SVMCrossVal.git

1) function ui_main(varargin)
2) 

3) DEFAULT.selectedSubject = 2;

4) DEFAULT.smoothed        = 1;
5) DEFAULT.multisubject    = 'single';
6) DEFAULT.pststart        = -15;
7) DEFAULT.pstend          = 40;
8) DEFAULT.baselinestart   = -3;
9) DEFAULT.baselineend     = -1;
10) DEFAULT.frameshiftstart = -5;
11) DEFAULT.frameshiftend   = 35;
12) DEFAULT.frameshiftdur   = 0;
13) DEFAULT.classdefstring  = 'left,\t[9,11,13]\nright,\t[10,12,14]';
14) DEFAULT.voxelstring     = 'SPL l + [ 0, 0, 0] \nSPL r + [ 0, 0, 0]\n';

15) DEFAULT.svmoptstring    = '-s 0 -t 0 -c 1';
16) DEFAULT.svmnfold        = '6';

17) DEFAULT.searchlightradius = 3;
18) 

19) DEFAULT.wd  = fullfile('d:','Analyze','Choice','24pilot');
20) 

21) %  Initialize and hide the GUI as it is being constructed.
22)     frameWidth=450;
23)     frameHeight=600;
24)     
25)     frame = figure('Visible','off','Position',[0,0,frameWidth,frameHeight]);
26)     movegui(frame,'west'); % get this thing visible on smaller displays.
27)     set(frame,'Name','SVMCrossVal Decode Performance 4 SPM');
28)     set(frame,'NumberTitle','off');
29)     set(frame,'MenuBar','none');
30)     set(frame,'Color',get(0,'defaultUicontrolBackgroundColor'));

31)     set(frame,'Resize','on');

32)     set(frame,'Units','normalized');
33) 

34)     pFirstStep   = uipanel(frame,'Title','Preprocessing','Position',[0 0.3 1 0.7]);

35)     set(pFirstStep,'BackgroundColor','w');
36)     set(pFirstStep,'Units','normalized');
37)     

38)     model = struct;
39)     model.baseDir = DEFAULT.wd;
40)     model.selectedSubject = DEFAULT.selectedSubject;
41)     model = createFirstStepPanel(model,pFirstStep,DEFAULT);
42)     

43)     
44)     %Classification Step

45)     secondStepBaseColor = 'w';
46)     pSecondStep = uipanel(frame,'Title','Classification','Position',[0 0 1 0.3]);

47)     set(pSecondStep,'BackgroundColor',secondStepBaseColor);
48) 
49)     

50)     model = createSecondStepPanel(model,pSecondStep,DEFAULT,secondStepBaseColor);

51) 

52)     savemenu = uimenu(frame,'Label','Save/Load');
53)     uimenu(savemenu,'Label','Save','Callback',{@mcb_save,model});
54)     uimenu(savemenu,'Label','Load','Callback',{@mcb_load,model});
55)     

56)     set(frame,'Visible','on');

57) 
58)     % fill with data
59)     model = scanDirs(model);
60)     assignin('base','model',model);

61) end

62) 

63) function mcb_save(src,evnt,model)
64) disp('SAVE');
65) baseDir  = model.baseDir;
66) timeLine = getTimeLineParams(model);
67) subjects = getSubjectCellList(model);
68) % classDef
69) % images
70) % normalization
71) 
72) [file path] = uiputfile('*.mat','Save current Params ...',model.baseDir);
73) save( fullfile(path,file),'baseDir','timeLine','subjects') ;

74) end
75) 

76) function model = mcb_load(src,evnt,model)
77) disp('LOAD');
78) [file path] = uigetfile('*.mat','Save current Params ...',model.baseDir);
79) l = load(fullfile(path,file));
80) model = setTimeLineParams(model,l.timeLine);
81) end
82) 
83) 

84) function model = cbSetBaseDir(model,newDir)
85) model.baseDir = newDir;

86) end
87) 

88) 
89) 
90) function model = createSecondStepPanel(model,parent,DEFAULT,basecolor)

91)     
92) pSVM = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0 0.0 0.5 1]);

93)     set(pSVM,'Title','SVM Classification');
94)     set(pSVM,'BackgroundColor',basecolor);
95) 

96)     model.txtSVMopts = createTextField(pSVM,[0 0.75 1 0.25],DEFAULT.svmoptstring);

97)     set(model.txtSVMopts,'HorizontalAlignment','left');

