SVMCrossVal.git

1) function ui_main(varargin)
2) 

3) DEFAULT.selectedSubject = 2;

4) 

5) DEFAULT.pststart        = -15;
6) DEFAULT.pstend          = 40;
7) DEFAULT.baselinestart   = -3;
8) DEFAULT.baselineend     = -1;
9) DEFAULT.frameshiftstart = -5;
10) DEFAULT.frameshiftend   = 35;
11) DEFAULT.frameshiftdur   = 0;
12) DEFAULT.classdefstring  = 'left,\t[9,11,13]\nright,\t[10,12,14]';
13) DEFAULT.voxelstring     = 'SPL l + [ 0, 0, 0] \nSPL r + [ 0, 0, 0]\n';

14) DEFAULT.svmoptstring    = '-s 0 -t 0 -c 1';
15) DEFAULT.svmnfold        = '6';

16) DEFAULT.svmrnd          = 1;

17) DEFAULT.searchlightradius = 0;

18) 

19) 

20) DEFAULT.wd  = fullfile('d:','Analyze','Choice','24pilot');
21) 

22) %  Initialize and hide the GUI as it is being constructed.
23)     frameWidth=450;

24)     frameHeight=450;

25)     
26)     frame = figure('Visible','off','Position',[0,0,frameWidth,frameHeight]);
27)     movegui(frame,'west'); % get this thing visible on smaller displays.
28)     set(frame,'Name','SVMCrossVal Decode Performance 4 SPM');
29)     set(frame,'NumberTitle','off');
30)     set(frame,'MenuBar','none');

31) %     set(frame,'Color',get(0,'defaultUicontrolBackgroundColor'));

32)     set(frame,'Resize','on');

33)     set(frame,'Units','normalized');

34)     set(frame,'Color','y');

35) 

36)     task = struct;
37)     

38)     model1 = struct;
39)     model1.baseDir = DEFAULT.wd;

40) 

41)     model1.txtBaseDir = createLabel(frame,[0 0.97 1 0.03],model1.baseDir);
42)     set(model1.txtBaseDir,'BackgroundColor','w');
43)     set(model1.txtBaseDir,'ForegroundColor','b');

44)     

45)     TASK_HEIGHT = 1-0.13;
46)     
47)     % PREPROCESSING
48)     task.preprocessing   = uipanel(frame,'Title','Preprocessing','Position',[0 0.0 1 TASK_HEIGHT]);
49)     set(task.preprocessing,'BackgroundColor','w');
50)     set(task.preprocessing,'Units','normalized');

51)     

52)     model1.selectedSubject = DEFAULT.selectedSubject;
53)     model1 = createFirstStepPanel(model1,task.preprocessing,DEFAULT);

54)     

55)     % fill with data
56)     model1 = scanDirs(model1);

57)     

58)     % CLASSIFICATION

59)     model2 = struct;
60)     

61)     task.classification = uipanel(frame,'Title','Classification','Position',[0 0.0 1 TASK_HEIGHT]);
62)     set(task.classification,'BackgroundColor','w');

63)     model2 = createSecondStepPanel(model2,task.classification,DEFAULT);

64)     

65)     % PLOT

66)     model3 = struct;

67)     task.plot = uipanel(frame,'Title','Plot','Position',[0 0.0 1 TASK_HEIGHT]);
68)     set(task.plot,'BackgroundColor','w');

69)     model3 = createVisualStepPanel(model3,task.plot,DEFAULT);

70)     

