SVMCrossVal.git

1) function classify(varargin)

2) 

3) switch nargin
4)     case 0
5)         action = 'decode';
6)         SubjectID = 'JZ006';
7)     case 1
8)         action = 'decode';
9)         paramModel = varargin{1};
10)     otherwise
11)         error('spmtoolbox:SVMCrossVal:arginError','Please Specify action and parameter model');

12) end
13) 

14)     
15) 

16)     switch(action)
17)     case 'clear'
18)         evalin('base','clear map lm SPM classList dataTimeLine decodeTable labelTimeLine svmopts trialProtocol voxelList xTimeEnd xTimeStart xTimeWindow');
19)       
20)     case 'decode'

21)         tmp_sidx =  get(paramModel.subjectSelector,'Value');
22)         tmp_cellList = getSubjectCellList(paramModel.subjectMap);
23)         SubjectID = cell2mat(tmp_cellList(tmp_sidx));
24)         

25)         display('loading SPM.mat');

26) %         SubjectID = 'JZ006';

27) %         SubjectID = 'AI020';
28) %         SubjectID = 'HG027';
29)         spm = load(fullfile('D:\Analyze\Choice\24pilot',SubjectID,'results\SPM.mat'));
30) 
31)         display('done.');
32) 
33) 
34) 
35) 
36)         map = SubjectRoiMapping;
37) 
38)         voxelList  = [...
39)                       getCoordinate(map,SubjectID,'SPL l')+[0,0,0];...
40)                           getCoordinate(map,SubjectID,'SPL l')+[1,0,0];...
41)                           getCoordinate(map,SubjectID,'SPL l')+[-1,0,0];...
42)                           getCoordinate(map,SubjectID,'SPL l')+[0,1,0];...
43)                           getCoordinate(map,SubjectID,'SPL l')+[0,-1,0];...
44)                           getCoordinate(map,SubjectID,'SPL l')+[0,0,1];...
45)                           getCoordinate(map,SubjectID,'SPL l')+[0,0,-1];...
46)                       getCoordinate(map,SubjectID,'SPL r')+[0,0,0];...
47)                           getCoordinate(map,SubjectID,'SPL r')+[1,0,0];...
48)                           getCoordinate(map,SubjectID,'SPL r')+[-1,0,0];...
49)                           getCoordinate(map,SubjectID,'SPL r')+[0,1,0];...
50)                           getCoordinate(map,SubjectID,'SPL r')+[0,-1,0];...
51)                           getCoordinate(map,SubjectID,'SPL r')+[0,0,1];...
52)                           getCoordinate(map,SubjectID,'SPL r')+[0,0,-1];...
53)                       getCoordinate(map,SubjectID,'M1 r')+[0,0,0];...
54)                       getCoordinate(map,SubjectID,'M1 l')+[0,0,0];...
55)                       ];
56)         
57)         
58)         params = struct;
59)         params.nClasses = 2;
60) 
61)         assignin('base','params',params);
62)         %% calculate
63)         display('calculating cross-validation performance time-shift');
64)         calculateParams  = struct;
65)         
66)         calculateParams.des             = spm.SPM;
67)         calculateParams.frameShiftStart = -20;
68)         calculateParams.frameShiftEnd   = 15;

69)         calculateParams.decodeDuration  = 0;

70)         calculateParams.svmargs         = '-t 0 -s 0 -v 6';
71)         calculateParams.sessionList     = 1:3;
72)         calculateParams.voxelList       = voxelList;
73)         calculateParams.classList       = {'<','>'};
74)         calculateParams.labelMap        = LabelMap({'<','>','<+<','>+>','<+>','>+<'},{-2,-1,1,2,3,4});
75)         calculateParams.psthStart       = -25;
76)         calculateParams.psthEnd         = 20;
77)         calculateParams.baselineStart   = -22;
78)         calculateParams.baselineEnd     = -20;
79)         calculateParams.eventList       = [9,11,13; 10,12,14];
80)         
81)         assignin('base','calculateParams',calculateParams);
82)         
83) %         [decodeTable rawTimeCourse] = calculateDecodePerformance(spm,params.frameShiftStart,params.frameShiftEnd,params.xTimeWindow,params.svmopts,1:4,params.sessionList,params.voxelList,params.classList,params.labelMap,params.normalize);
84)         decode = calculateDecodePerformance(calculateParams);
85)         display(sprintf('Min CrossVal Accuracy: %g%% \t Max CrossVal Accuracy: %g%%',decode.minPerformance,decode.maxPerformance));
86)         
87)         assignin('base','decode',decode);
88) 
89)         display('Finished calculations.');
90)         display('Plotting.');
91) 
92)         plotParams = struct;
93)         plotParams.psthStart = calculateParams.psthStart;
94)         plotParams.psthEnd   = calculateParams.psthEnd;
95)         plotParams.nClasses  = length(calculateParams.classList);
96)         plotParams.frameShiftStart   = calculateParams.frameShiftStart;
97)         plotParams.frameShiftEnd     = calculateParams.frameShiftEnd;
98)         plotParams.decodePerformance = decode.decodePerformance;
99)         plotParams.rawTimeCourse     = decode.rawTimeCourse;
100)         plotParams.SubjectID         = SubjectID;
101)         
102)         assignin('base','plotParams',plotParams);
103) %         plotDecodePerformance(params.psthStart,params.psthEnd,params.nClasses,decode.decodeTable,params.frameShiftStart,params.frameShiftEnd,decode.rawTimeCourse);
104)         plotDecodePerformance(plotParams);
105) 
106)     otherwise

107)         display('give action command: clear decode');