SVMCrossVal.git

1) function ui_main(varargin)
2) 
3) %  Initialize and hide the GUI as it is being constructed.
4)     frameWidth=450;

5)     frameHeight=450;

6)     
7)     frame = figure('Visible','off','Position',[0,0,frameWidth,frameHeight]);
8)     movegui(frame,'west'); % get this thing visible on smaller displays.
9)     set(frame,'Name','SVMCrossVal Decode Performance 4 SPM');
10)     set(frame,'NumberTitle','off');
11)     set(frame,'MenuBar','none');

12)     set(frame,'Resize','on');

13)     set(frame,'Units','normalized');

14)     set(frame,'Color','y');

15) 

16)     task = struct;
17)     

18) %     studyID = getPreviousStudyID();

19)     

20) %     StudyArgs = load_study(studyID);

21) 

22)     model = struct;

23)     

24)     model.txtBaseDir = createLabel(frame,[0 0.97 0.8 0.03],'');
25)     set(model.txtBaseDir,'BackgroundColor','w');
26)     set(model.txtBaseDir,'ForegroundColor','b');
27)     
28)     model.txtStudyID = createLabel(frame,[0.8 0.97 0.2 0.03],'');
29)     set(model.txtStudyID,'BackgroundColor','w');
30)     set(model.txtStudyID,'ForegroundColor','r');    
31) 

32)     TASK_HEIGHT = 1-0.13;
33)     
34)     % PREPROCESSING
35)     task.preprocessing   = uipanel(frame,'Title','Preprocessing','Position',[0 0.0 1 TASK_HEIGHT]);
36)     set(task.preprocessing,'BackgroundColor','w');
37)     set(task.preprocessing,'Units','normalized');

38)     

39)     model = createFirstStepPanel(model,task.preprocessing);

40)     

41)     % fill with data

42) %     model = scanDirs(model);

43)     

44)     % CLASSIFICATION
45)     task.classification = uipanel(frame,'Title','Classification','Position',[0 0.0 1 TASK_HEIGHT]);
46)     set(task.classification,'BackgroundColor','w');

47)     model = createSecondStepPanel(model,task.classification);

48)     

49)     % PLOT
50)     task.plot = uipanel(frame,'Title','Plot','Position',[0 0.0 1 TASK_HEIGHT]);
51)     set(task.plot,'BackgroundColor','w');

52)     model = createVisualStepPanel(model,task.plot);

53)     

54)     % TASK

55)     task.taskSwitch = uibuttongroup(frame,'Position',[0 1-0.13 1 0.10]);
56)     % controlls togglebuttons

57)         set(task.taskSwitch,'BackgroundColor','w');
58)         set(task.taskSwitch,'Units','normalized');
59)     

60)         btnSwitchPreprocessing = uicontrol(task.taskSwitch,'Style','pushbutton',...
61)             'String','ImageProcessing',...

62)             'Units','normalized','Position',[0.0 0.0 0.33 1]);

63)         set(btnSwitchPreprocessing,'Callback',{@cbSwitchTask,'PRE',task}); 

64)         set(btnSwitchPreprocessing,'Enable','on');
65) 

66)         btnSwitchClassify = uicontrol(task.taskSwitch,'Style','pushbutton',...
67)             'String','Decode',...

68)             'Units','normalized','Position',[0.33 0.0 0.33 1]);

69)         set(btnSwitchClassify,'Callback',{@cbSwitchTask,'CLASSIFY',task}); 

70)         set(btnSwitchClassify,'Enable','on');
71) 

72)         btnSwitchPlot = uicontrol(task.taskSwitch,'Style','pushbutton',...
73)             'String','Plot',...