98)     
99)     model.txtSVMnfold = createTextField(pSVM,[0.0 0.50 0.5 0.25],DEFAULT.svmnfold);
100)     createLabel(pSVM,[0.5 0.50 0.5 0.25 ],'-Fold CrossVal');
101) 

102) 
103)     

104) pSOM = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0.5 0.0 0.5 1]);
105)     set(pSOM,'Title','SOM Classification');

106)     set(pSOM,'BackgroundColor',basecolor);

107) 
108)     model.txtSOMopts = createTextField(pSOM,[0 0.75 1 0.25],'4x3 rect');
109)     set(model.txtSOMopts,'HorizontalAlignment','left');
110)         set(model.txtSOMopts,'Enable','off');
111) 
112)     model.txtSOMnfold = createTextField(pSOM,[0.0 0.50 0.5 0.25],DEFAULT.svmnfold);
113)         set(model.txtSOMnfold,'Enable','off');
114)     createLabel(pSOM,[0.5 0.50 0.5 0.25 ],'-Fold CrossVal');
115) 
116)     btnRunSVM = uicontrol(pSVM,'String','run SVM Crossvalidation',...
117)         'Units','normalized',...
118)         'Position',[0 0.25 1 0.25]);

119)     set(btnRunSVM,'Callback',{@cbRunSVM,model}); % set here, because of model.

120)     
121)     btnRunXSVM = uicontrol(pSVM,'String','run SVM X-Subject validation',...
122)         'Units','normalized',...
123)         'Position',[0 0.0 1 0.25]);

124)     set(btnRunXSVM,'Callback',{@cbRunXSVM,model}); % set here, because of model.

125)     set(btnRunXSVM,'Enable','off');
126)     
127)     btnRunSOM = uicontrol(pSOM,'String','run SOM Crossvalidation',...
128)         'Units','normalized',...
129)     'Position',[0.0 0.25 1 0.25]);

130)     set(btnRunSOM,'Callback',{@cbRunSOM,model}); % set here, because of model.

131)     set(btnRunSOM,'Enable','off');
132) 
133)     btnRunXSOM = uicontrol(pSOM,'String','run SOM X-Subject validation',...
134)         'Units','normalized',...
135)         'Position',[0.0 0.0 1 0.25]);

136)     set(btnRunXSOM,'Callback',{@cbRunXSOM,model}); % set here, because of model.

137)     set(btnRunXSOM,'Enable','off');

138) end
139) 

140) function model = createFirstStepPanel(model,parent,DEFAULT)

141) 

142)     main_grid = cell(2,4);
143)     main_grid{1,1} = [0 0.7 0.4 0.3];
144)     main_grid{1,2} = [0 0.5 0.5 0.2];
145)     main_grid{1,3} = [0 0.1 0.5 0.4];
146)     main_grid{1,4} = [0 0.0 1.0 0.1];

147)     

148)     main_grid{2,1} = [0.4 0.7 0.6 0.3];
149)     main_grid{2,2} = [0.5 0.5 0.5 0.2];
150)     main_grid{2,3} = [0.5 0.1 0.5 0.4];

151)     
152)     %Subjects

153)     pSubject = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',cell2mat(main_grid(1,1)));
154)     set(pSubject,'Title','Subjects');
155)     set(pSubject,'BackgroundColor','w');
156)     
157)     subjectList = {'DUMMY Subj1','DUMMY Subj2','DUMMY Subj3','DUMMY Subj4'};
158)     model.subjectSelector = uicontrol(pSubject,'Style','listbox',...

159)                     'Min',1, 'Max',3,...
160)                     'String',subjectList,...
161)                     'UserData',subjectList,...
162)                     'Units','normalized',...

163)                     'Position',[0 0 1 1]);

164)     set(model.subjectSelector,'BackgroundColor','w');

165)     
166)     %Classes

167)     pClasses = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',cell2mat(main_grid(1,2)));

168)     set(pClasses,'Title','Class Definitions');
169)     set(pClasses,'BackgroundColor','w');
170)         lClassDef = uicontrol(pClasses,...
171)             'Style','text',...
172)             'String',sprintf('<Label>,\t <[Event, Event, ..]>;'),...
173)             'Units','normalized',...
174)             'Position',[0 0.8 1 0.2]);
175)         set(lClassDef,'BackgroundColor','w');
176)         set(lClassDef,'HorizontalAlignment','left');
177)         
178)         model.txtClassDef = uicontrol(pClasses,'Style','edit',...
179)             'String',sprintf(DEFAULT.classdefstring),...
180)             'Units','normalized',...
181)             'Position',[0 0 1 0.8]);
182)         set(model.txtClassDef,'HorizontalAlignment','left');
183)         set(model.txtClassDef,'Max',20);
184)         set(model.txtClassDef,'Min',0);
185)         set(model.txtClassDef, 'FontName', 'FixedWidth');

