SVMCrossVal.git

1) function ui_main(varargin)
2) 

3) DEFAULT.selectedSubject = 2;

4) 

5) DEFAULT.pststart        = -15;
6) DEFAULT.pstend          = 40;
7) DEFAULT.baselinestart   = -3;
8) DEFAULT.baselineend     = -1;
9) DEFAULT.frameshiftstart = -5;
10) DEFAULT.frameshiftend   = 35;
11) DEFAULT.frameshiftdur   = 0;
12) DEFAULT.classdefstring  = 'left,\t[9,11,13]\nright,\t[10,12,14]';
13) DEFAULT.voxelstring     = 'SPL l + [ 0, 0, 0] \nSPL r + [ 0, 0, 0]\n';

14) DEFAULT.svmoptstring    = '-s 0 -t 0 -c 1';
15) DEFAULT.svmnfold        = '6';

16) DEFAULT.searchlightradius = 3;
17) 

18) DEFAULT.wd  = fullfile('d:','Analyze','Choice','24pilot');
19) 

20) %  Initialize and hide the GUI as it is being constructed.
21)     frameWidth=450;

22)     frameHeight=450;

23)     
24)     frame = figure('Visible','off','Position',[0,0,frameWidth,frameHeight]);
25)     movegui(frame,'west'); % get this thing visible on smaller displays.
26)     set(frame,'Name','SVMCrossVal Decode Performance 4 SPM');
27)     set(frame,'NumberTitle','off');
28)     set(frame,'MenuBar','none');

29) %     set(frame,'Color',get(0,'defaultUicontrolBackgroundColor'));

30)     set(frame,'Resize','on');

31)     set(frame,'Units','normalized');

32)     set(frame,'Color','y');

33) 

34)     task = struct;
35)     

36)     model = struct;
37)     model.baseDir = DEFAULT.wd;
38) 
39)     model.txtBaseDir = createLabel(frame,[0 0.97 1 0.03],model.baseDir);
40)     set(model.txtBaseDir,'BackgroundColor','w');

41)     set(model.txtBaseDir,'ForegroundColor','b');

42)     

43)     TASK_HEIGHT = 1-0.13;
44)     
45)     % PREPROCESSING
46)     task.preprocessing   = uipanel(frame,'Title','Preprocessing','Position',[0 0.0 1 TASK_HEIGHT]);
47)     set(task.preprocessing,'BackgroundColor','w');
48)     set(task.preprocessing,'Units','normalized');

49)     

50)     model.selectedSubject = DEFAULT.selectedSubject;

51)     model = createFirstStepPanel(model,task.preprocessing,DEFAULT);

52)     

53)     

54)     % CLASSIFICATION
55)     task.classification = uipanel(frame,'Title','Classification','Position',[0 0.0 1 TASK_HEIGHT]);
56)     set(task.classification,'BackgroundColor','w');
57)     model = createSecondStepPanel(model,task.classification,DEFAULT);
58)     

59)     % PLOT
60)     task.plot = uipanel(frame,'Title','Plot','Position',[0 0.0 1 TASK_HEIGHT]);
61)     set(task.plot,'BackgroundColor','w');
62)     model = createVisualStepPanel(model,task.plot,DEFAULT);
63)     

64)     % TASK
65)     task.taskSwitch = uipanel(frame,'Position',[0 1-0.13 1 0.10]);
66) %         set(task.taskSwitch,'Title','TASK');
67)         set(task.taskSwitch,'BackgroundColor','w');
68)         set(task.taskSwitch,'Units','normalized');
69)     
70)         btnSwitchPreprocessing = uicontrol(task.taskSwitch,'String','ImageProcessing',...
71)             'Units','normalized','Position',[0.0 0.0 0.33 1]);
72)         set(btnSwitchPreprocessing,'Callback',{@cbSwitchTask,'PRE',task}); 
73)         set(btnSwitchPreprocessing,'Enable','on');
74) 
75)         btnSwitchClassify = uicontrol(task.taskSwitch,'String','Decode',...
76)             'Units','normalized','Position',[0.33 0.0 0.33 1]);
77)         set(btnSwitchClassify,'Callback',{@cbSwitchTask,'CLASSIFY',task}); 
78)         set(btnSwitchClassify,'Enable','on');
79) 
80)         btnSwitchPlot = uicontrol(task.taskSwitch,'String','Plot',...
81)             'Units','normalized','Position',[0.66 0.0 0.33 1]);
82)         set(btnSwitchPlot,'Callback',{@cbSwitchTask,'PLOT',task}); 
83)         set(btnSwitchPlot,'Enable','on');
84) 
85)     % menu
86)     