74)             'Units','normalized','Position',[0.66 0.0 0.33 1]);

75)         set(btnSwitchPlot,'Callback',{@cbSwitchTask,'PLOT',task}); 

76)         set(btnSwitchPlot,'Enable','on');
77) 

78) 
79)     % menus
80) 
81)     savemenu = uimenu(frame,'Label','Save ...','Enable','on');
82)         uimenu(savemenu,'Label','Save All','Callback',{@mcb_save,model},'Enable','on');

83)         

84)     studySelectMenu = uimenu(frame,'Label','Study ...','Enable','on');
85)         uimenu(studySelectMenu,'Label','*new Study*','Callback',{@mcb_new_study,studySelectMenu,model});
86)         fillStudyMenu(studySelectMenu,model);
87)         
88)     updateMenu = uimenu(frame,'Label','update ...','Enable','off');
89)         uimenu(updateMenu,'Label','scan dirs','Callback',{@ssss,studySelectMenu});
90)         
91) %     newStudyMenu = uimenu(frame,'Label','new Study','Enable','on');

92) 

93)     load_study([getPreviousStudyID '.mat'],model);
94)     cbSwitchTask(0,0,'PRE',task);

95)     set(frame,'Visible','on');
96) 

97) end

98) 

99) %%%%% ui elements
100) function model = createFirstStepPanel(model,parent)

101) 

102)     main_grid = cell(2,4);
103)     main_grid{1,1} = [0 0.7 0.4 0.3];
104)     main_grid{1,2} = [0 0.5 0.5 0.2];
105)     main_grid{1,3} = [0 0.1 0.5 0.4];
106)     main_grid{1,4} = [0 0.0 1.0 0.1];

107)     

108)     main_grid{2,1} = [0.4 0.7 0.6 0.3];
109)     main_grid{2,2} = [0.5 0.5 0.5 0.2];
110)     main_grid{2,3} = [0.5 0.1 0.5 0.4];

111)     
112)     %Subjects

113)     pSubject = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',cell2mat(main_grid(1,1)));
114)     set(pSubject,'Title','Subjects');
115)     set(pSubject,'BackgroundColor','w');
116)     

117) %     subjectNames = listDirNames(getBaseDir(model));

118)     model.subjectSelector = uicontrol(pSubject,'Style','listbox',...

119)                     'Min',1, 'Max',3,...
120)                     'Units','normalized',...

121)                     'Position',[0 0 1 1]);

122)     set(model.subjectSelector, 'FontName', 'FixedWidth');

123)     set(model.subjectSelector,'BackgroundColor','w');

124) 
125)   

126)     %Classes

127)     pClasses = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',cell2mat(main_grid(1,2)));

128)     set(pClasses,'Title','Class Definitions');
129)     set(pClasses,'BackgroundColor','w');
130)         lClassDef = uicontrol(pClasses,...
131)             'Style','text',...
132)             'String',sprintf('<Label>,\t <[Event, Event, ..]>;'),...
133)             'Units','normalized',...
134)             'Position',[0 0.8 1 0.2]);
135)         set(lClassDef,'BackgroundColor','w');
136)         set(lClassDef,'HorizontalAlignment','left');

137) 

138)         
139)         model.txtClassDef = uicontrol(pClasses,'Style','edit',...
140)             'Units','normalized',...
141)             'Position',[0 0 1 0.8]);
142)         set(model.txtClassDef,'HorizontalAlignment','left');
143)         set(model.txtClassDef,'Max',20);
144)         set(model.txtClassDef,'Min',0);
145)         set(model.txtClassDef, 'FontName', 'FixedWidth');

146)         set(model.txtClassDef, 'BackgroundColor', 'w');

147) 
148) 
149)     %Timeline

150)     pPSTH        = uipanel(parent,'Title','PSTH Options','Position',cell2mat(main_grid(2,1)));

151)     set(pPSTH,'BackgroundColor','w');
152)         
153)         grid_h = 0.16;
154)         grid_w = 0.3;
155)         

156)         tl_grid = cell([3 6]);
157)         tl_grid{2,1} = [0.0 0.83 grid_w grid_h];
158)         tl_grid{2,1} = [0.4 0.83 grid_w grid_h];
159)         tl_grid{3,1} = [0.7 0.83 grid_w grid_h];

