SVMCrossVal.git

1) function ui_main(varargin)
2) 

3) DEFAULT.selectedSubject = 2;

4) 

5) DEFAULT.pststart        = -15;
6) DEFAULT.pstend          = 40;
7) DEFAULT.baselinestart   = -3;
8) DEFAULT.baselineend     = -1;
9) DEFAULT.frameshiftstart = -5;
10) DEFAULT.frameshiftend   = 35;
11) DEFAULT.frameshiftdur   = 0;
12) DEFAULT.classdefstring  = 'left,\t[9,11,13]\nright,\t[10,12,14]';
13) DEFAULT.voxelstring     = 'SPL l + [ 0, 0, 0] \nSPL r + [ 0, 0, 0]\n';

14) DEFAULT.svmoptstring    = '-s 0 -t 0 -c 1';
15) DEFAULT.svmnfold        = '6';

16) DEFAULT.svmrnd          = 1;

17) DEFAULT.searchlightradius = 0;

18) 

19) 

20) DEFAULT.wd  = fullfile('d:','Analyze','Choice','24pilot');
21) 

22) %  Initialize and hide the GUI as it is being constructed.
23)     frameWidth=450;

24)     frameHeight=450;

25)     
26)     frame = figure('Visible','off','Position',[0,0,frameWidth,frameHeight]);
27)     movegui(frame,'west'); % get this thing visible on smaller displays.
28)     set(frame,'Name','SVMCrossVal Decode Performance 4 SPM');
29)     set(frame,'NumberTitle','off');
30)     set(frame,'MenuBar','none');

31) %     set(frame,'Color',get(0,'defaultUicontrolBackgroundColor'));

32)     set(frame,'Resize','on');

33)     set(frame,'Units','normalized');

34)     set(frame,'Color','y');

35) 

36)     task = struct;
37)     

38)     model1 = struct;
39)     model1.baseDir = DEFAULT.wd;

40) 

41)     model1.txtBaseDir = createLabel(frame,[0 0.97 1 0.03],model1.baseDir);
42)     set(model1.txtBaseDir,'BackgroundColor','w');
43)     set(model1.txtBaseDir,'ForegroundColor','b');

44)     

45)     TASK_HEIGHT = 1-0.13;
46)     
47)     % PREPROCESSING
48)     task.preprocessing   = uipanel(frame,'Title','Preprocessing','Position',[0 0.0 1 TASK_HEIGHT]);
49)     set(task.preprocessing,'BackgroundColor','w');
50)     set(task.preprocessing,'Units','normalized');

51)     

52)     model1.selectedSubject = DEFAULT.selectedSubject;
53)     model1 = createFirstStepPanel(model1,task.preprocessing,DEFAULT);

54)     

55)     % fill with data
56)     model1 = scanDirs(model1);

57)     

58)     % CLASSIFICATION

59)     model2 = struct;
60)     

61)     task.classification = uipanel(frame,'Title','Classification','Position',[0 0.0 1 TASK_HEIGHT]);
62)     set(task.classification,'BackgroundColor','w');

63)     model2 = createSecondStepPanel(model2,task.classification,DEFAULT);

64)     

65)     % PLOT

66)     model3 = struct;

67)     task.plot = uipanel(frame,'Title','Plot','Position',[0 0.0 1 TASK_HEIGHT]);
68)     set(task.plot,'BackgroundColor','w');

69)     model3 = createVisualStepPanel(model3,task.plot,DEFAULT);

70)     

71)     % TASK

72)     task.taskSwitch = uibuttongroup(frame,'Position',[0 1-0.13 1 0.10]);
73)     % controlls togglebuttons

74) %         set(task.taskSwitch,'Title','TASK');
75)         set(task.taskSwitch,'BackgroundColor','w');
76)         set(task.taskSwitch,'Units','normalized');
77)     

78)         btnSwitchPreprocessing = uicontrol(task.taskSwitch,'Style','pushbutton',...
79)             'String','ImageProcessing',...

