SVMCrossVal.git

1) function runROIImageMaskMode(args)

2) 

3) global SVMCROSSVAL_SUBJECTSTRUCT_NAME;
4) 

5) subjects = args.subjects;

6)    

7) nSubjects = size(subjects);

8) sessionlist = args.sessionList;

9) 
10) 
11) for s = 1:nSubjects
12)     subjectStruct{s}.dir = fullfile(args.basedir,cell2mat(subjects(s)));

13)     d = load(fullfile(subjectStruct{s}.dir,'results','SPM.mat'));
14)     subjectStruct{s}.des = d.SPM;

15)     subjectStruct{s}.name = cell2mat(subjects(s));
16)     subjectStruct{s}.roiFile = ui_selectRoiImage(...
17)         sprintf('Select ROI Files for %s',subjectStruct{s}.name),...
18)         fullfile(subjectStruct{s}.dir,'results','roi'));
19) end
20) 
21) 
22) 
23) for s = 1:nSubjects
24)     % load image data
25)    
26)     disp('fetching volume definitions, please wait');

27)     subjectStruct{s}.volumes = spm_vol(getImageFileList(subjectStruct{s}.dir,sessionlist,args.mask));

28) 
29)     disp('computing volume values, please wait');

30)     

31)     extr = calculateRoiImageData(subjectStruct{s}.volumes,subjectStruct{s}.roiFile);
32)     
33)     nVoxel = size(extr(1).dat,1);
34) 

35)     % calculate psth

36)     pstopts.des = subjectStruct{s}.des;
37)     pstopts.eventList = args.eventList;
38)     pstopts.sessionList = sessionlist;
39) 
40)     disp('computing psth');

41)     for iVoxel = 1:nVoxel
42)         rawdata = [];
43)         for iImage = 1:length(extr);
44)             tmp = extr(iImage);
45)             rawdata = [rawdata tmp.dat(iVoxel)];
46)         end
47)         subjectStruct{s}.pst{iVoxel} = calculatePST(args.timeline,pstopts,rawdata);
48)     end

49)     disp('done');

50) end
51) 

52) assignin('base',SVMCROSSVAL_SUBJECTSTRUCT_NAME,subjectStruct);

53)