160)         

161)         tl_grid{1,2} = [0.0 0.66 grid_w grid_h];
162)         tl_grid{2,2} = [0.4 0.66 grid_w grid_h];
163)         tl_grid{3,2} = [0.7 0.66 grid_w grid_h];

164) 

165)         tl_grid{1,3} = [0.0 0.5 grid_w grid_h];
166)         tl_grid{2,3} = [0.4 0.5 grid_w grid_h];
167)         tl_grid{3,3} = [0.7 0.5 grid_w grid_h];

168)         

169)         tl_grid{1,4} = [0.0 0.33 grid_w grid_h];
170)         tl_grid{2,4} = [0.4 0.33 grid_w grid_h];
171)         tl_grid{3,4} = [0.7 0.33 grid_w grid_h];

172) 

173)         tl_grid{1,5} = [0.0 0.16 grid_w grid_h];
174)         tl_grid{2,5} = [0.4 0.16 grid_w grid_h];
175)         tl_grid{3,5} = [0.7 0.16 grid_w grid_h];

176)         

177)         tl_grid{1,6} = [0.0 0.0 0.5 grid_h];
178)         tl_grid{2,6} = [0.5 0.0 grid_w grid_h];
179)         tl_grid{3,6} = [0.75 0.0 grid_w grid_h];
180) 
181)         lStart      = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(2,1)) ,'Start [sec]');
182)         lEnd        = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(3,1)) ,'End [sec]');

183)         lPSTH       = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,2)) ,'PSTH Range');
184)         lBaseline   = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,3)) ,'Baseline');
185)         lTRF        = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,5)) ,'TR Factor');
186) 
187)         model.txtPSTHStart         = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,2)),'');
188)         model.txtPSTHEnd           = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,2)),'');
189)         model.txtBaselineStart     = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,3)),'');
190)         model.txtBaselineEnd       = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,3)),'');
191)         model.txtTrFactor          = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,5)),'');
192)         model.labelTR              = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,5)),'');

193)         
194)         % images

195)         pImage = uipanel(parent,'Title','Image Options','Position',cell2mat(main_grid(2,2)));

196)         set(pImage,'BackgroundColor','w');
197) 
198)         createLabel(pImage,[0.0 0.5 1 0.5],'Select Image Base');
199)         
200)         model.imageTypeSelection = uicontrol(pImage,'Style','popupmenu',...
201)         'Units','normalized',...

202)         'Position',[0.0 0.0 1 0.5]);

203)         set(model.imageTypeSelection,'BackgroundColor','w');
204)         
205)         % coordinate Table

206)         pVoxel = uipanel(parent,'Title','ROI','Position',cell2mat(main_grid(1,3)));

207)         set(pVoxel,'BackgroundColor','w');

208)         lVoxelDef = createLabel(pVoxel, [0 0.9 1 0.1],'<ROI Name> [+ radius (mm)];');

209)         model.txtVoxelDef = createTextField(pVoxel,[0 0 1 0.9],'');

210)         set(model.txtVoxelDef,'HorizontalAlignment','left');
211)         set(model.txtVoxelDef,'Max',20);
212)         set(model.txtVoxelDef,'Min',0);
213)         set(model.txtVoxelDef, 'FontName', 'FixedWidth');
214)         

215)         %normalizations
216)         pNorm = uipanel(parent,'Title','Normalization','Position',cell2mat(main_grid(2,3)));
217)         set(pNorm,'BackgroundColor','w');
218)         

219)         createLabel(pNorm,[0 0.75 1 0.25],'psth norm4SVM');

220)         
221)         

222)         norm1Model = {'none','mean','minmax'};

223) 
224)         

225)         model.selNormPST = uicontrol(pNorm,'Style','popupmenu',...
226)             'Units','normalized',...
227)             'Position',[0.0 0.5 1 0.25],...
228)             'String',norm1Model,...

