SVMCrossVal.git

1) function ui_main(varargin)
2) 

3) DEFAULT.selectedSubject = 2;

4) DEFAULT.smoothed        = 1;
5) DEFAULT.multisubject    = 'single';
6) DEFAULT.pststart        = -15;
7) DEFAULT.pstend          = 40;
8) DEFAULT.baselinestart   = -3;
9) DEFAULT.baselineend     = -1;
10) DEFAULT.frameshiftstart = -5;
11) DEFAULT.frameshiftend   = 35;
12) DEFAULT.frameshiftdur   = 0;
13) DEFAULT.classdefstring  = 'left,\t[9,11,13]\nright,\t[10,12,14]';
14) DEFAULT.voxelstring     = 'SPL l + [ 0, 0, 0] \nSPL r + [ 0, 0, 0]\n';

15) DEFAULT.svmoptstring    = '-s 0 -t 0 -c 1';
16) DEFAULT.svmnfold        = '6';

17) DEFAULT.searchlightradius = 3;
18) 

19) DEFAULT.wd  = fullfile('d:','Analyze','Choice','24pilot');
20) 

21) %  Initialize and hide the GUI as it is being constructed.
22)     frameWidth=450;
23)     frameHeight=600;
24)     
25)     frame = figure('Visible','off','Position',[0,0,frameWidth,frameHeight]);
26)     movegui(frame,'west'); % get this thing visible on smaller displays.
27)     set(frame,'Name','SVMCrossVal Decode Performance 4 SPM');
28)     set(frame,'NumberTitle','off');
29)     set(frame,'MenuBar','none');

30) %     set(frame,'Color',get(0,'defaultUicontrolBackgroundColor'));

31)     set(frame,'Resize','on');

32)     set(frame,'Units','normalized');

33)     set(frame,'Color','w');

34) 

35)     model = struct;
36)     model.baseDir = DEFAULT.wd;
37) 
38)     model.txtBaseDir = createLabel(frame,[0 0.97 1 0.03],model.baseDir);
39)     set(model.txtBaseDir,'BackgroundColor','w');
40)     
41)     pFirstStep   = uipanel(frame,'Title','Preprocessing','Position',[0 0.25 1 0.720]);

42)     set(pFirstStep,'BackgroundColor','w');
43)     set(pFirstStep,'Units','normalized');
44)     

45)     
46) 
47)     

48)     model.selectedSubject = DEFAULT.selectedSubject;
49)     model = createFirstStepPanel(model,pFirstStep,DEFAULT);
50)     

51)     
52)     %Classification Step

53)     secondStepBaseColor = 'w';

54)     pSecondStep = uipanel(frame,'Title','Classification','Position',[0 0 1 0.25]);

55)     set(pSecondStep,'BackgroundColor',secondStepBaseColor);
56) 
57)     

58)     model = createSecondStepPanel(model,pSecondStep,DEFAULT,secondStepBaseColor);

59) 

60)     savemenu = uimenu(frame,'Label','Save/Load');
61)     uimenu(savemenu,'Label','Save','Callback',{@mcb_save,model});
62)     uimenu(savemenu,'Label','Load','Callback',{@mcb_load,model});

63) 
64)     cdmenu = uimenu(frame,'Label','change Study');

65)     

66)     set(frame,'Visible','on');

67) 
68)     % fill with data
69)     model = scanDirs(model);
70)     assignin('base','model',model);

71) end

72) 

73) function mcb_save(src,evnt,model)
74) disp('SAVE');
75) baseDir  = model.baseDir;
76) timeLine = getTimeLineParams(model);
77) subjects = getSubjectCellList(model);

78) classDefString = getClassDefString(model);
79) coordDefString = getCoordDefString(model);

80) % images
81) % normalization
82) 
83) [file path] = uiputfile('*.mat','Save current Params ...',model.baseDir);

84) save( fullfile(path,file),'baseDir','timeLine','subjects','classDefString','coordDefString') ;

85) end
86) 

87) function model = mcb_load(src,evnt,model)
88) disp('LOAD');
89) [file path] = uigetfile('*.mat','Save current Params ...',model.baseDir);
90) l = load(fullfile(path,file));

91) assignin('base','l',l);

92) model = setTimeLineParams(model,l.timeLine);

93) model = setClassDefString(model,l.classDefString);
94) model = setCoordDefString(model,l.coordDefString);

95) end
96) 
97) 

98) function model = cbSetBaseDir(model,newDir)
99) model.baseDir = newDir;

100) end
101) 

102) 
103) 
104) function model = createSecondStepPanel(model,parent,DEFAULT,basecolor)

105)     
106) pSVM = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0 0.0 0.5 1]);

