SVMCrossVal.git

1) function classify(varargin)

2) 

3) PROJECT_BASE_PATH = 'D:\Analyze\Stimolos';

4) PROJECT_RESULT_PATH = 'results\SPM.mat';
5) 

6) switch nargin
7)     case 1
8)         action = 'decode';
9)         paramModel = varargin{1};
10)     otherwise
11)         error('spmtoolbox:SVMCrossVal:arginError','Please Specify action and parameter model');

12) end
13) 

14)     
15) 

16)     switch(action)
17)     case 'clear'
18)         evalin('base','clear map lm SPM classList dataTimeLine decodeTable labelTimeLine svmopts trialProtocol voxelList xTimeEnd xTimeStart xTimeWindow');
19)       
20)     case 'decode'

21)         
22)         

23)         % common params

24)         calculateParams  = struct;

25)         calculateParams.smoothed        = getDouble(paramModel.txtSmoothed);

26) 

27)         calculateParams.frameShiftStart = getDouble(paramModel.txtFrameShiftStart);  % -20;
28)         calculateParams.frameShiftEnd   = getDouble(paramModel.txtFrameShiftEnd); %15;
29)         calculateParams.decodeDuration  = getDouble(paramModel.txtFrameShiftDur);
30)         calculateParams.psthStart       = getDouble(paramModel.txtPSTHStart); % -25;
31)         calculateParams.psthEnd         = getDouble(paramModel.txtPSTHEnd); % 20;
32)         calculateParams.baselineStart   = getDouble(paramModel.txtBaselineStart); % -22;
33)         calculateParams.baselineEnd     = getDouble(paramModel.txtBaselineEnd); % -20;
34) 
35)         calculateParams.svmargs         = get(paramModel.txtSVMopts,'String');

36)         calculateParams.sessionList     = 1:3;

37) 

38)         classStruct = parseClassDef(paramModel);
39)         
40)         calculateParams.classList       = classStruct.label; %{'<','>'};
41)         calculateParams.labelMap        = LabelMap(classStruct.label , classStruct.value); % LabelMap({'<','>','<+<','>+>','<+>','>+<'},{-2,-1,1,2,3,4});
42)         calculateParams.eventList       = classStruct.event; %[9,11,13; 10,12,14];

43) 
44)         params = struct;
45)         params.nClasses = 2;

46)         

47)         

48)         subjectSelection = getSubjectIDString(paramModel);
49)         decode = struct;
50)         decode.decodePerformance = [];
51)         decode.rawTimeCourse     = [];

52)         

53)         for subjectCell = subjectSelection
54)             SubjectID = cell2mat(subjectCell);
55) 
56)             display('loading SPM.mat');
57)             spm = load(fullfile(PROJECT_BASE_PATH,SubjectID,PROJECT_RESULT_PATH));
58) %             display('done.');
59) 
60)             %% calculate
61)             display(sprintf('calculating cross-validation performance time-shift for Subject %s',SubjectID));

62)             namehelper = strcat('s',SubjectID);
63)             calculateParams.(namehelper).des             = spm.SPM;
64)             calculateParams.(namehelper).voxelList       = parseVoxelList(paramModel,SubjectID);

65)             
66)             assignin('base','calculateParams',calculateParams);
67)             
68)     %         [decodeTable rawTimeCourse] = calculateDecodePerformance(spm,params.frameShiftStart,params.frameShiftEnd,params.xTimeWindow,params.svmopts,1:4,params.sessionList,params.voxelList,params.classList,params.labelMap,params.normalize);
69)             display('switching off all warnings');
70)             warning_state = warning('off','all');
71)             

72)             decode.(namehelper) = calculateDecodePerformance(calculateParams,SubjectID);

73)             display('restoring warnings');
74)             warning(warning_state);
75)             

76)             decode.decodePerformance = [decode.decodePerformance decode.(namehelper).decodePerformance];
77)             decode.rawTimeCourse = [decode.rawTimeCourse decode.(namehelper).rawTimeCourse];

78)   
79)             
80) %             display(sprintf('Min CrossVal Accuracy: %g%% \t Max CrossVal Accuracy: %g%%',decode.minPerformance,decode.maxPerformance));
81) 
82)             assignin('base','decode',decode);
83)         end

84) 
85)         display('Finished calculations.');

86)         display('Plotting...');

87) 
88)         plotParams = struct;
89)         plotParams.psthStart = calculateParams.psthStart;
90)         plotParams.psthEnd   = calculateParams.psthEnd;
91)         plotParams.nClasses  = length(calculateParams.classList);

92)         

93)         plotParams.frameShiftStart   = calculateParams.frameShiftStart;
94)         plotParams.frameShiftEnd     = calculateParams.frameShiftEnd;
95)         plotParams.decodePerformance = decode.decodePerformance;
96)         plotParams.rawTimeCourse     = decode.rawTimeCourse;
97)         

98)         if numel(subjectSelection) == 1
99)           plotParams.SubjectID         = SubjectID;
100)         else
101)           plotParams.SubjectID         = 'Multiple';
102)         end
103) 
104)         plotParams.smoothed          = boolToYesNoString(calculateParams.smoothed);
105)          
106) 

107)         assignin('base','plotParams',plotParams);
108) %         plotDecodePerformance(params.psthStart,params.psthEnd,params.nClasses,decode.decodeTable,params.frameShiftStart,params.frameShiftEnd,decode.rawTimeCourse);
109)         plotDecodePerformance(plotParams);

110)             
111)         display('done.');

112) 
113)     otherwise

114)         display('give action command: clear, decode');

115)     end