71)     % TASK
72)     task.taskSwitch = uipanel(frame,'Position',[0 1-0.13 1 0.10]);
73) %         set(task.taskSwitch,'Title','TASK');
74)         set(task.taskSwitch,'BackgroundColor','w');
75)         set(task.taskSwitch,'Units','normalized');
76)     
77)         btnSwitchPreprocessing = uicontrol(task.taskSwitch,'String','ImageProcessing',...
78)             'Units','normalized','Position',[0.0 0.0 0.33 1]);
79)         set(btnSwitchPreprocessing,'Callback',{@cbSwitchTask,'PRE',task}); 
80)         set(btnSwitchPreprocessing,'Enable','on');
81) 
82)         btnSwitchClassify = uicontrol(task.taskSwitch,'String','Decode',...
83)             'Units','normalized','Position',[0.33 0.0 0.33 1]);
84)         set(btnSwitchClassify,'Callback',{@cbSwitchTask,'CLASSIFY',task}); 
85)         set(btnSwitchClassify,'Enable','on');
86) 
87)         btnSwitchPlot = uicontrol(task.taskSwitch,'String','Plot',...
88)             'Units','normalized','Position',[0.66 0.0 0.33 1]);
89)         set(btnSwitchPlot,'Callback',{@cbSwitchTask,'PLOT',task}); 
90)         set(btnSwitchPlot,'Enable','on');
91) 
92)     % menu
93)     

94)     savemenu = uimenu(frame,'Label','Save/Load');

95)         uimenu(savemenu,'Label','Save Preprocessing Parameter','Callback',{@mcb_save,model1});
96)         uimenu(savemenu,'Label','Load Preprocessing Parameter','Callback',{@mcb_load,model1});
97)         uimenu(savemenu,'Label','Save Decode Parameter','Callback',{@mcb_save,model2},'Enable','off');
98)         uimenu(savemenu,'Label','Load Decode Parameter','Callback',{@mcb_load,model2},'Enable','off');
99)         uimenu(savemenu,'Label','Save All','Callback',{@mcb_save,model1},'Enable','off');
100)         uimenu(savemenu,'Label','Load All','Callback',{@mcb_load,model1},'Enable','off');
101)         
102)     uimenu(frame,'Label','change Study','Callback',{@mcb_cd,model1},'Enable','off');

103)     

104)     cbSwitchTask(0,0,'PRE',task);

105) 

106) 

107)     set(frame,'Visible','on');
108) 

109) %     assignin('base','model',model);

110) end

111) 
112) function model = createFirstStepPanel(model,parent,DEFAULT)

113) 

114)     main_grid = cell(2,4);
115)     main_grid{1,1} = [0 0.7 0.4 0.3];
116)     main_grid{1,2} = [0 0.5 0.5 0.2];
117)     main_grid{1,3} = [0 0.1 0.5 0.4];
118)     main_grid{1,4} = [0 0.0 1.0 0.1];

119)     

120)     main_grid{2,1} = [0.4 0.7 0.6 0.3];
121)     main_grid{2,2} = [0.5 0.5 0.5 0.2];
122)     main_grid{2,3} = [0.5 0.1 0.5 0.4];

123)     
124)     %Subjects

125)     pSubject = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',cell2mat(main_grid(1,1)));
126)     set(pSubject,'Title','Subjects');
127)     set(pSubject,'BackgroundColor','w');
128)     
129)     subjectList = {'DUMMY Subj1','DUMMY Subj2','DUMMY Subj3','DUMMY Subj4'};
130)     model.subjectSelector = uicontrol(pSubject,'Style','listbox',...

131)                     'Min',1, 'Max',3,...
132)                     'String',subjectList,...
133)                     'UserData',subjectList,...
134)                     'Units','normalized',...

135)                     'Position',[0 0 1 1]);

136)     set(model.subjectSelector, 'FontName', 'FixedWidth');

137)     set(model.subjectSelector,'BackgroundColor','w');

138)     
139)     %Classes

140)     pClasses = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',cell2mat(main_grid(1,2)));

141)     set(pClasses,'Title','Class Definitions');
142)     set(pClasses,'BackgroundColor','w');
143)         lClassDef = uicontrol(pClasses,...
144)             'Style','text',...
145)             'String',sprintf('<Label>,\t <[Event, Event, ..]>;'),...
146)             'Units','normalized',...
147)             'Position',[0 0.8 1 0.2]);
148)         set(lClassDef,'BackgroundColor','w');
149)         set(lClassDef,'HorizontalAlignment','left');
150)         
151)         model.txtClassDef = uicontrol(pClasses,'Style','edit',...
152)             'String',sprintf(DEFAULT.classdefstring),...
153)             'Units','normalized',...
154)             'Position',[0 0 1 0.8]);
155)         set(model.txtClassDef,'HorizontalAlignment','left');
156)         set(model.txtClassDef,'Max',20);
157)         set(model.txtClassDef,'Min',0);
158)         set(model.txtClassDef, 'FontName', 'FixedWidth');

