SVMCrossVal.git

1) function classify(varargin)

2) 

3) 

4) 

5) switch nargin
6)     case 1
7)         paramModel = varargin{1};

8)         %PROJECT_BASE_PATH = 'D:\Analyze\Stimolos';
9)         PROJECT_BASE_PATH = 'D:\Analyze\Choice\24pilot';

10)         PROJECT_RESULT_PATH = 'results\SPM.mat';

11)     otherwise
12)         error('spmtoolbox:SVMCrossVal:arginError','Please Specify action and parameter model');

13) end
14) 

15)         

16)         % common params

17)         calculateParams  = struct;

18)         calculateParams.smoothed        = getDouble(paramModel.txtSmoothed);

19) 

20)         calculateParams.frameShiftStart = getDouble(paramModel.txtFrameShiftStart);  % -20;
21)         calculateParams.frameShiftEnd   = getDouble(paramModel.txtFrameShiftEnd); %15;
22)         calculateParams.decodeDuration  = getDouble(paramModel.txtFrameShiftDur);
23)         calculateParams.psthStart       = getDouble(paramModel.txtPSTHStart); % -25;
24)         calculateParams.psthEnd         = getDouble(paramModel.txtPSTHEnd); % 20;
25)         calculateParams.baselineStart   = getDouble(paramModel.txtBaselineStart); % -22;
26)         calculateParams.baselineEnd     = getDouble(paramModel.txtBaselineEnd); % -20;
27) 
28)         calculateParams.svmargs         = get(paramModel.txtSVMopts,'String');

29)         calculateParams.sessionList     = 1:3;

30) 

31)         classStruct = parseClassDef(paramModel);
32)         
33)         

34)         calculateParams.labelMap        = LabelMap(classStruct.labelCells , classStruct.conditionCells, 'auto'); % LabelMap({'<','>','<+<','>+>','<+>','>+<'},{-2,-1,1,2,3,4}); 0 is autolabel
35)         calculateParams.classList       = getClasses(calculateParams.labelMap);
36)         calculateParams.eventList       = classStruct.eventMatrix; %[9,11,13; 10,12,14];
37) %         calculateParams.eventList       = getPSTEventMatrix(calculateParams.labelMap);
38)         

39)         subjectSelection = getSubjectIDString(paramModel);
40)         decode = struct;
41)         decode.decodePerformance = [];
42)         decode.rawTimeCourse     = [];

43)         

44)         for subjectCell = subjectSelection
45)             SubjectID = cell2mat(subjectCell);

46)             namehelper = strcat('s',SubjectID); %Vars can not start with numbers.

47) 

48)             display('loading SPM.mat ...');

49)             spm = load(fullfile(PROJECT_BASE_PATH,SubjectID,PROJECT_RESULT_PATH));

50)             display('... done.');

51) 
52)             %% calculate

53)             calculateParams.(namehelper).des             = spm.SPM;
54)             calculateParams.(namehelper).voxelList       = parseVoxelList(paramModel,SubjectID);

55)             assignin('base','calculateParams',calculateParams);

56) 
57)             display(sprintf('calculating cross-validation performance time-shift for Subject %s. Please Wait. ...',SubjectID));

58)             display('switching off all warnings');

59)             warning_state               = warning('off','all');

60)             display('calculating ...');

61)             decode.(namehelper)         = calculateDecodePerformance(calculateParams,SubjectID);

62)             display('... done');

63)             display('restoring warnings');
64)             warning(warning_state);
65)             

66)             decode.decodePerformance    = [decode.decodePerformance decode.(namehelper).decodePerformance];
67)             decode.rawTimeCourse        = [decode.rawTimeCourse decode.(namehelper).rawTimeCourse];

68) 
69)             assignin('base','decode',decode);
70)         end

71) 
72)         display('Finished calculations.');

73)         display('Plotting...');

74) 

75)         plotParams                   = struct;
76)         plotParams.psthStart         = calculateParams.psthStart;
77)         plotParams.psthEnd           = calculateParams.psthEnd;
78)         plotParams.nClasses          = length(calculateParams.classList);

79)         

80)         plotParams.frameShiftStart   = calculateParams.frameShiftStart;
81)         plotParams.frameShiftEnd     = calculateParams.frameShiftEnd;
82)         plotParams.decodePerformance = decode.decodePerformance;
83)         plotParams.rawTimeCourse     = decode.rawTimeCourse;
84)         

85)         if numel(subjectSelection) == 1
86)           plotParams.SubjectID         = SubjectID;
87)         else
88)           plotParams.SubjectID         = 'Multiple';
89)         end
90) 
91)         plotParams.smoothed          = boolToYesNoString(calculateParams.smoothed);
92)          
93) 

94)         assignin('base','plotParams',plotParams);
95) %         plotDecodePerformance(params.psthStart,params.psthEnd,params.nClasses,decode.decodeTable,params.frameShiftStart,params.frameShiftEnd,decode.rawTimeCourse);
96)         plotDecodePerformance(plotParams);

97)             

98)         display('all done.');

99)