SVMCrossVal.git

1) function ui_main(varargin)
2) 

3) DEFAULT.selectedSubject = 2;

4) 

5) DEFAULT.pststart        = -15;
6) DEFAULT.pstend          = 40;
7) DEFAULT.baselinestart   = -3;
8) DEFAULT.baselineend     = -1;
9) DEFAULT.frameshiftstart = -5;
10) DEFAULT.frameshiftend   = 35;
11) DEFAULT.frameshiftdur   = 0;
12) DEFAULT.classdefstring  = 'left,\t[9,11,13]\nright,\t[10,12,14]';
13) DEFAULT.voxelstring     = 'SPL l + [ 0, 0, 0] \nSPL r + [ 0, 0, 0]\n';

14) DEFAULT.svmoptstring    = '-s 0 -t 0 -c 1';
15) DEFAULT.svmnfold        = '6';

16) DEFAULT.searchlightradius = 3;
17) 

18) DEFAULT.wd  = fullfile('d:','Analyze','Choice','24pilot');
19) 

20) %  Initialize and hide the GUI as it is being constructed.
21)     frameWidth=450;
22)     frameHeight=600;
23)     
24)     frame = figure('Visible','off','Position',[0,0,frameWidth,frameHeight]);
25)     movegui(frame,'west'); % get this thing visible on smaller displays.
26)     set(frame,'Name','SVMCrossVal Decode Performance 4 SPM');
27)     set(frame,'NumberTitle','off');
28)     set(frame,'MenuBar','none');

29) %     set(frame,'Color',get(0,'defaultUicontrolBackgroundColor'));

30)     set(frame,'Resize','on');

31)     set(frame,'Units','normalized');

32)     set(frame,'Color','y');

33) 

34)     model = struct;
35)     model.baseDir = DEFAULT.wd;
36) 
37)     model.txtBaseDir = createLabel(frame,[0 0.97 1 0.03],model.baseDir);
38)     set(model.txtBaseDir,'BackgroundColor','w');

39)     set(model.txtBaseDir,'ForegroundColor','b');

40)     

41)     pFirstStep   = uipanel(frame,'Title','Preprocessing','Position',[0 0.36 1 0.610]);

42)     set(pFirstStep,'BackgroundColor','w');
43)     set(pFirstStep,'Units','normalized');
44)     

45)     model.selectedSubject = DEFAULT.selectedSubject;
46)     model = createFirstStepPanel(model,pFirstStep,DEFAULT);
47)     

48)     %Classification Step

49)     secondStepBaseColor = 'w';

50)     pSecondStep = uipanel(frame,'Title','Classification','Position',[0 0.1 1 0.25]);

51)     set(pSecondStep,'BackgroundColor',secondStepBaseColor);
52) 
53)     

54)     model = createSecondStepPanel(model,pSecondStep,DEFAULT,secondStepBaseColor);

55) 

56)     savemenu = uimenu(frame,'Label','Save/Load');

57)     uimenu(savemenu,'Label','Save Preprocessing Parameter','Callback',{@mcb_save,model});
58)     uimenu(savemenu,'Label','Load Preprocessing Parameter','Callback',{@mcb_load,model});

59) 

60)     uimenu(frame,'Label','change Study','Callback',{@mcb_cd,model},'Enable','off');

61)     

62)     set(frame,'Visible','on');

63) 
64)     % fill with data
65)     model = scanDirs(model);
66)     assignin('base','model',model);

67) end

68) 
69) function model = createFirstStepPanel(model,parent,DEFAULT)

70) 

71)     main_grid = cell(2,4);
72)     main_grid{1,1} = [0 0.7 0.4 0.3];
73)     main_grid{1,2} = [0 0.5 0.5 0.2];
74)     main_grid{1,3} = [0 0.1 0.5 0.4];
75)     main_grid{1,4} = [0 0.0 1.0 0.1];

76)     

77)     main_grid{2,1} = [0.4 0.7 0.6 0.3];
78)     main_grid{2,2} = [0.5 0.5 0.5 0.2];
79)     main_grid{2,3} = [0.5 0.1 0.5 0.4];

80)     
81)     %Subjects

82)     pSubject = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',cell2mat(main_grid(1,1)));
83)     set(pSubject,'Title','Subjects');
84)     set(pSubject,'BackgroundColor','w');
85)     
86)     subjectList = {'DUMMY Subj1','DUMMY Subj2','DUMMY Subj3','DUMMY Subj4'};
87)     model.subjectSelector = uicontrol(pSubject,'Style','listbox',...