186)         set(model.txtClassDef, 'BackgroundColor', 'w');

187) 
188) 
189)     %Timeline

190)     pPSTH        = uipanel(parent,'Title','PSTH Options','Position',cell2mat(main_grid(2,1)));

191)     set(pPSTH,'BackgroundColor','w');
192)         
193)         grid_h = 0.16;
194)         grid_w = 0.3;
195)         

196)         tl_grid = cell([3 6]);
197)         tl_grid{2,1} = [0.0 0.83 grid_w grid_h];
198)         tl_grid{2,1} = [0.4 0.83 grid_w grid_h];
199)         tl_grid{3,1} = [0.7 0.83 grid_w grid_h];

200)         

201)         tl_grid{1,2} = [0.0 0.66 grid_w grid_h];
202)         tl_grid{2,2} = [0.4 0.66 grid_w grid_h];
203)         tl_grid{3,2} = [0.7 0.66 grid_w grid_h];

204) 

205)         tl_grid{1,3} = [0.0 0.5 grid_w grid_h];
206)         tl_grid{2,3} = [0.4 0.5 grid_w grid_h];
207)         tl_grid{3,3} = [0.7 0.5 grid_w grid_h];

208)         

209)         tl_grid{1,4} = [0.0 0.33 grid_w grid_h];
210)         tl_grid{2,4} = [0.4 0.33 grid_w grid_h];
211)         tl_grid{3,4} = [0.7 0.33 grid_w grid_h];

212) 

213)         tl_grid{1,5} = [0.0 0.16 0.5 grid_h];
214)         tl_grid{2,5} = [0.5 0.16 grid_w grid_h];
215)         tl_grid{3,5} = [0.75 0.16 grid_w grid_h];

216)         

217)         tl_grid{1,6} = [0.0 0.0 0.5 grid_h];
218)         tl_grid{2,6} = [0.5 0.0 grid_w grid_h];
219)         tl_grid{3,6} = [0.75 0.0 grid_w grid_h];
220) 
221)         lStart      = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(2,1)) ,'Start [sec]');
222)         lEnd        = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(3,1)) ,'End [sec]');
223)         lPSTH       = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,2)),'PSTH Range');
224)         lBaseline   = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,3)),'Baseline');
225)         lFrameShift = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,4)),'Frame Shift');
226)         lFramsSize  = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,5)),'Frame Size');
227)         lSearchligh = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,6)),'Searchlight Radius');
228) 
229) 
230)         model.txtPSTHStart         = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,2)),DEFAULT.pststart);
231)         model.txtPSTHEnd           = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,2)),DEFAULT.pstend);
232)         model.txtBaselineStart     = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,3)),DEFAULT.baselinestart);
233)         model.txtBaselineEnd       = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,3)),DEFAULT.baselineend);
234)         model.txtFrameShiftStart   = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,4)),DEFAULT.frameshiftstart);
235)         model.txtFrameShiftEnd     = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,4)),DEFAULT.frameshiftend);
236)         model.txtFrameShiftDur     = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,5)),DEFAULT.frameshiftdur);
237)         model.txtSearchlightRadius = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,6)),DEFAULT.searchlightradius);

238)         
239)         % images

240)         pImage = uipanel(parent,'Title','Image Options','Position',cell2mat(main_grid(2,2)));

241)         set(pImage,'BackgroundColor','w');
242) 
243)         createLabel(pImage,[0.0 0.5 1 0.5],'Select Image Base');
244)         

245)         imageRegExList = {'DUMMY swrf*.IMG','DUMMY wrf*.IMG'};

246)         model.imageTypeSelection = uicontrol(pImage,'Style','popupmenu',...
247)         'Units','normalized',...
248)         'Position',[0.0 0.0 1 0.5],...
249)         'String',imageRegExList,...
250)         'UserData',imageRegExList,...
251)         'Value',1);
252)         set(model.imageTypeSelection,'BackgroundColor','w');
253)         
254)         
255)         % coordinate Table

256)         pVoxel = uipanel(parent,'Title','ROI','Position',cell2mat(main_grid(1,3)));

