SVMCrossVal.git

1) % function [decodePerformance rawTimecourse ] = calculateDecodePerformance(des,timeLineStart, timeLineEnd, decodeDuration, svmargs, conditionList, sessionList, voxelList, classList, labelMap,normalize)

2) function outputStruct = calculateDecodePerformance(inputStruct,SubjectID)

3) 
4) addpath 'libsvm-mat-2.88-1';
5) 

6) SINGLE = 1;
7) 

8) outputStruct = struct;
9) 

10) namehelper      = strcat('s',SubjectID);
11) des             = inputStruct.(namehelper).des;

12) timeLineStart   = inputStruct.frameShiftStart;
13) timeLineEnd     = inputStruct.frameShiftEnd;
14) decodeDuration  = inputStruct.decodeDuration;
15) svmargs         = inputStruct.svmargs;
16) sessionList     = inputStruct.sessionList;

17) voxelList       = inputStruct.(namehelper).voxelList;

18) % classList       = inputStruct.classList;
19) % labelMap        = inputStruct.labelMap;

20) smoothed       = inputStruct.smoothed;

21) globalStart     = inputStruct.psthStart;
22) globalEnd       = inputStruct.psthEnd;
23) baselineStart   = inputStruct.baselineStart;
24) baselineEnd     = inputStruct.baselineEnd;
25) eventList       = inputStruct.eventList;

26) labelMap        = inputStruct.labelMap;

27) 
28) 
29) minPerformance = inf;
30) maxPerformance = -inf;
31) 
32) 
33)         
34)         %Pro Voxel PSTH TIMELINE berechnen.
35)         %   timeshift mit pst-timeline durchf�hren.
36)         % psth-timeline -25 bis +15 zu RES Onset.
37)         
38) %         eventList       = [9,11,13;10,12,14];
39) %         globalStart     = -25;
40) %         globalEnd       = 15;
41) %         baselineStart   = -22;
42) %         baselineEnd     = -20;
43)         
44)         
45)         for voxel = 1:size(voxelList,1)  % [[x;x],[y;y],[z;z]]

46)                 extr  = calculateImageData(voxelList(voxel,:),des,smoothed);

47)                 rawdata=cell2mat({extr.mean}); % Raw Data
48)                 pst{voxel}  = calculatePST(des,globalStart,baselineStart,baselineEnd,globalEnd,eventList,rawdata,sessionList);
49)         end

50)         

51)         decodePerformance = [];
52) 
53)         for timeShift   = timeLineStart:1:timeLineEnd
54)             frameStart  = floor(-globalStart+1+timeShift - 0.5*decodeDuration);
55)             frameEnd    = min(ceil(frameStart+decodeDuration + 0.5*decodeDuration),-globalStart+globalEnd);
56)             
57)             tmp =[];
58)             anyvoxel = 1;

59)             for pstConditionGroup = 1:size(pst{1,anyvoxel},2) 
60)                 for dp = 1:size(pst{1,anyvoxel}{1,pstConditionGroup},1) % data point

61)                   row = getSVMLabel(labelMap,eventList(pstConditionGroup,1));

62)                     for voxel = 1:size(pst,2)

63)                         row = [row, pst{1,voxel}{1,pstConditionGroup}(dp,frameStart:frameEnd)]; % label,value,value

64)                     end
65)                 tmp  = [tmp; row];
66)                 end
67)             end 
68)         
69)             svmdata      = tmp(:,2:size(tmp,2));
70)             svmlabel     = tmp(:,1);

71)             

72) %             rndindex  = randperm(length(svmlabel));
73) %             svmdata   = svmdata(rndindex,:);
74) %             svmlabel  = svmlabel(rndindex);
75)             

76)             if SINGLE
77)                 performance  = svmtrain(svmlabel, svmdata, svmargs);

78) 

79)                 minPerformance = min(minPerformance,performance);
80)                 maxPerformance = max(maxPerformance,performance);

81) 

82)                 decodePerformance = [decodePerformance; performance];
83)             end
84)