SVMCrossVal.git

1) function spm_SVMCrossVal
2) 
3) 
4) %  Initialize and hide the GUI as it is being constructed.
5)     frameWidth=450;

6)     frameHeight=600;

7)     frame = figure('Visible','off','Position',[0,0,frameWidth,frameHeight]);
8)     movegui(frame,'west'); % get this thing visible on smaller displays.
9)     
10)     set(frame,'Name','SVMCrossVal Decode Performance 4 SPM');
11)     set(frame,'NumberTitle','off');
12)     set(frame,'MenuBar','none');
13)     set(frame,'Color',get(0,'defaultUicontrolBackgroundColor'));
14)     set(frame,'Resize','off');
15)     set(frame,'Units','normalize');

16)     
17)     
18)     model.subjectMap = SubjectRoiMapping;
19)     nElementRows = 24;
20)     optionLineHeight = 1.0/nElementRows;
21)     controlElementHeight=optionLineHeight*(1.0/1.5)*frameHeight;

22)     pSubject     = uipanel(frame,'Title','Subject',          'Position',[0 optionLineHeight*19 frameWidth optionLineHeight*5]);
23)     pPSTH        = uipanel(frame,'Title','PSTH Options',     'Position',[0 optionLineHeight*14 frameWidth optionLineHeight*5]); 
24)     pCLASS       = uipanel(frame,'Title','Class Definitions','Position',[0 optionLineHeight*9  frameWidth optionLineHeight*5]); 
25)     pVOXEL       = uipanel(frame,'Title','Voxel Selector',   'Position',[0 optionLineHeight*3  frameWidth optionLineHeight*6]); 

26)     pSVM         = uipanel(frame,'Title','SVM Options',      'Position',[0 optionLineHeight*1  frameWidth optionLineHeight*2]); 
27)     btnRunButton = uicontrol(frame,'Tag','run','String','run decode-performance visualiser','Position',[2 optionLineHeight*0  frameWidth controlElementHeight*1.6]);

28) 
29) 

30)     % Subject
31)     firstColumn  =  5.00;
32)     firstRow     =  1.00 * controlElementHeight;

33)     

34)     model.subjectSelector = uicontrol(pSubject,'Style','listbox',...
35)                     'Min',1, 'Max',3,...

36)                     'String',getSubjectCellList(model.subjectMap),...

37)                     'Value',5,...  % default selected item
38)                     'Position',[firstColumn firstRow 0.66*frameWidth controlElementHeight*6]);

39)     set(model.subjectSelector,'BackgroundColor','w');

40)     

41)     model.txtSmoothed = createTextField(pSubject,[0.68*frameWidth firstRow  0.25*frameWidth controlElementHeight],'1');

42) 
43)     % PSTH
44)     firstColumn  = 5.00;

45)     secondColumn = 0.33*frameWidth;
46)     thirdColumn  = 0.66*frameWidth;

47) %     fourthColumn = 0.84*frameWidth;

48)     
49)     firstRow    = 5.5*controlElementHeight;
50)     secondRow   = 4.5*controlElementHeight;
51)     thirdRow    = 3.5*controlElementHeight;

52)     fourthRow   = 2.5*controlElementHeight;
53)     fifthRow    = 1.0*controlElementHeight;

54)     

55)     lStart      = createLabel(pPSTH, [secondColumn firstRow  0.33*frameWidth controlElementHeight],'Start [sec]');
56)     lEnd        = createLabel(pPSTH, [thirdColumn  firstRow  0.33*frameWidth controlElementHeight],'End [sec]');
57)     lPSTH       = createLabel(pPSTH, [firstColumn  secondRow 0.33*frameWidth controlElementHeight],'PSTH Range');
58)     lBaseline   = createLabel(pPSTH, [firstColumn  thirdRow  0.33*frameWidth controlElementHeight],'Baseline');
59)     lFrameShift = createLabel(pPSTH, [firstColumn  fourthRow 0.33*frameWidth controlElementHeight],'SVM Frame Shift');
60)     lFramsSize  = createLabel(pPSTH, [firstColumn  fifthRow  0.33*frameWidth controlElementHeight],'SVM Frame Size');

61)     
62)     

63)     model.txtBaselineStart   = createTextField(pPSTH,[secondColumn thirdRow  0.25*frameWidth controlElementHeight],'-22.0');
64)     model.txtBaselineEnd     = createTextField(pPSTH,[thirdColumn  thirdRow  0.25*frameWidth controlElementHeight],'-20.0');
65)     model.txtPSTHStart       = createTextField(pPSTH,[secondColumn secondRow 0.25*frameWidth controlElementHeight],'-25.0');
66)     model.txtPSTHEnd         = createTextField(pPSTH,[thirdColumn  secondRow 0.25*frameWidth controlElementHeight],' 20.0');