229)             'UserData',norm1Model);

230)          set(model.selNormPST,'BackgroundColor','w');   
231)         

232)         model.chkColBias = uicontrol(pNorm,'Style','checkbox',...

233)             'Units','normalized',...

234)             'Position',[0.0 0.1 1 0.25],...
235)             'String','column Bias removal',...

236)             'Enable','on');

237)          set(model.chkColBias,'BackgroundColor','w');   

238)         
239)         %buttons
240)         pButtons = uipanel(parent,'Position',cell2mat(main_grid(1,4)));
241)         set(pButtons,'BackgroundColor','w');

242)         

243)         btnRunButton1 = uicontrol(pButtons,'String','run coord-Table',...
244)             'Units','normalized','Position',[0 0 0.33 1]);

245)         set(btnRunButton1,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'COORD'}); % set here, because of model.    
246)         set(btnRunButton1,'Enable','on');

247)         

248)         btnRunButton2 = uicontrol(pButtons,'String',sprintf('load ROI for FBS'),...

249)             'Units','normalized','Position',[0.33 0 0.33 1]);

250)         set(btnRunButton2,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'FBS'}); % set here, because of model.  

251)         set(btnRunButton2,'Enable','on');

252)         

253)         btnRunButton3 = uicontrol(pButtons,'String','run ROI-Image processing',...
254)             'Units','normalized','Position',[0.66 0 0.33 1]);

255)         set(btnRunButton3,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'ROI'}); % set here, because of model.    
256)         set(btnRunButton3,'Enable','on');
257) end
258) 

259) function model = createSecondStepPanel(model,parent)

260) basecolor = 'w';
261) 

262) pTime = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0.0 0.8 1 0.2]);
263)     set(pTime,'Title','Decode Timeframe Options');

264)     set(pTime,'BackgroundColor',basecolor);

265)     grid_h = 0.3;
266)     grid_w = 0.3;
267)     time_grid = cell([3 3]);
268)     time_grid{1,1} = [0.0 0.63 grid_w grid_h];
269)     time_grid{2,1} = [0.4 0.63 grid_w grid_h];
270)     time_grid{3,1} = [0.7 0.63 grid_w grid_h];
271)     time_grid{1,2} = [0.0 0.33 grid_w grid_h];
272)     time_grid{2,2} = [0.4 0.33 grid_w grid_h];
273)     time_grid{3,2} = [0.7 0.33 grid_w grid_h];
274)     time_grid{1,3} = [0.0 0.03 grid_w grid_h];
275)     time_grid{2,3} = [0.4 0.03 grid_w grid_h];
276)     time_grid{3,3} = [0.7 0.03 grid_w grid_h];
277) 
278)     lStart      = createLabel(pTime, cell2mat(time_grid(2,1)) ,'Start [sec]');
279)     lEnd        = createLabel(pTime, cell2mat(time_grid(3,1)) ,'End [sec]');
280)     lFrameShift = createLabel(pTime, cell2mat(time_grid(1,2)),'Frame Shift');
281)     lFramsSize  = createLabel(pTime, cell2mat(time_grid(1,3)),'Frame Size');
282)     

283)     model.txtFrameShiftStart   = createTextField(pTime,cell2mat(time_grid(2,2)),'');
284)     model.txtFrameShiftEnd     = createTextField(pTime,cell2mat(time_grid(3,2)),'');
285)     model.txtFrameShiftDur     = createTextField(pTime,cell2mat(time_grid(2,3)),'');

286) 

287)     

288) pSVM = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0 0.4 0.5 0.4]);

289)     set(pSVM,'Title','SVM Classification');
290)     set(pSVM,'BackgroundColor',basecolor);
291) 

292)     model.txtSVMopts = createTextField(pSVM,[0 0.83 1 0.16],'');

293)     set(model.txtSVMopts,'HorizontalAlignment','left');
294)     

295)     model.txtSVMnfold = createTextField(pSVM,[0.0 0.66 0.5 0.16],'');

