SVMCrossVal.git

1) function ui_main(varargin)
2) 
3) %  Initialize and hide the GUI as it is being constructed.
4)     frameWidth=450;

5)     frameHeight=450;

6)     
7)     frame = figure('Visible','off','Position',[0,0,frameWidth,frameHeight]);
8)     movegui(frame,'west'); % get this thing visible on smaller displays.
9)     set(frame,'Name','SVMCrossVal Decode Performance 4 SPM');
10)     set(frame,'NumberTitle','off');
11)     set(frame,'MenuBar','none');

12) %     set(frame,'Color',get(0,'defaultUicontrolBackgroundColor'));

13)     set(frame,'Resize','on');

14)     set(frame,'Units','normalized');

15)     set(frame,'Color','y');

16) 

17)     task = struct;
18)     

19)     DEFAULT = mcb_load_study(0,0,'study/stimolos.mat');
20)     

21)     model1 = struct;
22)     model1.baseDir = DEFAULT.wd;

23) 

24)     model1.txtBaseDir = createLabel(frame,[0 0.97 1 0.03],model1.baseDir);
25)     set(model1.txtBaseDir,'BackgroundColor','w');
26)     set(model1.txtBaseDir,'ForegroundColor','b');

27)     

28)     TASK_HEIGHT = 1-0.13;
29)     
30)     % PREPROCESSING
31)     task.preprocessing   = uipanel(frame,'Title','Preprocessing','Position',[0 0.0 1 TASK_HEIGHT]);
32)     set(task.preprocessing,'BackgroundColor','w');
33)     set(task.preprocessing,'Units','normalized');

34)     

35)     model1.selectedSubject = DEFAULT.selectedSubject;
36)     model1 = createFirstStepPanel(model1,task.preprocessing,DEFAULT);

37)     

38)     % fill with data
39)     model1 = scanDirs(model1);

40)     

41)     % CLASSIFICATION

42)     model2 = struct;
43)     

44)     task.classification = uipanel(frame,'Title','Classification','Position',[0 0.0 1 TASK_HEIGHT]);
45)     set(task.classification,'BackgroundColor','w');

46)     model2 = createSecondStepPanel(model2,task.classification,DEFAULT);

47)     

48)     % PLOT

49)     model3 = struct;

50)     task.plot = uipanel(frame,'Title','Plot','Position',[0 0.0 1 TASK_HEIGHT]);
51)     set(task.plot,'BackgroundColor','w');

52)     model3 = createVisualStepPanel(model3,task.plot,DEFAULT);

53)     

54)     % TASK

55)     task.taskSwitch = uibuttongroup(frame,'Position',[0 1-0.13 1 0.10]);
56)     % controlls togglebuttons

57) %         set(task.taskSwitch,'Title','TASK');
58)         set(task.taskSwitch,'BackgroundColor','w');
59)         set(task.taskSwitch,'Units','normalized');
60)     

61)         btnSwitchPreprocessing = uicontrol(task.taskSwitch,'Style','pushbutton',...
62)             'String','ImageProcessing',...

63)             'Units','normalized','Position',[0.0 0.0 0.33 1]);

64)         set(btnSwitchPreprocessing,'Callback',{@cbSwitchTask,'PRE',task,model1}); 

65)         set(btnSwitchPreprocessing,'Enable','on');
66) 

67)         btnSwitchClassify = uicontrol(task.taskSwitch,'Style','pushbutton',...
68)             'String','Decode',...

69)             'Units','normalized','Position',[0.33 0.0 0.33 1]);

70)         set(btnSwitchClassify,'Callback',{@cbSwitchTask,'CLASSIFY',task,model2}); 

71)         set(btnSwitchClassify,'Enable','on');
72) 

73)         btnSwitchPlot = uicontrol(task.taskSwitch,'Style','pushbutton',...
74)             'String','Plot',...