107)     set(pSVM,'Title','SVM Classification');
108)     set(pSVM,'BackgroundColor',basecolor);
109) 

110)     model.txtSVMopts = createTextField(pSVM,[0 0.75 1 0.25],DEFAULT.svmoptstring);

111)     set(model.txtSVMopts,'HorizontalAlignment','left');

112)     
113)     model.txtSVMnfold = createTextField(pSVM,[0.0 0.50 0.5 0.25],DEFAULT.svmnfold);
114)     createLabel(pSVM,[0.5 0.50 0.5 0.25 ],'-Fold CrossVal');
115) 

116) 
117)     

118) pSOM = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0.5 0.0 0.5 1]);
119)     set(pSOM,'Title','SOM Classification');

120)     set(pSOM,'BackgroundColor',basecolor);

121) 
122)     model.txtSOMopts = createTextField(pSOM,[0 0.75 1 0.25],'4x3 rect');
123)     set(model.txtSOMopts,'HorizontalAlignment','left');
124)         set(model.txtSOMopts,'Enable','off');
125) 
126)     model.txtSOMnfold = createTextField(pSOM,[0.0 0.50 0.5 0.25],DEFAULT.svmnfold);
127)         set(model.txtSOMnfold,'Enable','off');
128)     createLabel(pSOM,[0.5 0.50 0.5 0.25 ],'-Fold CrossVal');
129) 
130)     btnRunSVM = uicontrol(pSVM,'String','run SVM Crossvalidation',...
131)         'Units','normalized',...
132)         'Position',[0 0.25 1 0.25]);

133)     set(btnRunSVM,'Callback',{@cbRunSVM,model}); % set here, because of model.

134)     set(btnRunSVM,'Enable','off');

135)     
136)     btnRunXSVM = uicontrol(pSVM,'String','run SVM X-Subject validation',...
137)         'Units','normalized',...
138)         'Position',[0 0.0 1 0.25]);

139)     set(btnRunXSVM,'Callback',{@cbRunXSVM,model}); % set here, because of model.

140)     set(btnRunXSVM,'Enable','off');
141)     
142)     btnRunSOM = uicontrol(pSOM,'String','run SOM Crossvalidation',...
143)         'Units','normalized',...
144)     'Position',[0.0 0.25 1 0.25]);

145)     set(btnRunSOM,'Callback',{@cbRunSOM,model}); % set here, because of model.

146)     set(btnRunSOM,'Enable','off');
147) 
148)     btnRunXSOM = uicontrol(pSOM,'String','run SOM X-Subject validation',...
149)         'Units','normalized',...
150)         'Position',[0.0 0.0 1 0.25]);

151)     set(btnRunXSOM,'Callback',{@cbRunXSOM,model}); % set here, because of model.

152)     set(btnRunXSOM,'Enable','off');

153) end
154) 

155) function model = createFirstStepPanel(model,parent,DEFAULT)

156) 

157)     main_grid = cell(2,4);
158)     main_grid{1,1} = [0 0.7 0.4 0.3];
159)     main_grid{1,2} = [0 0.5 0.5 0.2];
160)     main_grid{1,3} = [0 0.1 0.5 0.4];
161)     main_grid{1,4} = [0 0.0 1.0 0.1];

162)     

163)     main_grid{2,1} = [0.4 0.7 0.6 0.3];
164)     main_grid{2,2} = [0.5 0.5 0.5 0.2];
165)     main_grid{2,3} = [0.5 0.1 0.5 0.4];

166)     
167)     %Subjects

168)     pSubject = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',cell2mat(main_grid(1,1)));
169)     set(pSubject,'Title','Subjects');
170)     set(pSubject,'BackgroundColor','w');
171)     
172)     subjectList = {'DUMMY Subj1','DUMMY Subj2','DUMMY Subj3','DUMMY Subj4'};
173)     model.subjectSelector = uicontrol(pSubject,'Style','listbox',...

174)                     'Min',1, 'Max',3,...
175)                     'String',subjectList,...
176)                     'UserData',subjectList,...
177)                     'Units','normalized',...

