid{2,3} = [0.5 0.1 0.5 0.4];

121)     
122)     %Subjects

123)     pSubject = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',cell2mat(main_grid(1,1)));
124)     set(pSubject,'Title','Subjects');
125)     set(pSubject,'BackgroundColor','w');
126)     
127)     subjectList = {'DUMMY Subj1','DUMMY Subj2','DUMMY Subj3','DUMMY Subj4'};
128)     model.subjectSelector = uicontrol(pSubject,'Style','listbox',...

129)                     'Min',1, 'Max',3,...
130)                     'String',subjectList,...
131)                     'UserData',subjectList,...
132)                     'Units','normalized',...

133)                     'Position',[0 0 1 1]);

134)     set(model.subjectSelector, 'FontName', 'FixedWidth');

135)     set(model.subjectSelector,'BackgroundColor','w');

136)     
137)     %Classes

138)     pClasses = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',cell2mat(main_grid(1,2)));

139)     set(pClasses,'Title','Class Definitions');
140)     set(pClasses,'BackgroundColor','w');
141)         lClassDef = uicontrol(pClasses,...
142)             'Style','text',...
143)             'String',sprintf('<Label>,\t <[Event, Event, ..]>;'),...
144)             'Units','normalized',...
145)             'Position',[0 0.8 1 0.2]);
146)         set(lClassDef,'BackgroundColor','w');
147)         set(lClassDef,'HorizontalAlignment','left');
148)         
149)         model.txtClassDef = uicontrol(pClasses,'Style','edit',...
150)             'String',sprintf(DEFAULT.classdefstring),...
151)             'Units','normalized',...
152)             'Position',[0 0 1 0.8]);
153)         set(model.txtClassDef,'HorizontalAlignment','left');
154)         set(model.txtClassDef,'Max',20);
155)         set(model.txtClassDef,'Min',0);
156)         set(model.txtClassDef, 'FontName', 'FixedWidth');

157)         set(model.txtClassDef, 'BackgroundColor', 'w');

158) 
159) 
160)     %Timeline

161)     pPSTH        = uipanel(parent,'Title','PSTH Options','Position',cell2mat(main_grid(2,1)));

162)     set(pPSTH,'BackgroundColor','w');
163)         
164)         grid_h = 0.16;
165)         grid_w = 0.3;
166)         

167)         tl_grid = cell([3 6]);
168)         tl_grid{2,1} = [0.0 0.83 grid_w grid_h];
169)         tl_grid{2,1} = [0.4 0.83 grid_w grid_h];
170)         tl_grid{3,1} = [0.7 0.83 grid_w grid_h];

171)         

172)         tl_grid{1,2} = [0.0 0.66 grid_w grid_h];
173)         tl_grid{2,2} = [0.4 0.66 grid_w grid_h];
174)         tl_grid{3,2} = [0.7 0.66 grid_w grid_h];

175) 

176)         tl_grid{1,3} = [0.0 0.5 grid_w grid_h];
177)         tl_grid{2,3} = [0.4 0.5 grid_w grid_h];
178)         tl_grid{3,3} = [0.7 0.5 grid_w grid_h];

179)         

180)         tl_grid{1,4} = [0.0 0.33 grid_w grid_h];
181)         tl_grid{2,4} = [0.4 0.33 grid_w grid_h];
182)         tl_grid{3,4} = [0.7 0.33 grid_w grid_h];

183) 

184)         tl_grid{1,5} = [0.0 0.16 0.5 grid_h];
185)         tl_grid{2,5} = [0.5 0.16 grid_w grid_h];
186)         tl_grid{3,5} = [0.75 0.16 grid_w grid_h];

187)         

188)         tl_grid{1,6} = [0.0 0.0 0.5 grid_h];
189)         tl_grid{2,6} = [0.5 0.0 grid_w grid_h];
190)         tl_grid{3,6} = [0.75 0.0 grid_w grid_h];
191) 
192)         lStart      = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(2,1)) ,'Start [sec]');
193)         lEnd        = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(3,1)) ,'End [sec]');
194)         lPSTH       = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,2)),'PSTH Range');
195)         lBaseline   = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,3)),'Baseline');

196) 
197)         lSearchligh = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,5)),'Searchlight Radius');