75)             'Units','normalized','Position',[0.66 0.0 0.33 1]);

76)         set(btnSwitchPlot,'Callback',{@cbSwitchTask,'PLOT',task,model3}); 

77)         set(btnSwitchPlot,'Enable','on');
78) 
79)     % menu
80)     

81)     savemenu = uimenu(frame,'Label','Save/Load','Enable','off');

82)         uimenu(savemenu,'Label','Save Preprocessing Parameter','Callback',{@mcb_save,model1},'Enable','off');
83)         uimenu(savemenu,'Label','Load Preprocessing Parameter','Callback',{@mcb_load,model1},'Enable','off');

84)         uimenu(savemenu,'Label','Save Decode Parameter','Callback',{@mcb_save,model2},'Enable','off');
85)         uimenu(savemenu,'Label','Load Decode Parameter','Callback',{@mcb_load,model2},'Enable','off');
86)         uimenu(savemenu,'Label','Save All','Callback',{@mcb_save,model1},'Enable','off');
87)         uimenu(savemenu,'Label','Load All','Callback',{@mcb_load,model1},'Enable','off');
88)         

89)     studymenu = uimenu(frame,'Label','change Study','Enable','on');
90)         fillStudyMenu(studymenu);

91)     

92)     cbSwitchTask(0,0,'PRE',task,model1);

93) 

94)     set(frame,'Visible','on');
95) 

96) end

97) 

98) function fillStudyMenu(studymenu)
99)     studydir = fullfile(getTbxPath,'study');
100)     files = dir(studydir);
101)     for fileidx = 1: numel(files)
102)         if ~files(fileidx).isdir
103)             uimenu(studymenu,'Label',files(fileidx).name,'Callback',{@mcb_load_study,fullfile(studydir,files(fileidx).name)});
104)         end
105)     end
106) end
107) 

108) function model = createFirstStepPanel(model,parent,DEFAULT)

109) 

110)     main_grid = cell(2,4);
111)     main_grid{1,1} = [0 0.7 0.4 0.3];
112)     main_grid{1,2} = [0 0.5 0.5 0.2];
113)     main_grid{1,3} = [0 0.1 0.5 0.4];
114)     main_grid{1,4} = [0 0.0 1.0 0.1];

115)     

116)     main_grid{2,1} = [0.4 0.7 0.6 0.3];
117)     main_grid{2,2} = [0.5 0.5 0.5 0.2];
118)     main_grid{2,3} = [0.5 0.1 0.5 0.4];

119)     
120)     %Subjects

121)     pSubject = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',cell2mat(main_grid(1,1)));
122)     set(pSubject,'Title','Subjects');
123)     set(pSubject,'BackgroundColor','w');
124)     
125)     subjectList = {'DUMMY Subj1','DUMMY Subj2','DUMMY Subj3','DUMMY Subj4'};
126)     model.subjectSelector = uicontrol(pSubject,'Style','listbox',...

127)                     'Min',1, 'Max',3,...
128)                     'String',subjectList,...
129)                     'UserData',subjectList,...
130)                     'Units','normalized',...

131)                     'Position',[0 0 1 1]);

132)     set(model.subjectSelector, 'FontName', 'FixedWidth');

133)     set(model.subjectSelector,'BackgroundColor','w');

134)     
135)     %Classes

136)     pClasses = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',cell2mat(main_grid(1,2)));

137)     set(pClasses,'Title','Class Definitions');
138)     set(pClasses,'BackgroundColor','w');
139)         lClassDef = uicontrol(pClasses,...
140)             'Style','text',...
141)             'String',sprintf('<Label>,\t <[Event, Event, ..]>;'),...
142)             'Units','normalized',...
143)             'Position',[0 0.8 1 0.2]);
144)         set(lClassDef,'BackgroundColor','w');
145)         set(lClassDef,'HorizontalAlignment','left');
146)         
147)         model.txtClassDef = uicontrol(pClasses,'Style','edit',...
148)             'String',sprintf(DEFAULT.classdefstring),...
149)             'Units','normalized',...
150)             'Position',[0 0 1 0.8]);
151)         set(model.txtClassDef,'HorizontalAlignment','left');
152)         set(model.txtClassDef,'Max',20);
153)         set(model.txtClassDef,'Min',0);
154)         set(model.txtClassDef, 'FontName', 'FixedWidth');

155)         set(model.txtClassDef, 'BackgroundColor', 'w');

156) 
157) 
158)     %Timeline

159)     pPSTH        = uipanel(parent,'Title','PSTH Options','Position',cell2mat(main_grid(2,1)));

160)     set(pPSTH,'BackgroundColor','w');
161)         
162)         grid_h = 0.16;
163)         grid_w = 0.3;
164)         

165)         tl_grid = cell([3 6]);
166)         tl_grid{2,1} = [0.0 0.83 grid_w grid_h];
167)         tl_grid{2,1} = [0.4 0.83 grid_w grid_h];
168)         tl_grid{3,1} = [0.7 0.83 grid_w grid_h];

169)         

