SVMCrossVal.git

1) function ui_main(varargin)
2) 

3) DEFAULT.selectedSubject = 2;

4) 

5) DEFAULT.pststart        = -15;
6) DEFAULT.pstend          = 40;
7) DEFAULT.baselinestart   = -3;
8) DEFAULT.baselineend     = -1;
9) DEFAULT.frameshiftstart = -5;
10) DEFAULT.frameshiftend   = 35;
11) DEFAULT.frameshiftdur   = 0;
12) DEFAULT.classdefstring  = 'left,\t[9,11,13]\nright,\t[10,12,14]';
13) DEFAULT.voxelstring     = 'SPL l + [ 0, 0, 0] \nSPL r + [ 0, 0, 0]\n';

14) DEFAULT.svmoptstring    = '-s 0 -t 0 -c 1';
15) DEFAULT.svmnfold        = '6';

16) DEFAULT.searchlightradius = 3;
17) 

18) DEFAULT.wd  = fullfile('d:','Analyze','Choice','24pilot');
19) 

20) %  Initialize and hide the GUI as it is being constructed.
21)     frameWidth=450;
22)     frameHeight=600;
23)     
24)     frame = figure('Visible','off','Position',[0,0,frameWidth,frameHeight]);
25)     movegui(frame,'west'); % get this thing visible on smaller displays.
26)     set(frame,'Name','SVMCrossVal Decode Performance 4 SPM');
27)     set(frame,'NumberTitle','off');
28)     set(frame,'MenuBar','none');

29) %     set(frame,'Color',get(0,'defaultUicontrolBackgroundColor'));

30)     set(frame,'Resize','on');

31)     set(frame,'Units','normalized');

32)     set(frame,'Color','y');

33) 

34)     model = struct;
35)     model.baseDir = DEFAULT.wd;
36) 
37)     model.txtBaseDir = createLabel(frame,[0 0.97 1 0.03],model.baseDir);
38)     set(model.txtBaseDir,'BackgroundColor','w');

39)     set(model.txtBaseDir,'ForegroundColor','b');

40)     

41)     pFirstStep   = uipanel(frame,'Title','Preprocessing','Position',[0 0.36 1 0.610]);

42)     set(pFirstStep,'BackgroundColor','w');
43)     set(pFirstStep,'Units','normalized');
44)     

45)     model.selectedSubject = DEFAULT.selectedSubject;
46)     model = createFirstStepPanel(model,pFirstStep,DEFAULT);
47)     

48)     %Classification Step

49)     secondStepBaseColor = 'w';

50)     pSecondStep = uipanel(frame,'Title','Classification','Position',[0 0.1 1 0.25]);

51)     set(pSecondStep,'BackgroundColor',secondStepBaseColor);
52) 
53)     

54)     model = createSecondStepPanel(model,pSecondStep,DEFAULT,secondStepBaseColor);

55) 

56)     savemenu = uimenu(frame,'Label','Save/Load');

57)     uimenu(savemenu,'Label','Save Preprocessing Parameter','Callback',{@mcb_save,model});
58)     uimenu(savemenu,'Label','Load Preprocessing Parameter','Callback',{@mcb_load,model});

59) 

60)     uimenu(frame,'Label','change Study','Callback',{@mcb_cd,model},'Enable','off');

61)     

62)     set(frame,'Visible','on');

63) 
64)     % fill with data
65)     model = scanDirs(model);
66)     assignin('base','model',model);

67) end

68) 

69) function model = mcb_cd(src,evnt,model)
70) disp('CD');
71) directory_name = uigetdir(model.baseDir,'Select Study Base Directory ...');
72) model.baseDir = directory_name;
73) model = scanDirs(model);
74) end
75) 

76) function mcb_save(src,evnt,model)
77) disp('SAVE');
78) baseDir  = model.baseDir;
79) timeLine = getTimeLineParams(model);

80) classDefString = getClassDefString(model);
81) coordDefString = getCoordDefString(model);

82) 
83) [file path] = uiputfile('*.mat','Save current Params ...',model.baseDir);

84) save( fullfile(path,file),'baseDir','timeLine','classDefString','coordDefString') ;

85) end
86) 

87) function model = mcb_load(src,evnt,model)
88) disp('LOAD');

89) [file path] = uigetfile('*.mat','Load Params ...',model.baseDir);

90) l = load(fullfile(path,file));

91) % assignin('base','l',l);