198) 
199) 
200)         model.txtPSTHStart         = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,2)),DEFAULT.pststart);
201)         model.txtPSTHEnd           = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,2)),DEFAULT.pstend);
202)         model.txtBaselineStart     = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,3)),DEFAULT.baselinestart);
203)         model.txtBaselineEnd       = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,3)),DEFAULT.baselineend);

204)         model.txtSearchlightRadius = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,5)),DEFAULT.searchlightradius);

205)         
206)         % images

207)         pImage = uipanel(parent,'Title','Image Options','Position',cell2mat(main_grid(2,2)));

208)         set(pImage,'BackgroundColor','w');
209) 
210)         createLabel(pImage,[0.0 0.5 1 0.5],'Select Image Base');
211)         

212)         imageRegExList = {'DUMMY f*.IMG','DUMMY swrf*.IMG','DUMMY wrf*.IMG'};

213)         model.imageTypeSelection = uicontrol(pImage,'Style','popupmenu',...
214)         'Units','normalized',...
215)         'Position',[0.0 0.0 1 0.5],...
216)         'String',imageRegExList,...
217)         'UserData',imageRegExList,...

218)         'Value',3);

219)         set(model.imageTypeSelection,'BackgroundColor','w');
220)         
221)         
222)         % coordinate Table

223)         pVoxel = uipanel(parent,'Title','ROI','Position',cell2mat(main_grid(1,3)));

224)         set(pVoxel,'BackgroundColor','w');
225)         lVoxelDef = createLabel(pVoxel, [0 0.9 1 0.1],'<ROI Name>+[offset];');
226)         model.txtVoxelDef = createTextField(pVoxel,[0 0 1 0.9],...
227)             sprintf(DEFAULT.voxelstring));
228)         set(model.txtVoxelDef,'HorizontalAlignment','left');
229)         set(model.txtVoxelDef,'Max',20);
230)         set(model.txtVoxelDef,'Min',0);
231)         set(model.txtVoxelDef, 'FontName', 'FixedWidth');
232)         

233)         %normalizations
234)         pNorm = uipanel(parent,'Title','Normalization','Position',cell2mat(main_grid(2,3)));
235)         set(pNorm,'BackgroundColor','w');
236)         

237)         createLabel(pNorm,[0 0.75 1 0.25],'psth norm4SVM');
238)         norm1Model = {'none','mean','minmax'};

239)         model.selNormPST = uicontrol(pNorm,'Style','popupmenu',...
240)             'Units','normalized',...
241)             'Position',[0.0 0.5 1 0.25],...
242)             'String',norm1Model,...
243)             'UserData',norm1Model,...

244)             'Value',2);

245)          set(model.selNormPST,'BackgroundColor','w');   
246)         

247)         createLabel(pNorm,[0 0.25 1 0.25],'Col Bias removal');
248)         norm2Model = {'on','off'};

249)         model.selNormClass = uicontrol(pNorm,'Style','popupmenu',...
250)             'Units','normalized',...
251)             'Position',[0.0 0.0 1 0.25],...
252)             'String',norm2Model,...
253)             'UserData',norm2Model,...
254)             'Value',1);
255)          set(model.selNormClass,'BackgroundColor','w');   
256)         
257)         %buttons
258)         pButtons = uipanel(parent,'Position',cell2mat(main_grid(1,4)));
259)         set(pButtons,'BackgroundColor','w');

260)         

261)         btnRunButton1 = uicontrol(pButtons,'String','run coord-Table',...
262)             'Units','normalized','Position',[0 0 0.33 1]);

263)         set(btnRunButton1,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'COORD'}); % set here, because of model.    
264)         set(btnRunButton1,'Enable','on');

265)         

266)         btnRunButton2 = uicontrol(pButtons,'String','run full Brain Searchlight',...
267)             'Units','normalized','Position',[0.33 0 0.33 1]);

268)         set(btnRunButton2,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'FBS'}); % set here, because of model.  