88)                     'Min',1, 'Max',3,...
89)                     'String',subjectList,...
90)                     'UserData',subjectList,...
91)                     'Units','normalized',...

92)                     'Position',[0 0 1 1]);

93)     set(model.subjectSelector,'BackgroundColor','w');

94)     
95)     %Classes

96)     pClasses = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',cell2mat(main_grid(1,2)));

97)     set(pClasses,'Title','Class Definitions');
98)     set(pClasses,'BackgroundColor','w');
99)         lClassDef = uicontrol(pClasses,...
100)             'Style','text',...
101)             'String',sprintf('<Label>,\t <[Event, Event, ..]>;'),...
102)             'Units','normalized',...
103)             'Position',[0 0.8 1 0.2]);
104)         set(lClassDef,'BackgroundColor','w');
105)         set(lClassDef,'HorizontalAlignment','left');
106)         
107)         model.txtClassDef = uicontrol(pClasses,'Style','edit',...
108)             'String',sprintf(DEFAULT.classdefstring),...
109)             'Units','normalized',...
110)             'Position',[0 0 1 0.8]);
111)         set(model.txtClassDef,'HorizontalAlignment','left');
112)         set(model.txtClassDef,'Max',20);
113)         set(model.txtClassDef,'Min',0);
114)         set(model.txtClassDef, 'FontName', 'FixedWidth');

115)         set(model.txtClassDef, 'BackgroundColor', 'w');

116) 
117) 
118)     %Timeline

119)     pPSTH        = uipanel(parent,'Title','PSTH Options','Position',cell2mat(main_grid(2,1)));

120)     set(pPSTH,'BackgroundColor','w');
121)         
122)         grid_h = 0.16;
123)         grid_w = 0.3;
124)         

125)         tl_grid = cell([3 6]);
126)         tl_grid{2,1} = [0.0 0.83 grid_w grid_h];
127)         tl_grid{2,1} = [0.4 0.83 grid_w grid_h];
128)         tl_grid{3,1} = [0.7 0.83 grid_w grid_h];

129)         

130)         tl_grid{1,2} = [0.0 0.66 grid_w grid_h];
131)         tl_grid{2,2} = [0.4 0.66 grid_w grid_h];
132)         tl_grid{3,2} = [0.7 0.66 grid_w grid_h];

133) 

134)         tl_grid{1,3} = [0.0 0.5 grid_w grid_h];
135)         tl_grid{2,3} = [0.4 0.5 grid_w grid_h];
136)         tl_grid{3,3} = [0.7 0.5 grid_w grid_h];

137)         

138)         tl_grid{1,4} = [0.0 0.33 grid_w grid_h];
139)         tl_grid{2,4} = [0.4 0.33 grid_w grid_h];
140)         tl_grid{3,4} = [0.7 0.33 grid_w grid_h];

141) 

142)         tl_grid{1,5} = [0.0 0.16 0.5 grid_h];
143)         tl_grid{2,5} = [0.5 0.16 grid_w grid_h];
144)         tl_grid{3,5} = [0.75 0.16 grid_w grid_h];

145)         

146)         tl_grid{1,6} = [0.0 0.0 0.5 grid_h];
147)         tl_grid{2,6} = [0.5 0.0 grid_w grid_h];
148)         tl_grid{3,6} = [0.75 0.0 grid_w grid_h];
149) 
150)         lStart      = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(2,1)) ,'Start [sec]');
151)         lEnd        = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(3,1)) ,'End [sec]');
152)         lPSTH       = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,2)),'PSTH Range');
153)         lBaseline   = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,3)),'Baseline');
154)         lFrameShift = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,4)),'Frame Shift');
155)         lFramsSize  = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,5)),'Frame Size');
156)         lSearchligh = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,6)),'Searchlight Radius');
157) 
158) 
159)         model.txtPSTHStart         = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,2)),DEFAULT.pststart);
160)         model.txtPSTHEnd           = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,2)),DEFAULT.pstend);
161)         model.txtBaselineStart     = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,3)),DEFAULT.baselinestart);
162)         model.txtBaselineEnd       = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,3)),DEFAULT.baselineend);
163)         model.txtFrameShiftStart   = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,4)),DEFAULT.frameshiftstart);
164)         model.txtFrameShiftEnd     = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,4)),DEFAULT.frameshiftend);
165)         model.txtFrameShiftDur     = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,5)),DEFAULT.frameshiftdur);
166)         model.txtSearchlightRadius = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,6)),DEFAULT.searchlightradius);