80)             'Units','normalized','Position',[0.0 0.0 0.33 1]);
81)         set(btnSwitchPreprocessing,'Callback',{@cbSwitchTask,'PRE',task}); 
82)         set(btnSwitchPreprocessing,'Enable','on');
83) 

84)         btnSwitchClassify = uicontrol(task.taskSwitch,'Style','pushbutton',...
85)             'String','Decode',...

86)             'Units','normalized','Position',[0.33 0.0 0.33 1]);
87)         set(btnSwitchClassify,'Callback',{@cbSwitchTask,'CLASSIFY',task}); 
88)         set(btnSwitchClassify,'Enable','on');
89) 

90)         btnSwitchPlot = uicontrol(task.taskSwitch,'Style','pushbutton',...
91)             'String','Plot',...

92)             'Units','normalized','Position',[0.66 0.0 0.33 1]);
93)         set(btnSwitchPlot,'Callback',{@cbSwitchTask,'PLOT',task}); 
94)         set(btnSwitchPlot,'Enable','on');
95) 
96)     % menu
97)     

98)     savemenu = uimenu(frame,'Label','Save/Load');

99)         uimenu(savemenu,'Label','Save Preprocessing Parameter','Callback',{@mcb_save,model1});
100)         uimenu(savemenu,'Label','Load Preprocessing Parameter','Callback',{@mcb_load,model1});
101)         uimenu(savemenu,'Label','Save Decode Parameter','Callback',{@mcb_save,model2},'Enable','off');
102)         uimenu(savemenu,'Label','Load Decode Parameter','Callback',{@mcb_load,model2},'Enable','off');
103)         uimenu(savemenu,'Label','Save All','Callback',{@mcb_save,model1},'Enable','off');
104)         uimenu(savemenu,'Label','Load All','Callback',{@mcb_load,model1},'Enable','off');
105)         
106)     uimenu(frame,'Label','change Study','Callback',{@mcb_cd,model1},'Enable','off');

107)     

108)     cbSwitchTask(0,0,'PRE',task);

109) 

110) 

111)     set(frame,'Visible','on');
112) 

113)     assignin('base','model',model1);

114) end

115) 
116) function model = createFirstStepPanel(model,parent,DEFAULT)

117) 

118)     main_grid = cell(2,4);
119)     main_grid{1,1} = [0 0.7 0.4 0.3];
120)     main_grid{1,2} = [0 0.5 0.5 0.2];
121)     main_grid{1,3} = [0 0.1 0.5 0.4];
122)     main_grid{1,4} = [0 0.0 1.0 0.1];

123)     

124)     main_grid{2,1} = [0.4 0.7 0.6 0.3];
125)     main_grid{2,2} = [0.5 0.5 0.5 0.2];
126)     main_grid{2,3} = [0.5 0.1 0.5 0.4];

127)     
128)     %Subjects

129)     pSubject = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',cell2mat(main_grid(1,1)));
130)     set(pSubject,'Title','Subjects');
131)     set(pSubject,'BackgroundColor','w');
132)     
133)     subjectList = {'DUMMY Subj1','DUMMY Subj2','DUMMY Subj3','DUMMY Subj4'};
134)     model.subjectSelector = uicontrol(pSubject,'Style','listbox',...

135)                     'Min',1, 'Max',3,...
136)                     'String',subjectList,...
137)                     'UserData',subjectList,...
138)                     'Units','normalized',...

139)                     'Position',[0 0 1 1]);

140)     set(model.subjectSelector, 'FontName', 'FixedWidth');

141)     set(model.subjectSelector,'BackgroundColor','w');

142)     
143)     %Classes

144)     pClasses = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',cell2mat(main_grid(1,2)));

145)     set(pClasses,'Title','Class Definitions');
146)     set(pClasses,'BackgroundColor','w');
147)         lClassDef = uicontrol(pClasses,...
148)             'Style','text',...
149)             'String',sprintf('<Label>,\t <[Event, Event, ..]>;'),...
150)             'Units','normalized',...
151)             'Position',[0 0.8 1 0.2]);
152)         set(lClassDef,'BackgroundColor','w');
153)         set(lClassDef,'HorizontalAlignment','left');
154)         
155)         model.txtClassDef = uicontrol(pClasses,'Style','edit',...
156)             'String',sprintf(DEFAULT.classdefstring),...
157)             'Units','normalized',...
158)             'Position',[0 0 1 0.8]);
159)         set(model.txtClassDef,'HorizontalAlignment','left');
160)         set(model.txtClassDef,'Max',20);
161)         set(model.txtClassDef,'Min',0);
162)         set(model.txtClassDef, 'FontName', 'FixedWidth');

