SVMCrossVal.git

1) function classify(varargin)

2) 

3) 

4) 

5) switch nargin
6)     case 1
7)         paramModel = varargin{1};

8)         % PROJECT_BASE_PATH = 'D:\Analyze\Stimolos';
9)         PROJECT_BASE_PATH = 'D:\Analyze\Choice\24pilot';
10)         PROJECT_RESULT_PATH = 'results\SPM.mat';

11)     otherwise
12)         error('spmtoolbox:SVMCrossVal:arginError','Please Specify action and parameter model');

13) end
14) 

15)         

16)         % common params

17)         calculateParams  = struct;

18)         calculateParams.smoothed        = getDouble(paramModel.txtSmoothed);

19) 

20)         calculateParams.frameShiftStart = getDouble(paramModel.txtFrameShiftStart);  % -20;
21)         calculateParams.frameShiftEnd   = getDouble(paramModel.txtFrameShiftEnd); %15;
22)         calculateParams.decodeDuration  = getDouble(paramModel.txtFrameShiftDur);
23)         calculateParams.psthStart       = getDouble(paramModel.txtPSTHStart); % -25;
24)         calculateParams.psthEnd         = getDouble(paramModel.txtPSTHEnd); % 20;
25)         calculateParams.baselineStart   = getDouble(paramModel.txtBaselineStart); % -22;
26)         calculateParams.baselineEnd     = getDouble(paramModel.txtBaselineEnd); % -20;
27) 
28)         calculateParams.svmargs         = get(paramModel.txtSVMopts,'String');

29)         calculateParams.sessionList     = 1:3;

30) 

31)         classStruct = parseClassDef(paramModel);
32)         
33)         

34)         calculateParams.labelMap        = LabelMap(classStruct.labelCells , classStruct.conditionCells, 'auto'); % LabelMap({'<','>','<+<','>+>','<+>','>+<'},{-2,-1,1,2,3,4}); 0 is autolabel
35)         calculateParams.classList       = getClasses(calculateParams.labelMap);
36)         calculateParams.eventList       = classStruct.eventMatrix; %[9,11,13; 10,12,14];
37) %         calculateParams.eventList       = getPSTEventMatrix(calculateParams.labelMap);
38)         
39) %         params = struct;
40) %         params.nClasses = 2;

41)         

42)         subjectSelection = getSubjectIDString(paramModel);
43)         decode = struct;
44)         decode.decodePerformance = [];
45)         decode.rawTimeCourse     = [];

46)         

47)         for subjectCell = subjectSelection
48)             SubjectID = cell2mat(subjectCell);

49)             namehelper = strcat('s',SubjectID); %Vars can not start with numbers.

50) 

51)             display('loading SPM.mat ...');

52)             spm = load(fullfile(PROJECT_BASE_PATH,SubjectID,PROJECT_RESULT_PATH));

53)             display('... done.');

54) 
55)             %% calculate

56)             display(sprintf('calculating cross-validation performance time-shift for Subject %s. Please Wait. ...',SubjectID));

57)             calculateParams.(namehelper).des             = spm.SPM;
58)             calculateParams.(namehelper).voxelList       = parseVoxelList(paramModel,SubjectID);

59)             
60)             assignin('base','calculateParams',calculateParams);
61)             
62)     %         [decodeTable rawTimeCourse] = calculateDecodePerformance(spm,params.frameShiftStart,params.frameShiftEnd,params.xTimeWindow,params.svmopts,1:4,params.sessionList,params.voxelList,params.classList,params.labelMap,params.normalize);
63)             display('switching off all warnings');
64)             warning_state = warning('off','all');

65)             display('calculating ...');

66)             decode.(namehelper) = calculateDecodePerformance(calculateParams,SubjectID);

67)             display('... done');

68)             display('restoring warnings');
69)             warning(warning_state);
70)             

71)             decode.decodePerformance = [decode.decodePerformance decode.(namehelper).decodePerformance];
72)             decode.rawTimeCourse = [decode.rawTimeCourse decode.(namehelper).rawTimeCourse];

73)   
74)             
75) %             display(sprintf('Min CrossVal Accuracy: %g%% \t Max CrossVal Accuracy: %g%%',decode.minPerformance,decode.maxPerformance));
76) 
77)             assignin('base','decode',decode);
78)         end

79) 
80)         display('Finished calculations.');

81)         display('Plotting...');

82) 
83)         plotParams = struct;
84)         plotParams.psthStart = calculateParams.psthStart;
85)         plotParams.psthEnd   = calculateParams.psthEnd;
86)         plotParams.nClasses  = length(calculateParams.classList);

87)         

88)         plotParams.frameShiftStart   = calculateParams.frameShiftStart;
89)         plotParams.frameShiftEnd     = calculateParams.frameShiftEnd;
90)         plotParams.decodePerformance = decode.decodePerformance;
91)         plotParams.rawTimeCourse     = decode.rawTimeCourse;
92)         

93)         if numel(subjectSelection) == 1
94)           plotParams.SubjectID         = SubjectID;
95)         else
96)           plotParams.SubjectID         = 'Multiple';
97)         end
98) 
99)         plotParams.smoothed          = boolToYesNoString(calculateParams.smoothed);
100)          
101) 

102)         assignin('base','plotParams',plotParams);
103) %         plotDecodePerformance(params.psthStart,params.psthEnd,params.nClasses,decode.decodeTable,params.frameShiftStart,params.frameShiftEnd,decode.rawTimeCourse);
104)         plotDecodePerformance(plotParams);

105)             

106)         display('all done.');

107)