167)         
168)         % images

169)         pImage = uipanel(parent,'Title','Image Options','Position',cell2mat(main_grid(2,2)));

170)         set(pImage,'BackgroundColor','w');
171) 
172)         createLabel(pImage,[0.0 0.5 1 0.5],'Select Image Base');
173)         

174)         imageRegExList = {'DUMMY f*.IMG','DUMMY swrf*.IMG','DUMMY wrf*.IMG'};

175)         model.imageTypeSelection = uicontrol(pImage,'Style','popupmenu',...
176)         'Units','normalized',...
177)         'Position',[0.0 0.0 1 0.5],...
178)         'String',imageRegExList,...
179)         'UserData',imageRegExList,...

180)         'Value',3);

181)         set(model.imageTypeSelection,'BackgroundColor','w');
182)         
183)         
184)         % coordinate Table

185)         pVoxel = uipanel(parent,'Title','ROI','Position',cell2mat(main_grid(1,3)));

186)         set(pVoxel,'BackgroundColor','w');
187)         lVoxelDef = createLabel(pVoxel, [0 0.9 1 0.1],'<ROI Name>+[offset];');
188)         model.txtVoxelDef = createTextField(pVoxel,[0 0 1 0.9],...
189)             sprintf(DEFAULT.voxelstring));
190)         set(model.txtVoxelDef,'HorizontalAlignment','left');
191)         set(model.txtVoxelDef,'Max',20);
192)         set(model.txtVoxelDef,'Min',0);
193)         set(model.txtVoxelDef, 'FontName', 'FixedWidth');
194)         

195)         %normalizations
196)         pNorm = uipanel(parent,'Title','Normalization','Position',cell2mat(main_grid(2,3)));
197)         set(pNorm,'BackgroundColor','w');
198)         

199)         createLabel(pNorm,[0 0.75 1 0.25],'psth norm4SVM');
200)         norm1Model = {'none','mean','minmax'};

201)         model.selNormPST = uicontrol(pNorm,'Style','popupmenu',...
202)             'Units','normalized',...
203)             'Position',[0.0 0.5 1 0.25],...
204)             'String',norm1Model,...
205)             'UserData',norm1Model,...

206)             'Value',2);

207)          set(model.selNormPST,'BackgroundColor','w');   
208)         

209)         createLabel(pNorm,[0 0.25 1 0.25],'Col Bias removal');
210)         norm2Model = {'on','off'};

211)         model.selNormClass = uicontrol(pNorm,'Style','popupmenu',...
212)             'Units','normalized',...
213)             'Position',[0.0 0.0 1 0.25],...
214)             'String',norm2Model,...
215)             'UserData',norm2Model,...
216)             'Value',1);
217)          set(model.selNormClass,'BackgroundColor','w');   
218)         
219)         %buttons
220)         pButtons = uipanel(parent,'Position',cell2mat(main_grid(1,4)));
221)         set(pButtons,'BackgroundColor','w');

222)         

223)         btnRunButton1 = uicontrol(pButtons,'String','run coord-Table',...
224)             'Units','normalized','Position',[0 0 0.33 1]);

225)         set(btnRunButton1,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'COORD'}); % set here, because of model.    
226)         set(btnRunButton1,'Enable','on');

227)         

228)         btnRunButton2 = uicontrol(pButtons,'String','run full Brain Searchlight',...
229)             'Units','normalized','Position',[0.33 0 0.33 1]);

230)         set(btnRunButton2,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'FBS'}); % set here, because of model.  

231)         set(btnRunButton2,'Enable','off');

232)         

233)         btnRunButton3 = uicontrol(pButtons,'String','run ROI-Image processing',...
234)             'Units','normalized','Position',[0.66 0 0.33 1]);

235)         set(btnRunButton3,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'ROI'}); % set here, because of model.    
236)         set(btnRunButton3,'Enable','on');
237) end
238) 