163)         set(model.txtClassDef, 'BackgroundColor', 'w');

164) 
165) 
166)     %Timeline

167)     pPSTH        = uipanel(parent,'Title','PSTH Options','Position',cell2mat(main_grid(2,1)));

168)     set(pPSTH,'BackgroundColor','w');
169)         
170)         grid_h = 0.16;
171)         grid_w = 0.3;
172)         

173)         tl_grid = cell([3 6]);
174)         tl_grid{2,1} = [0.0 0.83 grid_w grid_h];
175)         tl_grid{2,1} = [0.4 0.83 grid_w grid_h];
176)         tl_grid{3,1} = [0.7 0.83 grid_w grid_h];

177)         

178)         tl_grid{1,2} = [0.0 0.66 grid_w grid_h];
179)         tl_grid{2,2} = [0.4 0.66 grid_w grid_h];
180)         tl_grid{3,2} = [0.7 0.66 grid_w grid_h];

181) 

182)         tl_grid{1,3} = [0.0 0.5 grid_w grid_h];
183)         tl_grid{2,3} = [0.4 0.5 grid_w grid_h];
184)         tl_grid{3,3} = [0.7 0.5 grid_w grid_h];

185)         

186)         tl_grid{1,4} = [0.0 0.33 grid_w grid_h];
187)         tl_grid{2,4} = [0.4 0.33 grid_w grid_h];
188)         tl_grid{3,4} = [0.7 0.33 grid_w grid_h];

189) 

190)         tl_grid{1,5} = [0.0 0.16 0.5 grid_h];
191)         tl_grid{2,5} = [0.5 0.16 grid_w grid_h];
192)         tl_grid{3,5} = [0.75 0.16 grid_w grid_h];

193)         

194)         tl_grid{1,6} = [0.0 0.0 0.5 grid_h];
195)         tl_grid{2,6} = [0.5 0.0 grid_w grid_h];
196)         tl_grid{3,6} = [0.75 0.0 grid_w grid_h];
197) 
198)         lStart      = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(2,1)) ,'Start [sec]');
199)         lEnd        = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(3,1)) ,'End [sec]');
200)         lPSTH       = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,2)),'PSTH Range');
201)         lBaseline   = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,3)),'Baseline');

202) 
203)         lSearchligh = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,5)),'Searchlight Radius');

204) 
205) 
206)         model.txtPSTHStart         = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,2)),DEFAULT.pststart);
207)         model.txtPSTHEnd           = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,2)),DEFAULT.pstend);
208)         model.txtBaselineStart     = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,3)),DEFAULT.baselinestart);
209)         model.txtBaselineEnd       = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,3)),DEFAULT.baselineend);

210)         model.txtSearchlightRadius = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,5)),DEFAULT.searchlightradius);

211)         
212)         % images

213)         pImage = uipanel(parent,'Title','Image Options','Position',cell2mat(main_grid(2,2)));

214)         set(pImage,'BackgroundColor','w');
215) 
216)         createLabel(pImage,[0.0 0.5 1 0.5],'Select Image Base');
217)         

218)         imageRegExList = {'DUMMY f*.IMG','DUMMY swrf*.IMG','DUMMY wrf*.IMG'};

219)         model.imageTypeSelection = uicontrol(pImage,'Style','popupmenu',...
220)         'Units','normalized',...
221)         'Position',[0.0 0.0 1 0.5],...
222)         'String',imageRegExList,...
223)         'UserData',imageRegExList,...

