SVMCrossVal.git

1) function ui_main(varargin)
2) 

3) DEFAULT.selectedSubject = 2;

4) 

5) DEFAULT.pststart        = -15;
6) DEFAULT.pstend          = 40;
7) DEFAULT.baselinestart   = -3;
8) DEFAULT.baselineend     = -1;
9) DEFAULT.frameshiftstart = -5;
10) DEFAULT.frameshiftend   = 35;
11) DEFAULT.frameshiftdur   = 0;
12) DEFAULT.classdefstring  = 'left,\t[9,11,13]\nright,\t[10,12,14]';
13) DEFAULT.voxelstring     = 'SPL l + [ 0, 0, 0] \nSPL r + [ 0, 0, 0]\n';

14) DEFAULT.svmoptstring    = '-s 0 -t 0 -c 1';
15) DEFAULT.svmnfold        = '6';

16) DEFAULT.searchlightradius = 3;
17) 

18) DEFAULT.wd  = fullfile('d:','Analyze','Choice','24pilot');
19) 

20) %  Initialize and hide the GUI as it is being constructed.
21)     frameWidth=450;

22)     frameHeight=450;

23)     
24)     frame = figure('Visible','off','Position',[0,0,frameWidth,frameHeight]);
25)     movegui(frame,'west'); % get this thing visible on smaller displays.
26)     set(frame,'Name','SVMCrossVal Decode Performance 4 SPM');
27)     set(frame,'NumberTitle','off');
28)     set(frame,'MenuBar','none');

29) %     set(frame,'Color',get(0,'defaultUicontrolBackgroundColor'));

30)     set(frame,'Resize','on');

31)     set(frame,'Units','normalized');

32)     set(frame,'Color','y');

33) 

34)     task = struct;
35)     

36)     model = struct;
37)     model.baseDir = DEFAULT.wd;
38) 
39)     model.txtBaseDir = createLabel(frame,[0 0.97 1 0.03],model.baseDir);
40)     set(model.txtBaseDir,'BackgroundColor','w');

41)     set(model.txtBaseDir,'ForegroundColor','b');

42)     

43)     TASK_HEIGHT = 1-0.13;
44)     
45)     % PREPROCESSING
46)     task.preprocessing   = uipanel(frame,'Title','Preprocessing','Position',[0 0.0 1 TASK_HEIGHT]);
47)     set(task.preprocessing,'BackgroundColor','w');
48)     set(task.preprocessing,'Units','normalized');

49)     

50)     model.selectedSubject = DEFAULT.selectedSubject;

51)     model = createFirstStepPanel(model,task.preprocessing,DEFAULT);

52)     

53)     

54)     % CLASSIFICATION
55)     task.classification = uipanel(frame,'Title','Classification','Position',[0 0.0 1 TASK_HEIGHT]);
56)     set(task.classification,'BackgroundColor','w');
57)     model = createSecondStepPanel(model,task.classification,DEFAULT);
58)     
59)     % TASK
60)     task.taskSwitch = uipanel(frame,'Position',[0 1-0.13 1 0.10]);
61) %         set(task.taskSwitch,'Title','TASK');
62)         set(task.taskSwitch,'BackgroundColor','w');
63)         set(task.taskSwitch,'Units','normalized');
64)     
65)         btnSwitchPreprocessing = uicontrol(task.taskSwitch,'String','ImageProcessing',...
66)             'Units','normalized','Position',[0.0 0.0 0.33 1]);
67)         set(btnSwitchPreprocessing,'Callback',{@cbSwitchTask,'PRE',task}); 
68)         set(btnSwitchPreprocessing,'Enable','on');
69) 
70)         btnSwitchClassify = uicontrol(task.taskSwitch,'String','Decode',...
71)             'Units','normalized','Position',[0.33 0.0 0.33 1]);
72)         set(btnSwitchClassify,'Callback',{@cbSwitchTask,'CLASSIFY',task}); 
73)         set(btnSwitchClassify,'Enable','on');
74) 
75)         btnSwitchPlot = uicontrol(task.taskSwitch,'String','Plot',...
76)             'Units','normalized','Position',[0.66 0.0 0.33 1]);
77)         set(btnSwitchPlot,'Callback',{@cbSwitchTask,'PLOT',task}); 
78)         set(btnSwitchPlot,'Enable','on');
79) 
80)     % menu
81)     