159)         set(model.txtClassDef, 'BackgroundColor', 'w');

160) 
161) 
162)     %Timeline

163)     pPSTH        = uipanel(parent,'Title','PSTH Options','Position',cell2mat(main_grid(2,1)));

164)     set(pPSTH,'BackgroundColor','w');
165)         
166)         grid_h = 0.16;
167)         grid_w = 0.3;
168)         

169)         tl_grid = cell([3 6]);
170)         tl_grid{2,1} = [0.0 0.83 grid_w grid_h];
171)         tl_grid{2,1} = [0.4 0.83 grid_w grid_h];
172)         tl_grid{3,1} = [0.7 0.83 grid_w grid_h];

173)         

174)         tl_grid{1,2} = [0.0 0.66 grid_w grid_h];
175)         tl_grid{2,2} = [0.4 0.66 grid_w grid_h];
176)         tl_grid{3,2} = [0.7 0.66 grid_w grid_h];

177) 

178)         tl_grid{1,3} = [0.0 0.5 grid_w grid_h];
179)         tl_grid{2,3} = [0.4 0.5 grid_w grid_h];
180)         tl_grid{3,3} = [0.7 0.5 grid_w grid_h];

181)         

182)         tl_grid{1,4} = [0.0 0.33 grid_w grid_h];
183)         tl_grid{2,4} = [0.4 0.33 grid_w grid_h];
184)         tl_grid{3,4} = [0.7 0.33 grid_w grid_h];

185) 

186)         tl_grid{1,5} = [0.0 0.16 0.5 grid_h];
187)         tl_grid{2,5} = [0.5 0.16 grid_w grid_h];
188)         tl_grid{3,5} = [0.75 0.16 grid_w grid_h];

189)         

190)         tl_grid{1,6} = [0.0 0.0 0.5 grid_h];
191)         tl_grid{2,6} = [0.5 0.0 grid_w grid_h];
192)         tl_grid{3,6} = [0.75 0.0 grid_w grid_h];
193) 
194)         lStart      = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(2,1)) ,'Start [sec]');
195)         lEnd        = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(3,1)) ,'End [sec]');
196)         lPSTH       = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,2)),'PSTH Range');
197)         lBaseline   = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,3)),'Baseline');

198) 
199)         lSearchligh = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,5)),'Searchlight Radius');

200) 
201) 
202)         model.txtPSTHStart         = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,2)),DEFAULT.pststart);
203)         model.txtPSTHEnd           = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,2)),DEFAULT.pstend);
204)         model.txtBaselineStart     = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,3)),DEFAULT.baselinestart);
205)         model.txtBaselineEnd       = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,3)),DEFAULT.baselineend);

206)         model.txtSearchlightRadius = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,5)),DEFAULT.searchlightradius);

207)         
208)         % images

209)         pImage = uipanel(parent,'Title','Image Options','Position',cell2mat(main_grid(2,2)));

210)         set(pImage,'BackgroundColor','w');
211) 
212)         createLabel(pImage,[0.0 0.5 1 0.5],'Select Image Base');
213)         

214)         imageRegExList = {'DUMMY f*.IMG','DUMMY swrf*.IMG','DUMMY wrf*.IMG'};

215)         model.imageTypeSelection = uicontrol(pImage,'Style','popupmenu',...
216)         'Units','normalized',...
217)         'Position',[0.0 0.0 1 0.5],...
218)         'String',imageRegExList,...
219)         'UserData',imageRegExList,...

