SVMCrossVal.git

1) function output =  runFBSImageMaskMode(header,subjectdata,fbsargs)

2) addpath('NIFTI_20090325');
3) 

4) savePath = fullfile('output',datestr(now,30));

5) mkdir(savePath);
6) 

7) args = header.args;
8) 
9) subjects = subjectdata;
10) nSubjects = numel(subjects);
11) sessionlist = args.sessionList;
12) pstopts = args.psthOpts;
13) pstopts.eventList = args.eventList;
14) pstopts.sessionList = sessionlist;
15) 
16) radius = fbsargs.radius;
17) 
18) timeline = header.timeline;
19) timeline.frameShiftStart = header.frameShift.frameShiftStart;
20) timeline.frameShiftEnd   = header.frameShift.frameShiftEnd;
21) timeline.decodeDuration  = header.frameShift.decodeDuration;
22) 
23) timePointArgs.labelMap      = LabelMap(header.classDef.labelCells,header.classDef.conditionCells);
24) timePointArgs.eventList     = header.classDef.eventMatrix;
25) 
26) timeLineStart  = timeline.frameShiftStart;
27) timeLineEnd    = timeline.frameShiftEnd;
28) 

29) 
30) 

31) RANDOMIZE_DATAPOINTS = header.svmrnd;
32) svmopts = fbsargs.svmopts;
33) 

34) 
35) 

36) disp(sprintf('batch processing  %g subjects.',nSubjects));
37) 
38) for s = 1:nSubjects

39)     elapsed{s} = struct; %measure the timing

40) 

41)     disp(sprintf('processing subject %s.',subjects{s}.name));
42)     % load image data
43)    
44)     disp('fetching volume definitions, please wait');

45)     tic;

46)     volumes = spm_vol(getImageFileList(subjects{s}.dir,sessionlist,args.mask));

47)     elapsed{s}.loadList = toc;
48)     

49)     disp('computing volume values, please wait');

50)     tic 

51)     [extr x y z] = calculateRoiImageData(volumes,subjects{s}.roiFile);

52)     elapsed{s}.calcExtr = toc;

53)     

54)     clear volumes; %save memory ??
55)     disp('cleared volumes');
56)     tic

57)     
58)     nVoxel = size(extr(1).dat,1);
59) 
60)     indexToCoordMap = java.util.HashMap;
61)     coordToIndexMap = java.util.HashMap;
62)     for iVoxel = 1:nVoxel

63)         coord = [x(iVoxel) y(iVoxel) z(iVoxel)];
64)         a = java.util.Vector(3,0);
65)         a.add(0,coord(1));
66)         a.add(1,coord(2));
67)         a.add(2,coord(3));

68)         indexToCoordMap.put(iVoxel,coord);

69)         coordToIndexMap.put(a,iVoxel);

70)     end
71)     

72)     mapping.indexToCoordMap = indexToCoordMap;
73)     mapping.coordToIndexMap = coordToIndexMap;
74) 

75)     elapsed{s}.mapping = toc;

76)     

77)     % calculate psth
78)     
79)     warn = warning('off','all');
80)     pstopts.des = subjects{s}.des;
81) 
82)     disp(sprintf('computing psth for %g voxel.',nVoxel));

83)     tic

84) 
85)     for iVoxel = 1:nVoxel
86)         rawdata = [];
87)         for iImage = 1:length(extr);
88)             tmp = extr(iImage);
89)             rawdata = [rawdata tmp.dat(iVoxel)];
90)         end
91) %         coordNameHelper = strcat('v',num2str(iVoxel));
92)         pst{iVoxel} = calculatePST(args.timeline,pstopts,rawdata); % do not store in subjectStruct, so we can clear it later.
93) 

94) %          p = iVoxel/nVoxel*100;
95) %          if(mod(iVoxel,floor(nVoxel/100))==0)
96) %              sprintf(' %g%%\t complete',p);
97) %          end

98)     end

99)     elapsed{s}.psth = toc;

100)     disp('psth done');
101)     warning(warn);

102)     clear extr;

103)     %run searchlight

104)     pause(0.001) % flush system event queue (respond to ctrl-c)

105)     tic

106)     
107)     display(sprintf('rastering %g coordinates with approx. %g mm radius',nVoxel,radius));
108)     % for each timeslice