82)     savemenu = uimenu(frame,'Label','Save/Load');

83)         uimenu(savemenu,'Label','Save Preprocessing Parameter','Callback',{@mcb_save,model});
84)         uimenu(savemenu,'Label','Load Preprocessing Parameter','Callback',{@mcb_load,model});

85) 

86)     uimenu(frame,'Label','change Study','Callback',{@mcb_cd,model},'Enable','off');

87)     

88)     cbSwitchTask(0,0,'PRE',task);

89) 
90)     % fill with data
91)     model = scanDirs(model);

92)     set(frame,'Visible','on');
93) 

94)     assignin('base','model',model);

95) end

96) 
97) function model = createFirstStepPanel(model,parent,DEFAULT)

98) 

99)     main_grid = cell(2,4);
100)     main_grid{1,1} = [0 0.7 0.4 0.3];
101)     main_grid{1,2} = [0 0.5 0.5 0.2];
102)     main_grid{1,3} = [0 0.1 0.5 0.4];
103)     main_grid{1,4} = [0 0.0 1.0 0.1];

104)     

105)     main_grid{2,1} = [0.4 0.7 0.6 0.3];
106)     main_grid{2,2} = [0.5 0.5 0.5 0.2];
107)     main_grid{2,3} = [0.5 0.1 0.5 0.4];

108)     
109)     %Subjects

110)     pSubject = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',cell2mat(main_grid(1,1)));
111)     set(pSubject,'Title','Subjects');
112)     set(pSubject,'BackgroundColor','w');
113)     
114)     subjectList = {'DUMMY Subj1','DUMMY Subj2','DUMMY Subj3','DUMMY Subj4'};
115)     model.subjectSelector = uicontrol(pSubject,'Style','listbox',...

116)                     'Min',1, 'Max',3,...
117)                     'String',subjectList,...
118)                     'UserData',subjectList,...
119)                     'Units','normalized',...

120)                     'Position',[0 0 1 1]);

121)     set(model.subjectSelector,'BackgroundColor','w');

122)     
123)     %Classes

124)     pClasses = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',cell2mat(main_grid(1,2)));

125)     set(pClasses,'Title','Class Definitions');
126)     set(pClasses,'BackgroundColor','w');
127)         lClassDef = uicontrol(pClasses,...
128)             'Style','text',...
129)             'String',sprintf('<Label>,\t <[Event, Event, ..]>;'),...
130)             'Units','normalized',...
131)             'Position',[0 0.8 1 0.2]);
132)         set(lClassDef,'BackgroundColor','w');
133)         set(lClassDef,'HorizontalAlignment','left');
134)         
135)         model.txtClassDef = uicontrol(pClasses,'Style','edit',...
136)             'String',sprintf(DEFAULT.classdefstring),...
137)             'Units','normalized',...
138)             'Position',[0 0 1 0.8]);
139)         set(model.txtClassDef,'HorizontalAlignment','left');
140)         set(model.txtClassDef,'Max',20);
141)         set(model.txtClassDef,'Min',0);
142)         set(model.txtClassDef, 'FontName', 'FixedWidth');

143)         set(model.txtClassDef, 'BackgroundColor', 'w');

144) 
145) 
146)     %Timeline

147)     pPSTH        = uipanel(parent,'Title','PSTH Options','Position',cell2mat(main_grid(2,1)));

148)     set(pPSTH,'BackgroundColor','w');
149)         
150)         grid_h = 0.16;
151)         grid_w = 0.3;
152)         

153)         tl_grid = cell([3 6]);
154)         tl_grid{2,1} = [0.0 0.83 grid_w grid_h];
155)         tl_grid{2,1} = [0.4 0.83 grid_w grid_h];
156)         tl_grid{3,1} = [0.7 0.83 grid_w grid_h];

