SVMCrossVal.git

1) function ui_main(varargin)
2) 

3) DEFAULT.selectedSubject = 2;

4) DEFAULT.smoothed        = 1;
5) DEFAULT.multisubject    = 'single';
6) DEFAULT.pststart        = -15;
7) DEFAULT.pstend          = 40;
8) DEFAULT.baselinestart   = -3;
9) DEFAULT.baselineend     = -1;
10) DEFAULT.frameshiftstart = -5;
11) DEFAULT.frameshiftend   = 35;
12) DEFAULT.frameshiftdur   = 0;
13) DEFAULT.classdefstring  = 'left,\t[9,11,13]\nright,\t[10,12,14]';
14) DEFAULT.voxelstring     = 'SPL l + [ 0, 0, 0] \nSPL r + [ 0, 0, 0]\n';

15) DEFAULT.svmoptstring    = '-s 0 -t 0 -c 1';
16) DEFAULT.svmnfold        = '6';

17) DEFAULT.searchlightradius = 3;
18) 

19) DEFAULT.wd  = fullfile('d:','Analyze','Choice','24pilot');
20) 

21) %  Initialize and hide the GUI as it is being constructed.
22)     frameWidth=450;
23)     frameHeight=600;
24)     
25)     frame = figure('Visible','off','Position',[0,0,frameWidth,frameHeight]);
26)     movegui(frame,'west'); % get this thing visible on smaller displays.
27)     set(frame,'Name','SVMCrossVal Decode Performance 4 SPM');
28)     set(frame,'NumberTitle','off');
29)     set(frame,'MenuBar','none');

30) %     set(frame,'Color',get(0,'defaultUicontrolBackgroundColor'));

31)     set(frame,'Resize','on');

32)     set(frame,'Units','normalized');

33)     set(frame,'Color','w');

34) 

35)     model = struct;
36)     model.baseDir = DEFAULT.wd;
37) 
38)     model.txtBaseDir = createLabel(frame,[0 0.97 1 0.03],model.baseDir);
39)     set(model.txtBaseDir,'BackgroundColor','w');
40)     
41)     pFirstStep   = uipanel(frame,'Title','Preprocessing','Position',[0 0.25 1 0.720]);

42)     set(pFirstStep,'BackgroundColor','w');
43)     set(pFirstStep,'Units','normalized');
44)     

45)     
46) 
47)     

48)     model.selectedSubject = DEFAULT.selectedSubject;
49)     model = createFirstStepPanel(model,pFirstStep,DEFAULT);
50)     

51)     
52)     %Classification Step

53)     secondStepBaseColor = 'w';

54)     pSecondStep = uipanel(frame,'Title','Classification','Position',[0 0 1 0.25]);

55)     set(pSecondStep,'BackgroundColor',secondStepBaseColor);
56) 
57)     

58)     model = createSecondStepPanel(model,pSecondStep,DEFAULT,secondStepBaseColor);

59) 

60)     savemenu = uimenu(frame,'Label','Save/Load');
61)     uimenu(savemenu,'Label','Save','Callback',{@mcb_save,model});
62)     uimenu(savemenu,'Label','Load','Callback',{@mcb_load,model});

63) 

64)     cdmenu = uimenu(frame,'Label','change Study','Callback',{@mcb_cd,model});

65)     

66)     set(frame,'Visible','on');

67) 
68)     % fill with data
69)     model = scanDirs(model);
70)     assignin('base','model',model);

71) end

72) 

73) function model = mcb_cd(src,evnt,model)
74) disp('CD');
75) directory_name = uigetdir(model.baseDir,'Select Study Base Directory ...');
76) model.baseDir = directory_name;
77) model = scanDirs(model);
78) end
79) 

80) function mcb_save(src,evnt,model)
81) disp('SAVE');
82) baseDir  = model.baseDir;
83) timeLine = getTimeLineParams(model);

84) classDefString = getClassDefString(model);
85) coordDefString = getCoordDefString(model);

86) 
87) [file path] = uiputfile('*.mat','Save current Params ...',model.baseDir);

88) save( fullfile(path,file),'baseDir','timeLine','subjects','classDefString','coordDefString') ;

89) end
90) 

91) function model = mcb_load(src,evnt,model)
92) disp('LOAD');
93) [file path] = uigetfile('*.mat','Save current Params ...',model.baseDir);
94) l = load(fullfile(path,file));

95) assignin('base','l',l);

96) model = setTimeLineParams(model,l.timeLine);

97) model = setClassDefString(model,l.classDefString);
98) model = setCoordDefString(model,l.coordDefString);

99) model.baseDir = l.baseDir;
100) model = scanDirs(model)

101) 

102) end
103) 

