SVMCrossVal.git

1) function ui_main(varargin)
2) 

3) DEFAULT.selectedSubject = 2;

4) DEFAULT.smoothed        = 1;
5) DEFAULT.multisubject    = 'single';
6) DEFAULT.pststart        = -15;
7) DEFAULT.pstend          = 40;
8) DEFAULT.baselinestart   = -3;
9) DEFAULT.baselineend     = -1;
10) DEFAULT.frameshiftstart = -5;
11) DEFAULT.frameshiftend   = 35;
12) DEFAULT.frameshiftdur   = 0;
13) DEFAULT.classdefstring  = 'left,\t[9,11,13]\nright,\t[10,12,14]';
14) DEFAULT.voxelstring     = 'SPL l + [ 0, 0, 0] \nSPL r + [ 0, 0, 0]\n';

15) DEFAULT.svmoptstring    = '-s 0 -t 0 -c 1';
16) DEFAULT.svmnfold        = '6';

17) DEFAULT.searchlightradius = 3;
18) 

19) DEFAULT.wd  = fullfile('d:','Analyze','Choice','24pilot');
20) 

21) %  Initialize and hide the GUI as it is being constructed.
22)     frameWidth=450;
23)     frameHeight=600;
24)     
25)     frame = figure('Visible','off','Position',[0,0,frameWidth,frameHeight]);
26)     movegui(frame,'west'); % get this thing visible on smaller displays.
27)     set(frame,'Name','SVMCrossVal Decode Performance 4 SPM');
28)     set(frame,'NumberTitle','off');
29)     set(frame,'MenuBar','none');
30)     set(frame,'Color',get(0,'defaultUicontrolBackgroundColor'));

31)     set(frame,'Resize','on');

32)     set(frame,'Units','normalized');
33) 

34)     pFirstStep   = uipanel(frame,'Title','Preprocessing','Position',[0 0.3 1 0.7]);

35)     set(pFirstStep,'BackgroundColor','w');
36)     set(pFirstStep,'Units','normalized');
37)     

38)     model = struct;
39)     model.baseDir = DEFAULT.wd;
40)     model.selectedSubject = DEFAULT.selectedSubject;
41)     model = createFirstStepPanel(model,pFirstStep,DEFAULT);
42)     

43)     
44)     %Classification Step

45)     secondStepBaseColor = 'w';
46)     pSecondStep = uipanel(frame,'Title','Classification','Position',[0 0 1 0.3]);

47)     set(pSecondStep,'BackgroundColor',secondStepBaseColor);
48) 
49)     

50)     model = createSecondStepPanel(model,pSecondStep,DEFAULT,secondStepBaseColor);

51) 
52)     set(frame,'Visible','on');

53) 
54)     % fill with data
55)     model = scanDirs(model);
56)     assignin('base','model',model);
57)     
58) 
59) end
60) 
61) function model = cbSetBaseDir(model,newDir)
62) model.baseDir = newDir;

63) end
64) 

65) 
66) 
67) function model = createSecondStepPanel(model,parent,DEFAULT,basecolor)

68)     
69) pSVM = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0 0.0 0.5 1]);

70)     set(pSVM,'Title','SVM Classification');
71)     set(pSVM,'BackgroundColor',basecolor);
72) 

73)     model.txtSVMopts = createTextField(pSVM,[0 0.75 1 0.25],DEFAULT.svmoptstring);

74)     set(model.txtSVMopts,'HorizontalAlignment','left');

75)     
76)     model.txtSVMnfold = createTextField(pSVM,[0.0 0.50 0.5 0.25],DEFAULT.svmnfold);
77)     createLabel(pSVM,[0.5 0.50 0.5 0.25 ],'-Fold CrossVal');
78) 

79) 
80)     

81) pSOM = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0.5 0.0 0.5 1]);
82)     set(pSOM,'Title','SOM Classification');

83)     set(pSOM,'BackgroundColor',basecolor);

