SVMCrossVal.git

1) function spm_SVMCrossVal
2) 
3) 
4) %  Initialize and hide the GUI as it is being constructed.
5)     frameWidth=450;

6)     frameHeight=600;

7)     frame = figure('Visible','off','Position',[0,0,frameWidth,frameHeight]);
8)     movegui(frame,'west'); % get this thing visible on smaller displays.
9)     
10)     set(frame,'Name','SVMCrossVal Decode Performance 4 SPM');
11)     set(frame,'NumberTitle','off');
12)     set(frame,'MenuBar','none');
13)     set(frame,'Color',get(0,'defaultUicontrolBackgroundColor'));
14)     set(frame,'Resize','off');
15)     set(frame,'Units','normalize');

16)     
17)     

18)     savemenu = uimenu(frame,'Label','Save/Load');
19)     

20)     model.subjectMap = SubjectRoiMapping;
21)     nElementRows = 24;
22)     optionLineHeight = 1.0/nElementRows;
23)     controlElementHeight=optionLineHeight*(1.0/1.5)*frameHeight;

24)     pSubject     = uipanel(frame,'Title','Subject',          'Position',[0 optionLineHeight*19 frameWidth optionLineHeight*5]);
25)     pPSTH        = uipanel(frame,'Title','PSTH Options',     'Position',[0 optionLineHeight*14 frameWidth optionLineHeight*5]); 
26)     pCLASS       = uipanel(frame,'Title','Class Definitions','Position',[0 optionLineHeight*9  frameWidth optionLineHeight*5]); 
27)     pVOXEL       = uipanel(frame,'Title','Voxel Selector',   'Position',[0 optionLineHeight*3  frameWidth optionLineHeight*6]); 

28)     pSVM         = uipanel(frame,'Title','SVM Options',      'Position',[0 optionLineHeight*1  frameWidth optionLineHeight*2]); 
29)     btnRunButton = uicontrol(frame,'Tag','run','String','run decode-performance visualiser','Position',[2 optionLineHeight*0  frameWidth controlElementHeight*1.6]);

30) 
31) 

32)     % Subject
33)     firstColumn  =  5.00;
34)     firstRow     =  1.00 * controlElementHeight;

35)     

36)     model.subjectSelector = uicontrol(pSubject,'Style','listbox',...
37)                     'Min',1, 'Max',3,...

38)                     'String',getSubjectCellList(model.subjectMap),...

39)                     'Value',5,...  % default selected item
40)                     'Position',[firstColumn firstRow 0.66*frameWidth controlElementHeight*6]);

41)     set(model.subjectSelector,'BackgroundColor','w');

42)     

43)     model.txtSmoothed     = createTextField(pSubject,[0.68*frameWidth firstRow  0.25*frameWidth controlElementHeight],'1');
44)     model.txtMultisubject = createTextField(pSubject,[0.68*frameWidth firstRow*2  0.25*frameWidth controlElementHeight],'single');
45)     set(model.txtMultisubject,'enable','off');

46) 
47)     % PSTH
48)     firstColumn  = 5.00;

49)     secondColumn = 0.33*frameWidth;
50)     thirdColumn  = 0.66*frameWidth;

51) %     fourthColumn = 0.84*frameWidth;

52)     
53)     firstRow    = 5.5*controlElementHeight;
54)     secondRow   = 4.5*controlElementHeight;
55)     thirdRow    = 3.5*controlElementHeight;

56)     fourthRow   = 2.5*controlElementHeight;
57)     fifthRow    = 1.0*controlElementHeight;

58)     

59)     lStart      = createLabel(pPSTH, [secondColumn firstRow  0.33*frameWidth controlElementHeight],'Start [sec]');
60)     lEnd        = createLabel(pPSTH, [thirdColumn  firstRow  0.33*frameWidth controlElementHeight],'End [sec]');
61)     lPSTH       = createLabel(pPSTH, [firstColumn  secondRow 0.33*frameWidth controlElementHeight],'PSTH Range');
62)     lBaseline   = createLabel(pPSTH, [firstColumn  thirdRow  0.33*frameWidth controlElementHeight],'Baseline');
63)     lFrameShift = createLabel(pPSTH, [firstColumn  fourthRow 0.33*frameWidth controlElementHeight],'SVM Frame Shift');
64)     lFramsSize  = createLabel(pPSTH, [firstColumn  fifthRow  0.33*frameWidth controlElementHeight],'SVM Frame Size');

65)     
66)     