220)         'Value',3);

221)         set(model.imageTypeSelection,'BackgroundColor','w');
222)         
223)         
224)         % coordinate Table

225)         pVoxel = uipanel(parent,'Title','ROI','Position',cell2mat(main_grid(1,3)));

226)         set(pVoxel,'BackgroundColor','w');
227)         lVoxelDef = createLabel(pVoxel, [0 0.9 1 0.1],'<ROI Name>+[offset];');
228)         model.txtVoxelDef = createTextField(pVoxel,[0 0 1 0.9],...
229)             sprintf(DEFAULT.voxelstring));
230)         set(model.txtVoxelDef,'HorizontalAlignment','left');
231)         set(model.txtVoxelDef,'Max',20);
232)         set(model.txtVoxelDef,'Min',0);
233)         set(model.txtVoxelDef, 'FontName', 'FixedWidth');
234)         

235)         %normalizations
236)         pNorm = uipanel(parent,'Title','Normalization','Position',cell2mat(main_grid(2,3)));
237)         set(pNorm,'BackgroundColor','w');
238)         

239)         createLabel(pNorm,[0 0.75 1 0.25],'psth norm4SVM');
240)         norm1Model = {'none','mean','minmax'};

241)         model.selNormPST = uicontrol(pNorm,'Style','popupmenu',...
242)             'Units','normalized',...
243)             'Position',[0.0 0.5 1 0.25],...
244)             'String',norm1Model,...
245)             'UserData',norm1Model,...

246)             'Value',2);

247)          set(model.selNormPST,'BackgroundColor','w');   
248)         

249)         createLabel(pNorm,[0 0.25 1 0.25],'Col Bias removal');
250)         norm2Model = {'on','off'};

251)         model.selNormClass = uicontrol(pNorm,'Style','popupmenu',...
252)             'Units','normalized',...
253)             'Position',[0.0 0.0 1 0.25],...
254)             'String',norm2Model,...
255)             'UserData',norm2Model,...
256)             'Value',1);
257)          set(model.selNormClass,'BackgroundColor','w');   
258)         
259)         %buttons
260)         pButtons = uipanel(parent,'Position',cell2mat(main_grid(1,4)));
261)         set(pButtons,'BackgroundColor','w');

262)         

263)         btnRunButton1 = uicontrol(pButtons,'String','run coord-Table',...
264)             'Units','normalized','Position',[0 0 0.33 1]);

265)         set(btnRunButton1,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'COORD'}); % set here, because of model.    
266)         set(btnRunButton1,'Enable','on');

267)         

268)         btnRunButton2 = uicontrol(pButtons,'String','run full Brain Searchlight',...
269)             'Units','normalized','Position',[0.33 0 0.33 1]);

270)         set(btnRunButton2,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'FBS'}); % set here, because of model.  

271)         set(btnRunButton2,'Enable','off');

272)         

273)         btnRunButton3 = uicontrol(pButtons,'String','run ROI-Image processing',...
274)             'Units','normalized','Position',[0.66 0 0.33 1]);

275)         set(btnRunButton3,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'ROI'}); % set here, because of model.    
276)         set(btnRunButton3,'Enable','on');
277) end
278) 

279) function model = createSecondStepPanel(model,parent,DEFAULT)
280) basecolor = 'w';
281) 

282) pTime = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0.0 0.8 1 0.2]);
283)     set(pTime,'Title','Decode Timeframe Options');

284)     set(pTime,'BackgroundColor',basecolor);

285)     grid_h = 0.3;
286)     grid_w = 0.3;
287)     time_grid = cell([3 3]);
288)     time_grid{1,1} = [0.0 0.63 grid_w grid_h];
289)     time_grid{2,1} = [0.4 0.63 grid_w grid_h];
290)     time_grid{3,1} = [0.7 0.63 grid_w grid_h];
291)     time_grid{1,2} = [0.0 0.33 grid_w grid_h];
292)     time_grid{2,2} = [0.4 0.33 grid_w grid_h];
293)     time_grid{3,2} = [0.7 0.33 grid_w grid_h];
294)     time_grid{1,3} = [0.0 0.03 grid_w grid_h];
295)     time_grid{2,3} = [0.4 0.03 grid_w grid_h];
296)     time_grid{3,3} = [0.7 0.03 grid_w grid_h];
297) 
298)     lStart      = createLabel(pTime, cell2mat(time_grid(2,1)) ,'Start [sec]');
299)     lEnd        = createLabel(pTime, cell2mat(time_grid(3,1)) ,'End [sec]');
300)     lFrameShift = createLabel(pTime, cell2mat(time_grid(1,2)),'Frame Shift');
301)     lFramsSize  = createLabel(pTime, cell2mat(time_grid(1,3)),'Frame Size');
302)     
303)     model.txtFrameShiftStart   = createTextField(pTime,cell2mat(time_grid(2,2)),DEFAULT.frameshiftstart);
304)     model.txtFrameShiftEnd     = createTextField(pTime,cell2mat(time_grid(3,2)),DEFAULT.frameshiftend);
305)     model.txtFrameShiftDur     = createTextField(pTime,cell2mat(time_grid(2,3)),DEFAULT.frameshiftdur);
306) 