178)                     'Position',[0 0 1 1]);

179)     set(model.subjectSelector,'BackgroundColor','w');

180)     
181)     %Classes

182)     pClasses = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',cell2mat(main_grid(1,2)));

183)     set(pClasses,'Title','Class Definitions');
184)     set(pClasses,'BackgroundColor','w');
185)         lClassDef = uicontrol(pClasses,...
186)             'Style','text',...
187)             'String',sprintf('<Label>,\t <[Event, Event, ..]>;'),...
188)             'Units','normalized',...
189)             'Position',[0 0.8 1 0.2]);
190)         set(lClassDef,'BackgroundColor','w');
191)         set(lClassDef,'HorizontalAlignment','left');
192)         
193)         model.txtClassDef = uicontrol(pClasses,'Style','edit',...
194)             'String',sprintf(DEFAULT.classdefstring),...
195)             'Units','normalized',...
196)             'Position',[0 0 1 0.8]);
197)         set(model.txtClassDef,'HorizontalAlignment','left');
198)         set(model.txtClassDef,'Max',20);
199)         set(model.txtClassDef,'Min',0);
200)         set(model.txtClassDef, 'FontName', 'FixedWidth');

201)         set(model.txtClassDef, 'BackgroundColor', 'w');

202) 
203) 
204)     %Timeline

205)     pPSTH        = uipanel(parent,'Title','PSTH Options','Position',cell2mat(main_grid(2,1)));

206)     set(pPSTH,'BackgroundColor','w');
207)         
208)         grid_h = 0.16;
209)         grid_w = 0.3;
210)         

211)         tl_grid = cell([3 6]);
212)         tl_grid{2,1} = [0.0 0.83 grid_w grid_h];
213)         tl_grid{2,1} = [0.4 0.83 grid_w grid_h];
214)         tl_grid{3,1} = [0.7 0.83 grid_w grid_h];

215)         

216)         tl_grid{1,2} = [0.0 0.66 grid_w grid_h];
217)         tl_grid{2,2} = [0.4 0.66 grid_w grid_h];
218)         tl_grid{3,2} = [0.7 0.66 grid_w grid_h];

219) 

220)         tl_grid{1,3} = [0.0 0.5 grid_w grid_h];
221)         tl_grid{2,3} = [0.4 0.5 grid_w grid_h];
222)         tl_grid{3,3} = [0.7 0.5 grid_w grid_h];

223)         

224)         tl_grid{1,4} = [0.0 0.33 grid_w grid_h];
225)         tl_grid{2,4} = [0.4 0.33 grid_w grid_h];
226)         tl_grid{3,4} = [0.7 0.33 grid_w grid_h];

227) 

228)         tl_grid{1,5} = [0.0 0.16 0.5 grid_h];
229)         tl_grid{2,5} = [0.5 0.16 grid_w grid_h];
230)         tl_grid{3,5} = [0.75 0.16 grid_w grid_h];

231)         

232)         tl_grid{1,6} = [0.0 0.0 0.5 grid_h];
233)         tl_grid{2,6} = [0.5 0.0 grid_w grid_h];
234)         tl_grid{3,6} = [0.75 0.0 grid_w grid_h];
235) 
236)         lStart      = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(2,1)) ,'Start [sec]');
237)         lEnd        = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(3,1)) ,'End [sec]');
238)         lPSTH       = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,2)),'PSTH Range');
239)         lBaseline   = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,3)),'Baseline');
240)         lFrameShift = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,4)),'Frame Shift');
241)         lFramsSize  = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,5)),'Frame Size');
242)         lSearchligh = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,6)),'Searchlight Radius');
243) 
244) 
245)         model.txtPSTHStart         = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,2)),DEFAULT.pststart);
246)         model.txtPSTHEnd           = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,2)),DEFAULT.pstend);
247)         model.txtBaselineStart     = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,3)),DEFAULT.baselinestart);
248)         model.txtBaselineEnd       = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,3)),DEFAULT.baselineend);
249)         model.txtFrameShiftStart   = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,4)),DEFAULT.frameshiftstart);
250)         model.txtFrameShiftEnd     = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,4)),DEFAULT.frameshiftend);
251)         model.txtFrameShiftDur     = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,5)),DEFAULT.frameshiftdur);
252)         model.txtSearchlightRadius = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,6)),DEFAULT.searchlightradius);

253)         
254)         % images

255)         pImage = uipanel(parent,'Title','Image Options','Position',cell2mat(main_grid(2,2)));

256)         set(pImage,'BackgroundColor','w');
257) 
258)         createLabel(pImage,[0.0 0.5 1 0.5],'Select Image Base');
259)         

260)         imageRegExList = {'DUMMY swrf*.IMG','DUMMY wrf*.IMG'};

261)         model.imageTypeSelection = uicontrol(pImage,'Style','popupmenu',...
262)         'Units','normalized',...
263)         'Position',[0.0 0.0 1 0.5],...
264)         'String',imageRegExList,...
265)         'UserData',imageRegExList,...
266)         'Value',1);
267)         set(model.imageTypeSelection,'BackgroundColor','w');
268)         
269)         
270)         % coordinate Table

271)         pVoxel = uipanel(parent,'Title','ROI','Position',cell2mat(main_grid(1,3)));