157)         

158)         tl_grid{1,2} = [0.0 0.66 grid_w grid_h];
159)         tl_grid{2,2} = [0.4 0.66 grid_w grid_h];
160)         tl_grid{3,2} = [0.7 0.66 grid_w grid_h];

161) 

162)         tl_grid{1,3} = [0.0 0.5 grid_w grid_h];
163)         tl_grid{2,3} = [0.4 0.5 grid_w grid_h];
164)         tl_grid{3,3} = [0.7 0.5 grid_w grid_h];

165)         

166)         tl_grid{1,4} = [0.0 0.33 grid_w grid_h];
167)         tl_grid{2,4} = [0.4 0.33 grid_w grid_h];
168)         tl_grid{3,4} = [0.7 0.33 grid_w grid_h];

169) 

170)         tl_grid{1,5} = [0.0 0.16 0.5 grid_h];
171)         tl_grid{2,5} = [0.5 0.16 grid_w grid_h];
172)         tl_grid{3,5} = [0.75 0.16 grid_w grid_h];

173)         

174)         tl_grid{1,6} = [0.0 0.0 0.5 grid_h];
175)         tl_grid{2,6} = [0.5 0.0 grid_w grid_h];
176)         tl_grid{3,6} = [0.75 0.0 grid_w grid_h];
177) 
178)         lStart      = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(2,1)) ,'Start [sec]');
179)         lEnd        = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(3,1)) ,'End [sec]');
180)         lPSTH       = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,2)),'PSTH Range');
181)         lBaseline   = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,3)),'Baseline');
182)         lFrameShift = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,4)),'Frame Shift');
183)         lFramsSize  = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,5)),'Frame Size');
184)         lSearchligh = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,6)),'Searchlight Radius');
185) 
186) 
187)         model.txtPSTHStart         = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,2)),DEFAULT.pststart);
188)         model.txtPSTHEnd           = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,2)),DEFAULT.pstend);
189)         model.txtBaselineStart     = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,3)),DEFAULT.baselinestart);
190)         model.txtBaselineEnd       = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,3)),DEFAULT.baselineend);
191)         model.txtFrameShiftStart   = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,4)),DEFAULT.frameshiftstart);
192)         model.txtFrameShiftEnd     = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,4)),DEFAULT.frameshiftend);
193)         model.txtFrameShiftDur     = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,5)),DEFAULT.frameshiftdur);
194)         model.txtSearchlightRadius = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,6)),DEFAULT.searchlightradius);

195)         
196)         % images

197)         pImage = uipanel(parent,'Title','Image Options','Position',cell2mat(main_grid(2,2)));

198)         set(pImage,'BackgroundColor','w');
199) 
200)         createLabel(pImage,[0.0 0.5 1 0.5],'Select Image Base');
201)         

202)         imageRegExList = {'DUMMY f*.IMG','DUMMY swrf*.IMG','DUMMY wrf*.IMG'};

203)         model.imageTypeSelection = uicontrol(pImage,'Style','popupmenu',...
204)         'Units','normalized',...
205)         'Position',[0.0 0.0 1 0.5],...
206)         'String',imageRegExList,...
207)         'UserData',imageRegExList,...

208)         'Value',3);

209)         set(model.imageTypeSelection,'BackgroundColor','w');
210)         
211)         
212)         % coordinate Table

213)         pVoxel = uipanel(parent,'Title','ROI','Position',cell2mat(main_grid(1,3)));

214)         set(pVoxel,'BackgroundColor','w');
215)         lVoxelDef = createLabel(pVoxel, [0 0.9 1 0.1],'<ROI Name>+[offset];');
216)         model.txtVoxelDef = createTextField(pVoxel,[0 0 1 0.9],...
217)             sprintf(DEFAULT.voxelstring));
218)         set(model.txtVoxelDef,'HorizontalAlignment','left');
219)         set(model.txtVoxelDef,'Max',20);
220)         set(model.txtVoxelDef,'Min',0);
221)         set(model.txtVoxelDef, 'FontName', 'FixedWidth');
222)         

