SVMCrossVal.git

1) function spm_SVMCrossVal
2) 
3) 
4) %  Initialize and hide the GUI as it is being constructed.
5)     frameWidth=450;

6)     frameHeight=600;

7)     frame = figure('Visible','off','Position',[0,0,frameWidth,frameHeight]);
8)     movegui(frame,'west'); % get this thing visible on smaller displays.
9)     
10)     set(frame,'Name','SVMCrossVal Decode Performance 4 SPM');
11)     set(frame,'NumberTitle','off');
12)     set(frame,'MenuBar','none');
13)     set(frame,'Color',get(0,'defaultUicontrolBackgroundColor'));
14)     set(frame,'Resize','off');
15)     set(frame,'Units','normalize');

16)     
17)     
18)     model.subjectMap = SubjectRoiMapping;
19)     nElementRows = 24;
20)     optionLineHeight = 1.0/nElementRows;
21)     controlElementHeight=optionLineHeight*(1.0/1.5)*frameHeight;
22)     pSubject     = uipanel(frame,'Title','Subject',          'Position',[0 optionLineHeight*22 frameWidth optionLineHeight*2]);
23)     pPSTH        = uipanel(frame,'Title','PSTH Options',     'Position',[0 optionLineHeight*17 frameWidth optionLineHeight*5]); 
24)     pCLASS       = uipanel(frame,'Title','Class Definitions','Position',[0 optionLineHeight*11 frameWidth optionLineHeight*6]); 
25)     pVOXEL       = uipanel(frame,'Title','Voxel Selector',   'Position',[0 optionLineHeight*3  frameWidth optionLineHeight*8]); 
26)     pSVM         = uipanel(frame,'Title','SVM Options',      'Position',[0 optionLineHeight*1  frameWidth optionLineHeight*2]); 
27)     btnRunButton = uicontrol(frame,'Tag','run','String','run decode-performance visualiser','Position',[2 optionLineHeight*0  frameWidth controlElementHeight*1.6]);

28) 
29) 

30)     % Subject
31)     firstColumn  =  5.00;
32)     firstRow     =  1.00 * controlElementHeight;

33)     

34)     model.subjectSelector = uicontrol(pSubject,'Style','popupmenu',...
35)                     'String',getSubjectCellList(model.subjectMap),...
36)                     'Value',5,...
37)                     'Position',[firstColumn firstRow 0.66*frameWidth controlElementHeight]);
38)     set(model.subjectSelector,'BackgroundColor','w');
39) 
40)     % PSTH
41)     firstColumn  = 5.00;

42)     secondColumn = 0.33*frameWidth;
43)     thirdColumn  = 0.66*frameWidth;

44) %     fourthColumn = 0.84*frameWidth;

45)     
46)     firstRow    = 5.5*controlElementHeight;
47)     secondRow   = 4.5*controlElementHeight;
48)     thirdRow    = 3.5*controlElementHeight;

49)     fourthRow   = 2.5*controlElementHeight;
50)     fifthRow    = 1.0*controlElementHeight;

51)     

52)     lStart      = createLabel(pPSTH, [secondColumn firstRow  0.33*frameWidth controlElementHeight],'Start [sec]');
53)     lEnd        = createLabel(pPSTH, [thirdColumn  firstRow  0.33*frameWidth controlElementHeight],'End [sec]');
54)     lPSTH       = createLabel(pPSTH, [firstColumn  secondRow 0.33*frameWidth controlElementHeight],'PSTH Range');
55)     lBaseline   = createLabel(pPSTH, [firstColumn  thirdRow  0.33*frameWidth controlElementHeight],'Baseline');
56)     lFrameShift = createLabel(pPSTH, [firstColumn  fourthRow 0.33*frameWidth controlElementHeight],'SVM Frame Shift');
57)     lFramsSize  = createLabel(pPSTH, [firstColumn  fifthRow  0.33*frameWidth controlElementHeight],'SVM Frame Size');

58)     
59)     

60)     model.txtBaselineStart   = createTextField(pPSTH,[secondColumn thirdRow  0.25*frameWidth controlElementHeight],'-22.0');
61)     model.txtBaselineEnd     = createTextField(pPSTH,[thirdColumn  thirdRow  0.25*frameWidth controlElementHeight],'-20.0');
62)     model.txtPSTHStart       = createTextField(pPSTH,[secondColumn secondRow 0.25*frameWidth controlElementHeight],'-25.0');
63)     model.txtPSTHEnd         = createTextField(pPSTH,[thirdColumn  secondRow 0.25*frameWidth controlElementHeight],' 20.0');