269)         set(btnRunButton2,'Enable','off');

270)         

271)         btnRunButton3 = uicontrol(pButtons,'String','run ROI-Image processing',...
272)             'Units','normalized','Position',[0.66 0 0.33 1]);

273)         set(btnRunButton3,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'ROI'}); % set here, because of model.    
274)         set(btnRunButton3,'Enable','on');
275) end
276) 

277) function model = createSecondStepPanel(model,parent,DEFAULT)
278) basecolor = 'w';
279) 

280) pTime = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0.0 0.8 1 0.2]);
281)     set(pTime,'Title','Decode Timeframe Options');

282)     set(pTime,'BackgroundColor',basecolor);

283)     grid_h = 0.3;
284)     grid_w = 0.3;
285)     time_grid = cell([3 3]);
286)     time_grid{1,1} = [0.0 0.63 grid_w grid_h];
287)     time_grid{2,1} = [0.4 0.63 grid_w grid_h];
288)     time_grid{3,1} = [0.7 0.63 grid_w grid_h];
289)     time_grid{1,2} = [0.0 0.33 grid_w grid_h];
290)     time_grid{2,2} = [0.4 0.33 grid_w grid_h];
291)     time_grid{3,2} = [0.7 0.33 grid_w grid_h];
292)     time_grid{1,3} = [0.0 0.03 grid_w grid_h];
293)     time_grid{2,3} = [0.4 0.03 grid_w grid_h];
294)     time_grid{3,3} = [0.7 0.03 grid_w grid_h];
295) 
296)     lStart      = createLabel(pTime, cell2mat(time_grid(2,1)) ,'Start [sec]');
297)     lEnd        = createLabel(pTime, cell2mat(time_grid(3,1)) ,'End [sec]');
298)     lFrameShift = createLabel(pTime, cell2mat(time_grid(1,2)),'Frame Shift');
299)     lFramsSize  = createLabel(pTime, cell2mat(time_grid(1,3)),'Frame Size');
300)     
301)     model.txtFrameShiftStart   = createTextField(pTime,cell2mat(time_grid(2,2)),DEFAULT.frameshiftstart);
302)     model.txtFrameShiftEnd     = createTextField(pTime,cell2mat(time_grid(3,2)),DEFAULT.frameshiftend);
303)     model.txtFrameShiftDur     = createTextField(pTime,cell2mat(time_grid(2,3)),DEFAULT.frameshiftdur);
304) 

305)     

306) pSVM = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0 0.4 0.5 0.4]);

307)     set(pSVM,'Title','SVM Classification');
308)     set(pSVM,'BackgroundColor',basecolor);
309) 
310)     model.txtSVMopts = createTextField(pSVM,[0 0.75 1 0.25],DEFAULT.svmoptstring);
311)     set(model.txtSVMopts,'HorizontalAlignment','left');
312)     
313)     model.txtSVMnfold = createTextField(pSVM,[0.0 0.50 0.5 0.25],DEFAULT.svmnfold);
314)     createLabel(pSVM,[0.5 0.50 0.5 0.25 ],'-Fold CrossVal');
315)     

316) pSOM = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0.5 0.4 0.5 0.4]);

317)     set(pSOM,'Title','SOM Classification');
318)     set(pSOM,'BackgroundColor',basecolor);
319) 
320)     model.txtSOMopts = createTextField(pSOM,[0 0.75 1 0.25],'4x3 rect');
321)     set(model.txtSOMopts,'HorizontalAlignment','left');
322)         set(model.txtSOMopts,'Enable','off');
323) 
324)     model.txtSOMnfold = createTextField(pSOM,[0.0 0.50 0.5 0.25],DEFAULT.svmnfold);
325)         set(model.txtSOMnfold,'Enable','off');
326)     createLabel(pSOM,[0.5 0.50 0.5 0.25 ],'-Fold CrossVal');
327) 
328) % buttons
329)     btnRunSVM = uicontrol(pSVM,'String','run SVM Crossvalidation',...
330)         'Units','normalized',...
331)         'Position',[0 0.25 1 0.25]);
332)     set(btnRunSVM,'Callback',{@cbRunDecode,model,'SVM'}); % set here, because of model.
333)     set(btnRunSVM,'Enable','on');
334)     
335)     btnRunXSVM = uicontrol(pSVM,'String','run SVM X-Subject validation',...
336)         'Units','normalized',...
337)         'Position',[0 0.0 1 0.25]);
338)     set(btnRunXSVM,'Callback',{@cbRunDecode,model,'XSVM'}); % set here, because of model.
339)     set(btnRunXSVM,'Enable','on');
340)     
341)     btnRunSOM = uicontrol(pSOM,'String','run SOM Crossvalidation',...
342)         'Units','normalized',...
343)     'Position',[0.0 0.25 1 0.25]);
344)     set(btnRunSOM,'Callback',{@cbRunDecode,model,'SOM'}); % set here, because of model.
345)     set(btnRunSOM,'Enable','off');
346) 
347)     btnRunXSOM = uicontrol(pSOM,'String','run SOM X-Subject validation',...
348)         'Units','normalized',...
349)         'Position',[0.0 0.0 1 0.25]);
350)     set(btnRunXSOM,'Callback',{@cbRunDecode,model,'XSOM'}); % set here, because of model.
351)     set(btnRunXSOM,'Enable','off');
352) end
353) 