104) 
105) function model = createSecondStepPanel(model,parent,DEFAULT,basecolor)

106)     
107) pSVM = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0 0.0 0.5 1]);

108)     set(pSVM,'Title','SVM Classification');
109)     set(pSVM,'BackgroundColor',basecolor);
110) 

111)     model.txtSVMopts = createTextField(pSVM,[0 0.75 1 0.25],DEFAULT.svmoptstring);

112)     set(model.txtSVMopts,'HorizontalAlignment','left');

113)     
114)     model.txtSVMnfold = createTextField(pSVM,[0.0 0.50 0.5 0.25],DEFAULT.svmnfold);
115)     createLabel(pSVM,[0.5 0.50 0.5 0.25 ],'-Fold CrossVal');
116) 

117) 
118)     

119) pSOM = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0.5 0.0 0.5 1]);
120)     set(pSOM,'Title','SOM Classification');

121)     set(pSOM,'BackgroundColor',basecolor);

122) 
123)     model.txtSOMopts = createTextField(pSOM,[0 0.75 1 0.25],'4x3 rect');
124)     set(model.txtSOMopts,'HorizontalAlignment','left');
125)         set(model.txtSOMopts,'Enable','off');
126) 
127)     model.txtSOMnfold = createTextField(pSOM,[0.0 0.50 0.5 0.25],DEFAULT.svmnfold);
128)         set(model.txtSOMnfold,'Enable','off');
129)     createLabel(pSOM,[0.5 0.50 0.5 0.25 ],'-Fold CrossVal');
130) 
131)     btnRunSVM = uicontrol(pSVM,'String','run SVM Crossvalidation',...
132)         'Units','normalized',...
133)         'Position',[0 0.25 1 0.25]);

134)     set(btnRunSVM,'Callback',{@cbRunSVM,model}); % set here, because of model.

135)     set(btnRunSVM,'Enable','off');

136)     
137)     btnRunXSVM = uicontrol(pSVM,'String','run SVM X-Subject validation',...
138)         'Units','normalized',...
139)         'Position',[0 0.0 1 0.25]);

140)     set(btnRunXSVM,'Callback',{@cbRunXSVM,model}); % set here, because of model.

141)     set(btnRunXSVM,'Enable','off');
142)     
143)     btnRunSOM = uicontrol(pSOM,'String','run SOM Crossvalidation',...
144)         'Units','normalized',...
145)     'Position',[0.0 0.25 1 0.25]);

146)     set(btnRunSOM,'Callback',{@cbRunSOM,model}); % set here, because of model.

147)     set(btnRunSOM,'Enable','off');
148) 
149)     btnRunXSOM = uicontrol(pSOM,'String','run SOM X-Subject validation',...
150)         'Units','normalized',...
151)         'Position',[0.0 0.0 1 0.25]);

152)     set(btnRunXSOM,'Callback',{@cbRunXSOM,model}); % set here, because of model.

153)     set(btnRunXSOM,'Enable','off');

154) end
155) 

156) function model = createFirstStepPanel(model,parent,DEFAULT)

157) 

158)     main_grid = cell(2,4);
159)     main_grid{1,1} = [0 0.7 0.4 0.3];
160)     main_grid{1,2} = [0 0.5 0.5 0.2];
161)     main_grid{1,3} = [0 0.1 0.5 0.4];
162)     main_grid{1,4} = [0 0.0 1.0 0.1];

163)     

164)     main_grid{2,1} = [0.4 0.7 0.6 0.3];
165)     main_grid{2,2} = [0.5 0.5 0.5 0.2];
166)     main_grid{2,3} = [0.5 0.1 0.5 0.4];

167)     
168)     %Subjects

169)     pSubject = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',cell2mat(main_grid(1,1)));
170)     set(pSubject,'Title','Subjects');
171)     set(pSubject,'BackgroundColor','w');
172)     
173)     subjectList = {'DUMMY Subj1','DUMMY Subj2','DUMMY Subj3','DUMMY Subj4'};
174)     model.subjectSelector = uicontrol(pSubject,'Style','listbox',...

175)                     'Min',1, 'Max',3,...
176)                     'String',subjectList,...
177)                     'UserData',subjectList,...
178)                     'Units','normalized',...