87)     savemenu = uimenu(frame,'Label','Save/Load');

88)         uimenu(savemenu,'Label','Save Preprocessing Parameter','Callback',{@mcb_save,model});
89)         uimenu(savemenu,'Label','Load Preprocessing Parameter','Callback',{@mcb_load,model});

90) 

91)     uimenu(frame,'Label','change Study','Callback',{@mcb_cd,model},'Enable','off');

92)     

93)     cbSwitchTask(0,0,'PRE',task);

94) 
95)     % fill with data
96)     model = scanDirs(model);

97)     set(frame,'Visible','on');
98) 

99) %     assignin('base','model',model);

100) end

101) 
102) function model = createFirstStepPanel(model,parent,DEFAULT)

103) 

104)     main_grid = cell(2,4);
105)     main_grid{1,1} = [0 0.7 0.4 0.3];
106)     main_grid{1,2} = [0 0.5 0.5 0.2];
107)     main_grid{1,3} = [0 0.1 0.5 0.4];
108)     main_grid{1,4} = [0 0.0 1.0 0.1];

109)     

110)     main_grid{2,1} = [0.4 0.7 0.6 0.3];
111)     main_grid{2,2} = [0.5 0.5 0.5 0.2];
112)     main_grid{2,3} = [0.5 0.1 0.5 0.4];

113)     
114)     %Subjects

115)     pSubject = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',cell2mat(main_grid(1,1)));
116)     set(pSubject,'Title','Subjects');
117)     set(pSubject,'BackgroundColor','w');
118)     
119)     subjectList = {'DUMMY Subj1','DUMMY Subj2','DUMMY Subj3','DUMMY Subj4'};
120)     model.subjectSelector = uicontrol(pSubject,'Style','listbox',...

121)                     'Min',1, 'Max',3,...
122)                     'String',subjectList,...
123)                     'UserData',subjectList,...
124)                     'Units','normalized',...

125)                     'Position',[0 0 1 1]);

126)     set(model.subjectSelector, 'FontName', 'FixedWidth');

127)     set(model.subjectSelector,'BackgroundColor','w');

128)     
129)     %Classes

130)     pClasses = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',cell2mat(main_grid(1,2)));

131)     set(pClasses,'Title','Class Definitions');
132)     set(pClasses,'BackgroundColor','w');
133)         lClassDef = uicontrol(pClasses,...
134)             'Style','text',...
135)             'String',sprintf('<Label>,\t <[Event, Event, ..]>;'),...
136)             'Units','normalized',...
137)             'Position',[0 0.8 1 0.2]);
138)         set(lClassDef,'BackgroundColor','w');
139)         set(lClassDef,'HorizontalAlignment','left');
140)         
141)         model.txtClassDef = uicontrol(pClasses,'Style','edit',...
142)             'String',sprintf(DEFAULT.classdefstring),...
143)             'Units','normalized',...
144)             'Position',[0 0 1 0.8]);
145)         set(model.txtClassDef,'HorizontalAlignment','left');
146)         set(model.txtClassDef,'Max',20);
147)         set(model.txtClassDef,'Min',0);
148)         set(model.txtClassDef, 'FontName', 'FixedWidth');

149)         set(model.txtClassDef, 'BackgroundColor', 'w');

150) 
151) 
152)     %Timeline

153)     pPSTH        = uipanel(parent,'Title','PSTH Options','Position',cell2mat(main_grid(2,1)));

154)     set(pPSTH,'BackgroundColor','w');
155)         
156)         grid_h = 0.16;
157)         grid_w = 0.3;
158)         

159)         tl_grid = cell([3 6]);
160)         tl_grid{2,1} = [0.0 0.83 grid_w grid_h];
161)         tl_grid{2,1} = [0.4 0.83 grid_w grid_h];
162)         tl_grid{3,1} = [0.7 0.83 grid_w grid_h];

163)         

164)         tl_grid{1,2} = [0.0 0.66 grid_w grid_h];
165)         tl_grid{2,2} = [0.4 0.66 grid_w grid_h];
166)         tl_grid{3,2} = [0.7 0.66 grid_w grid_h];

167) 

168)         tl_grid{1,3} = [0.0 0.5 grid_w grid_h];
169)         tl_grid{2,3} = [0.4 0.5 grid_w grid_h];
170)         tl_grid{3,3} = [0.7 0.5 grid_w grid_h];

171)         

