SVMCrossVal.git

1) function ui_main(varargin)
2) 

3) DEFAULT.selectedSubject = [2];

4) 

5) DEFAULT.pststart        = -5;
6) DEFAULT.pstend          = 15;
7) DEFAULT.baselinestart   = 0;
8) DEFAULT.baselineend     = 0;

9) DEFAULT.trfactor        = 0.5;

10) DEFAULT.frameshiftstart = -5;

11) DEFAULT.frameshiftend   = 15;

12) DEFAULT.frameshiftdur   = 0;
13) DEFAULT.classdefstring  = 'left,\t[9,11,13]\nright,\t[10,12,14]';

14) DEFAULT.voxelstring     = 'M1 l + 3 \nM1 r + 3\n';

15) DEFAULT.svmoptstring    = '-s 0 -t 0 -c 1';
16) DEFAULT.svmnfold        = '6';

17) DEFAULT.svmrnd          = 1;

18) DEFAULT.searchlightradius = 3;

19) DEFAULT.searchlightTimeline = '';

20) 

21) 

22) DEFAULT.wd  = fullfile('d:','Analyze','Choice','24pilot');
23) 

24) %  Initialize and hide the GUI as it is being constructed.
25)     frameWidth=450;

26)     frameHeight=450;

27)     
28)     frame = figure('Visible','off','Position',[0,0,frameWidth,frameHeight]);
29)     movegui(frame,'west'); % get this thing visible on smaller displays.
30)     set(frame,'Name','SVMCrossVal Decode Performance 4 SPM');
31)     set(frame,'NumberTitle','off');
32)     set(frame,'MenuBar','none');

33) %     set(frame,'Color',get(0,'defaultUicontrolBackgroundColor'));

34)     set(frame,'Resize','on');

35)     set(frame,'Units','normalized');

36)     set(frame,'Color','y');

37) 

38)     task = struct;
39)     

40)     model1 = struct;
41)     model1.baseDir = DEFAULT.wd;

42) 

43)     model1.txtBaseDir = createLabel(frame,[0 0.97 1 0.03],model1.baseDir);
44)     set(model1.txtBaseDir,'BackgroundColor','w');
45)     set(model1.txtBaseDir,'ForegroundColor','b');

46)     

47)     TASK_HEIGHT = 1-0.13;
48)     
49)     % PREPROCESSING
50)     task.preprocessing   = uipanel(frame,'Title','Preprocessing','Position',[0 0.0 1 TASK_HEIGHT]);
51)     set(task.preprocessing,'BackgroundColor','w');
52)     set(task.preprocessing,'Units','normalized');

53)     

54)     model1.selectedSubject = DEFAULT.selectedSubject;
55)     model1 = createFirstStepPanel(model1,task.preprocessing,DEFAULT);

56)     

57)     % fill with data
58)     model1 = scanDirs(model1);

59)     

60)     % CLASSIFICATION

61)     model2 = struct;
62)     

63)     task.classification = uipanel(frame,'Title','Classification','Position',[0 0.0 1 TASK_HEIGHT]);
64)     set(task.classification,'BackgroundColor','w');

65)     model2 = createSecondStepPanel(model2,task.classification,DEFAULT);

66)     

67)     % PLOT

68)     model3 = struct;

69)     task.plot = uipanel(frame,'Title','Plot','Position',[0 0.0 1 TASK_HEIGHT]);
70)     set(task.plot,'BackgroundColor','w');

71)     model3 = createVisualStepPanel(model3,task.plot,DEFAULT);

72)     

73)     % TASK

74)     task.taskSwitch = uibuttongroup(frame,'Position',[0 1-0.13 1 0.10]);
75)     % controlls togglebuttons

76) %         set(task.taskSwitch,'Title','TASK');
77)         set(task.taskSwitch,'BackgroundColor','w');
78)         set(task.taskSwitch,'Units','normalized');
79)     

80)         btnSwitchPreprocessing = uicontrol(task.taskSwitch,'Style','pushbutton',...
81)             'String','ImageProcessing',...

82)             'Units','normalized','Position',[0.0 0.0 0.33 1]);
83)         set(btnSwitchPreprocessing,'Callback',{@cbSwitchTask,'PRE',task}); 
84)         set(btnSwitchPreprocessing,'Enable','on');
85) 

86)         btnSwitchClassify = uicontrol(task.taskSwitch,'Style','pushbutton',...
87)             'String','Decode',...

