SVMCrossVal.git

private/main.m   1) function main(model,task,subtask)

private/main.m   2) disp('RUN');

private/main.m   3) switch task 
private/main.m   4)     case 'pre'
private/main.m   5)         preprocess(model,subtask);
private/main.m   6)     case 'decode'
private/main.m   7)         decode(model,subtask);
private/main.m   8) end
private/main.m   9) end

private/main.m  10) % disp('all warnings OFF')
private/main.m  11) % warn = warning('off','all');
private/main.m  12) 

private/main.m  13) 
private/main.m  14) function preprocess(model,task)
private/main.m  15) % parse the GUI and pass parameters as structure
private/main.m  16) 

private/main.m  17) timeLine = getTimeLineParams(model);
private/main.m  18) subjects = getSubjectCellList(model);
private/main.m  19) classDef = parseClassDef(model);

private/main.m  20) 
private/main.m  21) mask     = ['^' cell2mat(getImageFileMask(model)) '.*\.img$'];

private/main.m  22) % images
private/main.m  23) % normalization
private/main.m  24) 
private/main.m  25) switch task
private/main.m  26)     case 'COORD'
private/main.m  27)         disp('COORD');

private/main.m  28)        
private/main.m  29)         out = struct;
private/main.m  30)         out.header = struct;
private/main.m  31)         out.header.type = 'COORD';
private/main.m  32)         out.header.timeline = timeLine;
private/main.m  33)         out.header.classDef = classDef;
private/main.m  34)         

private/main.m  35)         coordargs = struct;

private/main.m  36)         coordargs.subjects      = subjects;
private/main.m  37)         coordargs.timeline      = timeLine;
private/main.m  38)         coordargs.basedir       = model.baseDir;
private/main.m  39)         coordargs.sessionList   = 1:3;
private/main.m  40)         coordargs.eventList     = classDef.eventMatrix;
private/main.m  41)         coordargs.coords        = parseCoordinateTextField(model);
private/main.m  42)         coordargs.mask          = mask;
private/main.m  43)         
private/main.m  44)         out.subjectdata = runCoordTable(coordargs);

private/main.m  45)         

private/main.m  46)         assignin('base','preprocessedData',out);

private/main.m  47)         

private/main.m  48)     case 'ROI'
private/main.m  49)         disp('ROI');

private/main.m  50)         out = struct;
private/main.m  51)         out.header = struct;
private/main.m  52)         out.header.type = 'ROI';
private/main.m  53)         out.header.timeline = timeLine;
private/main.m  54)         out.header.classDef = classDef;
private/main.m  55)         

private/main.m  56)         roiargs = struct;

private/main.m  57)         roiargs.subjects        = subjects;
private/main.m  58)         roiargs.timeline        = timeLine;
private/main.m  59)         roiargs.classes         = classDef;
private/main.m  60)         roiargs.mask            = mask;
private/main.m  61)         roiargs.basedir         = model.baseDir;
private/main.m  62)         roiargs.sessionList     = 1:3;
private/main.m  63)         roiargs.eventList       = classDef.eventMatrix;

private/main.m  64)         

private/main.m  65)         out.subjectdata = runROIImageMaskMode(roiargs);
private/main.m  66)         
private/main.m  67)         assignin('base','preprocessedData',out);

private/main.m  68)         

private/main.m  69)     case 'FBS'

private/main.m  70)         disp('not implemented')
private/main.m  71) end
private/main.m  72) end
private/main.m  73) 
private/main.m  74) function decode(model,task)

private/main.m  75) preprocessedData = evalin('base','preprocessedData');

private/main.m  76) switch task

private/main.m  77)     case 'SVM'

private/main.m  78)         disp('SVM');
private/main.m  79)         svmopts    = getSvmArgs(model,1);

private/main.m  80)         decode = calculateMultiSubjectDecodePerformance(preprocessedData.header,preprocessedData.subjectdata,svmopts);

private/main.m  81)         assignin('base','decode',decode);

private/main.m  82)     case 'XSVM'

private/main.m  83)         disp('not implemented')

private/main.m  84)         svmopts  = getSvmArgs(model,0);
private/main.m  85)         decode = xsvm_subject_loop(preprocessedData.header,preprocessedData.subjectdata,svmopts);
private/main.m  86)         assignin('base','decode',decode);

private/main.m  87)     case 'SOM'

private/main.m  88)         disp('not implemented')

private/main.m  89) 
private/main.m  90)     case 'X-SOM'

private/main.m  91)         disp('not implemented')

private/main.m  92)         

private/main.m  93) end
private/main.m  94) 

private/main.m  95) % disp('warings restored');
private/main.m  96) % warning('on',warn);

main.m          97) end

main.m          98) 
main.m          99) 
main.m         100)