SVMCrossVal.git

1) function plotDecodePerformance(varargin)

2) 
3) global CROSSVAL_METHOD_DEF;

4) 

5) PSTH_AXIS_MIN = -1;
6) PSTH_AXIS_MAX = 1;

7) 
8) switch nargin

9)     

10)     case 1
11)         inputStruct       = cell2mat(varargin(1));
12) 
13)         psthStart         = inputStruct.psthStart;
14)         psthEnd           = inputStruct.psthEnd;
15)         nClasses          = inputStruct.nClasses;
16)         decodePerformance = inputStruct.decodePerformance;
17)         frameStart        = inputStruct.frameShiftStart;
18)         frameEnd          = inputStruct.frameShiftEnd;
19)         psth              = inputStruct.rawTimeCourse;
20)         SubjectID         = inputStruct.SubjectID;
21)         smoothed          = inputStruct.smoothed;

22)         PLOT_METHOD       = inputStruct.CROSSVAL_METHOD;

23) %         CROSSVAL_METHOD_DEF = inputStruct.CROSSVAL_METHOD_DEF;

24) 
25)     otherwise
26)         error('spmtoolbox:SVMCrossVal:plotDecodePerformance:WrongArgument','Wrong Arguments');

27) end
28) 
29)     f = figure;
30)     subplot(2,1,1);
31)     hold on;
32)       for voxel = 1:size(psth,2)
33)           for label = 1:size(psth{voxel},2)
34)               psthData = [];
35)               for timepoint = 1:size(psth{voxel}{label},2)

36)                   psthData = nanmean(psth{voxel}{label});

37)               end
38)               plot(psthStart:psthEnd,psthData,[colorChooser(voxel), lineStyleChooser(label)]);
39)           end
40)       end

41)     axis([psthStart psthEnd PSTH_AXIS_MIN PSTH_AXIS_MAX])

42)     xlabel('time [sec]');
43)     ylabel('fMRI-signal change [%]');

44)     hold off
45)     
46)     subplot(2,1,2)    
47)     hold on;

48)     

49)     chanceLevel = 100/nClasses;
50)     goodPredictionLevel = chanceLevel*1.5;

51)     plot([psthStart psthEnd],[chanceLevel chanceLevel],'k:');
52)     plot([psthStart psthEnd],[goodPredictionLevel goodPredictionLevel],'k:');

53)     axis([psthStart psthEnd 0 100])

54)     xlabel('time [sec]');
55)     ylabel('decode performance [%]');
56)     

57)     

58)     

59)     switch PLOT_METHOD

60)         case CROSSVAL_METHOD_DEF.svmcrossval
61)             plot(frameStart:frameEnd, mean(decodePerformance,2) ,'b','LineWidth',2);

62) 
63)             se = myStdErr(decodePerformance,2);
64)             plot(frameStart:frameEnd, mean(decodePerformance,2)+se ,'b:');
65)             plot(frameStart:frameEnd, mean(decodePerformance,2)-se ,'b:');

66)         case CROSSVAL_METHOD_DEF.classPerformance

67)             for c = 1:size(decodePerformance,2)
68)                 plot(frameStart:frameEnd, decodePerformance(:,c) ,[colorChooser(mod(c,nClasses)+3) '-']);
69)             end
70) 
71)             plot(frameStart:frameEnd, mean(decodePerformance,2) ,'b','LineWidth',2);
72) 
73)     end

74)     
75)     

76)     hold off;

77)     

78)     nSubjects = size(SubjectID,2);
79)     nVoxelPerSubject = size(psth,2)/size(SubjectID,2);
80)     
81)     if strcmp(smoothed,'yes')
82)         smoothedString = 'using smoothed data';
83)     else
84)         smoothedString = 'using unsmoothed data';
85)     end
86)     
87)     if nSubjects == 1
88)         subjectName = cell2Mat(SubjectID);
89)         title = sprintf('Subject %s, over %g voxel, %s',subjectName,nVoxelPerSubject,smoothedString);
90)     else
91)         title = sprintf('%g Subjects, %g Voxel per Subject, %s',nSubjects,nVoxelPerSubject,smoothedString);
92)     end
93)     

94) 
95)     set(f,'Name',title);
96)     display(sprintf('%s',title));
97) 
98) 
99) 
100) end
101) 

102) 

103) function color = colorChooser(n)
104)     switch (mod(n,8))
105)     case 0
106)         color = 'r';

107)     case 1
108)         color = 'g';

109)     case 2
110)         color = 'b';
111)     case 3

112)         color = 'c';
113)     case 4
114)         color = 'm';
115)     case 5
116)         color = 'y';

117)     otherwise
118)         color = 'k';
119)     end
120) end
121) 
122) function style = lineStyleChooser(n)
123) switch(mod(n,4))
124)     case 0
125)       style = '--';
126)     case 1
127)         style = '-';
128)     case 2 
129)         style = ':';
130)     case 3

131)         style = '-.';