88)             'Units','normalized','Position',[0.33 0.0 0.33 1]);
89)         set(btnSwitchClassify,'Callback',{@cbSwitchTask,'CLASSIFY',task}); 
90)         set(btnSwitchClassify,'Enable','on');
91) 

92)         btnSwitchPlot = uicontrol(task.taskSwitch,'Style','pushbutton',...
93)             'String','Plot',...

94)             'Units','normalized','Position',[0.66 0.0 0.33 1]);
95)         set(btnSwitchPlot,'Callback',{@cbSwitchTask,'PLOT',task}); 
96)         set(btnSwitchPlot,'Enable','on');
97) 
98)     % menu
99)     

100)     savemenu = uimenu(frame,'Label','Save/Load','Enable','off');

101)         uimenu(savemenu,'Label','Save Preprocessing Parameter','Callback',{@mcb_save,model1},'Enable','off');
102)         uimenu(savemenu,'Label','Load Preprocessing Parameter','Callback',{@mcb_load,model1},'Enable','off');

103)         uimenu(savemenu,'Label','Save Decode Parameter','Callback',{@mcb_save,model2},'Enable','off');
104)         uimenu(savemenu,'Label','Load Decode Parameter','Callback',{@mcb_load,model2},'Enable','off');
105)         uimenu(savemenu,'Label','Save All','Callback',{@mcb_save,model1},'Enable','off');
106)         uimenu(savemenu,'Label','Load All','Callback',{@mcb_load,model1},'Enable','off');
107)         
108)     uimenu(frame,'Label','change Study','Callback',{@mcb_cd,model1},'Enable','off');

109)     

110)     cbSwitchTask(0,0,'PRE',task);

111) 

112) 

113)     set(frame,'Visible','on');
114) 

115)     assignin('base','model',model1);

116) end

117) 
118) function model = createFirstStepPanel(model,parent,DEFAULT)

119) 

120)     main_grid = cell(2,4);
121)     main_grid{1,1} = [0 0.7 0.4 0.3];
122)     main_grid{1,2} = [0 0.5 0.5 0.2];
123)     main_grid{1,3} = [0 0.1 0.5 0.4];
124)     main_grid{1,4} = [0 0.0 1.0 0.1];

125)     

126)     main_grid{2,1} = [0.4 0.7 0.6 0.3];
127)     main_grid{2,2} = [0.5 0.5 0.5 0.2];
128)     main_grid{2,3} = [0.5 0.1 0.5 0.4];

129)     
130)     %Subjects

131)     pSubject = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',cell2mat(main_grid(1,1)));
132)     set(pSubject,'Title','Subjects');
133)     set(pSubject,'BackgroundColor','w');
134)     
135)     subjectList = {'DUMMY Subj1','DUMMY Subj2','DUMMY Subj3','DUMMY Subj4'};
136)     model.subjectSelector = uicontrol(pSubject,'Style','listbox',...

137)                     'Min',1, 'Max',3,...
138)                     'String',subjectList,...
139)                     'UserData',subjectList,...
140)                     'Units','normalized',...

141)                     'Position',[0 0 1 1]);

142)     set(model.subjectSelector, 'FontName', 'FixedWidth');

143)     set(model.subjectSelector,'BackgroundColor','w');

144)     
145)     %Classes

146)     pClasses = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',cell2mat(main_grid(1,2)));

147)     set(pClasses,'Title','Class Definitions');
148)     set(pClasses,'BackgroundColor','w');
149)         lClassDef = uicontrol(pClasses,...
150)             'Style','text',...
151)             'String',sprintf('<Label>,\t <[Event, Event, ..]>;'),...
152)             'Units','normalized',...
153)             'Position',[0 0.8 1 0.2]);
154)         set(lClassDef,'BackgroundColor','w');
155)         set(lClassDef,'HorizontalAlignment','left');
156)         
157)         model.txtClassDef = uicontrol(pClasses,'Style','edit',...
158)             'String',sprintf(DEFAULT.classdefstring),...
159)             'Units','normalized',...
160)             'Position',[0 0 1 0.8]);
161)         set(model.txtClassDef,'HorizontalAlignment','left');
162)         set(model.txtClassDef,'Max',20);
163)         set(model.txtClassDef,'Min',0);
164)         set(model.txtClassDef, 'FontName', 'FixedWidth');

165)         set(model.txtClassDef, 'BackgroundColor', 'w');