170)         tl_grid{1,2} = [0.0 0.66 grid_w grid_h];
171)         tl_grid{2,2} = [0.4 0.66 grid_w grid_h];
172)         tl_grid{3,2} = [0.7 0.66 grid_w grid_h];

173) 

174)         tl_grid{1,3} = [0.0 0.5 grid_w grid_h];
175)         tl_grid{2,3} = [0.4 0.5 grid_w grid_h];
176)         tl_grid{3,3} = [0.7 0.5 grid_w grid_h];

177)         

178)         tl_grid{1,4} = [0.0 0.33 grid_w grid_h];
179)         tl_grid{2,4} = [0.4 0.33 grid_w grid_h];
180)         tl_grid{3,4} = [0.7 0.33 grid_w grid_h];

181) 

182)         tl_grid{1,5} = [0.0 0.16 grid_w grid_h];
183)         tl_grid{2,5} = [0.4 0.16 grid_w grid_h];
184)         tl_grid{3,5} = [0.7 0.16 grid_w grid_h];

185)         

186)         tl_grid{1,6} = [0.0 0.0 0.5 grid_h];
187)         tl_grid{2,6} = [0.5 0.0 grid_w grid_h];
188)         tl_grid{3,6} = [0.75 0.0 grid_w grid_h];
189) 
190)         lStart      = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(2,1)) ,'Start [sec]');
191)         lEnd        = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(3,1)) ,'End [sec]');
192)         lPSTH       = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,2)),'PSTH Range');
193)         lBaseline   = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,3)),'Baseline');

194)         lTRF        = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,5)),'TR Factor');

195) 

196)         model.txtPSTHStart         = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,2)),DEFAULT.pststart);
197)         model.txtPSTHEnd           = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,2)),DEFAULT.pstend);
198)         model.txtBaselineStart     = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,3)),DEFAULT.baselinestart);
199)         model.txtBaselineEnd       = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,3)),DEFAULT.baselineend);

200)         model.txtTrFactor          = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,5)),DEFAULT.trfactor);
201)         model.labelTR              = createTextField(pPSTH, cell2mat(tl_grid(3,5)),'');

202)         
203)         % images

204)         pImage = uipanel(parent,'Title','Image Options','Position',cell2mat(main_grid(2,2)));

205)         set(pImage,'BackgroundColor','w');
206) 
207)         createLabel(pImage,[0.0 0.5 1 0.5],'Select Image Base');
208)         

209)         imageRegExList = {'DUMMY f*.IMG','DUMMY swrf*.IMG','DUMMY wrf*.IMG'};

210)         model.imageTypeSelection = uicontrol(pImage,'Style','popupmenu',...
211)         'Units','normalized',...
212)         'Position',[0.0 0.0 1 0.5],...
213)         'String',imageRegExList,...
214)         'UserData',imageRegExList,...

215)         'Value',1);

216)         set(model.imageTypeSelection,'BackgroundColor','w');
217)         
218)         
219)         % coordinate Table

220)         pVoxel = uipanel(parent,'Title','ROI','Position',cell2mat(main_grid(1,3)));

221)         set(pVoxel,'BackgroundColor','w');

222)         lVoxelDef = createLabel(pVoxel, [0 0.9 1 0.1],'<ROI Name> [+ radius (mm)];');

223)         model.txtVoxelDef = createTextField(pVoxel,[0 0 1 0.9],...
224)             sprintf(DEFAULT.voxelstring));
225)         set(model.txtVoxelDef,'HorizontalAlignment','left');
226)         set(model.txtVoxelDef,'Max',20);
227)         set(model.txtVoxelDef,'Min',0);
228)         set(model.txtVoxelDef, 'FontName', 'FixedWidth');
229)         

230)         %normalizations
231)         pNorm = uipanel(parent,'Title','Normalization','Position',cell2mat(main_grid(2,3)));
232)         set(pNorm,'BackgroundColor','w');
233)         

234)         createLabel(pNorm,[0 0.75 1 0.25],'psth norm4SVM');
235)         norm1Model = {'none','mean','minmax'};

236)         model.selNormPST = uicontrol(pNorm,'Style','popupmenu',...
237)             'Units','normalized',...
238)             'Position',[0.0 0.5 1 0.25],...
239)             'String',norm1Model,...
240)             'UserData',norm1Model,...

241)             'Value',2);

242)          set(model.selNormPST,'BackgroundColor','w');   
243)         

244) %         createLabel(pNorm,[0 0.25 1 0.25],'Col Bias removal');
245) %         norm2Model = {'on','off'};
246)         model.chkColBias = uicontrol(pNorm,'Style','checkbox',...