92) model = setTimeLineParams(model,l.timeLine);

93) model = setClassDefString(model,l.classDefString);
94) model = setCoordDefString(model,l.coordDefString);

95) model.baseDir = l.baseDir;

96) model = scanDirs(model);

97) 

98) end
99) 

100) function model = createSecondStepPanel(model,parent,DEFAULT,basecolor)

101)     
102) pSVM = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0 0.0 0.5 1]);

103)     set(pSVM,'Title','SVM Classification');
104)     set(pSVM,'BackgroundColor',basecolor);
105) 

106)     model.txtSVMopts = createTextField(pSVM,[0 0.75 1 0.25],DEFAULT.svmoptstring);

107)     set(model.txtSVMopts,'HorizontalAlignment','left');

108)     
109)     model.txtSVMnfold = createTextField(pSVM,[0.0 0.50 0.5 0.25],DEFAULT.svmnfold);
110)     createLabel(pSVM,[0.5 0.50 0.5 0.25 ],'-Fold CrossVal');

111)     

112) pSOM = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0.5 0.0 0.5 1]);
113)     set(pSOM,'Title','SOM Classification');

114)     set(pSOM,'BackgroundColor',basecolor);

115) 
116)     model.txtSOMopts = createTextField(pSOM,[0 0.75 1 0.25],'4x3 rect');
117)     set(model.txtSOMopts,'HorizontalAlignment','left');
118)         set(model.txtSOMopts,'Enable','off');
119) 
120)     model.txtSOMnfold = createTextField(pSOM,[0.0 0.50 0.5 0.25],DEFAULT.svmnfold);
121)         set(model.txtSOMnfold,'Enable','off');
122)     createLabel(pSOM,[0.5 0.50 0.5 0.25 ],'-Fold CrossVal');
123) 

124) % buttons

125)     btnRunSVM = uicontrol(pSVM,'String','run SVM Crossvalidation',...
126)         'Units','normalized',...
127)         'Position',[0 0.25 1 0.25]);

128)     set(btnRunSVM,'Callback',{@cbRunDecode,model,'SVM'}); % set here, because of model.
129)     set(btnRunSVM,'Enable','on');

130)     
131)     btnRunXSVM = uicontrol(pSVM,'String','run SVM X-Subject validation',...
132)         'Units','normalized',...
133)         'Position',[0 0.0 1 0.25]);

134)     set(btnRunXSVM,'Callback',{@cbRunDecode,model,'XSVM'}); % set here, because of model.

135)     set(btnRunXSVM,'Enable','on');

136)     
137)     btnRunSOM = uicontrol(pSOM,'String','run SOM Crossvalidation',...
138)         'Units','normalized',...
139)     'Position',[0.0 0.25 1 0.25]);

140)     set(btnRunSOM,'Callback',{@cbRunDecode,model,'SOM'}); % set here, because of model.

141)     set(btnRunSOM,'Enable','off');
142) 
143)     btnRunXSOM = uicontrol(pSOM,'String','run SOM X-Subject validation',...
144)         'Units','normalized',...
145)         'Position',[0.0 0.0 1 0.25]);

146)     set(btnRunXSOM,'Callback',{@cbRunDecode,model,'XSOM'}); % set here, because of model.

147)     set(btnRunXSOM,'Enable','off');

148) end
149) 

150) function model = createFirstStepPanel(model,parent,DEFAULT)

151) 

152)     main_grid = cell(2,4);
153)     main_grid{1,1} = [0 0.7 0.4 0.3];
154)     main_grid{1,2} = [0 0.5 0.5 0.2];
155)     main_grid{1,3} = [0 0.1 0.5 0.4];
156)     main_grid{1,4} = [0 0.0 1.0 0.1];

157)     

158)     main_grid{2,1} = [0.4 0.7 0.6 0.3];
159)     main_grid{2,2} = [0.5 0.5 0.5 0.2];
160)     main_grid{2,3} = [0.5 0.1 0.5 0.4];

161)     
162)     %Subjects

163)     pSubject = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',cell2mat(main_grid(1,1)));
164)     set(pSubject,'Title','Subjects');
165)     set(pSubject,'BackgroundColor','w');
166)     
167)     subjectList = {'DUMMY Subj1','DUMMY Subj2','DUMMY Subj3','DUMMY Subj4'};
168)     model.subjectSelector = uicontrol(pSubject,'Style','listbox',...

