SVMCrossVal.git

private/main.m  1) function main(model,task,subtask)

private/main.m  2) disp('RUN');

private/main.m  3) switch task 
private/main.m  4)     
private/main.m  5)     case 'pre'
private/main.m  6)         preprocess(model,subtask);
private/main.m  7)     case 'decode'
private/main.m  8)         decode(model,subtask);
private/main.m  9) end
private/main.m 10) end

private/main.m 11) % disp('all warnings OFF')
private/main.m 12) % warn = warning('off','all');
private/main.m 13) 

private/main.m 14) 
private/main.m 15) function preprocess(model,task)
private/main.m 16) % parse the GUI and pass parameters as structure
private/main.m 17) 

private/main.m 18) timeLine = getTimeLineParams(model);
private/main.m 19) subjects = getSubjectCellList(model);
private/main.m 20) classDef = parseClassDef(model);

private/main.m 21) 
private/main.m 22) mask     = ['^' cell2mat(getImageFileMask(model)) '.*\.img$'];

private/main.m 23) % images
private/main.m 24) % normalization
private/main.m 25) 
private/main.m 26) switch task
private/main.m 27)     case 'COORD'
private/main.m 28)         disp('COORD');

private/main.m 29)        
private/main.m 30)         out = struct;
private/main.m 31)         out.header = struct;
private/main.m 32)         out.header.type = 'COORD';
private/main.m 33)         out.header.timeline = timeLine;
private/main.m 34)         out.header.classDef = classDef;
private/main.m 35)         
private/main.m 36)         

private/main.m 37)         coordargs = struct;

private/main.m 38)         coordargs.subjects      = subjects;
private/main.m 39)         coordargs.timeline      = timeLine;
private/main.m 40)         coordargs.basedir       = model.baseDir;
private/main.m 41)         coordargs.sessionList   = 1:3;
private/main.m 42)         coordargs.eventList     = classDef.eventMatrix;
private/main.m 43)         coordargs.coords        = parseCoordinateTextField(model);
private/main.m 44)         coordargs.mask          = mask;
private/main.m 45)         
private/main.m 46)         out.subjectdata = runCoordTable(coordargs);

private/main.m 47)         

private/main.m 48)         assignin('base','preprocessedData',out);

private/main.m 49)         

private/main.m 50)     case 'ROI'
private/main.m 51)         disp('ROI');

private/main.m 52)         roiargs = struct;

private/main.m 53)         roiargs.subjects        = subjects;
private/main.m 54)         roiargs.timeline        = timeLine;
private/main.m 55)         roiargs.classes         = classDef;
private/main.m 56)         roiargs.mask            = mask;
private/main.m 57)         roiargs.basedir         = model.baseDir;
private/main.m 58)         roiargs.sessionList     = 1:3;
private/main.m 59)         roiargs.eventList       = classDef.eventMatrix;

private/main.m 60)         
private/main.m 61)         runROIImageMaskMode(roiargs);
private/main.m 62)         

private/main.m 63)     case 'FBS'

private/main.m 64)         disp('not implemented')
private/main.m 65) end
private/main.m 66) end
private/main.m 67) 
private/main.m 68) function decode(model,task)
private/main.m 69) switch task

private/main.m 70)     case 'SVM'

private/main.m 71)         disp('SVM');
private/main.m 72)         svmopts    = getSvmArgs(model,1);
private/main.m 73)         preprocessedData = evalin('base','preprocessedData');
private/main.m 74)         calculateMultiSubjectDecodePerformance(preprocessedData.header,preprocessedData.subjectdata,svmopts);
private/main.m 75)         

private/main.m 76)         
private/main.m 77)     case 'X-SVM'

private/main.m 78)         disp('not implemented')

private/main.m 79)         
private/main.m 80)     case 'SOM'

private/main.m 81)         disp('not implemented')

private/main.m 82) 
private/main.m 83)     case 'X-SOM'

private/main.m 84)         disp('not implemented')

private/main.m 85)         

private/main.m 86) end
private/main.m 87) 

private/main.m 88) % disp('warings restored');
private/main.m 89) % warning('on',warn);

main.m         90) end

main.m         91) 
main.m         92) 
main.m         93)