224)         'Value',3);

225)         set(model.imageTypeSelection,'BackgroundColor','w');
226)         
227)         
228)         % coordinate Table

229)         pVoxel = uipanel(parent,'Title','ROI','Position',cell2mat(main_grid(1,3)));

230)         set(pVoxel,'BackgroundColor','w');
231)         lVoxelDef = createLabel(pVoxel, [0 0.9 1 0.1],'<ROI Name>+[offset];');
232)         model.txtVoxelDef = createTextField(pVoxel,[0 0 1 0.9],...
233)             sprintf(DEFAULT.voxelstring));
234)         set(model.txtVoxelDef,'HorizontalAlignment','left');
235)         set(model.txtVoxelDef,'Max',20);
236)         set(model.txtVoxelDef,'Min',0);
237)         set(model.txtVoxelDef, 'FontName', 'FixedWidth');
238)         

239)         %normalizations
240)         pNorm = uipanel(parent,'Title','Normalization','Position',cell2mat(main_grid(2,3)));
241)         set(pNorm,'BackgroundColor','w');
242)         

243)         createLabel(pNorm,[0 0.75 1 0.25],'psth norm4SVM');
244)         norm1Model = {'none','mean','minmax'};

245)         model.selNormPST = uicontrol(pNorm,'Style','popupmenu',...
246)             'Units','normalized',...
247)             'Position',[0.0 0.5 1 0.25],...
248)             'String',norm1Model,...
249)             'UserData',norm1Model,...

250)             'Value',2);

251)          set(model.selNormPST,'BackgroundColor','w');   
252)         

253) %         createLabel(pNorm,[0 0.25 1 0.25],'Col Bias removal');
254) %         norm2Model = {'on','off'};
255)         model.chkColBias = uicontrol(pNorm,'Style','checkbox',...

256)             'Units','normalized',...

257)             'Position',[0.0 0.1 1 0.25],...
258)             'String','column Bias removal',...
259)             'Enable','on',...

260)             'Value',1);

261)          set(model.chkColBias,'BackgroundColor','w');   

262)         
263)         %buttons
264)         pButtons = uipanel(parent,'Position',cell2mat(main_grid(1,4)));
265)         set(pButtons,'BackgroundColor','w');

266)         

267)         btnRunButton1 = uicontrol(pButtons,'String','run coord-Table',...
268)             'Units','normalized','Position',[0 0 0.33 1]);

269)         set(btnRunButton1,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'COORD'}); % set here, because of model.    
270)         set(btnRunButton1,'Enable','on');

271)         

272)         btnRunButton2 = uicontrol(pButtons,'String','run full Brain Searchlight',...
273)             'Units','normalized','Position',[0.33 0 0.33 1]);

274)         set(btnRunButton2,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'FBS'}); % set here, because of model.  

275)         set(btnRunButton2,'Enable','off');

276)         

277)         btnRunButton3 = uicontrol(pButtons,'String','run ROI-Image processing',...
278)             'Units','normalized','Position',[0.66 0 0.33 1]);

279)         set(btnRunButton3,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'ROI'}); % set here, because of model.    
280)         set(btnRunButton3,'Enable','on');
281) end
282) 

283) function model = createSecondStepPanel(model,parent,DEFAULT)
284) basecolor = 'w';
285) 

286) pTime = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0.0 0.8 1 0.2]);
287)     set(pTime,'Title','Decode Timeframe Options');

288)     set(pTime,'BackgroundColor',basecolor);

