SVMCrossVal.git

1) function ui_main(varargin)
2) 

3) DEFAULT.selectedSubject = 2;

4) 

5) DEFAULT.pststart        = -15;
6) DEFAULT.pstend          = 40;
7) DEFAULT.baselinestart   = -3;
8) DEFAULT.baselineend     = -1;
9) DEFAULT.frameshiftstart = -5;
10) DEFAULT.frameshiftend   = 35;
11) DEFAULT.frameshiftdur   = 0;
12) DEFAULT.classdefstring  = 'left,\t[9,11,13]\nright,\t[10,12,14]';
13) DEFAULT.voxelstring     = 'SPL l + [ 0, 0, 0] \nSPL r + [ 0, 0, 0]\n';

14) DEFAULT.svmoptstring    = '-s 0 -t 0 -c 1';
15) DEFAULT.svmnfold        = '6';

16) DEFAULT.searchlightradius = 3;
17) 

18) DEFAULT.wd  = fullfile('d:','Analyze','Choice','24pilot');
19) 

20) %  Initialize and hide the GUI as it is being constructed.
21)     frameWidth=450;
22)     frameHeight=600;
23)     
24)     frame = figure('Visible','off','Position',[0,0,frameWidth,frameHeight]);
25)     movegui(frame,'west'); % get this thing visible on smaller displays.
26)     set(frame,'Name','SVMCrossVal Decode Performance 4 SPM');
27)     set(frame,'NumberTitle','off');
28)     set(frame,'MenuBar','none');

29) %     set(frame,'Color',get(0,'defaultUicontrolBackgroundColor'));

30)     set(frame,'Resize','on');

31)     set(frame,'Units','normalized');

32)     set(frame,'Color','w');

33) 

34)     model = struct;
35)     model.baseDir = DEFAULT.wd;
36) 
37)     model.txtBaseDir = createLabel(frame,[0 0.97 1 0.03],model.baseDir);
38)     set(model.txtBaseDir,'BackgroundColor','w');
39)     
40)     pFirstStep   = uipanel(frame,'Title','Preprocessing','Position',[0 0.25 1 0.720]);

41)     set(pFirstStep,'BackgroundColor','w');
42)     set(pFirstStep,'Units','normalized');
43)     

44)     
45) 
46)     

47)     model.selectedSubject = DEFAULT.selectedSubject;
48)     model = createFirstStepPanel(model,pFirstStep,DEFAULT);
49)     

50)     
51)     %Classification Step

52)     secondStepBaseColor = 'w';

53)     pSecondStep = uipanel(frame,'Title','Classification','Position',[0 0 1 0.25]);

54)     set(pSecondStep,'BackgroundColor',secondStepBaseColor);
55) 
56)     

57)     model = createSecondStepPanel(model,pSecondStep,DEFAULT,secondStepBaseColor);

58) 

59)     savemenu = uimenu(frame,'Label','Save/Load');
60)     uimenu(savemenu,'Label','Save','Callback',{@mcb_save,model});
61)     uimenu(savemenu,'Label','Load','Callback',{@mcb_load,model});

62) 

63)     uimenu(frame,'Label','change Study','Callback',{@mcb_cd,model},'Enable','off');

64)     

65)     set(frame,'Visible','on');

66) 
67)     % fill with data
68)     model = scanDirs(model);
69)     assignin('base','model',model);

70) end

71) 

72) function model = mcb_cd(src,evnt,model)
73) disp('CD');
74) directory_name = uigetdir(model.baseDir,'Select Study Base Directory ...');
75) model.baseDir = directory_name;
76) model = scanDirs(model);
77) end
78) 

79) function mcb_save(src,evnt,model)
80) disp('SAVE');
81) baseDir  = model.baseDir;
82) timeLine = getTimeLineParams(model);

83) classDefString = getClassDefString(model);
84) coordDefString = getCoordDefString(model);

85) 
86) [file path] = uiputfile('*.mat','Save current Params ...',model.baseDir);

87) save( fullfile(path,file),'baseDir','timeLine','classDefString','coordDefString') ;

88) end
89) 

90) function model = mcb_load(src,evnt,model)
91) disp('LOAD');

92) [file path] = uigetfile('*.mat','Load Params ...',model.baseDir);

93) l = load(fullfile(path,file));

94) assignin('base','l',l);

95) model = setTimeLineParams(model,l.timeLine);