223)         %normalizations
224)         pNorm = uipanel(parent,'Title','Normalization','Position',cell2mat(main_grid(2,3)));
225)         set(pNorm,'BackgroundColor','w');
226)         

227)         createLabel(pNorm,[0 0.75 1 0.25],'psth norm4SVM');
228)         norm1Model = {'none','mean','minmax'};

229)         model.selNormPST = uicontrol(pNorm,'Style','popupmenu',...
230)             'Units','normalized',...
231)             'Position',[0.0 0.5 1 0.25],...
232)             'String',norm1Model,...
233)             'UserData',norm1Model,...

234)             'Value',2);

235)          set(model.selNormPST,'BackgroundColor','w');   
236)         

237)         createLabel(pNorm,[0 0.25 1 0.25],'Col Bias removal');
238)         norm2Model = {'on','off'};

239)         model.selNormClass = uicontrol(pNorm,'Style','popupmenu',...
240)             'Units','normalized',...
241)             'Position',[0.0 0.0 1 0.25],...
242)             'String',norm2Model,...
243)             'UserData',norm2Model,...
244)             'Value',1);
245)          set(model.selNormClass,'BackgroundColor','w');   
246)         
247)         %buttons
248)         pButtons = uipanel(parent,'Position',cell2mat(main_grid(1,4)));
249)         set(pButtons,'BackgroundColor','w');

250)         

251)         btnRunButton1 = uicontrol(pButtons,'String','run coord-Table',...
252)             'Units','normalized','Position',[0 0 0.33 1]);

253)         set(btnRunButton1,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'COORD'}); % set here, because of model.    
254)         set(btnRunButton1,'Enable','on');

255)         

256)         btnRunButton2 = uicontrol(pButtons,'String','run full Brain Searchlight',...
257)             'Units','normalized','Position',[0.33 0 0.33 1]);

258)         set(btnRunButton2,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'FBS'}); % set here, because of model.  

259)         set(btnRunButton2,'Enable','off');

260)         

261)         btnRunButton3 = uicontrol(pButtons,'String','run ROI-Image processing',...
262)             'Units','normalized','Position',[0.66 0 0.33 1]);

263)         set(btnRunButton3,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'ROI'}); % set here, because of model.    
264)         set(btnRunButton3,'Enable','on');
265) end
266) 

267) function model = createSecondStepPanel(model,parent,DEFAULT)
268) basecolor = 'w';
269) 
270) pTime = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0.0 0.8 1 0.3]);
271) %     set(pTime,'Title','Frameshift Opts');
272)     set(pTime,'BackgroundColor',basecolor);

273)     

274) pSVM = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0 0.0 0.5 0.7]);

275)     set(pSVM,'Title','SVM Classification');
276)     set(pSVM,'BackgroundColor',basecolor);
277) 
278)     model.txtSVMopts = createTextField(pSVM,[0 0.75 1 0.25],DEFAULT.svmoptstring);
279)     set(model.txtSVMopts,'HorizontalAlignment','left');
280)     
281)     model.txtSVMnfold = createTextField(pSVM,[0.0 0.50 0.5 0.25],DEFAULT.svmnfold);
282)     createLabel(pSVM,[0.5 0.50 0.5 0.25 ],'-Fold CrossVal');
283)     

284) pSOM = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0.5 0.0 0.5 0.7]);