169)                     'Min',1, 'Max',3,...
170)                     'String',subjectList,...
171)                     'UserData',subjectList,...
172)                     'Units','normalized',...

173)                     'Position',[0 0 1 1]);

174)     set(model.subjectSelector,'BackgroundColor','w');

175)     
176)     %Classes

177)     pClasses = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',cell2mat(main_grid(1,2)));

178)     set(pClasses,'Title','Class Definitions');
179)     set(pClasses,'BackgroundColor','w');
180)         lClassDef = uicontrol(pClasses,...
181)             'Style','text',...
182)             'String',sprintf('<Label>,\t <[Event, Event, ..]>;'),...
183)             'Units','normalized',...
184)             'Position',[0 0.8 1 0.2]);
185)         set(lClassDef,'BackgroundColor','w');
186)         set(lClassDef,'HorizontalAlignment','left');
187)         
188)         model.txtClassDef = uicontrol(pClasses,'Style','edit',...
189)             'String',sprintf(DEFAULT.classdefstring),...
190)             'Units','normalized',...
191)             'Position',[0 0 1 0.8]);
192)         set(model.txtClassDef,'HorizontalAlignment','left');
193)         set(model.txtClassDef,'Max',20);
194)         set(model.txtClassDef,'Min',0);
195)         set(model.txtClassDef, 'FontName', 'FixedWidth');

196)         set(model.txtClassDef, 'BackgroundColor', 'w');

197) 
198) 
199)     %Timeline

200)     pPSTH        = uipanel(parent,'Title','PSTH Options','Position',cell2mat(main_grid(2,1)));

201)     set(pPSTH,'BackgroundColor','w');
202)         
203)         grid_h = 0.16;
204)         grid_w = 0.3;
205)         

206)         tl_grid = cell([3 6]);
207)         tl_grid{2,1} = [0.0 0.83 grid_w grid_h];
208)         tl_grid{2,1} = [0.4 0.83 grid_w grid_h];
209)         tl_grid{3,1} = [0.7 0.83 grid_w grid_h];

210)         

211)         tl_grid{1,2} = [0.0 0.66 grid_w grid_h];
212)         tl_grid{2,2} = [0.4 0.66 grid_w grid_h];
213)         tl_grid{3,2} = [0.7 0.66 grid_w grid_h];

214) 

215)         tl_grid{1,3} = [0.0 0.5 grid_w grid_h];
216)         tl_grid{2,3} = [0.4 0.5 grid_w grid_h];
217)         tl_grid{3,3} = [0.7 0.5 grid_w grid_h];

218)         

219)         tl_grid{1,4} = [0.0 0.33 grid_w grid_h];
220)         tl_grid{2,4} = [0.4 0.33 grid_w grid_h];
221)         tl_grid{3,4} = [0.7 0.33 grid_w grid_h];

222) 

223)         tl_grid{1,5} = [0.0 0.16 0.5 grid_h];
224)         tl_grid{2,5} = [0.5 0.16 grid_w grid_h];
225)         tl_grid{3,5} = [0.75 0.16 grid_w grid_h];

226)         

227)         tl_grid{1,6} = [0.0 0.0 0.5 grid_h];
228)         tl_grid{2,6} = [0.5 0.0 grid_w grid_h];
229)         tl_grid{3,6} = [0.75 0.0 grid_w grid_h];
230) 
231)         lStart      = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(2,1)) ,'Start [sec]');
232)         lEnd        = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(3,1)) ,'End [sec]');
233)         lPSTH       = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,2)),'PSTH Range');
234)         lBaseline   = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,3)),'Baseline');
235)         lFrameShift = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,4)),'Frame Shift');
236)         lFramsSize  = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,5)),'Frame Size');
237)         lSearchligh = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,6)),'Searchlight Radius');
238) 
239) 
240)         model.txtPSTHStart         = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,2)),DEFAULT.pststart);
241)         model.txtPSTHEnd           = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,2)),DEFAULT.pstend);
242)         model.txtBaselineStart     = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,3)),DEFAULT.baselinestart);
243)         model.txtBaselineEnd       = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,3)),DEFAULT.baselineend);
244)         model.txtFrameShiftStart   = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,4)),DEFAULT.frameshiftstart);
245)         model.txtFrameShiftEnd     = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,4)),DEFAULT.frameshiftend);
246)         model.txtFrameShiftDur     = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,5)),DEFAULT.frameshiftdur);
247)         model.txtSearchlightRadius = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,6)),DEFAULT.searchlightradius);

