SVMCrossVal.git

1) function ui_main(varargin)
2) 

3) DEFAULT.selectedSubject = 2;

4) 

5) DEFAULT.pststart        = -15;
6) DEFAULT.pstend          = 40;
7) DEFAULT.baselinestart   = -3;
8) DEFAULT.baselineend     = -1;

9) DEFAULT.trfactor        = 0.5;

10) DEFAULT.frameshiftstart = -5;
11) DEFAULT.frameshiftend   = 35;
12) DEFAULT.frameshiftdur   = 0;
13) DEFAULT.classdefstring  = 'left,\t[9,11,13]\nright,\t[10,12,14]';

14) DEFAULT.voxelstring     = 'M1 l + 3 \nM1 r + 3\n';

15) DEFAULT.svmoptstring    = '-s 0 -t 0 -c 1';
16) DEFAULT.svmnfold        = '6';

17) DEFAULT.svmrnd          = 1;

18) DEFAULT.searchlightradius = 3;

19) 

20) 

21) DEFAULT.wd  = fullfile('d:','Analyze','Choice','24pilot');
22) 

23) %  Initialize and hide the GUI as it is being constructed.
24)     frameWidth=450;

25)     frameHeight=450;

26)     
27)     frame = figure('Visible','off','Position',[0,0,frameWidth,frameHeight]);
28)     movegui(frame,'west'); % get this thing visible on smaller displays.
29)     set(frame,'Name','SVMCrossVal Decode Performance 4 SPM');
30)     set(frame,'NumberTitle','off');
31)     set(frame,'MenuBar','none');

32) %     set(frame,'Color',get(0,'defaultUicontrolBackgroundColor'));

33)     set(frame,'Resize','on');

34)     set(frame,'Units','normalized');

35)     set(frame,'Color','y');

36) 

37)     task = struct;
38)     

39)     model1 = struct;
40)     model1.baseDir = DEFAULT.wd;

41) 

42)     model1.txtBaseDir = createLabel(frame,[0 0.97 1 0.03],model1.baseDir);
43)     set(model1.txtBaseDir,'BackgroundColor','w');
44)     set(model1.txtBaseDir,'ForegroundColor','b');

45)     

46)     TASK_HEIGHT = 1-0.13;
47)     
48)     % PREPROCESSING
49)     task.preprocessing   = uipanel(frame,'Title','Preprocessing','Position',[0 0.0 1 TASK_HEIGHT]);
50)     set(task.preprocessing,'BackgroundColor','w');
51)     set(task.preprocessing,'Units','normalized');

52)     

53)     model1.selectedSubject = DEFAULT.selectedSubject;
54)     model1 = createFirstStepPanel(model1,task.preprocessing,DEFAULT);

55)     

56)     % fill with data
57)     model1 = scanDirs(model1);

58)     

59)     % CLASSIFICATION

60)     model2 = struct;
61)     

62)     task.classification = uipanel(frame,'Title','Classification','Position',[0 0.0 1 TASK_HEIGHT]);
63)     set(task.classification,'BackgroundColor','w');

64)     model2 = createSecondStepPanel(model2,task.classification,DEFAULT);

65)     

66)     % PLOT

67)     model3 = struct;

68)     task.plot = uipanel(frame,'Title','Plot','Position',[0 0.0 1 TASK_HEIGHT]);
69)     set(task.plot,'BackgroundColor','w');

70)     model3 = createVisualStepPanel(model3,task.plot,DEFAULT);

71)     

72)     % TASK

73)     task.taskSwitch = uibuttongroup(frame,'Position',[0 1-0.13 1 0.10]);
74)     % controlls togglebuttons

75) %         set(task.taskSwitch,'Title','TASK');
76)         set(task.taskSwitch,'BackgroundColor','w');
77)         set(task.taskSwitch,'Units','normalized');
78)     

79)         btnSwitchPreprocessing = uicontrol(task.taskSwitch,'Style','pushbutton',...
80)             'String','ImageProcessing',...

81)             'Units','normalized','Position',[0.0 0.0 0.33 1]);
82)         set(btnSwitchPreprocessing,'Callback',{@cbSwitchTask,'PRE',task}); 
83)         set(btnSwitchPreprocessing,'Enable','on');
84) 

85)         btnSwitchClassify = uicontrol(task.taskSwitch,'Style','pushbutton',...
86)             'String','Decode',...

87)             'Units','normalized','Position',[0.33 0.0 0.33 1]);
88)         set(btnSwitchClassify,'Callback',{@cbSwitchTask,'CLASSIFY',task}); 
89)         set(btnSwitchClassify,'Enable','on');
90) 

91)         btnSwitchPlot = uicontrol(task.taskSwitch,'Style','pushbutton',...
92)             'String','Plot',...