166) 
167) 
168)     %Timeline

169)     pPSTH        = uipanel(parent,'Title','PSTH Options','Position',cell2mat(main_grid(2,1)));

170)     set(pPSTH,'BackgroundColor','w');
171)         
172)         grid_h = 0.16;
173)         grid_w = 0.3;
174)         

175)         tl_grid = cell([3 6]);
176)         tl_grid{2,1} = [0.0 0.83 grid_w grid_h];
177)         tl_grid{2,1} = [0.4 0.83 grid_w grid_h];
178)         tl_grid{3,1} = [0.7 0.83 grid_w grid_h];

179)         

180)         tl_grid{1,2} = [0.0 0.66 grid_w grid_h];
181)         tl_grid{2,2} = [0.4 0.66 grid_w grid_h];
182)         tl_grid{3,2} = [0.7 0.66 grid_w grid_h];

183) 

184)         tl_grid{1,3} = [0.0 0.5 grid_w grid_h];
185)         tl_grid{2,3} = [0.4 0.5 grid_w grid_h];
186)         tl_grid{3,3} = [0.7 0.5 grid_w grid_h];

187)         

188)         tl_grid{1,4} = [0.0 0.33 grid_w grid_h];
189)         tl_grid{2,4} = [0.4 0.33 grid_w grid_h];
190)         tl_grid{3,4} = [0.7 0.33 grid_w grid_h];

191) 

192)         tl_grid{1,5} = [0.0 0.16 grid_w grid_h];
193)         tl_grid{2,5} = [0.4 0.16 grid_w grid_h];
194)         tl_grid{3,5} = [0.7 0.16 grid_w grid_h];

195)         

196)         tl_grid{1,6} = [0.0 0.0 0.5 grid_h];
197)         tl_grid{2,6} = [0.5 0.0 grid_w grid_h];
198)         tl_grid{3,6} = [0.75 0.0 grid_w grid_h];
199) 
200)         lStart      = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(2,1)) ,'Start [sec]');
201)         lEnd        = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(3,1)) ,'End [sec]');
202)         lPSTH       = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,2)),'PSTH Range');
203)         lBaseline   = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,3)),'Baseline');

204)         lTRF        = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,5)),'TR Factor');

205) 

206)         model.txtPSTHStart         = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,2)),DEFAULT.pststart);
207)         model.txtPSTHEnd           = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,2)),DEFAULT.pstend);
208)         model.txtBaselineStart     = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,3)),DEFAULT.baselinestart);
209)         model.txtBaselineEnd       = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,3)),DEFAULT.baselineend);

210)         model.txtTrFactor          = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,5)),DEFAULT.trfactor);
211)         model.labelTR              = createTextField(pPSTH, cell2mat(tl_grid(3,5)),'');

212)         
213)         % images

214)         pImage = uipanel(parent,'Title','Image Options','Position',cell2mat(main_grid(2,2)));

215)         set(pImage,'BackgroundColor','w');
216) 
217)         createLabel(pImage,[0.0 0.5 1 0.5],'Select Image Base');
218)         

219)         imageRegExList = {'DUMMY f*.IMG','DUMMY swrf*.IMG','DUMMY wrf*.IMG'};

220)         model.imageTypeSelection = uicontrol(pImage,'Style','popupmenu',...
221)         'Units','normalized',...
222)         'Position',[0.0 0.0 1 0.5],...
223)         'String',imageRegExList,...
224)         'UserData',imageRegExList,...

225)         'Value',3);

226)         set(model.imageTypeSelection,'BackgroundColor','w');
227)         
228)         
229)         % coordinate Table

230)         pVoxel = uipanel(parent,'Title','ROI','Position',cell2mat(main_grid(1,3)));

231)         set(pVoxel,'BackgroundColor','w');

232)         lVoxelDef = createLabel(pVoxel, [0 0.9 1 0.1],'<ROI Name> [+ radius (mm)];');

233)         model.txtVoxelDef = createTextField(pVoxel,[0 0 1 0.9],...
234)             sprintf(DEFAULT.voxelstring));
235)         set(model.txtVoxelDef,'HorizontalAlignment','left');
236)         set(model.txtVoxelDef,'Max',20);
237)         set(model.txtVoxelDef,'Min',0);
238)         set(model.txtVoxelDef, 'FontName', 'FixedWidth');
239)         

240)         %normalizations
241)         pNorm = uipanel(parent,'Title','Normalization','Position',cell2mat(main_grid(2,3)));
242)         set(pNorm,'BackgroundColor','w');
243)         

244)         createLabel(pNorm,[0 0.75 1 0.25],'psth norm4SVM');
245)         norm1Model = {'none','mean','minmax'};

246)         model.selNormPST = uicontrol(pNorm,'Style','popupmenu',...
247)             'Units','normalized',...
248)             'Position',[0.0 0.5 1 0.25],...
249)             'String',norm1Model,...
250)             'UserData',norm1Model,...

