SVMCrossVal.git

1) function spm_SVMCrossVal(varargin)
2) 
3) switch nargin
4) case 0
5) 	project_UI();
6) case 1
7) 	main_UI(varargin);
8) otherwise
9) error('spm_SVMCrossVal:main','wrong nargin');
10) 
11) end
12) end
13) 
14) function project_UI(args)
15)     frameWidth=450;
16)     frameHeight=200;
17)     model.frame = figure('Visible','off','Position',[0,0,frameWidth,frameHeight]);
18)     movegui(model.frame,'west'); % get this thing visible on smaller displays.
19) 
20)     set(model.frame,'Name','SVM CrossVal Decode Performance 4 SPM, Projectchooser');
21)     set(model.frame,'NumberTitle','off');
22)     set(model.frame,'MenuBar','none');
23)     set(model.frame,'Color',get(0,'defaultUicontrolBackgroundColor'));
24)     set(model.frame,'Resize','off');
25)     set(model.frame,'Units','normalize');
26) 

27)     newProjectMenu = uimenu(model.frame,'Label','Define New Project');
28)     set(newProjectMenu,'Enable','off');
29) 
30) 

31)     btnSelectButton = uicontrol(model.frame,'Tag','select','String','continue','Position',[2 0  frameWidth 40]);
32)     
33) %    model.projectSelector = 
34) 
35) 	model.val = 1;
36) 
37)     set(btnSelectButton,'Callback',{@cbChooseProject,model}); % set here, because of model.    
38)     set(model.frame,'Visible','on');
39) end
40) 
41) function cbChooseProject(src,evnts,args)
42) 
43) 	spm_SVMCrossVal(args);
44) 	display(args);
45) 	close(args.frame)
46) end
47) 
48) function main_UI(args)

49) 
50) 
51) %  Initialize and hide the GUI as it is being constructed.
52)     frameWidth=450;

53)     frameHeight=600;

54)     frame = figure('Visible','off','Position',[0,0,frameWidth,frameHeight]);
55)     movegui(frame,'west'); % get this thing visible on smaller displays.
56)     
57)     set(frame,'Name','SVMCrossVal Decode Performance 4 SPM');
58)     set(frame,'NumberTitle','off');
59)     set(frame,'MenuBar','none');
60)     set(frame,'Color',get(0,'defaultUicontrolBackgroundColor'));
61)     set(frame,'Resize','off');
62)     set(frame,'Units','normalize');

63)     
64)     

65)     savemenu = uimenu(frame,'Label','Save/Load');
66)     

67)     model.subjectMap = SubjectRoiMapping;
68)     nElementRows = 24;
69)     optionLineHeight = 1.0/nElementRows;
70)     controlElementHeight=optionLineHeight*(1.0/1.5)*frameHeight;

71)     pSubject     = uipanel(frame,'Title','Subject',          'Position',[0 optionLineHeight*19 frameWidth optionLineHeight*5]);
72)     pPSTH        = uipanel(frame,'Title','PSTH Options',     'Position',[0 optionLineHeight*14 frameWidth optionLineHeight*5]); 
73)     pCLASS       = uipanel(frame,'Title','Class Definitions','Position',[0 optionLineHeight*9  frameWidth optionLineHeight*5]); 
74)     pVOXEL       = uipanel(frame,'Title','Voxel Selector',   'Position',[0 optionLineHeight*3  frameWidth optionLineHeight*6]); 

75)     pSVM         = uipanel(frame,'Title','SVM Options',      'Position',[0 optionLineHeight*1  frameWidth optionLineHeight*2]); 
76)     btnRunButton = uicontrol(frame,'Tag','run','String','run decode-performance visualiser','Position',[2 optionLineHeight*0  frameWidth controlElementHeight*1.6]);

77) 
78) 

79)     % Subject
80)     firstColumn  =  5.00;
81)     firstRow     =  1.00 * controlElementHeight;

82)     

83)     model.subjectSelector = uicontrol(pSubject,'Style','listbox',...
84)                     'Min',1, 'Max',3,...

85)                     'String',getSubjectCellList(model.subjectMap),...

86)                     'Value',5,...  % default selected item
87)                     'Position',[firstColumn firstRow 0.66*frameWidth controlElementHeight*6]);

88)     set(model.subjectSelector,'BackgroundColor','w');

89)     

90)     model.txtSmoothed     = createTextField(pSubject,[0.68*frameWidth firstRow  0.25*frameWidth controlElementHeight],'1');
91)     model.txtMultisubject = createTextField(pSubject,[0.68*frameWidth firstRow*2  0.25*frameWidth controlElementHeight],'single');
92)     set(model.txtMultisubject,'enable','off');

93) 
94)     % PSTH
95)     firstColumn  = 5.00;

96)     secondColumn = 0.33*frameWidth;
97)     thirdColumn  = 0.66*frameWidth;

98) %     fourthColumn = 0.84*frameWidth;

99)     
100)     firstRow    = 5.5*controlElementHeight;
101)     secondRow   = 4.5*controlElementHeight;
102)     thirdRow    = 3.5*controlElementHeight;

103)     fourthRow   = 2.5*controlElementHeight;
104)     fifthRow    = 1.0*controlElementHeight;

105)     