172)         tl_grid{1,4} = [0.0 0.33 grid_w grid_h];
173)         tl_grid{2,4} = [0.4 0.33 grid_w grid_h];
174)         tl_grid{3,4} = [0.7 0.33 grid_w grid_h];

175) 

176)         tl_grid{1,5} = [0.0 0.16 0.5 grid_h];
177)         tl_grid{2,5} = [0.5 0.16 grid_w grid_h];
178)         tl_grid{3,5} = [0.75 0.16 grid_w grid_h];

179)         

180)         tl_grid{1,6} = [0.0 0.0 0.5 grid_h];
181)         tl_grid{2,6} = [0.5 0.0 grid_w grid_h];
182)         tl_grid{3,6} = [0.75 0.0 grid_w grid_h];
183) 
184)         lStart      = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(2,1)) ,'Start [sec]');
185)         lEnd        = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(3,1)) ,'End [sec]');
186)         lPSTH       = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,2)),'PSTH Range');
187)         lBaseline   = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,3)),'Baseline');

188) 
189)         lSearchligh = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,5)),'Searchlight Radius');

190) 
191) 
192)         model.txtPSTHStart         = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,2)),DEFAULT.pststart);
193)         model.txtPSTHEnd           = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,2)),DEFAULT.pstend);
194)         model.txtBaselineStart     = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,3)),DEFAULT.baselinestart);
195)         model.txtBaselineEnd       = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,3)),DEFAULT.baselineend);

196)         model.txtSearchlightRadius = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,5)),DEFAULT.searchlightradius);

197)         
198)         % images

199)         pImage = uipanel(parent,'Title','Image Options','Position',cell2mat(main_grid(2,2)));

200)         set(pImage,'BackgroundColor','w');
201) 
202)         createLabel(pImage,[0.0 0.5 1 0.5],'Select Image Base');
203)         

204)         imageRegExList = {'DUMMY f*.IMG','DUMMY swrf*.IMG','DUMMY wrf*.IMG'};

205)         model.imageTypeSelection = uicontrol(pImage,'Style','popupmenu',...
206)         'Units','normalized',...
207)         'Position',[0.0 0.0 1 0.5],...
208)         'String',imageRegExList,...
209)         'UserData',imageRegExList,...

210)         'Value',3);

211)         set(model.imageTypeSelection,'BackgroundColor','w');
212)         
213)         
214)         % coordinate Table

215)         pVoxel = uipanel(parent,'Title','ROI','Position',cell2mat(main_grid(1,3)));

216)         set(pVoxel,'BackgroundColor','w');
217)         lVoxelDef = createLabel(pVoxel, [0 0.9 1 0.1],'<ROI Name>+[offset];');
218)         model.txtVoxelDef = createTextField(pVoxel,[0 0 1 0.9],...
219)             sprintf(DEFAULT.voxelstring));
220)         set(model.txtVoxelDef,'HorizontalAlignment','left');
221)         set(model.txtVoxelDef,'Max',20);
222)         set(model.txtVoxelDef,'Min',0);
223)         set(model.txtVoxelDef, 'FontName', 'FixedWidth');
224)         

225)         %normalizations
226)         pNorm = uipanel(parent,'Title','Normalization','Position',cell2mat(main_grid(2,3)));
227)         set(pNorm,'BackgroundColor','w');
228)         

229)         createLabel(pNorm,[0 0.75 1 0.25],'psth norm4SVM');
230)         norm1Model = {'none','mean','minmax'};

231)         model.selNormPST = uicontrol(pNorm,'Style','popupmenu',...
232)             'Units','normalized',...
233)             'Position',[0.0 0.5 1 0.25],...
234)             'String',norm1Model,...
235)             'UserData',norm1Model,...

236)             'Value',2);

237)          set(model.selNormPST,'BackgroundColor','w');   
238)         

239)         createLabel(pNorm,[0 0.25 1 0.25],'Col Bias removal');
240)         norm2Model = {'on','off'};

241)         model.selNormClass = uicontrol(pNorm,'Style','popupmenu',...
242)             'Units','normalized',...
243)             'Position',[0.0 0.0 1 0.25],...
244)             'String',norm2Model,...
245)             'UserData',norm2Model,...
246)             'Value',1);
247)          set(model.selNormClass,'BackgroundColor','w');   
248)         
249)         %buttons
250)         pButtons = uipanel(parent,'Position',cell2mat(main_grid(1,4)));
251)         set(pButtons,'BackgroundColor','w');

252)         

253)         btnRunButton1 = uicontrol(pButtons,'String','run coord-Table',...
254)             'Units','normalized','Position',[0 0 0.33 1]);

255)         set(btnRunButton1,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'COORD'}); % set here, because of model.    
256)         set(btnRunButton1,'Enable','on');

257)         

258)         btnRunButton2 = uicontrol(pButtons,'String','run full Brain Searchlight',...
259)             'Units','normalized','Position',[0.33 0 0.33 1]);

260)         set(btnRunButton2,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'FBS'}); % set here, because of model.  