285)     set(pSOM,'Title','SOM Classification');
286)     set(pSOM,'BackgroundColor',basecolor);
287) 
288)     model.txtSOMopts = createTextField(pSOM,[0 0.75 1 0.25],'4x3 rect');
289)     set(model.txtSOMopts,'HorizontalAlignment','left');
290)         set(model.txtSOMopts,'Enable','off');
291) 
292)     model.txtSOMnfold = createTextField(pSOM,[0.0 0.50 0.5 0.25],DEFAULT.svmnfold);
293)         set(model.txtSOMnfold,'Enable','off');
294)     createLabel(pSOM,[0.5 0.50 0.5 0.25 ],'-Fold CrossVal');
295) 
296) % buttons
297)     btnRunSVM = uicontrol(pSVM,'String','run SVM Crossvalidation',...
298)         'Units','normalized',...
299)         'Position',[0 0.25 1 0.25]);
300)     set(btnRunSVM,'Callback',{@cbRunDecode,model,'SVM'}); % set here, because of model.
301)     set(btnRunSVM,'Enable','on');
302)     
303)     btnRunXSVM = uicontrol(pSVM,'String','run SVM X-Subject validation',...
304)         'Units','normalized',...
305)         'Position',[0 0.0 1 0.25]);
306)     set(btnRunXSVM,'Callback',{@cbRunDecode,model,'XSVM'}); % set here, because of model.
307)     set(btnRunXSVM,'Enable','on');
308)     
309)     btnRunSOM = uicontrol(pSOM,'String','run SOM Crossvalidation',...
310)         'Units','normalized',...
311)     'Position',[0.0 0.25 1 0.25]);
312)     set(btnRunSOM,'Callback',{@cbRunDecode,model,'SOM'}); % set here, because of model.
313)     set(btnRunSOM,'Enable','off');
314) 
315)     btnRunXSOM = uicontrol(pSOM,'String','run SOM X-Subject validation',...
316)         'Units','normalized',...
317)         'Position',[0.0 0.0 1 0.25]);
318)     set(btnRunXSOM,'Callback',{@cbRunDecode,model,'XSOM'}); % set here, because of model.
319)     set(btnRunXSOM,'Enable','off');
320) end
321) 
322) 

323) function cbSwitchTask(src,evnt,task,taskpanel)
324) set(taskpanel.preprocessing,'Visible','off');
325) set(taskpanel.classification,'Visible','off');
326) 
327) switch task
328)     case 'PRE'
329)         set(taskpanel.preprocessing,'Visible','on');
330)     case 'CLASSIFY'
331)         set(taskpanel.classification,'Visible','on');
332)     case 'PLOT'
333) end
334) end
335) 

336) 

337) function cbRunPreprocessing(src,evnt,model,task)

338) main(model,'pre',task);
339) end
340) 
341) function cbRunDecode(src,evnt,model,task)
342) main(model,'decode',task);

343) end
344) 

345) function model = mcb_cd(src,evnt,model)
346) disp('CD');
347) directory_name = uigetdir(model.baseDir,'Select Study Base Directory ...');
348) model.baseDir = directory_name;
349) model = scanDirs(model);
350) end
351) 
352) function mcb_save(src,evnt,model)
353) disp('SAVE');
354) baseDir  = model.baseDir;
355) timeLine = getTimeLineParams(model);
356) classDefString = getClassDefString(model);
357) coordDefString = getCoordDefString(model);
358) 
359) [file path] = uiputfile('*.mat','Save current Params ...',model.baseDir);
360) save( fullfile(path,file),'baseDir','timeLine','classDefString','coordDefString') ;
361) end
362) 
363) function model = mcb_load(src,evnt,model)
364) disp('LOAD');
365) [file path] = uigetfile('*.mat','Load Params ...',model.baseDir);
366) l = load(fullfile(path,file));
367) % assignin('base','l',l);
368) model = setTimeLineParams(model,l.timeLine);
369) model = setClassDefString(model,l.classDefString);
370) model = setCoordDefString(model,l.coordDefString);
371) model.baseDir = l.baseDir;
372) model = scanDirs(model);
373) 
374) end
375) 

376) function label = createLabel(parent,  pos, labelText)
377)     label = uicontrol(parent,'Style','text','Units','normalized','String',labelText,'Position',pos);
378)     set(label,'HorizontalAlignment','left');
379)     set(label,'BackgroundColor','w');
380) end
381) 
382) function txt = createTextField(parent,pos,model)

383) %     textfieldcolor = [0.9 0.9 0.0];
384)     textfieldcolor = 'w';