109)     globalStart     = timeline.psthStart;
110)     globalEnd       = timeline.psthEnd;
111)     decodeDuration  = timeline.decodeDuration;
112)     labelMap        = timePointArgs.labelMap;
113)     eventList       = pstopts.eventList;

114)     

115)     res             = timeline.tr*timeline.trFactor;
116)     

117)     % tmp = spm_imatrix(V(kImage).mat); %
118)     % vdim = tmp(7:9); % Voxel-Size

119)     
120) 

121)     

122)     mask_image = load_nii(subjects{s}.roiFile.fname);
123)     

124)     vdim = mask_image.hdr.dime.pixdim(2:4);
125)     if mask_image.hdr.dime.pixdim(1) == 1
126)         vdim = vdim .* [-1 1 1];
127)     end
128) 
129)     display(sprintf('starting timesliceing'));
130)     

131)     nSamplePoints = ((timeLineEnd-timeLineStart)/res) +1;

132) 

133) if isempty( fbsargs.timeline )
134) 	fbsTimeLine = 1:nSamplePoints

135) else 

136) 	fbsTimeLine = fbsargs.timeline

137) end
138) 

139) 
140)     for timeShiftIdx = fbsTimeLine
141)         

142)     % center timepoint && relative shift

143)     frameStartIdx  = floor(-globalStart+1+timeShiftIdx - 0.5*decodeDuration);

144)     frameEndIdx    = min(ceil(frameStartIdx+decodeDuration + 0.5*decodeDuration),-globalStart+globalEnd);

145) 

146)         img3D = zeros(size(mask_image)); %output image prepare

147) 

148)         for iVoxel = 1:nVoxel % linear structure avoids 3D-Loop.

149)             if (mod(iVoxel,100)== 0)

150)                 display(sprintf('Status: %03u / %03u Timepoints, %05u / %05u Coordinates',find(fbsTimeLine == timeShiftIdx),length(fbsTimeLine),iVoxel,nVoxel));

151)                 pause(0.001) %flush system event queue
152)             end

153)             % get surrounding coordinate-IDs within radius
154)             sphere = fbs_buildSphere(mapping,iVoxel,radius,vdim);
155) 
156)             %build svm inputmatrix
157)             svmdata = [];
158)             svmlabel = [];
159)             anyvoxel = 1;
160)             for pstConditionGroup = 1:size(pst{1,anyvoxel},2)
161)                 for dp = 1:size(pst{1,anyvoxel}{1,pstConditionGroup},1) % data point
162)                     svmlabel = [svmlabel; lm_getSVMLabel(labelMap,eventList(pstConditionGroup,1))];
163)                     row = [];
164)                     for voxel = 1:size(sphere,2)

165)                         row = [row, pst{1,voxel}{1,pstConditionGroup}(dp,frameStartIdx:frameEndIdx)]; % label,[value,value,...],[value,value,...]...

166)                     end
167)                     svmdata  = [svmdata; row];
168)                 end
169)             end

170) 
171)             if RANDOMIZE_DATAPOINTS
172)                 rndindex  = randperm(length(svmlabel));
173)                 svmdata   = svmdata(rndindex,:);
174)                 svmlabel  = svmlabel(rndindex);
175)             end

176)             

177)             decode = svm_single_crossval(svmlabel,svmdata,svmopts);
178)             % save the decode value to the corresponding coordinate

179) 
180)             coord= mapping.indexToCoordMap.get(iVoxel);

181)             x = coord(1);
182)             y = coord(2);
183)             z = coord(3);

184)             
185)             img3D(x,y,z) = ((decode/100)-0.5)*2; % range [-1:1]

186)             

187)         end  %for each voxel
188) 

189)         nii = make_nii(img3D,vdim,mask_image.hdr.hist.originator(1:3),16,...
190)             sprintf('decode performance, time relative to onset: %g to %g sec',frameStartIdx,frameEndIdx));

191)         save_nii(nii,fullfile(savePath,sprintf('%s-%03g',subjects{s}.name,timeShiftIdx)));

192)     end %for each timeslice

193)     display('rastering done');

194)     display(sprintf('result images saved to %s',savePath));
195)     

196)     elapsed{s}.decode = toc;

197)     assignin('base','timing',elapsed);

198) 
199)     %save memory!
200)     clear pst; 
201)     clear mask_image;

202) end
203) 
204) end