261)         set(btnRunButton2,'Enable','off');

262)         

263)         btnRunButton3 = uicontrol(pButtons,'String','run ROI-Image processing',...
264)             'Units','normalized','Position',[0.66 0 0.33 1]);

265)         set(btnRunButton3,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'ROI'}); % set here, because of model.    
266)         set(btnRunButton3,'Enable','on');
267) end
268) 

269) function model = createSecondStepPanel(model,parent,DEFAULT)
270) basecolor = 'w';
271) 

272) pTime = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0.0 0.8 1 0.2]);
273)     set(pTime,'Title','Decode Timeframe Options');

274)     set(pTime,'BackgroundColor',basecolor);

275)     grid_h = 0.3;
276)     grid_w = 0.3;
277)     time_grid = cell([3 3]);
278)     time_grid{1,1} = [0.0 0.63 grid_w grid_h];
279)     time_grid{2,1} = [0.4 0.63 grid_w grid_h];
280)     time_grid{3,1} = [0.7 0.63 grid_w grid_h];
281)     time_grid{1,2} = [0.0 0.33 grid_w grid_h];
282)     time_grid{2,2} = [0.4 0.33 grid_w grid_h];
283)     time_grid{3,2} = [0.7 0.33 grid_w grid_h];
284)     time_grid{1,3} = [0.0 0.03 grid_w grid_h];
285)     time_grid{2,3} = [0.4 0.03 grid_w grid_h];
286)     time_grid{3,3} = [0.7 0.03 grid_w grid_h];
287) 
288)     lStart      = createLabel(pTime, cell2mat(time_grid(2,1)) ,'Start [sec]');
289)     lEnd        = createLabel(pTime, cell2mat(time_grid(3,1)) ,'End [sec]');
290)     lFrameShift = createLabel(pTime, cell2mat(time_grid(1,2)),'Frame Shift');
291)     lFramsSize  = createLabel(pTime, cell2mat(time_grid(1,3)),'Frame Size');
292)     
293)     model.txtFrameShiftStart   = createTextField(pTime,cell2mat(time_grid(2,2)),DEFAULT.frameshiftstart);
294)     model.txtFrameShiftEnd     = createTextField(pTime,cell2mat(time_grid(3,2)),DEFAULT.frameshiftend);
295)     model.txtFrameShiftDur     = createTextField(pTime,cell2mat(time_grid(2,3)),DEFAULT.frameshiftdur);
296) 

297)     

298) pSVM = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0 0.4 0.5 0.4]);

299)     set(pSVM,'Title','SVM Classification');
300)     set(pSVM,'BackgroundColor',basecolor);
301) 
302)     model.txtSVMopts = createTextField(pSVM,[0 0.75 1 0.25],DEFAULT.svmoptstring);
303)     set(model.txtSVMopts,'HorizontalAlignment','left');
304)     
305)     model.txtSVMnfold = createTextField(pSVM,[0.0 0.50 0.5 0.25],DEFAULT.svmnfold);
306)     createLabel(pSVM,[0.5 0.50 0.5 0.25 ],'-Fold CrossVal');
307)     

308) pSOM = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0.5 0.4 0.5 0.4]);