289)     grid_h = 0.3;
290)     grid_w = 0.3;
291)     time_grid = cell([3 3]);
292)     time_grid{1,1} = [0.0 0.63 grid_w grid_h];
293)     time_grid{2,1} = [0.4 0.63 grid_w grid_h];
294)     time_grid{3,1} = [0.7 0.63 grid_w grid_h];
295)     time_grid{1,2} = [0.0 0.33 grid_w grid_h];
296)     time_grid{2,2} = [0.4 0.33 grid_w grid_h];
297)     time_grid{3,2} = [0.7 0.33 grid_w grid_h];
298)     time_grid{1,3} = [0.0 0.03 grid_w grid_h];
299)     time_grid{2,3} = [0.4 0.03 grid_w grid_h];
300)     time_grid{3,3} = [0.7 0.03 grid_w grid_h];
301) 
302)     lStart      = createLabel(pTime, cell2mat(time_grid(2,1)) ,'Start [sec]');
303)     lEnd        = createLabel(pTime, cell2mat(time_grid(3,1)) ,'End [sec]');
304)     lFrameShift = createLabel(pTime, cell2mat(time_grid(1,2)),'Frame Shift');
305)     lFramsSize  = createLabel(pTime, cell2mat(time_grid(1,3)),'Frame Size');
306)     
307)     model.txtFrameShiftStart   = createTextField(pTime,cell2mat(time_grid(2,2)),DEFAULT.frameshiftstart);
308)     model.txtFrameShiftEnd     = createTextField(pTime,cell2mat(time_grid(3,2)),DEFAULT.frameshiftend);
309)     model.txtFrameShiftDur     = createTextField(pTime,cell2mat(time_grid(2,3)),DEFAULT.frameshiftdur);
310) 

311)     

312) pSVM = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0 0.4 0.5 0.4]);

313)     set(pSVM,'Title','SVM Classification');
314)     set(pSVM,'BackgroundColor',basecolor);
315) 

316)     model.txtSVMopts = createTextField(pSVM,[0 0.83 1 0.16],DEFAULT.svmoptstring);

317)     set(model.txtSVMopts,'HorizontalAlignment','left');
318)     

319)     model.txtSVMnfold = createTextField(pSVM,[0.0 0.66 0.5 0.16],DEFAULT.svmnfold);

320)     createLabel(pSVM,[0.5 0.50 0.5 0.25 ],'-Fold CrossVal');
321)     

322)     model.chkSVMrnd = uicontrol(pSVM,'Style','checkbox','Units','normalized','Position',[0.1 0.50 0.9 0.16]);

323)     set(model.chkSVMrnd,'String','Randomize Datapoints');
324)     set(model.chkSVMrnd,'BackgroundColor','w');
325)     set(model.chkSVMrnd,'Value',DEFAULT.svmrnd);
326)     

327)     btnRunSVM = uicontrol(pSVM,'String','run batchmode SVM Crossvalidation',...
328)         'Units','normalized',...
329)         'Position',[0 0.25 1 0.25]);
330)     set(btnRunSVM,'Enable','on');
331)     
332)     btnRunXSVM = uicontrol(pSVM,'String','run SVM X-Subject validation',...
333)         'Units','normalized',...
334)         'Position',[0 0.0 1 0.25]);
335)     set(btnRunXSVM,'Enable','on');

336)     

337) pSOM = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0.5 0.4 0.5 0.4]);

338)     set(pSOM,'Title','SOM Classification');
339)     set(pSOM,'BackgroundColor',basecolor);
340) 
341)     model.txtSOMopts = createTextField(pSOM,[0 0.75 1 0.25],'4x3 rect');
342)     set(model.txtSOMopts,'HorizontalAlignment','left');

343)     set(model.txtSOMopts,'Enable','off');

344) 
345)     model.txtSOMnfold = createTextField(pSOM,[0.0 0.50 0.5 0.25],DEFAULT.svmnfold);

346)     set(model.txtSOMnfold,'Enable','off');

347)     createLabel(pSOM,[0.5 0.50 0.5 0.25 ],'-Fold CrossVal');
348) 
349)     btnRunSOM = uicontrol(pSOM,'String','run SOM Crossvalidation',...
350)         'Units','normalized',...

351)         'Position',[0.0 0.25 1 0.25]);
352)     set(btnRunSOM,'Enable','on');

353) 
354)     btnRunXSOM = uicontrol(pSOM,'String','run SOM X-Subject validation',...
355)         'Units','normalized',...
356)         'Position',[0.0 0.0 1 0.25]);
357)     set(btnRunXSOM,'Enable','off');

358) 
359) % button callbacks set here, because of model.
360)     set(btnRunSVM, 'Callback',{@cbRunDecode,model,'SVM'}); 
361)     set(btnRunXSVM,'Callback',{@cbRunDecode,model,'XSVM'}); 
362)     set(btnRunSOM, 'Callback',{@cbRunDecode,model,'SOM'});
363)     set(btnRunXSOM,'Callback',{@cbRunDecode,model,'XSOM'}); 

364) end
365) 

366) function model = createVisualStepPanel(model,parent,DEFAULT)

367)     pButtonPane = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0 0.5 1 0.5]);

368) %     set(pButtonPane,'Title','Plot');
369)     set(pButtonPane,'BackgroundColor','w');
370) 

371)     btnPlot01 = uicontrol(pButtonPane,'String','plot performance and SE',...

