SVMCrossVal.git

private/runCoordTable.m  1) function subjectData = runCoordTable(args)

private/runCoordTable.m  2) 

private/runCoordTable.m  3)     disp('run coord table')
private/runCoordTable.m  4)     

private/runCoordTable.m  5)     subjects = args.subjects;

private/runCoordTable.m  6)     nSubjects = numel(subjects);

private/runCoordTable.m  7)     sessionlist = args.sessionList;

private/runCoordTable.m  8)     pstopts = args.psthOpts;

private/runCoordTable.m  9)     

private/runCoordTable.m 10)     disp(sprintf('batch processing %g subjects.',nSubjects));

private/classify.m      11) 

private/runCoordTable.m 12)     for s = 1:nSubjects

private/runCoordTable.m 13)         % load SPM Design 

private/runCoordTable.m 14)         subjectStruct{s}.dir = fullfile(args.basedir,cell2mat(subjects(s)));
private/runCoordTable.m 15)         d = load(fullfile(subjectStruct{s}.dir,'results','SPM.mat'));
private/runCoordTable.m 16)         subjectStruct{s}.des = d.SPM;
private/runCoordTable.m 17)         subjectStruct{s}.name = cell2mat(subjects(s));

private/runCoordTable.m 18)         % load ROI look-up table

private/runCoordTable.m 19)         map = load(fullfile(subjectStruct{s}.dir,'results','roi','coord_map.mat'));
private/runCoordTable.m 20)         subjectStruct{s}.coords = getSubjectCoordinates(args.coords,map);

classify.m              21)         

private/runCoordTable.m 22)         %preload images

private/runCoordTable.m 23)         disp('fetching volume definitions, please wait');
private/runCoordTable.m 24)         subjectStruct{s}.volumes = spm_vol(getImageFileList(subjectStruct{s}.dir,sessionlist,args.mask));

private/runCoordTable.m 25)       

private/runCoordTable.m 26)         %extract voxel values
private/runCoordTable.m 27)         [extr nExtractedVoxel] = calculateImageData(subjectStruct{s}.volumes,subjectStruct{s}.coords,args.groupingFkt);

private/runCoordTable.m 28)          
private/runCoordTable.m 29)         pstopts.des = subjectStruct{s}.des;
private/runCoordTable.m 30)         pstopts.eventList = args.eventList;
private/runCoordTable.m 31)         pstopts.sessionList = sessionlist;

private/classify.m      32)         

private/runCoordTable.m 33)         disp(sprintf('computing psth for %g voxel',nExtractedVoxel));
private/runCoordTable.m 34)         for iVoxel = 1:nExtractedVoxel

private/runCoordTable.m 35)             rawdata = [];
private/runCoordTable.m 36)             for iImage = 1:length(extr);
private/runCoordTable.m 37)                 tmp = extr(iImage);

private/runCoordTable.m 38)                 rawdata = [rawdata tmp.dat(iVoxel)];

private/runCoordTable.m 39)             end

private/runCoordTable.m 40)             subjectStruct{s}.rawData{iVoxel} = rawdata;

private/runCoordTable.m 41)             subjectStruct{s}.pst{iVoxel} = calculatePST(args.timeline,pstopts,rawdata);
private/runCoordTable.m 42)         end

private/runCoordTable.m 43)         

private/runCoordTable.m 44)        disp(sprintf('done %g / %g',s,nSubjects));

private/runCoordTable.m 45)     end

private/runCoordTable.m 46)     

private/runCoordTable.m 47)     subjectData = subjectStruct;
private/runCoordTable.m 48) %     assignin('base',SVMCROSSVAL_SUBJECTSTRUCT_NAME,subjectStruct);