96) model = setClassDefString(model,l.classDefString);
97) model = setCoordDefString(model,l.coordDefString);

98) model.baseDir = l.baseDir;

99) model = scanDirs(model);

100) 

101) end
102) 

103) function model = createSecondStepPanel(model,parent,DEFAULT,basecolor)

104)     
105) pSVM = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0 0.0 0.5 1]);

106)     set(pSVM,'Title','SVM Classification');
107)     set(pSVM,'BackgroundColor',basecolor);
108) 

109)     model.txtSVMopts = createTextField(pSVM,[0 0.75 1 0.25],DEFAULT.svmoptstring);

110)     set(model.txtSVMopts,'HorizontalAlignment','left');

111)     
112)     model.txtSVMnfold = createTextField(pSVM,[0.0 0.50 0.5 0.25],DEFAULT.svmnfold);
113)     createLabel(pSVM,[0.5 0.50 0.5 0.25 ],'-Fold CrossVal');
114) 

115) 
116)     

117) pSOM = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0.5 0.0 0.5 1]);
118)     set(pSOM,'Title','SOM Classification');

119)     set(pSOM,'BackgroundColor',basecolor);

120) 
121)     model.txtSOMopts = createTextField(pSOM,[0 0.75 1 0.25],'4x3 rect');
122)     set(model.txtSOMopts,'HorizontalAlignment','left');
123)         set(model.txtSOMopts,'Enable','off');
124) 
125)     model.txtSOMnfold = createTextField(pSOM,[0.0 0.50 0.5 0.25],DEFAULT.svmnfold);
126)         set(model.txtSOMnfold,'Enable','off');
127)     createLabel(pSOM,[0.5 0.50 0.5 0.25 ],'-Fold CrossVal');
128) 
129)     btnRunSVM = uicontrol(pSVM,'String','run SVM Crossvalidation',...
130)         'Units','normalized',...
131)         'Position',[0 0.25 1 0.25]);

132)     set(btnRunSVM,'Callback',{@cbRunSVM,model}); % set here, because of model.

133)     set(btnRunSVM,'Enable','off');

134)     
135)     btnRunXSVM = uicontrol(pSVM,'String','run SVM X-Subject validation',...
136)         'Units','normalized',...
137)         'Position',[0 0.0 1 0.25]);

138)     set(btnRunXSVM,'Callback',{@cbRunXSVM,model}); % set here, because of model.

139)     set(btnRunXSVM,'Enable','off');
140)     
141)     btnRunSOM = uicontrol(pSOM,'String','run SOM Crossvalidation',...
142)         'Units','normalized',...
143)     'Position',[0.0 0.25 1 0.25]);

144)     set(btnRunSOM,'Callback',{@cbRunSOM,model}); % set here, because of model.

145)     set(btnRunSOM,'Enable','off');
146) 
147)     btnRunXSOM = uicontrol(pSOM,'String','run SOM X-Subject validation',...
148)         'Units','normalized',...
149)         'Position',[0.0 0.0 1 0.25]);

150)     set(btnRunXSOM,'Callback',{@cbRunXSOM,model}); % set here, because of model.

151)     set(btnRunXSOM,'Enable','off');

152) end
153) 

154) function model = createFirstStepPanel(model,parent,DEFAULT)

155) 

156)     main_grid = cell(2,4);
157)     main_grid{1,1} = [0 0.7 0.4 0.3];
158)     main_grid{1,2} = [0 0.5 0.5 0.2];
159)     main_grid{1,3} = [0 0.1 0.5 0.4];
160)     main_grid{1,4} = [0 0.0 1.0 0.1];

161)     

162)     main_grid{2,1} = [0.4 0.7 0.6 0.3];
163)     main_grid{2,2} = [0.5 0.5 0.5 0.2];
164)     main_grid{2,3} = [0.5 0.1 0.5 0.4];

165)     
166)     %Subjects

167)     pSubject = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',cell2mat(main_grid(1,1)));
168)     set(pSubject,'Title','Subjects');
169)     set(pSubject,'BackgroundColor','w');
170)     
171)     subjectList = {'DUMMY Subj1','DUMMY Subj2','DUMMY Subj3','DUMMY Subj4'};
172)     model.subjectSelector = uicontrol(pSubject,'Style','listbox',...