296)     createLabel(pSVM,[0.5 0.50 0.5 0.25 ],'-Fold CrossVal');
297)     

298)     model.chkSVMrnd = uicontrol(pSVM,'Style','checkbox','Units','normalized','Position',[0.1 0.50 0.9 0.16]);

299)     set(model.chkSVMrnd,'String','Randomize Datapoints');
300)     set(model.chkSVMrnd,'BackgroundColor','w');

301) %     set(model.chkSVMrnd,'Value',StudyArgs.svmrnd);

302)     

303)     btnRunSVM = uicontrol(pSVM,'String','run batchmode SVM Crossvalidation',...
304)         'Units','normalized',...
305)         'Position',[0 0.25 1 0.25]);
306)     set(btnRunSVM,'Enable','on');
307)     
308)     btnRunXSVM = uicontrol(pSVM,'String','run SVM X-Subject validation',...
309)         'Units','normalized',...
310)         'Position',[0 0.0 1 0.25]);
311)     set(btnRunXSVM,'Enable','on');

312)     

313) pSOM = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0.5 0.4 0.5 0.4]);

314)     set(pSOM,'Title','SOM Classification');
315)     set(pSOM,'BackgroundColor',basecolor);
316) 

317)     createLabel(pSOM,[0 0.75 0.3 0.20],'Size:');

318)     model.txtSomM = createTextField(pSOM,[0.3 0.75 0.25 0.2],'');

319)     somsizemal = createLabel(pSOM,[0.55 0.75 0.2 0.20],'x');
320)     set(somsizemal,'HorizontalAlignment','center');

321)     model.txtSomN = createTextField(pSOM,[0.75 0.75 0.25 0.20],'');

322)     latticeModel = {'rect','hexa'};
323)     model.selSomLattice = uicontrol(pSOM,'Style','popupmenu',...
324)         'Units','normalized',...
325)         'Position',[0.0 0.5 0.3 0.20],...
326)         'String',latticeModel,...

327)         'UserData',latticeModel);

328)     set(model.selSomLattice,'BackgroundColor','w');

329) 

330)     model.txtSOMnfold = createTextField(pSOM,[0.5 0.50 0.25 0.20],'');

331) %     set(model.txtSOMnfold,'Enable','off');
332)     createLabel(pSOM,[0.75 0.5 0.25 0.20 ],'-Fold CrossVal');
333)        

334) 
335)     btnRunSOM = uicontrol(pSOM,'String','run SOM Crossvalidation',...
336)         'Units','normalized',...

337)         'Position',[0.0 0.25 1 0.25]);

338)     set(btnRunSOM,'Enable','on');

339) 
340)     btnRunXSOM = uicontrol(pSOM,'String','run SOM X-Subject validation',...
341)         'Units','normalized',...
342)         'Position',[0.0 0.0 1 0.25]);

343)     set(btnRunXSOM,'Enable','on');

344)     

345) pSearchlight = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0.0 0.1 0.5 0.3]);

346)     set(pSearchlight,'Title','Spatiotemporal FB classification');
347)     set(pSearchlight,'BackgroundColor',basecolor);
348)     
349)     lSearchligh = createLabel(pSearchlight, [0 0.6 0.5 0.3],'Searchlight Radius');

350)     model.txtSearchlightRadius = createTextField(pSearchlight,[0.5 0.6 0.5 0.3],'');

351)     

352)     lFBSTiming = createLabel(pSearchlight, [0 0.3 0.5 0.3],'Optional Timeline ( e.g. ''-5 0 5 10 15'')');

353)     model.txtSearchlightTimeline = createTextField(pSearchlight,[0.5 0.3 0.5 0.3],'');

354) 

355)     btnRunFBS = uicontrol(pSearchlight,'String','run Spatiotemporal FB classification',...
356)         'Units','normalized',...
357)         'Position',[0.0 0.0 1 0.3]);

358)     set(btnRunFBS,'Enable','on');