307)     

308) pSVM = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0 0.4 0.5 0.4]);

309)     set(pSVM,'Title','SVM Classification');
310)     set(pSVM,'BackgroundColor',basecolor);
311) 

312)     model.txtSVMopts = createTextField(pSVM,[0 0.83 1 0.16],DEFAULT.svmoptstring);

313)     set(model.txtSVMopts,'HorizontalAlignment','left');
314)     

315)     model.txtSVMnfold = createTextField(pSVM,[0.0 0.66 0.5 0.16],DEFAULT.svmnfold);

316)     createLabel(pSVM,[0.5 0.50 0.5 0.25 ],'-Fold CrossVal');
317)     

318)     model.chkSVMrnd = uicontrol(pSVM,'Style','checkbox','Units','normalized','Position',[0.1 0.50 1 0.16]);
319)     set(model.chkSVMrnd,'String','Randomize Datapoints');
320)     set(model.chkSVMrnd,'BackgroundColor','w');
321)     set(model.chkSVMrnd,'Value',DEFAULT.svmrnd);
322)     
323)     

324) pSOM = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0.5 0.4 0.5 0.4]);

325)     set(pSOM,'Title','SOM Classification');
326)     set(pSOM,'BackgroundColor',basecolor);
327) 
328)     model.txtSOMopts = createTextField(pSOM,[0 0.75 1 0.25],'4x3 rect');
329)     set(model.txtSOMopts,'HorizontalAlignment','left');
330)         set(model.txtSOMopts,'Enable','off');
331) 
332)     model.txtSOMnfold = createTextField(pSOM,[0.0 0.50 0.5 0.25],DEFAULT.svmnfold);
333)         set(model.txtSOMnfold,'Enable','off');
334)     createLabel(pSOM,[0.5 0.50 0.5 0.25 ],'-Fold CrossVal');
335) 
336) % buttons
337)     btnRunSVM = uicontrol(pSVM,'String','run SVM Crossvalidation',...
338)         'Units','normalized',...
339)         'Position',[0 0.25 1 0.25]);
340)     set(btnRunSVM,'Callback',{@cbRunDecode,model,'SVM'}); % set here, because of model.
341)     set(btnRunSVM,'Enable','on');
342)     
343)     btnRunXSVM = uicontrol(pSVM,'String','run SVM X-Subject validation',...
344)         'Units','normalized',...
345)         'Position',[0 0.0 1 0.25]);
346)     set(btnRunXSVM,'Callback',{@cbRunDecode,model,'XSVM'}); % set here, because of model.
347)     set(btnRunXSVM,'Enable','on');
348)     
349)     btnRunSOM = uicontrol(pSOM,'String','run SOM Crossvalidation',...
350)         'Units','normalized',...
351)     'Position',[0.0 0.25 1 0.25]);
352)     set(btnRunSOM,'Callback',{@cbRunDecode,model,'SOM'}); % set here, because of model.
353)     set(btnRunSOM,'Enable','off');
354) 
355)     btnRunXSOM = uicontrol(pSOM,'String','run SOM X-Subject validation',...
356)         'Units','normalized',...
357)         'Position',[0.0 0.0 1 0.25]);
358)     set(btnRunXSOM,'Callback',{@cbRunDecode,model,'XSOM'}); % set here, because of model.
359)     set(btnRunXSOM,'Enable','off');
360) end
361) 

362) function model = createVisualStepPanel(model,parent,DEFAULT)

363)     pButtonPane = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0 0.5 1 0.5]);

364) %     set(pButtonPane,'Title','Plot');
365)     set(pButtonPane,'BackgroundColor','w');
366) 

367)     btnPlot01 = uicontrol(pButtonPane,'String','plot performance and SE',...