354) function model = createVisualStepPanel(model,parent,DEFAULT)

355)     pButtonPane = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0 0.5 1 0.5]);

356) %     set(pButtonPane,'Title','Plot');
357)     set(pButtonPane,'BackgroundColor','w');
358) 

359)     btnPlot01 = uicontrol(pButtonPane,'String','plot performance and SE',...

360)         'Units','normalized',...

361)         'Position',[0.0 0.0 0.5 0.25]);
362)     set(btnPlot01,'Callback',{@cbPlot,model,'simple'});

363)     set(btnPlot01,'Enable','on');

364)     
365)     btnPlot02 = uicontrol(pButtonPane,'String','plot subject performance and mean with SE',...
366)         'Units','normalized',...
367)         'Position',[0.5 0.0 0.5 0.25]);
368)     set(btnPlot02,'Callback',{@cbPlot,model,'x-subject-val'});
369)     set(btnPlot02,'Enable','on');
370) 
371) %     btnPlot03 = uicontrol(pButtonPane,'String','plot class performance and mean',...
372) %         'Units','normalized',...
373) %         'Position',[0.0 0.5 0.5 0.25]);
374) %     set(btnPlot03,'Callback',{@cbPlot,model,'class performance'}); 
375) %     set(btnPlot03,'Enable','on');
376)     

377) end
378) 

379) 

380) function cbSwitchTask(src,evnt,task,taskpanel)
381) set(taskpanel.preprocessing,'Visible','off');
382) set(taskpanel.classification,'Visible','off');

383) set(taskpanel.plot,'Visible','off');

384) 
385) switch task
386)     case 'PRE'
387)         set(taskpanel.preprocessing,'Visible','on');
388)     case 'CLASSIFY'
389)         set(taskpanel.classification,'Visible','on');
390)     case 'PLOT'

391)         set(taskpanel.plot,'Visible','on');

392) end
393) end
394) 

395) 

396) function cbRunPreprocessing(src,evnt,model,task)

397) main(model,'pre',task);
398) end
399) 
400) function cbRunDecode(src,evnt,model,task)
401) main(model,'decode',task);

402) end
403) 

404) function cbPlot(src,evnt,model,type)
405) main(model,'plot',type);
406) end
407) 
408) 

409) function model = mcb_cd(src,evnt,model)
410) disp('CD');
411) directory_name = uigetdir(model.baseDir,'Select Study Base Directory ...');
412) model.baseDir = directory_name;
413) model = scanDirs(model);
414) end
415) 
416) function mcb_save(src,evnt,model)
417) disp('SAVE');
418) baseDir  = model.baseDir;
419) timeLine = getTimeLineParams(model);
420) classDefString = getClassDefString(model);
421) coordDefString = getCoordDefString(model);
422) 
423) [file path] = uiputfile('*.mat','Save current Params ...',model.baseDir);
424) save( fullfile(path,file),'baseDir','timeLine','classDefString','coordDefString') ;
425) end
426) 
427) function model = mcb_load(src,evnt,model)
428) disp('LOAD');
429) [file path] = uigetfile('*.mat','Load Params ...',model.baseDir);
430) l = load(fullfile(path,file));
431) % assignin('base','l',l);
432) model = setTimeLineParams(model,l.timeLine);
433) model = setClassDefString(model,l.classDefString);
434) model = setCoordDefString(model,l.coordDefString);
435) model.baseDir = l.baseDir;
436) model = scanDirs(model);
437) 
438) end
439) 

440) function label = createLabel(parent,  pos, labelText)
441)     label = uicontrol(parent,'Style','text','Units','normalized','String',labelText,'Position',pos);
442)     set(label,'HorizontalAlignment','left');
443)     set(label,'BackgroundColor','w');
444) end
445) 
446) function txt = createTextField(parent,pos,model)

447) %     textfieldcolor = [0.9 0.9 0.0];
448)     textfieldcolor = 'w';