247)             'Units','normalized',...

248)             'Position',[0.0 0.1 1 0.25],...
249)             'String','column Bias removal',...
250)             'Enable','on',...

251)             'Value',1);

252)          set(model.chkColBias,'BackgroundColor','w');   

253)         
254)         %buttons
255)         pButtons = uipanel(parent,'Position',cell2mat(main_grid(1,4)));
256)         set(pButtons,'BackgroundColor','w');

257)         

258)         btnRunButton1 = uicontrol(pButtons,'String','run coord-Table',...
259)             'Units','normalized','Position',[0 0 0.33 1]);

260)         set(btnRunButton1,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'COORD'}); % set here, because of model.    
261)         set(btnRunButton1,'Enable','on');

262)         

263)         btnRunButton2 = uicontrol(pButtons,'String',sprintf('load ROI for FBS'),...

264)             'Units','normalized','Position',[0.33 0 0.33 1]);

265)         set(btnRunButton2,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'FBS'}); % set here, because of model.  

266)         set(btnRunButton2,'Enable','on');

267)         

268)         btnRunButton3 = uicontrol(pButtons,'String','run ROI-Image processing',...
269)             'Units','normalized','Position',[0.66 0 0.33 1]);

270)         set(btnRunButton3,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'ROI'}); % set here, because of model.    
271)         set(btnRunButton3,'Enable','on');
272) end
273) 

274) function model = createSecondStepPanel(model,parent,DEFAULT)
275) basecolor = 'w';
276) 

277) pTime = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0.0 0.8 1 0.2]);
278)     set(pTime,'Title','Decode Timeframe Options');

279)     set(pTime,'BackgroundColor',basecolor);

280)     grid_h = 0.3;
281)     grid_w = 0.3;
282)     time_grid = cell([3 3]);
283)     time_grid{1,1} = [0.0 0.63 grid_w grid_h];
284)     time_grid{2,1} = [0.4 0.63 grid_w grid_h];
285)     time_grid{3,1} = [0.7 0.63 grid_w grid_h];
286)     time_grid{1,2} = [0.0 0.33 grid_w grid_h];
287)     time_grid{2,2} = [0.4 0.33 grid_w grid_h];
288)     time_grid{3,2} = [0.7 0.33 grid_w grid_h];
289)     time_grid{1,3} = [0.0 0.03 grid_w grid_h];
290)     time_grid{2,3} = [0.4 0.03 grid_w grid_h];
291)     time_grid{3,3} = [0.7 0.03 grid_w grid_h];
292) 
293)     lStart      = createLabel(pTime, cell2mat(time_grid(2,1)) ,'Start [sec]');
294)     lEnd        = createLabel(pTime, cell2mat(time_grid(3,1)) ,'End [sec]');
295)     lFrameShift = createLabel(pTime, cell2mat(time_grid(1,2)),'Frame Shift');
296)     lFramsSize  = createLabel(pTime, cell2mat(time_grid(1,3)),'Frame Size');
297)     
298)     model.txtFrameShiftStart   = createTextField(pTime,cell2mat(time_grid(2,2)),DEFAULT.frameshiftstart);
299)     model.txtFrameShiftEnd     = createTextField(pTime,cell2mat(time_grid(3,2)),DEFAULT.frameshiftend);
300)     model.txtFrameShiftDur     = createTextField(pTime,cell2mat(time_grid(2,3)),DEFAULT.frameshiftdur);
301) 

302)     

303) pSVM = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0 0.4 0.5 0.4]);

304)     set(pSVM,'Title','SVM Classification');
305)     set(pSVM,'BackgroundColor',basecolor);
306) 

307)     model.txtSVMopts = createTextField(pSVM,[0 0.83 1 0.16],DEFAULT.svmoptstring);

308)     set(model.txtSVMopts,'HorizontalAlignment','left');
309)     

310)     model.txtSVMnfold = createTextField(pSVM,[0.0 0.66 0.5 0.16],DEFAULT.svmnfold);

311)     createLabel(pSVM,[0.5 0.50 0.5 0.25 ],'-Fold CrossVal');
312)     

313)     model.chkSVMrnd = uicontrol(pSVM,'Style','checkbox','Units','normalized','Position',[0.1 0.50 0.9 0.16]);

314)     set(model.chkSVMrnd,'String','Randomize Datapoints');
315)     set(model.chkSVMrnd,'BackgroundColor','w');
316)     set(model.chkSVMrnd,'Value',DEFAULT.svmrnd);
317)     