372)         'Units','normalized',...

373)         'Position',[0.0 0.0 0.5 0.25]);
374)     set(btnPlot01,'Callback',{@cbPlot,model,'simple'});

375)     set(btnPlot01,'Enable','on');

376)     
377)     btnPlot02 = uicontrol(pButtonPane,'String','plot subject performance and mean with SE',...
378)         'Units','normalized',...
379)         'Position',[0.5 0.0 0.5 0.25]);
380)     set(btnPlot02,'Callback',{@cbPlot,model,'x-subject-val'});
381)     set(btnPlot02,'Enable','on');
382) 
383) %     btnPlot03 = uicontrol(pButtonPane,'String','plot class performance and mean',...
384) %         'Units','normalized',...
385) %         'Position',[0.0 0.5 0.5 0.25]);
386) %     set(btnPlot03,'Callback',{@cbPlot,model,'class performance'}); 
387) %     set(btnPlot03,'Enable','on');
388)     

389) end
390) 

391) 

392) function cbSwitchTask(src,evnt,task,taskpanel)
393) set(taskpanel.preprocessing,'Visible','off');
394) set(taskpanel.classification,'Visible','off');

395) set(taskpanel.plot,'Visible','off');

396) 
397) switch task
398)     case 'PRE'
399)         set(taskpanel.preprocessing,'Visible','on');
400)     case 'CLASSIFY'
401)         set(taskpanel.classification,'Visible','on');
402)     case 'PLOT'

403)         set(taskpanel.plot,'Visible','on');

404) end
405) end
406) 

407) 

408) function cbRunPreprocessing(src,evnt,model,task)

409) main(model,'pre',task);
410) end
411) 
412) function cbRunDecode(src,evnt,model,task)
413) main(model,'decode',task);

414) end
415) 

416) function cbPlot(src,evnt,model,type)
417) main(model,'plot',type);
418) end
419) 
420) 

421) function model = mcb_cd(src,evnt,model)
422) disp('CD');
423) directory_name = uigetdir(model.baseDir,'Select Study Base Directory ...');
424) model.baseDir = directory_name;
425) model = scanDirs(model);
426) end
427) 
428) function mcb_save(src,evnt,model)
429) disp('SAVE');
430) baseDir  = model.baseDir;
431) timeLine = getTimeLineParams(model);
432) classDefString = getClassDefString(model);
433) coordDefString = getCoordDefString(model);
434) 
435) [file path] = uiputfile('*.mat','Save current Params ...',model.baseDir);
436) save( fullfile(path,file),'baseDir','timeLine','classDefString','coordDefString') ;
437) end
438) 
439) function model = mcb_load(src,evnt,model)
440) disp('LOAD');
441) [file path] = uigetfile('*.mat','Load Params ...',model.baseDir);
442) l = load(fullfile(path,file));
443) % assignin('base','l',l);
444) model = setTimeLineParams(model,l.timeLine);
445) model = setClassDefString(model,l.classDefString);
446) model = setCoordDefString(model,l.coordDefString);
447) model.baseDir = l.baseDir;
448) model = scanDirs(model);
449) 
450) end
451) 

452) function label = createLabel(parent,  pos, labelText)
453)     label = uicontrol(parent,'Style','text','Units','normalized','String',labelText,'Position',pos);
454)     set(label,'HorizontalAlignment','left');
455)     set(label,'BackgroundColor','w');
456) end
457) 
458) function txt = createTextField(parent,pos,model)

459) %     textfieldcolor = [0.9 0.9 0.0];
460)     textfieldcolor = 'w';