93)             'Units','normalized','Position',[0.66 0.0 0.33 1]);
94)         set(btnSwitchPlot,'Callback',{@cbSwitchTask,'PLOT',task}); 
95)         set(btnSwitchPlot,'Enable','on');
96) 
97)     % menu
98)     

99)     savemenu = uimenu(frame,'Label','Save/Load','Enable','off');

100)         uimenu(savemenu,'Label','Save Preprocessing Parameter','Callback',{@mcb_save,model1},'Enable','off');
101)         uimenu(savemenu,'Label','Load Preprocessing Parameter','Callback',{@mcb_load,model1},'Enable','off');

102)         uimenu(savemenu,'Label','Save Decode Parameter','Callback',{@mcb_save,model2},'Enable','off');
103)         uimenu(savemenu,'Label','Load Decode Parameter','Callback',{@mcb_load,model2},'Enable','off');
104)         uimenu(savemenu,'Label','Save All','Callback',{@mcb_save,model1},'Enable','off');
105)         uimenu(savemenu,'Label','Load All','Callback',{@mcb_load,model1},'Enable','off');
106)         
107)     uimenu(frame,'Label','change Study','Callback',{@mcb_cd,model1},'Enable','off');

108)     

109)     cbSwitchTask(0,0,'PRE',task);

110) 

111) 

112)     set(frame,'Visible','on');
113) 

114)     assignin('base','model',model1);

115) end

116) 
117) function model = createFirstStepPanel(model,parent,DEFAULT)

118) 

119)     main_grid = cell(2,4);
120)     main_grid{1,1} = [0 0.7 0.4 0.3];
121)     main_grid{1,2} = [0 0.5 0.5 0.2];
122)     main_grid{1,3} = [0 0.1 0.5 0.4];
123)     main_grid{1,4} = [0 0.0 1.0 0.1];

124)     

125)     main_grid{2,1} = [0.4 0.7 0.6 0.3];
126)     main_grid{2,2} = [0.5 0.5 0.5 0.2];
127)     main_grid{2,3} = [0.5 0.1 0.5 0.4];

128)     
129)     %Subjects

130)     pSubject = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',cell2mat(main_grid(1,1)));
131)     set(pSubject,'Title','Subjects');
132)     set(pSubject,'BackgroundColor','w');
133)     
134)     subjectList = {'DUMMY Subj1','DUMMY Subj2','DUMMY Subj3','DUMMY Subj4'};
135)     model.subjectSelector = uicontrol(pSubject,'Style','listbox',...

136)                     'Min',1, 'Max',3,...
137)                     'String',subjectList,...
138)                     'UserData',subjectList,...
139)                     'Units','normalized',...

140)                     'Position',[0 0 1 1]);

141)     set(model.subjectSelector, 'FontName', 'FixedWidth');

142)     set(model.subjectSelector,'BackgroundColor','w');

143)     
144)     %Classes

145)     pClasses = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',cell2mat(main_grid(1,2)));

146)     set(pClasses,'Title','Class Definitions');
147)     set(pClasses,'BackgroundColor','w');
148)         lClassDef = uicontrol(pClasses,...
149)             'Style','text',...
150)             'String',sprintf('<Label>,\t <[Event, Event, ..]>;'),...
151)             'Units','normalized',...
152)             'Position',[0 0.8 1 0.2]);
153)         set(lClassDef,'BackgroundColor','w');
154)         set(lClassDef,'HorizontalAlignment','left');
155)         
156)         model.txtClassDef = uicontrol(pClasses,'Style','edit',...
157)             'String',sprintf(DEFAULT.classdefstring),...
158)             'Units','normalized',...
159)             'Position',[0 0 1 0.8]);
160)         set(model.txtClassDef,'HorizontalAlignment','left');
161)         set(model.txtClassDef,'Max',20);
162)         set(model.txtClassDef,'Min',0);
163)         set(model.txtClassDef, 'FontName', 'FixedWidth');

164)         set(model.txtClassDef, 'BackgroundColor', 'w');

165) 
166) 
167)     %Timeline

168)     pPSTH        = uipanel(parent,'Title','PSTH Options','Position',cell2mat(main_grid(2,1)));

169)     set(pPSTH,'BackgroundColor','w');
170)         
171)         grid_h = 0.16;
172)         grid_w = 0.3;
173)         

174)         tl_grid = cell([3 6]);
175)         tl_grid{2,1} = [0.0 0.83 grid_w grid_h];
176)         tl_grid{2,1} = [0.4 0.83 grid_w grid_h];
177)         tl_grid{3,1} = [0.7 0.83 grid_w grid_h];

178)         

179)         tl_grid{1,2} = [0.0 0.66 grid_w grid_h];
180)         tl_grid{2,2} = [0.4 0.66 grid_w grid_h];
181)         tl_grid{3,2} = [0.7 0.66 grid_w grid_h];

182) 

183)         tl_grid{1,3} = [0.0 0.5 grid_w grid_h];
184)         tl_grid{2,3} = [0.4 0.5 grid_w grid_h];
185)         tl_grid{3,3} = [0.7 0.5 grid_w grid_h];

186)         

187)         tl_grid{1,4} = [0.0 0.33 grid_w grid_h];
188)         tl_grid{2,4} = [0.4 0.33 grid_w grid_h];
189)         tl_grid{3,4} = [0.7 0.33 grid_w grid_h];

190) 