106)     lStart      = createLabel(pPSTH, [secondColumn firstRow  0.33*frameWidth controlElementHeight],'Start [sec]');
107)     lEnd        = createLabel(pPSTH, [thirdColumn  firstRow  0.33*frameWidth controlElementHeight],'End [sec]');
108)     lPSTH       = createLabel(pPSTH, [firstColumn  secondRow 0.33*frameWidth controlElementHeight],'PSTH Range');
109)     lBaseline   = createLabel(pPSTH, [firstColumn  thirdRow  0.33*frameWidth controlElementHeight],'Baseline');
110)     lFrameShift = createLabel(pPSTH, [firstColumn  fourthRow 0.33*frameWidth controlElementHeight],'SVM Frame Shift');
111)     lFramsSize  = createLabel(pPSTH, [firstColumn  fifthRow  0.33*frameWidth controlElementHeight],'SVM Frame Size');

112)     
113)     

114)     model.txtPSTHStart       = createTextField(pPSTH,[secondColumn secondRow 0.25*frameWidth controlElementHeight],'-10.0');
115)     model.txtPSTHEnd         = createTextField(pPSTH,[thirdColumn  secondRow 0.25*frameWidth controlElementHeight],' 40.0');

116)     model.txtBaselineStart   = createTextField(pPSTH,[secondColumn thirdRow  0.25*frameWidth controlElementHeight],'-3.0');
117)     model.txtBaselineEnd     = createTextField(pPSTH,[thirdColumn  thirdRow  0.25*frameWidth controlElementHeight],'-1.0');
118)     model.txtFrameShiftStart = createTextField(pPSTH,[secondColumn fourthRow 0.25*frameWidth controlElementHeight],'-5.0');

119)     model.txtFrameShiftEnd   = createTextField(pPSTH,[thirdColumn  fourthRow 0.25*frameWidth controlElementHeight],' 35.0');

120)     model.txtFrameShiftDur   = createTextField(pPSTH,[secondColumn fifthRow  0.25*frameWidth controlElementHeight],' 0');

121) 
122)                 
123)     %Classes
124)     nClassRows = 6;
125)     firstColumn  = 5.00;

126)     

127)     firstRow    = (nClassRows-0.5)*controlElementHeight;
128)     secondRow   = (nClassRows-4.5)*controlElementHeight;
129) 
130)     lClassDef = createLabel(pCLASS, [firstColumn firstRow  0.66*frameWidth controlElementHeight],'<Label>,<[Event,Event,..]>,<SVM-Value>;');

131)     model.txtClassDef = createTextField(pCLASS,[firstColumn secondRow 0.98*frameWidth 4*controlElementHeight],sprintf('DRT,\t[9,10],\t-2 ;\nM2ST,\t[11,12],\t-1;'));

132)     set(model.txtClassDef,'HorizontalAlignment','left');
133)     set(model.txtClassDef,'Max',20);
134)     set(model.txtClassDef,'Min',0);

135)     set(model.txtClassDef, 'FontName', 'FixedWidth')

136)     

137)     %Voxel
138)     nVoxelRows = 8;
139)     firstColumn  = 5.00;

140)     

141)     firstRow    = (nVoxelRows-0.5)*controlElementHeight;
142)     secondRow   = (nVoxelRows-7.5)*controlElementHeight;
143) 
144)     lVoxelDef = createLabel(pVOXEL, [firstColumn firstRow  0.66*frameWidth controlElementHeight],'<ROI Name>,<ROI Modifier>;');
145)     model.txtVoxelDef = createTextField(pVOXEL,[firstColumn secondRow 0.98*frameWidth 6*controlElementHeight],...

146)         sprintf('SPL l,\t[ 0, 0, 0];\nSPL r,\t[ 0, 0, 0];\n'));

147)     set(model.txtVoxelDef,'HorizontalAlignment','left');
148)     set(model.txtVoxelDef,'Max',20);
149)     set(model.txtVoxelDef,'Min',0);

150)     set(model.txtVoxelDef, 'FontName', 'FixedWidth')

151)                 
152)     % SVM
153)     firstColumn  =  5.00;
154)     firstRow     =  1.00 * controlElementHeight;
155) 

156)     model.txtSVMopts = createTextField(pSVM,[firstColumn firstRow  0.66*frameWidth controlElementHeight],'-s 0 -t 0 -v 6 -c 1');
157)     %model.txtSVMopts = createTextField(pSVM,[firstColumn firstRow  0.66*frameWidth controlElementHeight],'-s 0 -t 2 -v 6 -c 10 -g .1');

158)     set(model.txtSVMopts,'Enable','on'); %inactive

159)     set(model.txtSVMopts,'HorizontalAlignment','left');
160) 
161)     set(btnRunButton,'Callback',{@cbRunSVM,model}); % set here, because of model.    

162)     uimenu(savemenu,'Label','Save','Callback',{@mcb_save,model});
163)     uimenu(savemenu,'Label','Load','Callback',{@mcb_load,model});
164) 

165)     set(frame,'Visible','on');
166) end

167) 
168) function mcb_save(src,event,model)
169) display('SAVE');
170) 
171) end
172) 
173) function mcb_load(src,event,model)
174) display('LOAD');
175) end
176) 
177) function sane = isSane(model)
178) % TODO
179) sane = 1;
180) end
181) 
182) function cbRunSVM(src,evnt,model)
183)     display('RUN');
184)     if isSane(model)
185)         classify(model)
186)     else
187)         error('spmtoolbox:SVMCrossVal:paramcheck','please verify all parameters');
188)     end
189) end
190) 

191)