248)         
249)         % images

250)         pImage = uipanel(parent,'Title','Image Options','Position',cell2mat(main_grid(2,2)));

251)         set(pImage,'BackgroundColor','w');
252) 
253)         createLabel(pImage,[0.0 0.5 1 0.5],'Select Image Base');
254)         

255)         imageRegExList = {'DUMMY f*.IMG','DUMMY swrf*.IMG','DUMMY wrf*.IMG'};

256)         model.imageTypeSelection = uicontrol(pImage,'Style','popupmenu',...
257)         'Units','normalized',...
258)         'Position',[0.0 0.0 1 0.5],...
259)         'String',imageRegExList,...
260)         'UserData',imageRegExList,...

261)         'Value',3);

262)         set(model.imageTypeSelection,'BackgroundColor','w');
263)         
264)         
265)         % coordinate Table

266)         pVoxel = uipanel(parent,'Title','ROI','Position',cell2mat(main_grid(1,3)));

267)         set(pVoxel,'BackgroundColor','w');
268)         lVoxelDef = createLabel(pVoxel, [0 0.9 1 0.1],'<ROI Name>+[offset];');
269)         model.txtVoxelDef = createTextField(pVoxel,[0 0 1 0.9],...
270)             sprintf(DEFAULT.voxelstring));
271)         set(model.txtVoxelDef,'HorizontalAlignment','left');
272)         set(model.txtVoxelDef,'Max',20);
273)         set(model.txtVoxelDef,'Min',0);
274)         set(model.txtVoxelDef, 'FontName', 'FixedWidth');
275)         

276)         %normalizations
277)         pNorm = uipanel(parent,'Title','Normalization','Position',cell2mat(main_grid(2,3)));
278)         set(pNorm,'BackgroundColor','w');
279)         

280)         createLabel(pNorm,[0 0.75 1 0.25],'psth norm4SVM');
281)         norm1Model = {'none','mean','minmax'};

282)         model.selNormPST = uicontrol(pNorm,'Style','popupmenu',...
283)             'Units','normalized',...
284)             'Position',[0.0 0.5 1 0.25],...
285)             'String',norm1Model,...
286)             'UserData',norm1Model,...

287)             'Value',2);

288)          set(model.selNormPST,'BackgroundColor','w');   
289)         

290)         createLabel(pNorm,[0 0.25 1 0.25],'Col Bias removal');
291)         norm2Model = {'on','off'};

292)         model.selNormClass = uicontrol(pNorm,'Style','popupmenu',...
293)             'Units','normalized',...
294)             'Position',[0.0 0.0 1 0.25],...
295)             'String',norm2Model,...
296)             'UserData',norm2Model,...
297)             'Value',1);
298)          set(model.selNormClass,'BackgroundColor','w');   
299)         
300)         %buttons
301)         pButtons = uipanel(parent,'Position',cell2mat(main_grid(1,4)));
302)         set(pButtons,'BackgroundColor','w');

303)         

304)         btnRunButton1 = uicontrol(pButtons,'String','run coord-Table',...
305)             'Units','normalized','Position',[0 0 0.33 1]);

306)         set(btnRunButton1,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'COORD'}); % set here, because of model.    
307)         set(btnRunButton1,'Enable','on');

308)         

309)         btnRunButton2 = uicontrol(pButtons,'String','run full Brain Searchlight',...
310)             'Units','normalized','Position',[0.33 0 0.33 1]);

311)         set(btnRunButton2,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'FBS'}); % set here, because of model.  

312)         set(btnRunButton2,'Enable','off');

313)         

314)         btnRunButton3 = uicontrol(pButtons,'String','run ROI-Image processing',...
315)             'Units','normalized','Position',[0.66 0 0.33 1]);

316)         set(btnRunButton3,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'ROI'}); % set here, because of model.    
317)         set(btnRunButton3,'Enable','on');
318) end
319) 
320) function cbRunPreprocessing(src,evnt,model,task)

321) main(model,'pre',task);
322) end
323) 
324) function cbRunDecode(src,evnt,model,task)
325) main(model,'decode',task);

326) end
327) 

328) function label = createLabel(parent,  pos, labelText)
329)     label = uicontrol(parent,'Style','text','Units','normalized','String',labelText,'Position',pos);
330)     set(label,'HorizontalAlignment','left');
331)     set(label,'BackgroundColor','w');
332) end
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