179)                     'Position',[0 0 1 1]);

180)     set(model.subjectSelector,'BackgroundColor','w');

181)     
182)     %Classes

183)     pClasses = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',cell2mat(main_grid(1,2)));

184)     set(pClasses,'Title','Class Definitions');
185)     set(pClasses,'BackgroundColor','w');
186)         lClassDef = uicontrol(pClasses,...
187)             'Style','text',...
188)             'String',sprintf('<Label>,\t <[Event, Event, ..]>;'),...
189)             'Units','normalized',...
190)             'Position',[0 0.8 1 0.2]);
191)         set(lClassDef,'BackgroundColor','w');
192)         set(lClassDef,'HorizontalAlignment','left');
193)         
194)         model.txtClassDef = uicontrol(pClasses,'Style','edit',...
195)             'String',sprintf(DEFAULT.classdefstring),...
196)             'Units','normalized',...
197)             'Position',[0 0 1 0.8]);
198)         set(model.txtClassDef,'HorizontalAlignment','left');
199)         set(model.txtClassDef,'Max',20);
200)         set(model.txtClassDef,'Min',0);
201)         set(model.txtClassDef, 'FontName', 'FixedWidth');

202)         set(model.txtClassDef, 'BackgroundColor', 'w');

203) 
204) 
205)     %Timeline

206)     pPSTH        = uipanel(parent,'Title','PSTH Options','Position',cell2mat(main_grid(2,1)));

207)     set(pPSTH,'BackgroundColor','w');
208)         
209)         grid_h = 0.16;
210)         grid_w = 0.3;
211)         

212)         tl_grid = cell([3 6]);
213)         tl_grid{2,1} = [0.0 0.83 grid_w grid_h];
214)         tl_grid{2,1} = [0.4 0.83 grid_w grid_h];
215)         tl_grid{3,1} = [0.7 0.83 grid_w grid_h];

216)         

217)         tl_grid{1,2} = [0.0 0.66 grid_w grid_h];
218)         tl_grid{2,2} = [0.4 0.66 grid_w grid_h];
219)         tl_grid{3,2} = [0.7 0.66 grid_w grid_h];

220) 

221)         tl_grid{1,3} = [0.0 0.5 grid_w grid_h];
222)         tl_grid{2,3} = [0.4 0.5 grid_w grid_h];
223)         tl_grid{3,3} = [0.7 0.5 grid_w grid_h];

224)         

225)         tl_grid{1,4} = [0.0 0.33 grid_w grid_h];
226)         tl_grid{2,4} = [0.4 0.33 grid_w grid_h];
227)         tl_grid{3,4} = [0.7 0.33 grid_w grid_h];

228) 

229)         tl_grid{1,5} = [0.0 0.16 0.5 grid_h];
230)         tl_grid{2,5} = [0.5 0.16 grid_w grid_h];
231)         tl_grid{3,5} = [0.75 0.16 grid_w grid_h];

232)         

233)         tl_grid{1,6} = [0.0 0.0 0.5 grid_h];
234)         tl_grid{2,6} = [0.5 0.0 grid_w grid_h];
235)         tl_grid{3,6} = [0.75 0.0 grid_w grid_h];
236) 
237)         lStart      = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(2,1)) ,'Start [sec]');
238)         lEnd        = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(3,1)) ,'End [sec]');
239)         lPSTH       = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,2)),'PSTH Range');
240)         lBaseline   = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,3)),'Baseline');
241)         lFrameShift = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,4)),'Frame Shift');
242)         lFramsSize  = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,5)),'Frame Size');
243)         lSearchligh = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,6)),'Searchlight Radius');
244) 
245) 
246)         model.txtPSTHStart         = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,2)),DEFAULT.pststart);
247)         model.txtPSTHEnd           = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,2)),DEFAULT.pstend);
248)         model.txtBaselineStart     = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,3)),DEFAULT.baselinestart);
249)         model.txtBaselineEnd       = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,3)),DEFAULT.baselineend);
250)         model.txtFrameShiftStart   = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,4)),DEFAULT.frameshiftstart);
251)         model.txtFrameShiftEnd     = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,4)),DEFAULT.frameshiftend);
252)         model.txtFrameShiftDur     = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,5)),DEFAULT.frameshiftdur);
253)         model.txtSearchlightRadius = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,6)),DEFAULT.searchlightradius);

254)         
255)         % images

256)         pImage = uipanel(parent,'Title','Image Options','Position',cell2mat(main_grid(2,2)));

257)         set(pImage,'BackgroundColor','w');
258) 
259)         createLabel(pImage,[0.0 0.5 1 0.5],'Select Image Base');
260)         

261)         imageRegExList = {'DUMMY swrf*.IMG','DUMMY wrf*.IMG'};

262)         model.imageTypeSelection = uicontrol(pImage,'Style','popupmenu',...
263)         'Units','normalized',...
264)         'Position',[0.0 0.0 1 0.5],...
265)         'String',imageRegExList,...
266)         'UserData',imageRegExList,...
267)         'Value',1);
268)         set(model.imageTypeSelection,'BackgroundColor','w');
269)         
270)         
271)         % coordinate Table

272)         pVoxel = uipanel(parent,'Title','ROI','Position',cell2mat(main_grid(1,3)));

