SVMCrossVal.git

1) function subjectStruct  = runROIImageMaskMode(args)

2) 

3) % global SVMCROSSVAL_SUBJECTSTRUCT_NAME;

4) 

5) subjects = args.subjects;

6)    

7) nSubjects = numel(subjects);

8) sessionlist = args.sessionList;

9) 

10) disp(sprintf('batch processing  %g subjects.',nSubjects));

11) 
12) for s = 1:nSubjects
13)     subjectStruct{s}.dir = fullfile(args.basedir,cell2mat(subjects(s)));

14)     d = load(fullfile(subjectStruct{s}.dir,'results','SPM.mat'));
15)     subjectStruct{s}.des = d.SPM;

16)     subjectStruct{s}.name = cell2mat(subjects(s));
17)     subjectStruct{s}.roiFile = ui_selectRoiImage(...
18)         sprintf('Select ROI Files for %s',subjectStruct{s}.name),...
19)         fullfile(subjectStruct{s}.dir,'results','roi'));
20) end
21) 
22) 
23) 
24) for s = 1:nSubjects
25)     % load image data
26)    
27)     disp('fetching volume definitions, please wait');

28)     subjectStruct{s}.volumes = spm_vol(getImageFileList(subjectStruct{s}.dir,sessionlist,args.mask));

29) 
30)     disp('computing volume values, please wait');

31)     

32)     extr = calculateRoiImageData(subjectStruct{s}.volumes,subjectStruct{s}.roiFile);
33)     
34)     nVoxel = size(extr(1).dat,1);
35) 

36)     % calculate psth

37)     pstopts.des = subjectStruct{s}.des;
38)     pstopts.eventList = args.eventList;
39)     pstopts.sessionList = sessionlist;
40) 
41)     disp('computing psth');

42)     for iVoxel = 1:nVoxel
43)         rawdata = [];
44)         for iImage = 1:length(extr);
45)             tmp = extr(iImage);
46)             rawdata = [rawdata tmp.dat(iVoxel)];
47)         end
48)         subjectStruct{s}.pst{iVoxel} = calculatePST(args.timeline,pstopts,rawdata);
49)     end

50)     disp('done');

51) end
52) 

53) % assignin('base',SVMCROSSVAL_SUBJECTSTRUCT_NAME,subjectStruct);

54)