251)             'Value',2);

252)          set(model.selNormPST,'BackgroundColor','w');   
253)         

254) %         createLabel(pNorm,[0 0.25 1 0.25],'Col Bias removal');
255) %         norm2Model = {'on','off'};
256)         model.chkColBias = uicontrol(pNorm,'Style','checkbox',...

257)             'Units','normalized',...

258)             'Position',[0.0 0.1 1 0.25],...
259)             'String','column Bias removal',...
260)             'Enable','on',...

261)             'Value',1);

262)          set(model.chkColBias,'BackgroundColor','w');   

263)         
264)         %buttons
265)         pButtons = uipanel(parent,'Position',cell2mat(main_grid(1,4)));
266)         set(pButtons,'BackgroundColor','w');

267)         

268)         btnRunButton1 = uicontrol(pButtons,'String','run coord-Table',...
269)             'Units','normalized','Position',[0 0 0.33 1]);

270)         set(btnRunButton1,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'COORD'}); % set here, because of model.    
271)         set(btnRunButton1,'Enable','on');

272)         

273)         btnRunButton2 = uicontrol(pButtons,'String',sprintf('use this settings for FBS'),...

274)             'Units','normalized','Position',[0.33 0 0.33 1]);

275)         set(btnRunButton2,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'FBS'}); % set here, because of model.  

276)         set(btnRunButton2,'Enable','on');

277)         

278)         btnRunButton3 = uicontrol(pButtons,'String','run ROI-Image processing',...
279)             'Units','normalized','Position',[0.66 0 0.33 1]);

280)         set(btnRunButton3,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'ROI'}); % set here, because of model.    
281)         set(btnRunButton3,'Enable','on');
282) end
283) 

284) function model = createSecondStepPanel(model,parent,DEFAULT)
285) basecolor = 'w';
286) 

287) pTime = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0.0 0.8 1 0.2]);
288)     set(pTime,'Title','Decode Timeframe Options');

289)     set(pTime,'BackgroundColor',basecolor);

290)     grid_h = 0.3;
291)     grid_w = 0.3;
292)     time_grid = cell([3 3]);
293)     time_grid{1,1} = [0.0 0.63 grid_w grid_h];
294)     time_grid{2,1} = [0.4 0.63 grid_w grid_h];
295)     time_grid{3,1} = [0.7 0.63 grid_w grid_h];
296)     time_grid{1,2} = [0.0 0.33 grid_w grid_h];
297)     time_grid{2,2} = [0.4 0.33 grid_w grid_h];
298)     time_grid{3,2} = [0.7 0.33 grid_w grid_h];
299)     time_grid{1,3} = [0.0 0.03 grid_w grid_h];
300)     time_grid{2,3} = [0.4 0.03 grid_w grid_h];
301)     time_grid{3,3} = [0.7 0.03 grid_w grid_h];
302) 
303)     lStart      = createLabel(pTime, cell2mat(time_grid(2,1)) ,'Start [sec]');
304)     lEnd        = createLabel(pTime, cell2mat(time_grid(3,1)) ,'End [sec]');
305)     lFrameShift = createLabel(pTime, cell2mat(time_grid(1,2)),'Frame Shift');
306)     lFramsSize  = createLabel(pTime, cell2mat(time_grid(1,3)),'Frame Size');
307)     
308)     model.txtFrameShiftStart   = createTextField(pTime,cell2mat(time_grid(2,2)),DEFAULT.frameshiftstart);
309)     model.txtFrameShiftEnd     = createTextField(pTime,cell2mat(time_grid(3,2)),DEFAULT.frameshiftend);
310)     model.txtFrameShiftDur     = createTextField(pTime,cell2mat(time_grid(2,3)),DEFAULT.frameshiftdur);
311) 

312)     

313) pSVM = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0 0.4 0.5 0.4]);

314)     set(pSVM,'Title','SVM Classification');
315)     set(pSVM,'BackgroundColor',basecolor);
316) 