84) 
85)     model.txtSOMopts = createTextField(pSOM,[0 0.75 1 0.25],'4x3 rect');
86)     set(model.txtSOMopts,'HorizontalAlignment','left');
87)         set(model.txtSOMopts,'Enable','off');
88) 
89)     model.txtSOMnfold = createTextField(pSOM,[0.0 0.50 0.5 0.25],DEFAULT.svmnfold);
90)         set(model.txtSOMnfold,'Enable','off');
91)     createLabel(pSOM,[0.5 0.50 0.5 0.25 ],'-Fold CrossVal');
92) 
93)     btnRunSVM = uicontrol(pSVM,'String','run SVM Crossvalidation',...
94)         'Units','normalized',...
95)         'Position',[0 0.25 1 0.25]);

96)     set(btnRunSVM,'Callback',{@cbRunSVM,model}); % set here, because of model.

97)     
98)     btnRunXSVM = uicontrol(pSVM,'String','run SVM X-Subject validation',...
99)         'Units','normalized',...
100)         'Position',[0 0.0 1 0.25]);

101)     set(btnRunXSVM,'Callback',{@cbRunXSVM,model}); % set here, because of model.

102)     set(btnRunXSVM,'Enable','off');
103)     
104)     btnRunSOM = uicontrol(pSOM,'String','run SOM Crossvalidation',...
105)         'Units','normalized',...
106)     'Position',[0.0 0.25 1 0.25]);

107)     set(btnRunSOM,'Callback',{@cbRunSOM,model}); % set here, because of model.

108)     set(btnRunSOM,'Enable','off');
109) 
110)     btnRunXSOM = uicontrol(pSOM,'String','run SOM X-Subject validation',...
111)         'Units','normalized',...
112)         'Position',[0.0 0.0 1 0.25]);

113)     set(btnRunXSOM,'Callback',{@cbRunXSOM,model}); % set here, because of model.

114)     set(btnRunXSOM,'Enable','off');

115) end
116) 

117) function model = createFirstStepPanel(model,parent,DEFAULT)

118) 

119)     main_grid = cell(2,4);
120)     main_grid{1,1} = [0 0.7 0.4 0.3];
121)     main_grid{1,2} = [0 0.5 0.5 0.2];
122)     main_grid{1,3} = [0 0.1 0.5 0.4];
123)     main_grid{1,4} = [0 0.0 1.0 0.1];

124)     

125)     main_grid{2,1} = [0.4 0.7 0.6 0.3];
126)     main_grid{2,2} = [0.5 0.5 0.5 0.2];
127)     main_grid{2,3} = [0.5 0.1 0.5 0.4];

128)     
129)     %Subjects

130)     pSubject = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',cell2mat(main_grid(1,1)));
131)     set(pSubject,'Title','Subjects');
132)     set(pSubject,'BackgroundColor','w');
133)     
134)     subjectList = {'DUMMY Subj1','DUMMY Subj2','DUMMY Subj3','DUMMY Subj4'};
135)     model.subjectSelector = uicontrol(pSubject,'Style','listbox',...

136)                     'Min',1, 'Max',3,...
137)                     'String',subjectList,...
138)                     'UserData',subjectList,...
139)                     'Units','normalized',...

140)                     'Position',[0 0 1 1]);

141)     set(model.subjectSelector,'BackgroundColor','w');

142)     
143)     %Classes

144)     pClasses = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',cell2mat(main_grid(1,2)));

145)     set(pClasses,'Title','Class Definitions');
146)     set(pClasses,'BackgroundColor','w');
147)         lClassDef = uicontrol(pClasses,...
148)             'Style','text',...
149)             'String',sprintf('<Label>,\t <[Event, Event, ..]>;'),...
150)             'Units','normalized',...
151)             'Position',[0 0.8 1 0.2]);
152)         set(lClassDef,'BackgroundColor','w');
153)         set(lClassDef,'HorizontalAlignment','left');
154)         
155)         model.txtClassDef = uicontrol(pClasses,'Style','edit',...
156)             'String',sprintf(DEFAULT.classdefstring),...
157)             'Units','normalized',...
158)             'Position',[0 0 1 0.8]);
159)         set(model.txtClassDef,'HorizontalAlignment','left');
160)         set(model.txtClassDef,'Max',20);
161)         set(model.txtClassDef,'Min',0);
162)         set(model.txtClassDef, 'FontName', 'FixedWidth');

