SVMCrossVal.git

1) function runROIImageMaskMode(args)

2) 

3) subjects = args.subjects;

4)    

5) nSubjects = size(subjects);

6) sessionlist = args.sessionList;

7) 
8) 
9) for s = 1:nSubjects
10)     subjectStruct{s}.dir = fullfile(args.basedir,cell2mat(subjects(s)));

11)     d = load(fullfile(subjectStruct{s}.dir,'results','SPM.mat'));
12)     subjectStruct{s}.des = d.SPM;

13)     subjectStruct{s}.name = cell2mat(subjects(s));
14)     subjectStruct{s}.roiFile = ui_selectRoiImage(...
15)         sprintf('Select ROI Files for %s',subjectStruct{s}.name),...
16)         fullfile(subjectStruct{s}.dir,'results','roi'));
17) end
18) 
19) 
20) 
21) for s = 1:nSubjects
22)     % load image data
23)    
24)     disp('fetching volume definitions, please wait');

25)     subjectStruct{s}.volumes = spm_vol(getImageFileList(subjectStruct{s}.dir,sessionlist,args.mask));

26) 
27)     disp('computing volume values, please wait');

28)     

29)     extr = calculateRoiImageData(subjectStruct{s}.volumes,subjectStruct{s}.roiFile);
30)     
31)     nVoxel = size(extr(1).dat,1);
32) 

33)     % calculate psth

34)     pstopts.des = subjectStruct{s}.des;
35)     pstopts.eventList = args.eventList;
36)     pstopts.sessionList = sessionlist;
37) 
38)     disp('computing psth');

39)     for iVoxel = 1:nVoxel
40)         rawdata = [];
41)         for iImage = 1:length(extr);
42)             tmp = extr(iImage);
43)             rawdata = [rawdata tmp.dat(iVoxel)];
44)         end
45)         subjectStruct{s}.pst{iVoxel} = calculatePST(args.timeline,pstopts,rawdata);
46)     end

47)     disp('done');

48) end
49) 

50) assignin('base','subjectStruct',subjectStruct);
51)