SVMCrossVal.git

1) function classify(varargin)

2) 

3) switch nargin
4)     case 0
5)         action = 'decode';
6)         SubjectID = 'JZ006';
7)     case 1
8)         action = 'decode';
9)         paramModel = varargin{1};

10)         SubjectID = getSubjectIDString(paramModel);

11)     otherwise
12)         error('spmtoolbox:SVMCrossVal:arginError','Please Specify action and parameter model');

13) end
14) 

15)     
16) 

17)     switch(action)
18)     case 'clear'
19)         evalin('base','clear map lm SPM classList dataTimeLine decodeTable labelTimeLine svmopts trialProtocol voxelList xTimeEnd xTimeStart xTimeWindow');
20)       
21)     case 'decode'

22)         

23)         display('loading SPM.mat');

24) %         SubjectID = 'JZ006';

25) %         SubjectID = 'AI020';
26) %         SubjectID = 'HG027';
27)         spm = load(fullfile('D:\Analyze\Choice\24pilot',SubjectID,'results\SPM.mat'));
28) 
29)         display('done.');

30)         

31)         
32)         
33)         params = struct;
34)         params.nClasses = 2;
35) 
36)         assignin('base','params',params);
37)         %% calculate
38)         display('calculating cross-validation performance time-shift');
39)         calculateParams  = struct;
40)         
41)         calculateParams.des             = spm.SPM;

42)         
43)         calculateParams.frameShiftStart = getDouble(paramModel.txtFrameShiftStart);  % -20;
44)         calculateParams.frameShiftEnd   = getDouble(paramModel.txtFrameShiftEnd); %15;
45)         calculateParams.decodeDuration  = getDouble(paramModel.txtFrameShiftDur);
46)         calculateParams.psthStart       = getDouble(paramModel.txtPSTHStart); % -25;
47)         calculateParams.psthEnd         = getDouble(paramModel.txtPSTHEnd); % 20;
48)         calculateParams.baselineStart   = getDouble(paramModel.txtBaselineStart); % -22;
49)         calculateParams.baselineEnd     = getDouble(paramModel.txtBaselineEnd); % -20;
50) 
51)         calculateParams.voxelList = parseVoxelList(paramModel);
52) 
53)         calculateParams.svmargs         = get(paramModel.txtSVMopts,'String');

54)         calculateParams.sessionList     = 1:3;

55) 
56) %         parseClassDef(paramModel)

57)         calculateParams.classList       = {'<','>'};
58)         calculateParams.labelMap        = LabelMap({'<','>','<+<','>+>','<+>','>+<'},{-2,-1,1,2,3,4});
59)         calculateParams.eventList       = [9,11,13; 10,12,14];
60)         
61)         assignin('base','calculateParams',calculateParams);
62)         
63) %         [decodeTable rawTimeCourse] = calculateDecodePerformance(spm,params.frameShiftStart,params.frameShiftEnd,params.xTimeWindow,params.svmopts,1:4,params.sessionList,params.voxelList,params.classList,params.labelMap,params.normalize);
64)         decode = calculateDecodePerformance(calculateParams);
65)         display(sprintf('Min CrossVal Accuracy: %g%% \t Max CrossVal Accuracy: %g%%',decode.minPerformance,decode.maxPerformance));
66)         
67)         assignin('base','decode',decode);
68) 
69)         display('Finished calculations.');
70)         display('Plotting.');
71) 
72)         plotParams = struct;
73)         plotParams.psthStart = calculateParams.psthStart;
74)         plotParams.psthEnd   = calculateParams.psthEnd;
75)         plotParams.nClasses  = length(calculateParams.classList);
76)         plotParams.frameShiftStart   = calculateParams.frameShiftStart;
77)         plotParams.frameShiftEnd     = calculateParams.frameShiftEnd;
78)         plotParams.decodePerformance = decode.decodePerformance;
79)         plotParams.rawTimeCourse     = decode.rawTimeCourse;
80)         plotParams.SubjectID         = SubjectID;
81)         
82)         assignin('base','plotParams',plotParams);
83) %         plotDecodePerformance(params.psthStart,params.psthEnd,params.nClasses,decode.decodeTable,params.frameShiftStart,params.frameShiftEnd,decode.rawTimeCourse);
84)         plotDecodePerformance(plotParams);
85) 
86)     otherwise

87)         display('give action command: clear decode');