318)     btnRunSVM = uicontrol(pSVM,'String','run batchmode SVM Crossvalidation',...
319)         'Units','normalized',...
320)         'Position',[0 0.25 1 0.25]);
321)     set(btnRunSVM,'Enable','on');
322)     
323)     btnRunXSVM = uicontrol(pSVM,'String','run SVM X-Subject validation',...
324)         'Units','normalized',...
325)         'Position',[0 0.0 1 0.25]);
326)     set(btnRunXSVM,'Enable','on');

327)     

328) pSOM = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0.5 0.4 0.5 0.4]);

329)     set(pSOM,'Title','SOM Classification');
330)     set(pSOM,'BackgroundColor',basecolor);
331) 

332)     createLabel(pSOM,[0 0.75 0.3 0.20],'Size:');
333)     model.txtSomM = createTextField(pSOM,[0.3 0.75 0.25 0.2],DEFAULT.somM);
334)     somsizemal = createLabel(pSOM,[0.55 0.75 0.2 0.20],'x');
335)     set(somsizemal,'HorizontalAlignment','center');
336)     model.txtSomN = createTextField(pSOM,[0.75 0.75 0.25 0.20],DEFAULT.somN);
337)  
338)     latticeModel = {'rect','hexa'};
339)     model.selSomLattice = uicontrol(pSOM,'Style','popupmenu',...
340)         'Units','normalized',...
341)         'Position',[0.0 0.5 0.3 0.20],...
342)         'String',latticeModel,...
343)         'UserData',latticeModel,...
344)         'Value',1);
345)     set(model.selSomLattice,'BackgroundColor','w');

346) 

347)     model.txtSOMnfold = createTextField(pSOM,[0.5 0.50 0.25 0.20],DEFAULT.svmnfold);
348) %     set(model.txtSOMnfold,'Enable','off');
349)     createLabel(pSOM,[0.75 0.5 0.25 0.20 ],'-Fold CrossVal');
350)        

351) 
352)     btnRunSOM = uicontrol(pSOM,'String','run SOM Crossvalidation',...
353)         'Units','normalized',...

354)         'Position',[0.0 0.25 1 0.25]);

355)     set(btnRunSOM,'Enable','on');

356) 
357)     btnRunXSOM = uicontrol(pSOM,'String','run SOM X-Subject validation',...
358)         'Units','normalized',...
359)         'Position',[0.0 0.0 1 0.25]);

360)     set(btnRunXSOM,'Enable','on');

361)     

362) pSearchlight = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0.0 0.1 0.5 0.3]);

363)     set(pSearchlight,'Title','Spatiotemporal FB classification');
364)     set(pSearchlight,'BackgroundColor',basecolor);
365)     
366)     lSearchligh = createLabel(pSearchlight, [0 0.6 0.5 0.3],'Searchlight Radius');
367)     model.txtSearchlightRadius = createTextField(pSearchlight,[0.5 0.6 0.5 0.3],DEFAULT.searchlightradius);
368)     

369)     lFBSTiming = createLabel(pSearchlight, [0 0.3 0.5 0.3],'Optional Timeline ( e.g. ''-5 0 5 10 15'')');

370)     model.txtSearchlightTimeline = createTextField(pSearchlight,[0.5 0.3 0.5 0.3],DEFAULT.searchlightTimeline);
371) 

372)     btnRunFBS = uicontrol(pSearchlight,'String','run Spatiotemporal FB classification',...
373)         'Units','normalized',...
374)         'Position',[0.0 0.0 1 0.3]);

375)     set(btnRunFBS,'Enable','on');

376)     

377) 
378) % button callbacks set here, because of model.
379)     set(btnRunSVM, 'Callback',{@cbRunDecode,model,'SVM'}); 
380)     set(btnRunXSVM,'Callback',{@cbRunDecode,model,'XSVM'}); 
381)     set(btnRunSOM, 'Callback',{@cbRunDecode,model,'SOM'});

382)     set(btnRunXSOM,'Callback',{@cbRunDecode,model,'XSOM'});

383)     set(btnRunFBS, 'Callback',{@cbRunDecode,model,'FBS'});

384) end
385) 

386) function model = createVisualStepPanel(model,parent,DEFAULT)