163)         set(model.txtClassDef, 'BackgroundColor', 'w');

164) 
165) 
166)     %Timeline

167)     pPSTH        = uipanel(parent,'Title','PSTH Options','Position',cell2mat(main_grid(2,1)));

168)     set(pPSTH,'BackgroundColor','w');
169)         
170)         grid_h = 0.16;
171)         grid_w = 0.3;
172)         

173)         tl_grid = cell([3 6]);
174)         tl_grid{2,1} = [0.0 0.83 grid_w grid_h];
175)         tl_grid{2,1} = [0.4 0.83 grid_w grid_h];
176)         tl_grid{3,1} = [0.7 0.83 grid_w grid_h];

177)         

178)         tl_grid{1,2} = [0.0 0.66 grid_w grid_h];
179)         tl_grid{2,2} = [0.4 0.66 grid_w grid_h];
180)         tl_grid{3,2} = [0.7 0.66 grid_w grid_h];

181) 

182)         tl_grid{1,3} = [0.0 0.5 grid_w grid_h];
183)         tl_grid{2,3} = [0.4 0.5 grid_w grid_h];
184)         tl_grid{3,3} = [0.7 0.5 grid_w grid_h];

185)         

186)         tl_grid{1,4} = [0.0 0.33 grid_w grid_h];
187)         tl_grid{2,4} = [0.4 0.33 grid_w grid_h];
188)         tl_grid{3,4} = [0.7 0.33 grid_w grid_h];

189) 

190)         tl_grid{1,5} = [0.0 0.16 0.5 grid_h];
191)         tl_grid{2,5} = [0.5 0.16 grid_w grid_h];
192)         tl_grid{3,5} = [0.75 0.16 grid_w grid_h];

193)         

194)         tl_grid{1,6} = [0.0 0.0 0.5 grid_h];
195)         tl_grid{2,6} = [0.5 0.0 grid_w grid_h];
196)         tl_grid{3,6} = [0.75 0.0 grid_w grid_h];
197) 
198)         lStart      = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(2,1)) ,'Start [sec]');
199)         lEnd        = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(3,1)) ,'End [sec]');
200)         lPSTH       = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,2)),'PSTH Range');
201)         lBaseline   = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,3)),'Baseline');
202)         lFrameShift = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,4)),'Frame Shift');
203)         lFramsSize  = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,5)),'Frame Size');
204)         lSearchligh = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,6)),'Searchlight Radius');
205) 
206) 
207)         model.txtPSTHStart         = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,2)),DEFAULT.pststart);
208)         model.txtPSTHEnd           = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,2)),DEFAULT.pstend);
209)         model.txtBaselineStart     = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,3)),DEFAULT.baselinestart);
210)         model.txtBaselineEnd       = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,3)),DEFAULT.baselineend);
211)         model.txtFrameShiftStart   = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,4)),DEFAULT.frameshiftstart);
212)         model.txtFrameShiftEnd     = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,4)),DEFAULT.frameshiftend);
213)         model.txtFrameShiftDur     = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,5)),DEFAULT.frameshiftdur);
214)         model.txtSearchlightRadius = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,6)),DEFAULT.searchlightradius);

215)         
216)         % images

217)         pImage = uipanel(parent,'Title','Image Options','Position',cell2mat(main_grid(2,2)));

218)         set(pImage,'BackgroundColor','w');
219) 
220)         createLabel(pImage,[0.0 0.5 1 0.5],'Select Image Base');
221)         

222)         imageRegExList = {'DUMMY swrf*.IMG','DUMMY wrf*.IMG'};

223)         model.imageTypeSelection = uicontrol(pImage,'Style','popupmenu',...
224)         'Units','normalized',...
225)         'Position',[0.0 0.0 1 0.5],...
226)         'String',imageRegExList,...
227)         'UserData',imageRegExList,...
228)         'Value',1);
229)         set(model.imageTypeSelection,'BackgroundColor','w');
230)         
231)         
232)         % coordinate Table