368)         'Units','normalized',...

369)         'Position',[0.0 0.0 0.5 0.25]);
370)     set(btnPlot01,'Callback',{@cbPlot,model,'simple'});

371)     set(btnPlot01,'Enable','on');

372)     
373)     btnPlot02 = uicontrol(pButtonPane,'String','plot subject performance and mean with SE',...
374)         'Units','normalized',...
375)         'Position',[0.5 0.0 0.5 0.25]);
376)     set(btnPlot02,'Callback',{@cbPlot,model,'x-subject-val'});
377)     set(btnPlot02,'Enable','on');
378) 
379) %     btnPlot03 = uicontrol(pButtonPane,'String','plot class performance and mean',...
380) %         'Units','normalized',...
381) %         'Position',[0.0 0.5 0.5 0.25]);
382) %     set(btnPlot03,'Callback',{@cbPlot,model,'class performance'}); 
383) %     set(btnPlot03,'Enable','on');
384)     

385) end
386) 

387) 

388) function cbSwitchTask(src,evnt,task,taskpanel)
389) set(taskpanel.preprocessing,'Visible','off');
390) set(taskpanel.classification,'Visible','off');

391) set(taskpanel.plot,'Visible','off');

392) 
393) switch task
394)     case 'PRE'
395)         set(taskpanel.preprocessing,'Visible','on');
396)     case 'CLASSIFY'
397)         set(taskpanel.classification,'Visible','on');
398)     case 'PLOT'

399)         set(taskpanel.plot,'Visible','on');

400) end
401) end
402) 

403) 

404) function cbRunPreprocessing(src,evnt,model,task)

405) main(model,'pre',task);
406) end
407) 
408) function cbRunDecode(src,evnt,model,task)
409) main(model,'decode',task);

410) end
411) 

412) function cbPlot(src,evnt,model,type)
413) main(model,'plot',type);
414) end
415) 
416) 

417) function model = mcb_cd(src,evnt,model)
418) disp('CD');
419) directory_name = uigetdir(model.baseDir,'Select Study Base Directory ...');
420) model.baseDir = directory_name;
421) model = scanDirs(model);
422) end
423) 
424) function mcb_save(src,evnt,model)
425) disp('SAVE');
426) baseDir  = model.baseDir;
427) timeLine = getTimeLineParams(model);
428) classDefString = getClassDefString(model);
429) coordDefString = getCoordDefString(model);
430) 
431) [file path] = uiputfile('*.mat','Save current Params ...',model.baseDir);
432) save( fullfile(path,file),'baseDir','timeLine','classDefString','coordDefString') ;
433) end
434) 
435) function model = mcb_load(src,evnt,model)
436) disp('LOAD');
437) [file path] = uigetfile('*.mat','Load Params ...',model.baseDir);
438) l = load(fullfile(path,file));
439) % assignin('base','l',l);
440) model = setTimeLineParams(model,l.timeLine);
441) model = setClassDefString(model,l.classDefString);
442) model = setCoordDefString(model,l.coordDefString);
443) model.baseDir = l.baseDir;
444) model = scanDirs(model);
445) 
446) end
447) 

448) function label = createLabel(parent,  pos, labelText)
449)     label = uicontrol(parent,'Style','text','Units','normalized','String',labelText,'Position',pos);
450)     set(label,'HorizontalAlignment','left');
451)     set(label,'BackgroundColor','w');
452) end
453) 
454) function txt = createTextField(parent,pos,model)

455) %     textfieldcolor = [0.9 0.9 0.0];
456)     textfieldcolor = 'w';