317)     model.txtSVMopts = createTextField(pSVM,[0 0.83 1 0.16],DEFAULT.svmoptstring);

318)     set(model.txtSVMopts,'HorizontalAlignment','left');
319)     

320)     model.txtSVMnfold = createTextField(pSVM,[0.0 0.66 0.5 0.16],DEFAULT.svmnfold);

321)     createLabel(pSVM,[0.5 0.50 0.5 0.25 ],'-Fold CrossVal');
322)     

323)     model.chkSVMrnd = uicontrol(pSVM,'Style','checkbox','Units','normalized','Position',[0.1 0.50 0.9 0.16]);

324)     set(model.chkSVMrnd,'String','Randomize Datapoints');
325)     set(model.chkSVMrnd,'BackgroundColor','w');
326)     set(model.chkSVMrnd,'Value',DEFAULT.svmrnd);
327)     

328)     btnRunSVM = uicontrol(pSVM,'String','run batchmode SVM Crossvalidation',...
329)         'Units','normalized',...
330)         'Position',[0 0.25 1 0.25]);
331)     set(btnRunSVM,'Enable','on');
332)     
333)     btnRunXSVM = uicontrol(pSVM,'String','run SVM X-Subject validation',...
334)         'Units','normalized',...
335)         'Position',[0 0.0 1 0.25]);
336)     set(btnRunXSVM,'Enable','on');

337)     

338) pSOM = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0.5 0.4 0.5 0.4]);

339)     set(pSOM,'Title','SOM Classification');
340)     set(pSOM,'BackgroundColor',basecolor);
341) 

342)     model.txtSOMopts = createTextField(pSOM,[0 0.75 1 0.25],'3x3 rect');

343)     set(model.txtSOMopts,'HorizontalAlignment','left');

344)     set(model.txtSOMopts,'Enable','off');

345) 
346)     model.txtSOMnfold = createTextField(pSOM,[0.0 0.50 0.5 0.25],DEFAULT.svmnfold);

347)     set(model.txtSOMnfold,'Enable','off');

348)     createLabel(pSOM,[0.5 0.50 0.5 0.25 ],'-Fold CrossVal');
349) 
350)     btnRunSOM = uicontrol(pSOM,'String','run SOM Crossvalidation',...
351)         'Units','normalized',...

352)         'Position',[0.0 0.25 1 0.25]);

353)     set(btnRunSOM,'Enable','on');

354) 
355)     btnRunXSOM = uicontrol(pSOM,'String','run SOM X-Subject validation',...
356)         'Units','normalized',...
357)         'Position',[0.0 0.0 1 0.25]);

358)     set(btnRunXSOM,'Enable','on');

359)     
360) pSearchlight = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0.0 0.1 1 0.3]);
361)     set(pSearchlight,'Title','Spatiotemporal FB classification');
362)     set(pSearchlight,'BackgroundColor',basecolor);
363)     
364)     lSearchligh = createLabel(pSearchlight, [0 0.6 0.5 0.3],'Searchlight Radius');
365)     model.txtSearchlightRadius = createTextField(pSearchlight,[0.5 0.6 0.5 0.3],DEFAULT.searchlightradius);
366)     

367)     lFBSTiming = createLabel(pSearchlight, [0 0.3 0.5 0.3],'Optional Timeline');
368)     model.txtSearchlightTimeline = createTextField(pSearchlight,[0.5 0.3 0.5 0.3],DEFAULT.searchlightTimeline);
369) 

370)     btnRunFBS = uicontrol(pSearchlight,'String','run Spatiotemporal FB classification',...
371)         'Units','normalized',...
372)         'Position',[0.0 0.0 1 0.3]);

373)     set(btnRunFBS,'Enable','on');

374)     

375) 
376) % button callbacks set here, because of model.
377)     set(btnRunSVM, 'Callback',{@cbRunDecode,model,'SVM'}); 
378)     set(btnRunXSVM,'Callback',{@cbRunDecode,model,'XSVM'}); 
379)     set(btnRunSOM, 'Callback',{@cbRunDecode,model,'SOM'});

380)     set(btnRunXSOM,'Callback',{@cbRunDecode,model,'XSOM'});

381)     set(btnRunFBS, 'Callback',{@cbRunDecode,model,'FBS'});

382) end
383) 

384) function model = createVisualStepPanel(model,parent,DEFAULT)