359)     

360) 
361) % button callbacks set here, because of model.
362)     set(btnRunSVM, 'Callback',{@cbRunDecode,model,'SVM'}); 
363)     set(btnRunXSVM,'Callback',{@cbRunDecode,model,'XSVM'}); 
364)     set(btnRunSOM, 'Callback',{@cbRunDecode,model,'SOM'});

365)     set(btnRunXSOM,'Callback',{@cbRunDecode,model,'XSOM'});

366)     set(btnRunFBS, 'Callback',{@cbRunDecode,model,'FBS'});

367) end
368) 

369) function model = createVisualStepPanel(model,parent)

370) 
371)     grid_h = 0.25;
372)     grid_w = 0.5;
373)     plot_grid = cell([3 3]);
374)     plot_grid{1,1} = [0.0 0.63 grid_w grid_h];
375)     plot_grid{1,2} = [0.0 0.33 grid_w grid_h];
376)     plot_grid{1,3} = [0.0 0.03 grid_w grid_h];

377)     plot_grid{2,1} = [0.25 0.63 grid_w grid_h];
378)     plot_grid{2,2} = [0.25 0.33 grid_w grid_h];
379)     plot_grid{2,3} = [0.25 0.03 grid_w grid_h];

380) 

381)     pButtonPane = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0 0.5 1 0.5]);

382) %     set(pButtonPane,'Title','Plot');
383)     set(pButtonPane,'BackgroundColor','w');

384)     
385)     btnPlot03 = uicontrol(pButtonPane,'String','plot PSTH',...
386)         'Units','normalized',...
387)         'Position',cell2mat(plot_grid(2,1)));
388)     set(btnPlot03,'Callback',{@cbPlot,model,'psth'}); 
389)     set(btnPlot03,'Enable','on');
390)   

391)     btnPlot01 = uicontrol(pButtonPane,'String','plot performance and SE',...

392)         'Units','normalized',...

393)         'Position',cell2mat(plot_grid(2,2)));

394)     set(btnPlot01,'Callback',{@cbPlot,model,'simple'});

395)     set(btnPlot01,'Enable','on');

396)     
397)     btnPlot02 = uicontrol(pButtonPane,'String','plot subject performance and mean with SE',...
398)         'Units','normalized',...

399)         'Position',cell2mat(plot_grid(2,3)));

400)     set(btnPlot02,'Callback',{@cbPlot,model,'x-subject-val'});
401)     set(btnPlot02,'Enable','on');
402) 
403)     

404) end
405) 

406) %%%%% ui callbacks

407) 

408) function cbSwitchTask(src,evnt,task,taskpanel)

409) set(taskpanel.preprocessing,'Visible','off');
410) set(taskpanel.classification,'Visible','off');

411) set(taskpanel.plot,'Visible','off');

412) switch task
413)     case 'PRE'
414)         set(taskpanel.preprocessing,'Visible','on');

415) 

416)     case 'CLASSIFY'
417)         set(taskpanel.classification,'Visible','on');

418) 

419)     case 'PLOT'

420)         set(taskpanel.plot,'Visible','on');

421) end

422) % assignin('base','model',model);

423) end
424) 

425) function cbRunPreprocessing(src,evnt,model,task)

426) main(model,'pre',task);
427) end
428) 
429) function cbRunDecode(src,evnt,model,task)
430) main(model,'decode',task);

431) end
432) 

433) function cbPlot(src,evnt,model,type)
434) main(model,'plot',type);
435) end
436) 

437) %%%%%%%%%% menu callbacks

438) 

439) function mcb_save(src,evnt,model)
440) studyID = get(model.txtStudyID,'String');
441) saveStudy(studyID,model);

442) end
443) 

444) function mcb_new_study(src,evnt,studymenu,uimodel)
445) display('CREATE STUDY');
446)     ui_createStudy(studymenu,uimodel);

447) end
448) 
449) 
450) 

451) 

452) 
453) 
454) 
455)