SVMCrossVal.git

1) function [extr voxelcount] = calculateImageData(filenameList, voxelList, rad)
2) voxelcount = 0;

3) 

4) V = filenameList;

5) 
6) vox = voxelList;

7) nVoxel = size(vox,1);
8) nImage = numel(V);

9) 

10) % rad = 0;

11) 

12) for kImage=1:nImage

13)     roicenter = round(inv(V(kImage).mat)*[vox, ones(nVoxel,1)]');
14)     x = roicenter(1,:);
15)     y = roicenter(2,:);
16)     z = roicenter(3,:);

17) 

18)     tmp = spm_imatrix(V(kImage).mat);
19)     vdim = tmp(7:9);
20)     vxrad = ceil((rad*ones(nVoxel,3))./(ones(nVoxel,1)*vdim))';

21) 

22)     subvoxelcount = 0;

23)     for iVoxel = 1:nVoxel

24) 

25)         if rad==0

26)             x = roicenter(1,iVoxel);
27)             y = roicenter(2,iVoxel);
28)             z = roicenter(3,iVoxel);

29)         else
30)             [x y z] = ndgrid(-vxrad(1,iVoxel):sign(vdim(1)):vxrad(1,iVoxel), ...
31)                 -vxrad(2,iVoxel):sign(vdim(2)):vxrad(2,iVoxel), ...
32)                 -vxrad(3,iVoxel):sign(vdim(3)):vxrad(3,iVoxel));
33)             sel = (x./vxrad(1,iVoxel)).^2 + (y./vxrad(2,iVoxel)).^2 + ...
34)                 (z./vxrad(3,iVoxel)).^2 <= 1;
35)             x = roicenter(1,iVoxel)+x(sel(:));
36)             y = roicenter(2,iVoxel)+y(sel(:));
37)             z = roicenter(3,iVoxel)+z(sel(:));
38)         end;
39) 
40)         dat = spm_sample_vol(V(kImage), x, y, z,0);

41)         

42)         for iSubVoxel = 1:size(dat,1)
43)             subvoxelcount = subvoxelcount +1;
44)             extr(kImage).dat(subvoxelcount)    = dat(iSubVoxel);
45)         end
46) %         extr(kImage).mean(iVoxel)     = nanmean(dat);
47) %         extr(kImage).nvx(iVoxel)      = numel(dat);
48)     end
49)     voxelcount = max(voxelcount,subvoxelcount);
50) end   

51)