64)     model.txtFrameShiftStart = createTextField(pPSTH,[secondColumn fourthRow 0.25*frameWidth controlElementHeight],'-20.0');
65)     model.txtFrameShiftEnd   = createTextField(pPSTH,[thirdColumn  fourthRow 0.25*frameWidth controlElementHeight],' 15.0');
66)     model.txtFrameShiftDur   = createTextField(pPSTH,[secondColumn fifthRow  0.25*frameWidth controlElementHeight],' 0');

67) 
68)                 
69)     %Classes
70)     nClassRows = 6;
71)     firstColumn  = 5.00;

72)     

73)     firstRow    = (nClassRows-0.5)*controlElementHeight;
74)     secondRow   = (nClassRows-4.5)*controlElementHeight;
75) 
76)     lClassDef = createLabel(pCLASS, [firstColumn firstRow  0.66*frameWidth controlElementHeight],'<Label>,<[Event,Event,..]>,<SVM-Value>;');
77)     model.txtClassDef = createTextField(pCLASS,[firstColumn secondRow 0.98*frameWidth 4*controlElementHeight],sprintf('<,\t[ 9,11,13],\t-2 ;\n>,\t[10,12,14],\t-1;'));
78)     set(model.txtClassDef,'HorizontalAlignment','left');
79)     set(model.txtClassDef,'Max',20);
80)     set(model.txtClassDef,'Min',0);

81)     set(model.txtClassDef, 'FontName', 'FixedWidth')

82)     

83)     %Voxel
84)     nVoxelRows = 8;
85)     firstColumn  = 5.00;

86)     

87)     firstRow    = (nVoxelRows-0.5)*controlElementHeight;
88)     secondRow   = (nVoxelRows-7.5)*controlElementHeight;
89) 
90)     lVoxelDef = createLabel(pVOXEL, [firstColumn firstRow  0.66*frameWidth controlElementHeight],'<ROI Name>,<ROI Modifier>;');
91)     model.txtVoxelDef = createTextField(pVOXEL,[firstColumn secondRow 0.98*frameWidth 6*controlElementHeight],...

92)         sprintf('M1 l,\t[ 0, 0, 0];\nM1 l,\t[ 1, 0, 0];\nM1 l,\t[ 0, 1, 0];\nM1 l,\t[ 0, 0, 1];\n'));

93)     set(model.txtVoxelDef,'HorizontalAlignment','left');
94)     set(model.txtVoxelDef,'Max',20);
95)     set(model.txtVoxelDef,'Min',0);

96)     set(model.txtVoxelDef, 'FontName', 'FixedWidth')

97)                 
98)     % SVM
99)     firstColumn  =  5.00;
100)     firstRow     =  1.00 * controlElementHeight;
101) 
102)     model.txtSVMopts = createTextField(pSVM,[firstColumn firstRow  0.66*frameWidth controlElementHeight],'-t 0 -s 0 -v 6');
103)     set(model.txtSVMopts,'Enable','inactive');
104)     set(model.txtSVMopts,'HorizontalAlignment','left');
105) 
106)     set(btnRunButton,'Callback',{@cbRunSVM,model}); % set here, because of model.    

107)     set(frame,'Visible','on');
108) end

109)     

110) function label = createLabel(parent,  pos, labelText)
111)     label = uicontrol(parent,'Style','text','String',labelText,'Position',pos);
112)     set(label,'HorizontalAlignment','left');
113)     set(label,'Units','characters');
114) %     set(label,'BackgroundColor','r');
115) end
116) 
117) function btn = createButton(parent,pos,tag,labelText,cbArgs)
118)     btn = uicontrol(parent,'Position',pos,'String',labelText,'tag',tag);
119)      set(btn,'Callback',{@cbParseVariable,cbArgs});
120) %     set(btn,'BackgroundColor','b');
121) end
122) 
123) function txt = createTextField(parent,pos,model)
124)     txt = uicontrol(parent,'Style','edit','String',model,'Position',pos);
125)     set(txt,'BackgroundColor','w');
126) end
127) 
128) function drpField = createDropDown(parent,pos,selectionModel)
129)  drpField = uicontrol(parent,'Style','popupmenu','Position',pos);
130)   set(drpField,'String',selectionModel.Strings);
131)   set(drpField,'BackgroundColor','w');
132) end
133) 

134) function sane = isSane(model)
135)     sane = 1;
136) end
137) 
138) 
139) function cbRunSVM(src,evnt,model)

140) 

141)     display('RUN');

142) 
143)     % TODO test parameter values
144)     
145)     if isSane(model)
146)         set(0,'userdata',model);
147) %         set(src,'Enable','off');

148)         assignin('base','guiParams',model);

149)         classify(model)