233)         pVoxel = uipanel(parent,'Title','ROI','Position',cell2mat(main_grid(1,3)));

234)         set(pVoxel,'BackgroundColor','w');
235)         lVoxelDef = createLabel(pVoxel, [0 0.9 1 0.1],'<ROI Name>+[offset];');
236)         model.txtVoxelDef = createTextField(pVoxel,[0 0 1 0.9],...
237)             sprintf(DEFAULT.voxelstring));
238)         set(model.txtVoxelDef,'HorizontalAlignment','left');
239)         set(model.txtVoxelDef,'Max',20);
240)         set(model.txtVoxelDef,'Min',0);
241)         set(model.txtVoxelDef, 'FontName', 'FixedWidth');
242)         

243)         %normalizations
244)         pNorm = uipanel(parent,'Title','Normalization','Position',cell2mat(main_grid(2,3)));
245)         set(pNorm,'BackgroundColor','w');
246)         
247)         createLabel(pNorm,[0 0.75 1 0.25],'PST Normalization');

248)         norm1Model = {'DUMMY norm A','DUMMY norm B'};

249)         model.selNormPST = uicontrol(pNorm,'Style','popupmenu',...
250)             'Units','normalized',...
251)             'Position',[0.0 0.5 1 0.25],...
252)             'String',norm1Model,...
253)             'UserData',norm1Model,...
254)             'Value',1);
255)          set(model.selNormPST,'BackgroundColor','w');   
256)         
257)         createLabel(pNorm,[0 0.25 1 0.25],'Class-Grouping Normalization');

258)         norm2Model = {'DUMMY norm X','DUMMY norm Y'};

259)         model.selNormClass = uicontrol(pNorm,'Style','popupmenu',...
260)             'Units','normalized',...
261)             'Position',[0.0 0.0 1 0.25],...
262)             'String',norm2Model,...
263)             'UserData',norm2Model,...
264)             'Value',1);
265)          set(model.selNormClass,'BackgroundColor','w');   
266)         
267)         %buttons
268)         pButtons = uipanel(parent,'Position',cell2mat(main_grid(1,4)));
269)         set(pButtons,'BackgroundColor','w');

270)         

271)         btnRunButton1 = uicontrol(pButtons,'String','run coord-Table',...
272)             'Units','normalized','Position',[0 0 0.33 1]);

273)         set(btnRunButton1,'Callback',{@cbRunCoordTable,model}); % set here, because of model.    
274)         

275)         btnRunButton2 = uicontrol(pButtons,'String','run full Brain Searchlight',...
276)             'Units','normalized','Position',[0.33 0 0.33 1]);

277)         set(btnRunButton2,'Callback',{@cbRunFBS,model}); % set here, because of model.  
278)         set(btnRunButton2,'Enable','off');

279)         

280)         btnRunButton3 = uicontrol(pButtons,'String','run ROI-Image processing',...
281)             'Units','normalized','Position',[0.66 0 0.33 1]);

282)         set(btnRunButton2,'Callback',{@cbRunROIImage,model}); % set here, because of model.    
283)         set(btnRunButton3,'Enable','off');
284) end
285) 
286) function cbRunCoordTable(src,evnt,model)
287)     display('RUN Coord-Table Mode');
288)     main('COORD-LOOKUP-TABLE',model);
289) end
290) function cbRunROIImage(src,evnt,model)
291)     display('RUN Image-Mask Mode');
292)     main('ROI-IMAGE-MASK', model);
293) end
294) function cbRunFBS(src,evnt,model)
295)     display('RUN Full Brain Searchlight Mode');
296)     display('not implemented.');
297) end
298) 
299) 
300) function label = createLabel(parent,  pos, labelText)
301)     label = uicontrol(parent,'Style','text','Units','normalized','String',labelText,'Position',pos);
302)     set(label,'HorizontalAlignment','left');
303)     set(label,'BackgroundColor','w');
304) end
305) 
306) function txt = createTextField(parent,pos,model)

307) %     textfieldcolor = [0.9 0.9 0.0];
308)     textfieldcolor = 'w';