385) 
386)     grid_h = 0.25;
387)     grid_w = 0.5;
388)     plot_grid = cell([3 3]);
389)     plot_grid{1,1} = [0.0 0.63 grid_w grid_h];
390)     plot_grid{1,2} = [0.0 0.33 grid_w grid_h];
391)     plot_grid{1,3} = [0.0 0.03 grid_w grid_h];
392)     plot_grid{2,1} = [0.5 0.63 grid_w grid_h];
393)     plot_grid{2,2} = [0.5 0.33 grid_w grid_h];
394)     plot_grid{2,3} = [0.5 0.03 grid_w grid_h];
395) 

396)     pButtonPane = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0 0.5 1 0.5]);

397) %     set(pButtonPane,'Title','Plot');
398)     set(pButtonPane,'BackgroundColor','w');
399) 

400)     btnPlot01 = uicontrol(pButtonPane,'String','plot performance and SE',...

401)         'Units','normalized',...

402)         'Position',cell2mat(plot_grid(1,3)));

403)     set(btnPlot01,'Callback',{@cbPlot,model,'simple'});

404)     set(btnPlot01,'Enable','on');

405)     
406)     btnPlot02 = uicontrol(pButtonPane,'String','plot subject performance and mean with SE',...
407)         'Units','normalized',...

408)         'Position',cell2mat(plot_grid(2,3)));

409)     set(btnPlot02,'Callback',{@cbPlot,model,'x-subject-val'});
410)     set(btnPlot02,'Enable','on');
411) 

412)     btnPlot03 = uicontrol(pButtonPane,'String','plot PSTH',...
413)         'Units','normalized',...
414)         'Position',cell2mat(plot_grid(1,2)));
415)     set(btnPlot03,'Callback',{@cbPlot,model,'psth'}); 
416)     set(btnPlot03,'Enable','on');

417)     

418) end
419) 

420) 

421) function cbSwitchTask(src,evnt,task,taskpanel)
422) set(taskpanel.preprocessing,'Visible','off');
423) set(taskpanel.classification,'Visible','off');

424) set(taskpanel.plot,'Visible','off');

425) 
426) switch task
427)     case 'PRE'
428)         set(taskpanel.preprocessing,'Visible','on');
429)     case 'CLASSIFY'
430)         set(taskpanel.classification,'Visible','on');
431)     case 'PLOT'

432)         set(taskpanel.plot,'Visible','on');

433) end
434) end
435) 

436) 

437) function cbRunPreprocessing(src,evnt,model,task)

438) main(model,'pre',task);
439) end
440) 
441) function cbRunDecode(src,evnt,model,task)
442) main(model,'decode',task);

443) end
444) 

445) function cbPlot(src,evnt,model,type)
446) main(model,'plot',type);
447) end
448) 
449) 

450) function model = mcb_cd(src,evnt,model)
451) disp('CD');
452) directory_name = uigetdir(model.baseDir,'Select Study Base Directory ...');
453) model.baseDir = directory_name;
454) model = scanDirs(model);
455) end
456) 
457) function mcb_save(src,evnt,model)
458) disp('SAVE');
459) baseDir  = model.baseDir;
460) timeLine = getTimeLineParams(model);
461) classDefString = getClassDefString(model);
462) coordDefString = getCoordDefString(model);
463) 
464) [file path] = uiputfile('*.mat','Save current Params ...',model.baseDir);
465) save( fullfile(path,file),'baseDir','timeLine','classDefString','coordDefString') ;
466) end
467) 
468) function model = mcb_load(src,evnt,model)
469) disp('LOAD');
470) [file path] = uigetfile('*.mat','Load Params ...',model.baseDir);
471) l = load(fullfile(path,file));
472) % assignin('base','l',l);
473) model = setTimeLineParams(model,l.timeLine);
474) model = setClassDefString(model,l.classDefString);
475) model = setCoordDefString(model,l.coordDefString);
476) model.baseDir = l.baseDir;
477) model = scanDirs(model);
478) 
479) end
480) 

481) function label = createLabel(parent,  pos, labelText)
482)     label = uicontrol(parent,'Style','text','Units','normalized','String',labelText,'Position',pos);
483)     set(label,'HorizontalAlignment','left');
484)     set(label,'BackgroundColor','w');
485) end
486) 
487) function txt = createTextField(parent,pos,model)

488) %     textfieldcolor = [0.9 0.9 0.0];
489)     textfieldcolor = 'w';