173)                     'Min',1, 'Max',3,...
174)                     'String',subjectList,...
175)                     'UserData',subjectList,...
176)                     'Units','normalized',...

177)                     'Position',[0 0 1 1]);

178)     set(model.subjectSelector,'BackgroundColor','w');

179)     
180)     %Classes

181)     pClasses = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',cell2mat(main_grid(1,2)));

182)     set(pClasses,'Title','Class Definitions');
183)     set(pClasses,'BackgroundColor','w');
184)         lClassDef = uicontrol(pClasses,...
185)             'Style','text',...
186)             'String',sprintf('<Label>,\t <[Event, Event, ..]>;'),...
187)             'Units','normalized',...
188)             'Position',[0 0.8 1 0.2]);
189)         set(lClassDef,'BackgroundColor','w');
190)         set(lClassDef,'HorizontalAlignment','left');
191)         
192)         model.txtClassDef = uicontrol(pClasses,'Style','edit',...
193)             'String',sprintf(DEFAULT.classdefstring),...
194)             'Units','normalized',...
195)             'Position',[0 0 1 0.8]);
196)         set(model.txtClassDef,'HorizontalAlignment','left');
197)         set(model.txtClassDef,'Max',20);
198)         set(model.txtClassDef,'Min',0);
199)         set(model.txtClassDef, 'FontName', 'FixedWidth');

200)         set(model.txtClassDef, 'BackgroundColor', 'w');

201) 
202) 
203)     %Timeline

204)     pPSTH        = uipanel(parent,'Title','PSTH Options','Position',cell2mat(main_grid(2,1)));

205)     set(pPSTH,'BackgroundColor','w');
206)         
207)         grid_h = 0.16;
208)         grid_w = 0.3;
209)         

210)         tl_grid = cell([3 6]);
211)         tl_grid{2,1} = [0.0 0.83 grid_w grid_h];
212)         tl_grid{2,1} = [0.4 0.83 grid_w grid_h];
213)         tl_grid{3,1} = [0.7 0.83 grid_w grid_h];

214)         

215)         tl_grid{1,2} = [0.0 0.66 grid_w grid_h];
216)         tl_grid{2,2} = [0.4 0.66 grid_w grid_h];
217)         tl_grid{3,2} = [0.7 0.66 grid_w grid_h];

218) 

219)         tl_grid{1,3} = [0.0 0.5 grid_w grid_h];
220)         tl_grid{2,3} = [0.4 0.5 grid_w grid_h];
221)         tl_grid{3,3} = [0.7 0.5 grid_w grid_h];

222)         

223)         tl_grid{1,4} = [0.0 0.33 grid_w grid_h];
224)         tl_grid{2,4} = [0.4 0.33 grid_w grid_h];
225)         tl_grid{3,4} = [0.7 0.33 grid_w grid_h];

226) 

227)         tl_grid{1,5} = [0.0 0.16 0.5 grid_h];
228)         tl_grid{2,5} = [0.5 0.16 grid_w grid_h];
229)         tl_grid{3,5} = [0.75 0.16 grid_w grid_h];

230)         

231)         tl_grid{1,6} = [0.0 0.0 0.5 grid_h];
232)         tl_grid{2,6} = [0.5 0.0 grid_w grid_h];
233)         tl_grid{3,6} = [0.75 0.0 grid_w grid_h];
234) 
235)         lStart      = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(2,1)) ,'Start [sec]');
236)         lEnd        = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(3,1)) ,'End [sec]');
237)         lPSTH       = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,2)),'PSTH Range');
238)         lBaseline   = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,3)),'Baseline');
239)         lFrameShift = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,4)),'Frame Shift');
240)         lFramsSize  = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,5)),'Frame Size');
241)         lSearchligh = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,6)),'Searchlight Radius');
242) 
243) 
244)         model.txtPSTHStart         = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,2)),DEFAULT.pststart);
245)         model.txtPSTHEnd           = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,2)),DEFAULT.pstend);
246)         model.txtBaselineStart     = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,3)),DEFAULT.baselinestart);
247)         model.txtBaselineEnd       = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,3)),DEFAULT.baselineend);
248)         model.txtFrameShiftStart   = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,4)),DEFAULT.frameshiftstart);
249)         model.txtFrameShiftEnd     = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,4)),DEFAULT.frameshiftend);
250)         model.txtFrameShiftDur     = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,5)),DEFAULT.frameshiftdur);
251)         model.txtSearchlightRadius = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,6)),DEFAULT.searchlightradius);

