SVMCrossVal.git

1) function classify(varargin)

2) 

3) switch nargin
4)     case 0
5)         action = 'decode';
6)         SubjectID = 'JZ006';
7)     case 1
8)         action = 'decode';
9)         paramModel = varargin{1};
10)     otherwise
11)         error('spmtoolbox:SVMCrossVal:arginError','Please Specify action and parameter model');

12) end
13) 

14)     
15) 

16)     switch(action)
17)     case 'clear'
18)         evalin('base','clear map lm SPM classList dataTimeLine decodeTable labelTimeLine svmopts trialProtocol voxelList xTimeEnd xTimeStart xTimeWindow');
19)       
20)     case 'decode'

21)         
22)         SubjectID = getSubjectIDString(paramModel);
23) 

24)         

25)         display('loading SPM.mat');

26) %         SubjectID = 'JZ006';

27) %         SubjectID = 'AI020';
28) %         SubjectID = 'HG027';
29)         spm = load(fullfile('D:\Analyze\Choice\24pilot',SubjectID,'results\SPM.mat'));
30) 
31)         display('done.');

32)         

33)         
34)         
35)         params = struct;
36)         params.nClasses = 2;
37) 
38)         assignin('base','params',params);
39)         %% calculate
40)         display('calculating cross-validation performance time-shift');
41)         calculateParams  = struct;
42)         
43)         calculateParams.des             = spm.SPM;

44)         
45)         calculateParams.frameShiftStart = getDouble(paramModel.txtFrameShiftStart);  % -20;
46)         calculateParams.frameShiftEnd   = getDouble(paramModel.txtFrameShiftEnd); %15;
47)         calculateParams.decodeDuration  = getDouble(paramModel.txtFrameShiftDur);
48)         calculateParams.psthStart       = getDouble(paramModel.txtPSTHStart); % -25;
49)         calculateParams.psthEnd         = getDouble(paramModel.txtPSTHEnd); % 20;
50)         calculateParams.baselineStart   = getDouble(paramModel.txtBaselineStart); % -22;
51)         calculateParams.baselineEnd     = getDouble(paramModel.txtBaselineEnd); % -20;
52) 
53)         calculateParams.voxelList = parseVoxelList(paramModel);
54) 
55)         calculateParams.svmargs         = get(paramModel.txtSVMopts,'String');

56)         calculateParams.sessionList     = 1:3;

57) 
58) %         parseClassDef(paramModel)

59)         calculateParams.classList       = {'<','>'};
60)         calculateParams.labelMap        = LabelMap({'<','>','<+<','>+>','<+>','>+<'},{-2,-1,1,2,3,4});
61)         calculateParams.eventList       = [9,11,13; 10,12,14];
62)         
63)         assignin('base','calculateParams',calculateParams);
64)         
65) %         [decodeTable rawTimeCourse] = calculateDecodePerformance(spm,params.frameShiftStart,params.frameShiftEnd,params.xTimeWindow,params.svmopts,1:4,params.sessionList,params.voxelList,params.classList,params.labelMap,params.normalize);
66)         decode = calculateDecodePerformance(calculateParams);
67)         display(sprintf('Min CrossVal Accuracy: %g%% \t Max CrossVal Accuracy: %g%%',decode.minPerformance,decode.maxPerformance));
68)         
69)         assignin('base','decode',decode);
70) 
71)         display('Finished calculations.');
72)         display('Plotting.');
73) 
74)         plotParams = struct;
75)         plotParams.psthStart = calculateParams.psthStart;
76)         plotParams.psthEnd   = calculateParams.psthEnd;
77)         plotParams.nClasses  = length(calculateParams.classList);
78)         plotParams.frameShiftStart   = calculateParams.frameShiftStart;
79)         plotParams.frameShiftEnd     = calculateParams.frameShiftEnd;
80)         plotParams.decodePerformance = decode.decodePerformance;
81)         plotParams.rawTimeCourse     = decode.rawTimeCourse;
82)         plotParams.SubjectID         = SubjectID;
83)         
84)         assignin('base','plotParams',plotParams);
85) %         plotDecodePerformance(params.psthStart,params.psthEnd,params.nClasses,decode.decodeTable,params.frameShiftStart,params.frameShiftEnd,decode.rawTimeCourse);
86)         plotDecodePerformance(plotParams);
87) 
88)     otherwise

89)         display('give action command: clear decode');