387) 
388)     grid_h = 0.25;
389)     grid_w = 0.5;
390)     plot_grid = cell([3 3]);
391)     plot_grid{1,1} = [0.0 0.63 grid_w grid_h];
392)     plot_grid{1,2} = [0.0 0.33 grid_w grid_h];
393)     plot_grid{1,3} = [0.0 0.03 grid_w grid_h];

394)     plot_grid{2,1} = [0.25 0.63 grid_w grid_h];
395)     plot_grid{2,2} = [0.25 0.33 grid_w grid_h];
396)     plot_grid{2,3} = [0.25 0.03 grid_w grid_h];

397) 

398)     pButtonPane = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0 0.5 1 0.5]);

399) %     set(pButtonPane,'Title','Plot');
400)     set(pButtonPane,'BackgroundColor','w');

401)     
402)     btnPlot03 = uicontrol(pButtonPane,'String','plot PSTH',...
403)         'Units','normalized',...
404)         'Position',cell2mat(plot_grid(2,1)));
405)     set(btnPlot03,'Callback',{@cbPlot,model,'psth'}); 
406)     set(btnPlot03,'Enable','on');
407)   

408)     btnPlot01 = uicontrol(pButtonPane,'String','plot performance and SE',...

409)         'Units','normalized',...

410)         'Position',cell2mat(plot_grid(2,2)));

411)     set(btnPlot01,'Callback',{@cbPlot,model,'simple'});

412)     set(btnPlot01,'Enable','on');

413)     
414)     btnPlot02 = uicontrol(pButtonPane,'String','plot subject performance and mean with SE',...
415)         'Units','normalized',...

416)         'Position',cell2mat(plot_grid(2,3)));

417)     set(btnPlot02,'Callback',{@cbPlot,model,'x-subject-val'});
418)     set(btnPlot02,'Enable','on');
419) 
420)     

421) end
422) 

423) 

424) function cbSwitchTask(src,evnt,task,taskpanel,model)

425) set(taskpanel.preprocessing,'Visible','off');
426) set(taskpanel.classification,'Visible','off');

427) set(taskpanel.plot,'Visible','off');

428) 
429) switch task
430)     case 'PRE'
431)         set(taskpanel.preprocessing,'Visible','on');

432) 
433) 

434)     case 'CLASSIFY'
435)         set(taskpanel.classification,'Visible','on');

436) 

437)     case 'PLOT'

438)         set(taskpanel.plot,'Visible','on');

439)         

440) end

441) 
442) assignin('base','model',model);
443) 

444) end
445) 

446) 

447) function cbRunPreprocessing(src,evnt,model,task)

448) main(model,'pre',task);
449) end
450) 
451) function cbRunDecode(src,evnt,model,task)
452) main(model,'decode',task);

453) end
454) 

455) function cbPlot(src,evnt,model,type)
456) main(model,'plot',type);
457) end
458) 

459) function default = mcb_load_study(src,evnt,studyfile)
460)     default = load(studyfile);
461) end

462) 

463) function model = mcb_cd(src,evnt,model)
464) disp('CD');
465) directory_name = uigetdir(model.baseDir,'Select Study Base Directory ...');
466) model.baseDir = directory_name;
467) model = scanDirs(model);
468) end
469) 
470) function mcb_save(src,evnt,model)
471) disp('SAVE');
472) baseDir  = model.baseDir;
473) timeLine = getTimeLineParams(model);
474) classDefString = getClassDefString(model);
475) coordDefString = getCoordDefString(model);
476) 
477) [file path] = uiputfile('*.mat','Save current Params ...',model.baseDir);
478) save( fullfile(path,file),'baseDir','timeLine','classDefString','coordDefString') ;
479) end
480) 
481) function model = mcb_load(src,evnt,model)
482) disp('LOAD');
483) [file path] = uigetfile('*.mat','Load Params ...',model.baseDir);
484) l = load(fullfile(path,file));
485) % assignin('base','l',l);
486) model = setTimeLineParams(model,l.timeLine);
487) model = setClassDefString(model,l.classDefString);
488) model = setCoordDefString(model,l.coordDefString);
489) model.baseDir = l.baseDir;
490) model = scanDirs(model);
491) 
492) end
493) 

494) function label = createLabel(parent,  pos, labelText)
495)     label = uicontrol(parent,'Style','text','Units','normalized','String',labelText,'Position',pos);
496)     set(label,'HorizontalAlignment','left');
497)     set(label,'BackgroundColor','w');
498) end
499) 
500) function txt = createTextField(parent,pos,model)

501) %     textfieldcolor = [0.9 0.9 0.0];
502)     textfieldcolor = 'w';