SVMCrossVal.git

1) function [extr voxelcount] = calculateImageData(filenameList, coordlist,gFkt)

2) 

3) %center coordinates

4) vox = [];
5) nCoords = size(coordlist,1);
6) for iCoord = 1:nCoords
7)    vox = [vox ; coordlist(iCoord).coord];
8) end
9) 

10) %maximum extracted voxels over all images

11) voxelcount = 0;

12) 

13) V = filenameList;
14) nImage = numel(V);

15) nVoxel = nCoords;

16) for kImage=1:nImage

17)     roicenter = round(inv(V(kImage).mat)*[vox, ones(nVoxel,1)]');

18) 

19)     subvoxelcount = 0;

20)     for iVoxel = 1:nVoxel

21) 

22)         %radius

23)         rad = coordlist(iVoxel).rad;

24) 

25)         tmp = spm_imatrix(V(kImage).mat);
26)         vdim = tmp(7:9);
27)         vxrad = ceil((rad*ones(nVoxel,3))./(ones(nVoxel,1)*vdim))';
28)         

29)         if rad==0

30)             x = roicenter(1,iVoxel);
31)             y = roicenter(2,iVoxel);
32)             z = roicenter(3,iVoxel);

33)         else
34)             [x y z] = ndgrid(-vxrad(1,iVoxel):sign(vdim(1)):vxrad(1,iVoxel), ...
35)                 -vxrad(2,iVoxel):sign(vdim(2)):vxrad(2,iVoxel), ...
36)                 -vxrad(3,iVoxel):sign(vdim(3)):vxrad(3,iVoxel));
37)             sel = (x./vxrad(1,iVoxel)).^2 + (y./vxrad(2,iVoxel)).^2 + ...
38)                 (z./vxrad(3,iVoxel)).^2 <= 1;
39)             x = roicenter(1,iVoxel)+x(sel(:));
40)             y = roicenter(2,iVoxel)+y(sel(:));
41)             z = roicenter(3,iVoxel)+z(sel(:));

42) %             [x y z]

43)         end;
44) 
45)         dat = spm_sample_vol(V(kImage), x, y, z,0);

46)  
47)         %%Implement Spatial grouping here
48)         
49)         dat = gFkt(dat);

50)         

51)         % no grouping

52)         for iSubVoxel = 1:size(dat,1)
53)             subvoxelcount = subvoxelcount +1;
54)             extr(kImage).dat(subvoxelcount)    = dat(iSubVoxel);
55)         end

56)         

57)     end
58)     voxelcount = max(voxelcount,subvoxelcount);
59) end   

60)