67)     model.txtPSTHStart       = createTextField(pPSTH,[secondColumn secondRow 0.25*frameWidth controlElementHeight],'-1.0');
68)     model.txtPSTHEnd         = createTextField(pPSTH,[thirdColumn  secondRow 0.25*frameWidth controlElementHeight],' 35.0');
69)     model.txtBaselineStart   = createTextField(pPSTH,[secondColumn thirdRow  0.25*frameWidth controlElementHeight],'-3.0');
70)     model.txtBaselineEnd     = createTextField(pPSTH,[thirdColumn  thirdRow  0.25*frameWidth controlElementHeight],'-1.0');
71)     model.txtFrameShiftStart = createTextField(pPSTH,[secondColumn fourthRow 0.25*frameWidth controlElementHeight],'-5.0');
72)     model.txtFrameShiftEnd   = createTextField(pPSTH,[thirdColumn  fourthRow 0.25*frameWidth controlElementHeight],' 45.0');

73)     model.txtFrameShiftDur   = createTextField(pPSTH,[secondColumn fifthRow  0.25*frameWidth controlElementHeight],' 0');

74) 
75)                 
76)     %Classes
77)     nClassRows = 6;
78)     firstColumn  = 5.00;

79)     

80)     firstRow    = (nClassRows-0.5)*controlElementHeight;
81)     secondRow   = (nClassRows-4.5)*controlElementHeight;
82) 
83)     lClassDef = createLabel(pCLASS, [firstColumn firstRow  0.66*frameWidth controlElementHeight],'<Label>,<[Event,Event,..]>,<SVM-Value>;');
84)     model.txtClassDef = createTextField(pCLASS,[firstColumn secondRow 0.98*frameWidth 4*controlElementHeight],sprintf('<,\t[ 9,11,13],\t-2 ;\n>,\t[10,12,14],\t-1;'));
85)     set(model.txtClassDef,'HorizontalAlignment','left');
86)     set(model.txtClassDef,'Max',20);
87)     set(model.txtClassDef,'Min',0);

88)     set(model.txtClassDef, 'FontName', 'FixedWidth')

89)     

90)     %Voxel
91)     nVoxelRows = 8;
92)     firstColumn  = 5.00;

93)     

94)     firstRow    = (nVoxelRows-0.5)*controlElementHeight;
95)     secondRow   = (nVoxelRows-7.5)*controlElementHeight;
96) 
97)     lVoxelDef = createLabel(pVOXEL, [firstColumn firstRow  0.66*frameWidth controlElementHeight],'<ROI Name>,<ROI Modifier>;');
98)     model.txtVoxelDef = createTextField(pVOXEL,[firstColumn secondRow 0.98*frameWidth 6*controlElementHeight],...

99)         sprintf('M1 l,\t[ 0, 0, 0];\nM1 l,\t[ 1, 0, 0];\nM1 l,\t[ 0, 1, 0];\nM1 l,\t[ 0, 0, 1];\n'));

100)     set(model.txtVoxelDef,'HorizontalAlignment','left');
101)     set(model.txtVoxelDef,'Max',20);
102)     set(model.txtVoxelDef,'Min',0);

103)     set(model.txtVoxelDef, 'FontName', 'FixedWidth')

104)                 
105)     % SVM
106)     firstColumn  =  5.00;
107)     firstRow     =  1.00 * controlElementHeight;
108) 
109)     model.txtSVMopts = createTextField(pSVM,[firstColumn firstRow  0.66*frameWidth controlElementHeight],'-t 0 -s 0 -v 6');

110)     set(model.txtSVMopts,'Enable','on'); %inactive

111)     set(model.txtSVMopts,'HorizontalAlignment','left');
112) 
113)     set(btnRunButton,'Callback',{@cbRunSVM,model}); % set here, because of model.    

114)     uimenu(savemenu,'Label','Save','Callback',{@mcb_save,model});
115)     uimenu(savemenu,'Label','Load','Callback',{@mcb_load,model});
116) 

117)     set(frame,'Visible','on');
118) end

119) 
120) function mcb_save(src,event,model)
121) display('SAVE');
122) 
123) end
124) 
125) function mcb_load(src,event,model)
126) display('LOAD');
127) end
128) 
129) function sane = isSane(model)
130) % TODO
131) sane = 1;
132) end
133) 
134) function cbRunSVM(src,evnt,model)
135)     display('RUN');
136)     if isSane(model)
137)         classify(model)
138)     else
139)         error('spmtoolbox:SVMCrossVal:paramcheck','please verify all parameters');
140)     end
141) end
142) 

143)