309)     set(pSOM,'Title','SOM Classification');
310)     set(pSOM,'BackgroundColor',basecolor);
311) 
312)     model.txtSOMopts = createTextField(pSOM,[0 0.75 1 0.25],'4x3 rect');
313)     set(model.txtSOMopts,'HorizontalAlignment','left');
314)         set(model.txtSOMopts,'Enable','off');
315) 
316)     model.txtSOMnfold = createTextField(pSOM,[0.0 0.50 0.5 0.25],DEFAULT.svmnfold);
317)         set(model.txtSOMnfold,'Enable','off');
318)     createLabel(pSOM,[0.5 0.50 0.5 0.25 ],'-Fold CrossVal');
319) 
320) % buttons
321)     btnRunSVM = uicontrol(pSVM,'String','run SVM Crossvalidation',...
322)         'Units','normalized',...
323)         'Position',[0 0.25 1 0.25]);
324)     set(btnRunSVM,'Callback',{@cbRunDecode,model,'SVM'}); % set here, because of model.
325)     set(btnRunSVM,'Enable','on');
326)     
327)     btnRunXSVM = uicontrol(pSVM,'String','run SVM X-Subject validation',...
328)         'Units','normalized',...
329)         'Position',[0 0.0 1 0.25]);
330)     set(btnRunXSVM,'Callback',{@cbRunDecode,model,'XSVM'}); % set here, because of model.
331)     set(btnRunXSVM,'Enable','on');
332)     
333)     btnRunSOM = uicontrol(pSOM,'String','run SOM Crossvalidation',...
334)         'Units','normalized',...
335)     'Position',[0.0 0.25 1 0.25]);
336)     set(btnRunSOM,'Callback',{@cbRunDecode,model,'SOM'}); % set here, because of model.
337)     set(btnRunSOM,'Enable','off');
338) 
339)     btnRunXSOM = uicontrol(pSOM,'String','run SOM X-Subject validation',...
340)         'Units','normalized',...
341)         'Position',[0.0 0.0 1 0.25]);
342)     set(btnRunXSOM,'Callback',{@cbRunDecode,model,'XSOM'}); % set here, because of model.
343)     set(btnRunXSOM,'Enable','off');
344) end
345) 

346) function model = createVisualStepPanel(model,parent,DEFAULT)
347)     pButtonPane = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0.0 0.5 1 0.5]);
348) %     set(pButtonPane,'Title','Plot');
349)     set(pButtonPane,'BackgroundColor','w');
350) 
351)     btnPlot01 = uicontrol(pButtonPane,'String','plot BBBB',...
352)         'Units','normalized',...
353)         'Position',[0.0 0.0 1 0.25]);
354)     set(btnPlot01,'Callback',{@cbPlot,model,'XSOM'}); % set here, because of model.
355)     set(btnPlot01,'Enable','on');
356) 
357) end
358) 

359) 

360) function cbSwitchTask(src,evnt,task,taskpanel)
361) set(taskpanel.preprocessing,'Visible','off');
362) set(taskpanel.classification,'Visible','off');

363) set(taskpanel.plot,'Visible','off');

364) 
365) switch task
366)     case 'PRE'
367)         set(taskpanel.preprocessing,'Visible','on');
368)     case 'CLASSIFY'
369)         set(taskpanel.classification,'Visible','on');
370)     case 'PLOT'

371)         set(taskpanel.plot,'Visible','on');

372) end
373) end
374) 

375) 

376) function cbRunPreprocessing(src,evnt,model,task)

377) main(model,'pre',task);
378) end
379) 
380) function cbRunDecode(src,evnt,model,task)
381) main(model,'decode',task);

382) end
383) 

384) function cbPlot(src,evnt,model,type)
385) display('Not Implemented');
386) main(model,'plot',type);
387) end
388) 
389) 

390) function model = mcb_cd(src,evnt,model)
391) disp('CD');
392) directory_name = uigetdir(model.baseDir,'Select Study Base Directory ...');
393) model.baseDir = directory_name;
394) model = scanDirs(model);
395) end
396) 
397) function mcb_save(src,evnt,model)
398) disp('SAVE');
399) baseDir  = model.baseDir;
400) timeLine = getTimeLineParams(model);
401) classDefString = getClassDefString(model);
402) coordDefString = getCoordDefString(model);
403) 
404) [file path] = uiputfile('*.mat','Save current Params ...',model.baseDir);
405) save( fullfile(path,file),'baseDir','timeLine','classDefString','coordDefString') ;
406) end
407) 
408) function model = mcb_load(src,evnt,model)
409) disp('LOAD');
410) [file path] = uigetfile('*.mat','Load Params ...',model.baseDir);
411) l = load(fullfile(path,file));
412) % assignin('base','l',l);
413) model = setTimeLineParams(model,l.timeLine);
414) model = setClassDefString(model,l.classDefString);
415) model = setCoordDefString(model,l.coordDefString);
416) model.baseDir = l.baseDir;
417) model = scanDirs(model);
418) 
419) end
420) 

421) function label = createLabel(parent,  pos, labelText)
422)     label = uicontrol(parent,'Style','text','Units','normalized','String',labelText,'Position',pos);
423)     set(label,'HorizontalAlignment','left');
424)     set(label,'BackgroundColor','w');
425) end
426) 
427) function txt = createTextField(parent,pos,model)

428) %     textfieldcolor = [0.9 0.9 0.0];
429)     textfieldcolor = 'w';