252)         
253)         % images

254)         pImage = uipanel(parent,'Title','Image Options','Position',cell2mat(main_grid(2,2)));

255)         set(pImage,'BackgroundColor','w');
256) 
257)         createLabel(pImage,[0.0 0.5 1 0.5],'Select Image Base');
258)         

259)         imageRegExList = {'DUMMY f*.IMG','DUMMY swrf*.IMG','DUMMY wrf*.IMG'};

260)         model.imageTypeSelection = uicontrol(pImage,'Style','popupmenu',...
261)         'Units','normalized',...
262)         'Position',[0.0 0.0 1 0.5],...
263)         'String',imageRegExList,...
264)         'UserData',imageRegExList,...

265)         'Value',3);

266)         set(model.imageTypeSelection,'BackgroundColor','w');
267)         
268)         
269)         % coordinate Table

270)         pVoxel = uipanel(parent,'Title','ROI','Position',cell2mat(main_grid(1,3)));

271)         set(pVoxel,'BackgroundColor','w');
272)         lVoxelDef = createLabel(pVoxel, [0 0.9 1 0.1],'<ROI Name>+[offset];');
273)         model.txtVoxelDef = createTextField(pVoxel,[0 0 1 0.9],...
274)             sprintf(DEFAULT.voxelstring));
275)         set(model.txtVoxelDef,'HorizontalAlignment','left');
276)         set(model.txtVoxelDef,'Max',20);
277)         set(model.txtVoxelDef,'Min',0);
278)         set(model.txtVoxelDef, 'FontName', 'FixedWidth');
279)         

280)         %normalizations
281)         pNorm = uipanel(parent,'Title','Normalization','Position',cell2mat(main_grid(2,3)));
282)         set(pNorm,'BackgroundColor','w');
283)         

284)         createLabel(pNorm,[0 0.75 1 0.25],'psth norm4SVM');
285)         norm1Model = {'none','mean','minmax'};

286)         model.selNormPST = uicontrol(pNorm,'Style','popupmenu',...
287)             'Units','normalized',...
288)             'Position',[0.0 0.5 1 0.25],...
289)             'String',norm1Model,...
290)             'UserData',norm1Model,...

291)             'Value',2);

292)          set(model.selNormPST,'BackgroundColor','w');   
293)         

294)         createLabel(pNorm,[0 0.25 1 0.25],'Col Bias removal');
295)         norm2Model = {'on','off'};

296)         model.selNormClass = uicontrol(pNorm,'Style','popupmenu',...
297)             'Units','normalized',...
298)             'Position',[0.0 0.0 1 0.25],...
299)             'String',norm2Model,...
300)             'UserData',norm2Model,...
301)             'Value',1);
302)          set(model.selNormClass,'BackgroundColor','w');   
303)         
304)         %buttons
305)         pButtons = uipanel(parent,'Position',cell2mat(main_grid(1,4)));
306)         set(pButtons,'BackgroundColor','w');

307)         

308)         btnRunButton1 = uicontrol(pButtons,'String','run coord-Table',...
309)             'Units','normalized','Position',[0 0 0.33 1]);

310)         set(btnRunButton1,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'COORD'}); % set here, because of model.    
311)         set(btnRunButton1,'Enable','on');

312)         

313)         btnRunButton2 = uicontrol(pButtons,'String','run full Brain Searchlight',...
314)             'Units','normalized','Position',[0.33 0 0.33 1]);

315)         set(btnRunButton2,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'FBS'}); % set here, because of model.  

316)         set(btnRunButton2,'Enable','off');

317)         

318)         btnRunButton3 = uicontrol(pButtons,'String','run ROI-Image processing',...
319)             'Units','normalized','Position',[0.66 0 0.33 1]);

320)         set(btnRunButton3,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'ROI'}); % set here, because of model.    
321)         set(btnRunButton3,'Enable','on');
322)         
323)         assignin('base','model',model);
324) end
325) 
326) function cbRunPreprocessing(src,evnt,model,task)

327) main(model,task)

328) end
329) 

330) function label = createLabel(parent,  pos, labelText)
331)     label = uicontrol(parent,'Style','text','Units','normalized','String',labelText,'Position',pos);
332)     set(label,'HorizontalAlignment','left');
333)     set(label,'BackgroundColor','w');
334) end
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