273)         set(pVoxel,'BackgroundColor','w');
274)         lVoxelDef = createLabel(pVoxel, [0 0.9 1 0.1],'<ROI Name>+[offset];');
275)         model.txtVoxelDef = createTextField(pVoxel,[0 0 1 0.9],...
276)             sprintf(DEFAULT.voxelstring));
277)         set(model.txtVoxelDef,'HorizontalAlignment','left');
278)         set(model.txtVoxelDef,'Max',20);
279)         set(model.txtVoxelDef,'Min',0);
280)         set(model.txtVoxelDef, 'FontName', 'FixedWidth');
281)         

282)         assignin('base','txtVoxelDef',model.txtVoxelDef);
283)         

284)         %normalizations
285)         pNorm = uipanel(parent,'Title','Normalization','Position',cell2mat(main_grid(2,3)));
286)         set(pNorm,'BackgroundColor','w');
287)         
288)         createLabel(pNorm,[0 0.75 1 0.25],'PST Normalization');

289)         norm1Model = {'DUMMY norm A','DUMMY norm B'};

290)         model.selNormPST = uicontrol(pNorm,'Style','popupmenu',...
291)             'Units','normalized',...
292)             'Position',[0.0 0.5 1 0.25],...
293)             'String',norm1Model,...
294)             'UserData',norm1Model,...
295)             'Value',1);
296)          set(model.selNormPST,'BackgroundColor','w');   
297)         
298)         createLabel(pNorm,[0 0.25 1 0.25],'Class-Grouping Normalization');

299)         norm2Model = {'DUMMY norm X','DUMMY norm Y'};

300)         model.selNormClass = uicontrol(pNorm,'Style','popupmenu',...
301)             'Units','normalized',...
302)             'Position',[0.0 0.0 1 0.25],...
303)             'String',norm2Model,...
304)             'UserData',norm2Model,...
305)             'Value',1);
306)          set(model.selNormClass,'BackgroundColor','w');   
307)         
308)         %buttons
309)         pButtons = uipanel(parent,'Position',cell2mat(main_grid(1,4)));
310)         set(pButtons,'BackgroundColor','w');

311)         

312)         btnRunButton1 = uicontrol(pButtons,'String','run coord-Table',...
313)             'Units','normalized','Position',[0 0 0.33 1]);

314)         set(btnRunButton1,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'COORD'}); % set here, because of model.    
315)         set(btnRunButton1,'Enable','on');

316)         

317)         btnRunButton2 = uicontrol(pButtons,'String','run full Brain Searchlight',...
318)             'Units','normalized','Position',[0.33 0 0.33 1]);

319)         set(btnRunButton2,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'FBS'}); % set here, because of model.  
320)         set(btnRunButton2,'Enable','on');

321)         

322)         btnRunButton3 = uicontrol(pButtons,'String','run ROI-Image processing',...
323)             'Units','normalized','Position',[0.66 0 0.33 1]);

324)         set(btnRunButton3,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'ROI'}); % set here, because of model.    
325)         set(btnRunButton3,'Enable','on');
326)         
327)         assignin('base','model',model);
328) end
329) 
330) function cbRunPreprocessing(src,evnt,model,task)
331) 
332) % parse the GUI and pass parameters as structure
333) disp('RUN');
334) timeLine = getTimeLineParams(model);
335) subjects = getSubjectCellList(model);

336) classDef = parseClassDef(model);

337) % images
338) % normalization
339) 
340) switch task
341)     case 'COORD'

342)         disp('COORD');
343)         coordinates= 'parse me'

344)     case 'ROI'
345)         disp('ROI');
346)         runROIImageMaskMode(subjects,timeLine)
347)     case 'FBS'

348)         disp('FBS')

349) end

350) end
351) 

352) 

353) % function cbRunCoordTable(src,evnt,model)
354) %     display('RUN Coord-Table Mode');
355) %     main('COORD-LOOKUP-TABLE',model);
356) % end
357) % function cbRunROIImage(src,evnt,model)
358) %     display('RUN Image-Mask Mode');
359) %     main('ROI-IMAGE-MASK', model);
360) % end
361) % function cbRunFBS(src,evnt,model)
362) %     display('RUN Full Brain Searchlight Mode');
363) %     display('not implemented.');
364) % end

365) 
366) 
367) function label = createLabel(parent,  pos, labelText)
368)     label = uicontrol(parent,'Style','text','Units','normalized','String',labelText,'Position',pos);
369)     set(label,'HorizontalAlignment','left');
370)     set(label,'BackgroundColor','w');
371) end
372) 
373) function txt = createTextField(parent,pos,model)

374) %     textfieldcolor = [0.9 0.9 0.0];
375)     textfieldcolor = 'w';