272)         set(pVoxel,'BackgroundColor','w');
273)         lVoxelDef = createLabel(pVoxel, [0 0.9 1 0.1],'<ROI Name>+[offset];');
274)         model.txtVoxelDef = createTextField(pVoxel,[0 0 1 0.9],...
275)             sprintf(DEFAULT.voxelstring));
276)         set(model.txtVoxelDef,'HorizontalAlignment','left');
277)         set(model.txtVoxelDef,'Max',20);
278)         set(model.txtVoxelDef,'Min',0);
279)         set(model.txtVoxelDef, 'FontName', 'FixedWidth');
280)         

281)         assignin('base','txtVoxelDef',model.txtVoxelDef);
282)         

283)         %normalizations
284)         pNorm = uipanel(parent,'Title','Normalization','Position',cell2mat(main_grid(2,3)));
285)         set(pNorm,'BackgroundColor','w');
286)         
287)         createLabel(pNorm,[0 0.75 1 0.25],'PST Normalization');

288)         norm1Model = {'DUMMY norm A','DUMMY norm B'};

289)         model.selNormPST = uicontrol(pNorm,'Style','popupmenu',...
290)             'Units','normalized',...
291)             'Position',[0.0 0.5 1 0.25],...
292)             'String',norm1Model,...
293)             'UserData',norm1Model,...
294)             'Value',1);
295)          set(model.selNormPST,'BackgroundColor','w');   
296)         
297)         createLabel(pNorm,[0 0.25 1 0.25],'Class-Grouping Normalization');

298)         norm2Model = {'DUMMY norm X','DUMMY norm Y'};

299)         model.selNormClass = uicontrol(pNorm,'Style','popupmenu',...
300)             'Units','normalized',...
301)             'Position',[0.0 0.0 1 0.25],...
302)             'String',norm2Model,...
303)             'UserData',norm2Model,...
304)             'Value',1);
305)          set(model.selNormClass,'BackgroundColor','w');   
306)         
307)         %buttons
308)         pButtons = uipanel(parent,'Position',cell2mat(main_grid(1,4)));
309)         set(pButtons,'BackgroundColor','w');

310)         

311)         btnRunButton1 = uicontrol(pButtons,'String','run coord-Table',...
312)             'Units','normalized','Position',[0 0 0.33 1]);

313)         set(btnRunButton1,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'COORD'}); % set here, because of model.    
314)         set(btnRunButton1,'Enable','on');

315)         

316)         btnRunButton2 = uicontrol(pButtons,'String','run full Brain Searchlight',...
317)             'Units','normalized','Position',[0.33 0 0.33 1]);

318)         set(btnRunButton2,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'FBS'}); % set here, because of model.  
319)         set(btnRunButton2,'Enable','on');

320)         

321)         btnRunButton3 = uicontrol(pButtons,'String','run ROI-Image processing',...
322)             'Units','normalized','Position',[0.66 0 0.33 1]);

323)         set(btnRunButton3,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'ROI'}); % set here, because of model.    
324)         set(btnRunButton3,'Enable','on');
325)         
326)         assignin('base','model',model);
327) end
328) 
329) function cbRunPreprocessing(src,evnt,model,task)
330) 
331) % parse the GUI and pass parameters as structure
332) disp('RUN');
333) timeLine = getTimeLineParams(model);
334) subjects = getSubjectCellList(model);

335) classDef = parseClassDef(model);

336) % images
337) % normalization
338) 
339) switch task
340)     case 'COORD'

341)         disp('COORD');
342)         coordinates= 'parse me'

343)     case 'ROI'
344)         disp('ROI');
345)         runROIImageMaskMode(subjects,timeLine)
346)     case 'FBS'

347)         disp('FBS')

348) end

349) end
350) 

351) 

352) % function cbRunCoordTable(src,evnt,model)
353) %     display('RUN Coord-Table Mode');
354) %     main('COORD-LOOKUP-TABLE',model);
355) % end
356) % function cbRunROIImage(src,evnt,model)
357) %     display('RUN Image-Mask Mode');
358) %     main('ROI-IMAGE-MASK', model);
359) % end
360) % function cbRunFBS(src,evnt,model)
361) %     display('RUN Full Brain Searchlight Mode');
362) %     display('not implemented.');
363) % end

364) 
365) 
366) function label = createLabel(parent,  pos, labelText)
367)     label = uicontrol(parent,'Style','text','Units','normalized','String',labelText,'Position',pos);
368)     set(label,'HorizontalAlignment','left');
369)     set(label,'BackgroundColor','w');
370) end
371) 
372) function txt = createTextField(parent,pos,model)

373) %     textfieldcolor = [0.9 0.9 0.0];
374)     textfieldcolor = 'w';