SVMCrossVal.git

1) function classify(varargin)

2) 

3) switch nargin
4)     case 0
5)         action = 'decode';
6)         SubjectID = 'JZ006';
7)     case 1
8)         action = 'decode';
9)         paramModel = varargin{1};

10)         SubjectID = getSubjectIDString(paramModel);

11)     otherwise
12)         error('spmtoolbox:SVMCrossVal:arginError','Please Specify action and parameter model');

13) end
14) 

15)     
16) 

17)     switch(action)
18)     case 'clear'
19)         evalin('base','clear map lm SPM classList dataTimeLine decodeTable labelTimeLine svmopts trialProtocol voxelList xTimeEnd xTimeStart xTimeWindow');
20)       
21)     case 'decode'

22)         

23)         display('loading SPM.mat');

24) %         SubjectID = 'JZ006';

25) %         SubjectID = 'AI020';
26) %         SubjectID = 'HG027';
27)         spm = load(fullfile('D:\Analyze\Choice\24pilot',SubjectID,'results\SPM.mat'));
28) 
29)         display('done.');

30)         

31)         params = struct;
32)         params.nClasses = 2;
33) 

34) %         assignin('base','params',params);

35)         %% calculate
36)         display('calculating cross-validation performance time-shift');
37)         calculateParams  = struct;
38)         
39)         calculateParams.des             = spm.SPM;

40)         

41)         calculateParams.smoothed        = getDouble(paramModel.txtSmoothed);
42)         

43)         calculateParams.frameShiftStart = getDouble(paramModel.txtFrameShiftStart);  % -20;
44)         calculateParams.frameShiftEnd   = getDouble(paramModel.txtFrameShiftEnd); %15;
45)         calculateParams.decodeDuration  = getDouble(paramModel.txtFrameShiftDur);
46)         calculateParams.psthStart       = getDouble(paramModel.txtPSTHStart); % -25;
47)         calculateParams.psthEnd         = getDouble(paramModel.txtPSTHEnd); % 20;
48)         calculateParams.baselineStart   = getDouble(paramModel.txtBaselineStart); % -22;
49)         calculateParams.baselineEnd     = getDouble(paramModel.txtBaselineEnd); % -20;
50) 

51)         calculateParams.voxelList       = parseVoxelList(paramModel);

52) 
53)         calculateParams.svmargs         = get(paramModel.txtSVMopts,'String');

54)         calculateParams.sessionList     = 1:3;

55) 

56)         classStruct = parseClassDef(paramModel);

57) %         assignin('base','classStruct',classStruct);

58)         
59)         calculateParams.classList       = classStruct.label; %{'<','>'};
60)         calculateParams.labelMap        = LabelMap(classStruct.label , classStruct.value); % LabelMap({'<','>','<+<','>+>','<+>','>+<'},{-2,-1,1,2,3,4});
61)         calculateParams.eventList       = classStruct.event; %[9,11,13; 10,12,14];
62)         

63)         
64)         assignin('base','calculateParams',calculateParams);
65)         
66) %         [decodeTable rawTimeCourse] = calculateDecodePerformance(spm,params.frameShiftStart,params.frameShiftEnd,params.xTimeWindow,params.svmopts,1:4,params.sessionList,params.voxelList,params.classList,params.labelMap,params.normalize);
67)         decode = calculateDecodePerformance(calculateParams);
68)         display(sprintf('Min CrossVal Accuracy: %g%% \t Max CrossVal Accuracy: %g%%',decode.minPerformance,decode.maxPerformance));
69)         
70)         assignin('base','decode',decode);
71) 
72)         display('Finished calculations.');
73)         display('Plotting.');
74) 
75)         plotParams = struct;
76)         plotParams.psthStart = calculateParams.psthStart;
77)         plotParams.psthEnd   = calculateParams.psthEnd;
78)         plotParams.nClasses  = length(calculateParams.classList);
79)         plotParams.frameShiftStart   = calculateParams.frameShiftStart;
80)         plotParams.frameShiftEnd     = calculateParams.frameShiftEnd;
81)         plotParams.decodePerformance = decode.decodePerformance;
82)         plotParams.rawTimeCourse     = decode.rawTimeCourse;
83)         plotParams.SubjectID         = SubjectID;

84)         plotParams.smoothed          = calculateParams.smoothed;

85)         
86)         assignin('base','plotParams',plotParams);
87) %         plotDecodePerformance(params.psthStart,params.psthEnd,params.nClasses,decode.decodeTable,params.frameShiftStart,params.frameShiftEnd,decode.rawTimeCourse);
88)         plotDecodePerformance(plotParams);
89) 
90)     otherwise

91)         display('give action command: clear decode');