67)     model.txtFrameShiftStart = createTextField(pPSTH,[secondColumn fourthRow 0.25*frameWidth controlElementHeight],'-20.0');
68)     model.txtFrameShiftEnd   = createTextField(pPSTH,[thirdColumn  fourthRow 0.25*frameWidth controlElementHeight],' 15.0');
69)     model.txtFrameShiftDur   = createTextField(pPSTH,[secondColumn fifthRow  0.25*frameWidth controlElementHeight],' 0');

70) 
71)                 
72)     %Classes
73)     nClassRows = 6;
74)     firstColumn  = 5.00;

75)     

76)     firstRow    = (nClassRows-0.5)*controlElementHeight;
77)     secondRow   = (nClassRows-4.5)*controlElementHeight;
78) 
79)     lClassDef = createLabel(pCLASS, [firstColumn firstRow  0.66*frameWidth controlElementHeight],'<Label>,<[Event,Event,..]>,<SVM-Value>;');
80)     model.txtClassDef = createTextField(pCLASS,[firstColumn secondRow 0.98*frameWidth 4*controlElementHeight],sprintf('<,\t[ 9,11,13],\t-2 ;\n>,\t[10,12,14],\t-1;'));
81)     set(model.txtClassDef,'HorizontalAlignment','left');
82)     set(model.txtClassDef,'Max',20);
83)     set(model.txtClassDef,'Min',0);

84)     set(model.txtClassDef, 'FontName', 'FixedWidth')

85)     

86)     %Voxel
87)     nVoxelRows = 8;
88)     firstColumn  = 5.00;

89)     

90)     firstRow    = (nVoxelRows-0.5)*controlElementHeight;
91)     secondRow   = (nVoxelRows-7.5)*controlElementHeight;
92) 
93)     lVoxelDef = createLabel(pVOXEL, [firstColumn firstRow  0.66*frameWidth controlElementHeight],'<ROI Name>,<ROI Modifier>;');
94)     model.txtVoxelDef = createTextField(pVOXEL,[firstColumn secondRow 0.98*frameWidth 6*controlElementHeight],...

95)         sprintf('M1 l,\t[ 0, 0, 0];\nM1 l,\t[ 1, 0, 0];\nM1 l,\t[ 0, 1, 0];\nM1 l,\t[ 0, 0, 1];\n'));

96)     set(model.txtVoxelDef,'HorizontalAlignment','left');
97)     set(model.txtVoxelDef,'Max',20);
98)     set(model.txtVoxelDef,'Min',0);

99)     set(model.txtVoxelDef, 'FontName', 'FixedWidth')

100)                 
101)     % SVM
102)     firstColumn  =  5.00;
103)     firstRow     =  1.00 * controlElementHeight;
104) 
105)     model.txtSVMopts = createTextField(pSVM,[firstColumn firstRow  0.66*frameWidth controlElementHeight],'-t 0 -s 0 -v 6');

106)     set(model.txtSVMopts,'Enable','on'); %inactive

107)     set(model.txtSVMopts,'HorizontalAlignment','left');
108) 
109)     set(btnRunButton,'Callback',{@cbRunSVM,model}); % set here, because of model.    

110)     set(frame,'Visible','on');
111) end

112)     

113) function label = createLabel(parent,  pos, labelText)
114)     label = uicontrol(parent,'Style','text','String',labelText,'Position',pos);
115)     set(label,'HorizontalAlignment','left');
116)     set(label,'Units','characters');
117) %     set(label,'BackgroundColor','r');
118) end
119) 
120) function btn = createButton(parent,pos,tag,labelText,cbArgs)
121)     btn = uicontrol(parent,'Position',pos,'String',labelText,'tag',tag);
122)      set(btn,'Callback',{@cbParseVariable,cbArgs});
123) %     set(btn,'BackgroundColor','b');
124) end
125) 
126) function txt = createTextField(parent,pos,model)
127)     txt = uicontrol(parent,'Style','edit','String',model,'Position',pos);
128)     set(txt,'BackgroundColor','w');
129) end
130) 
131) function drpField = createDropDown(parent,pos,selectionModel)
132)  drpField = uicontrol(parent,'Style','popupmenu','Position',pos);
133)   set(drpField,'String',selectionModel.Strings);
134)   set(drpField,'BackgroundColor','w');
135) end
136) 

137) function sane = isSane(model)
138)     sane = 1;
139) end
140) 
141) 
142) function cbRunSVM(src,evnt,model)

143) 

144)     display('RUN');

145) 
146)     % TODO test parameter values
147)     
148)     if isSane(model)
149)         set(0,'userdata',model);
150) %         set(src,'Enable','off');

151) %         assignin('base','guiParams',model);

152)         classify(model)

153) %         set(src,'Enable','on');
154)     else
155)         %todo error beep!
156)         error('spmtoolbox:SVMCrossVal:paramcheck','please verify all parameters');
157)     end
158)                                         
159) end
160) 
161) 

162) function save(model)
163) 
164) end
165) 
166) function model = load()
167) end
168)