257)         set(pVoxel,'BackgroundColor','w');
258)         lVoxelDef = createLabel(pVoxel, [0 0.9 1 0.1],'<ROI Name>+[offset];');
259)         model.txtVoxelDef = createTextField(pVoxel,[0 0 1 0.9],...
260)             sprintf(DEFAULT.voxelstring));
261)         set(model.txtVoxelDef,'HorizontalAlignment','left');
262)         set(model.txtVoxelDef,'Max',20);
263)         set(model.txtVoxelDef,'Min',0);
264)         set(model.txtVoxelDef, 'FontName', 'FixedWidth');
265)         

266)         assignin('base','txtVoxelDef',model.txtVoxelDef);
267)         

268)         %normalizations
269)         pNorm = uipanel(parent,'Title','Normalization','Position',cell2mat(main_grid(2,3)));
270)         set(pNorm,'BackgroundColor','w');
271)         
272)         createLabel(pNorm,[0 0.75 1 0.25],'PST Normalization');

273)         norm1Model = {'DUMMY norm A','DUMMY norm B'};

274)         model.selNormPST = uicontrol(pNorm,'Style','popupmenu',...
275)             'Units','normalized',...
276)             'Position',[0.0 0.5 1 0.25],...
277)             'String',norm1Model,...
278)             'UserData',norm1Model,...
279)             'Value',1);
280)          set(model.selNormPST,'BackgroundColor','w');   
281)         
282)         createLabel(pNorm,[0 0.25 1 0.25],'Class-Grouping Normalization');

283)         norm2Model = {'DUMMY norm X','DUMMY norm Y'};

284)         model.selNormClass = uicontrol(pNorm,'Style','popupmenu',...
285)             'Units','normalized',...
286)             'Position',[0.0 0.0 1 0.25],...
287)             'String',norm2Model,...
288)             'UserData',norm2Model,...
289)             'Value',1);
290)          set(model.selNormClass,'BackgroundColor','w');   
291)         
292)         %buttons
293)         pButtons = uipanel(parent,'Position',cell2mat(main_grid(1,4)));
294)         set(pButtons,'BackgroundColor','w');

295)         

296)         btnRunButton1 = uicontrol(pButtons,'String','run coord-Table',...
297)             'Units','normalized','Position',[0 0 0.33 1]);

298)         set(btnRunButton1,'Callback',{@cbRunCoordTable,model}); % set here, because of model.    

299)         set(btnRunButton1,'Enable','off');

300)         

301)         btnRunButton2 = uicontrol(pButtons,'String','run full Brain Searchlight',...
302)             'Units','normalized','Position',[0.33 0 0.33 1]);

303)         set(btnRunButton2,'Callback',{@cbRunFBS,model}); % set here, because of model.  
304)         set(btnRunButton2,'Enable','off');

305)         

306)         btnRunButton3 = uicontrol(pButtons,'String','run ROI-Image processing',...
307)             'Units','normalized','Position',[0.66 0 0.33 1]);

308)         set(btnRunButton3,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'ROI'}); % set here, because of model.    
309)         set(btnRunButton3,'Enable','on');
310)         
311)         assignin('base','model',model);
312) end
313) 
314) function cbRunPreprocessing(src,evnt,model,task)
315) 
316) % parse the GUI and pass parameters as structure
317) disp('RUN');
318) timeLine = getTimeLineParams(model);
319) subjects = getSubjectCellList(model);
320) % classDef
321) % images
322) % normalization
323) 
324) switch task
325)     case 'COORD'
326)         coordinates=3
327)     case 'ROI'
328)         disp('ROI');
329)         runROIImageMaskMode(subjects,timeLine)
330)     case 'FBS'

331) end

332) end
333) 

334) 
335) function cbRunCoordTable(src,evnt,model)
336)     display('RUN Coord-Table Mode');
337)     main('COORD-LOOKUP-TABLE',model);
338) end
339) function cbRunROIImage(src,evnt,model)
340)     display('RUN Image-Mask Mode');
341)     main('ROI-IMAGE-MASK', model);
342) end
343) function cbRunFBS(src,evnt,model)
344)     display('RUN Full Brain Searchlight Mode');
345)     display('not implemented.');
346) end
347) 
348) 
349) function label = createLabel(parent,  pos, labelText)
350)     label = uicontrol(parent,'Style','text','Units','normalized','String',labelText,'Position',pos);
351)     set(label,'HorizontalAlignment','left');
352)     set(label,'BackgroundColor','w');
353) end
354) 
355) function txt = createTextField(parent,pos,model)

356) %     textfieldcolor = [0.9 0.9 0.0];
357)     textfieldcolor = 'w';