SVMCrossVal.git

1) function subjectStruct  = runROIImageMaskMode(args)

2) 

3) % global SVMCROSSVAL_SUBJECTSTRUCT_NAME;

4) 

5) subjects = args.subjects;

6)    

7) nSubjects = numel(subjects);

8) sessionlist = args.sessionList;

9) pstopts = args.psthOpts;
10) pstopts.eventList = args.eventList;
11) pstopts.sessionList = sessionlist;

12) 

13) disp(sprintf('batch processing  %g subjects.',nSubjects));

14) 
15) for s = 1:nSubjects
16)     subjectStruct{s}.dir = fullfile(args.basedir,cell2mat(subjects(s)));

17)     d = load(fullfile(subjectStruct{s}.dir,'results','SPM.mat'));
18)     subjectStruct{s}.des = d.SPM;

19)     subjectStruct{s}.name = cell2mat(subjects(s));
20)     subjectStruct{s}.roiFile = ui_selectRoiImage(...
21)         sprintf('Select ROI Files for %s',subjectStruct{s}.name),...
22)         fullfile(subjectStruct{s}.dir,'results','roi'));
23) end
24) 
25) 
26) 
27) for s = 1:nSubjects
28)     % load image data
29)    
30)     disp('fetching volume definitions, please wait');

31)     subjectStruct{s}.volumes = spm_vol(getImageFileList(subjectStruct{s}.dir,sessionlist,args.mask));

32) 
33)     disp('computing volume values, please wait');

34)     

35)     [extr x y z] = calculateRoiImageData(subjectStruct{s}.volumes,subjectStruct{s}.roiFile);

36)     
37)     nVoxel = size(extr(1).dat,1);
38) 

39)     % calculate psth

40)     pstopts.des = subjectStruct{s}.des;
41) 
42)     disp('computing psth');

43)     for iVoxel = 1:nVoxel

44)         [ x(iVoxel) y(iVoxel) z(iVoxel)]

45)         rawdata = [];
46)         for iImage = 1:length(extr);
47)             tmp = extr(iImage);
48)             rawdata = [rawdata tmp.dat(iVoxel)];
49)         end
50)         subjectStruct{s}.pst{iVoxel} = calculatePST(args.timeline,pstopts,rawdata);
51)     end

52)     disp('done');

53) end
54) 

55) % assignin('base',SVMCROSSVAL_SUBJECTSTRUCT_NAME,subjectStruct);

56)