239) function model = createSecondStepPanel(model,parent,DEFAULT,basecolor)
240)     
241) pSVM = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0 0.0 0.5 1]);
242)     set(pSVM,'Title','SVM Classification');
243)     set(pSVM,'BackgroundColor',basecolor);
244) 
245)     model.txtSVMopts = createTextField(pSVM,[0 0.75 1 0.25],DEFAULT.svmoptstring);
246)     set(model.txtSVMopts,'HorizontalAlignment','left');
247)     
248)     model.txtSVMnfold = createTextField(pSVM,[0.0 0.50 0.5 0.25],DEFAULT.svmnfold);
249)     createLabel(pSVM,[0.5 0.50 0.5 0.25 ],'-Fold CrossVal');
250)     
251) pSOM = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0.5 0.0 0.5 1]);
252)     set(pSOM,'Title','SOM Classification');
253)     set(pSOM,'BackgroundColor',basecolor);
254) 
255)     model.txtSOMopts = createTextField(pSOM,[0 0.75 1 0.25],'4x3 rect');
256)     set(model.txtSOMopts,'HorizontalAlignment','left');
257)         set(model.txtSOMopts,'Enable','off');
258) 
259)     model.txtSOMnfold = createTextField(pSOM,[0.0 0.50 0.5 0.25],DEFAULT.svmnfold);
260)         set(model.txtSOMnfold,'Enable','off');
261)     createLabel(pSOM,[0.5 0.50 0.5 0.25 ],'-Fold CrossVal');
262) 
263) % buttons
264)     btnRunSVM = uicontrol(pSVM,'String','run SVM Crossvalidation',...
265)         'Units','normalized',...
266)         'Position',[0 0.25 1 0.25]);
267)     set(btnRunSVM,'Callback',{@cbRunDecode,model,'SVM'}); % set here, because of model.
268)     set(btnRunSVM,'Enable','on');
269)     
270)     btnRunXSVM = uicontrol(pSVM,'String','run SVM X-Subject validation',...
271)         'Units','normalized',...
272)         'Position',[0 0.0 1 0.25]);
273)     set(btnRunXSVM,'Callback',{@cbRunDecode,model,'XSVM'}); % set here, because of model.
274)     set(btnRunXSVM,'Enable','on');
275)     
276)     btnRunSOM = uicontrol(pSOM,'String','run SOM Crossvalidation',...
277)         'Units','normalized',...
278)     'Position',[0.0 0.25 1 0.25]);
279)     set(btnRunSOM,'Callback',{@cbRunDecode,model,'SOM'}); % set here, because of model.
280)     set(btnRunSOM,'Enable','off');
281) 
282)     btnRunXSOM = uicontrol(pSOM,'String','run SOM X-Subject validation',...
283)         'Units','normalized',...
284)         'Position',[0.0 0.0 1 0.25]);
285)     set(btnRunXSOM,'Callback',{@cbRunDecode,model,'XSOM'}); % set here, because of model.
286)     set(btnRunXSOM,'Enable','off');
287) end
288) 
289) 
290) 

291) function cbRunPreprocessing(src,evnt,model,task)

292) main(model,'pre',task);
293) end
294) 
295) function cbRunDecode(src,evnt,model,task)
296) main(model,'decode',task);

297) end
298) 

299) function model = mcb_cd(src,evnt,model)
300) disp('CD');
301) directory_name = uigetdir(model.baseDir,'Select Study Base Directory ...');
302) model.baseDir = directory_name;
303) model = scanDirs(model);
304) end
305) 
306) function mcb_save(src,evnt,model)
307) disp('SAVE');
308) baseDir  = model.baseDir;
309) timeLine = getTimeLineParams(model);
310) classDefString = getClassDefString(model);
311) coordDefString = getCoordDefString(model);
312) 
313) [file path] = uiputfile('*.mat','Save current Params ...',model.baseDir);
314) save( fullfile(path,file),'baseDir','timeLine','classDefString','coordDefString') ;
315) end
316) 
317) function model = mcb_load(src,evnt,model)
318) disp('LOAD');
319) [file path] = uigetfile('*.mat','Load Params ...',model.baseDir);
320) l = load(fullfile(path,file));
321) % assignin('base','l',l);
322) model = setTimeLineParams(model,l.timeLine);
323) model = setClassDefString(model,l.classDefString);
324) model = setCoordDefString(model,l.coordDefString);
325) model.baseDir = l.baseDir;
326) model = scanDirs(model);
327) 
328) end
329) 

330) function label = createLabel(parent,  pos, labelText)
331)     label = uicontrol(parent,'Style','text','Units','normalized','String',labelText,'Position',pos);
332)     set(label,'HorizontalAlignment','left');
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