191)         tl_grid{1,5} = [0.0 0.16 grid_w grid_h];
192)         tl_grid{2,5} = [0.4 0.16 grid_w grid_h];
193)         tl_grid{3,5} = [0.7 0.16 grid_w grid_h];

194)         

195)         tl_grid{1,6} = [0.0 0.0 0.5 grid_h];
196)         tl_grid{2,6} = [0.5 0.0 grid_w grid_h];
197)         tl_grid{3,6} = [0.75 0.0 grid_w grid_h];
198) 
199)         lStart      = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(2,1)) ,'Start [sec]');
200)         lEnd        = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(3,1)) ,'End [sec]');
201)         lPSTH       = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,2)),'PSTH Range');
202)         lBaseline   = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,3)),'Baseline');

203)         lTRF        = createLabel(pPSTH, cell2mat(tl_grid(1,5)),'TR Factor');

204) 

205)         model.txtPSTHStart         = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,2)),DEFAULT.pststart);
206)         model.txtPSTHEnd           = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,2)),DEFAULT.pstend);
207)         model.txtBaselineStart     = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,3)),DEFAULT.baselinestart);
208)         model.txtBaselineEnd       = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(3,3)),DEFAULT.baselineend);

209)         model.txtTrFactor          = createTextField(pPSTH,cell2mat(tl_grid(2,5)),DEFAULT.trfactor);
210)         model.labelTR              = createTextField(pPSTH, cell2mat(tl_grid(3,5)),'');

211)         
212)         % images

213)         pImage = uipanel(parent,'Title','Image Options','Position',cell2mat(main_grid(2,2)));

214)         set(pImage,'BackgroundColor','w');
215) 
216)         createLabel(pImage,[0.0 0.5 1 0.5],'Select Image Base');
217)         

218)         imageRegExList = {'DUMMY f*.IMG','DUMMY swrf*.IMG','DUMMY wrf*.IMG'};

219)         model.imageTypeSelection = uicontrol(pImage,'Style','popupmenu',...
220)         'Units','normalized',...
221)         'Position',[0.0 0.0 1 0.5],...
222)         'String',imageRegExList,...
223)         'UserData',imageRegExList,...

224)         'Value',3);

225)         set(model.imageTypeSelection,'BackgroundColor','w');
226)         
227)         
228)         % coordinate Table

229)         pVoxel = uipanel(parent,'Title','ROI','Position',cell2mat(main_grid(1,3)));

230)         set(pVoxel,'BackgroundColor','w');

231)         lVoxelDef = createLabel(pVoxel, [0 0.9 1 0.1],'<ROI Name> [+ radius (mm)];');

232)         model.txtVoxelDef = createTextField(pVoxel,[0 0 1 0.9],...
233)             sprintf(DEFAULT.voxelstring));
234)         set(model.txtVoxelDef,'HorizontalAlignment','left');
235)         set(model.txtVoxelDef,'Max',20);
236)         set(model.txtVoxelDef,'Min',0);
237)         set(model.txtVoxelDef, 'FontName', 'FixedWidth');
238)         

239)         %normalizations
240)         pNorm = uipanel(parent,'Title','Normalization','Position',cell2mat(main_grid(2,3)));
241)         set(pNorm,'BackgroundColor','w');
242)         

243)         createLabel(pNorm,[0 0.75 1 0.25],'psth norm4SVM');
244)         norm1Model = {'none','mean','minmax'};

245)         model.selNormPST = uicontrol(pNorm,'Style','popupmenu',...
246)             'Units','normalized',...
247)             'Position',[0.0 0.5 1 0.25],...
248)             'String',norm1Model,...
249)             'UserData',norm1Model,...

250)             'Value',2);

251)          set(model.selNormPST,'BackgroundColor','w');   
252)         

253) %         createLabel(pNorm,[0 0.25 1 0.25],'Col Bias removal');
254) %         norm2Model = {'on','off'};
255)         model.chkColBias = uicontrol(pNorm,'Style','checkbox',...

256)             'Units','normalized',...

257)             'Position',[0.0 0.1 1 0.25],...
258)             'String','column Bias removal',...
259)             'Enable','on',...

260)             'Value',1);

261)          set(model.chkColBias,'BackgroundColor','w');   

262)         
263)         %buttons
264)         pButtons = uipanel(parent,'Position',cell2mat(main_grid(1,4)));
265)         set(pButtons,'BackgroundColor','w');

266)         

267)         btnRunButton1 = uicontrol(pButtons,'String','run coord-Table',...
268)             'Units','normalized','Position',[0 0 0.33 1]);

269)         set(btnRunButton1,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'COORD'}); % set here, because of model.    
270)         set(btnRunButton1,'Enable','on');

271)         

272)         btnRunButton2 = uicontrol(pButtons,'String',sprintf('use this settings for FBS'),...

273)             'Units','normalized','Position',[0.33 0 0.33 1]);

274)         set(btnRunButton2,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'FBS'}); % set here, because of model.  

275)         set(btnRunButton2,'Enable','on');

276)         

277)         btnRunButton3 = uicontrol(pButtons,'String','run ROI-Image processing',...
278)             'Units','normalized','Position',[0.66 0 0.33 1]);

279)         set(btnRunButton3,'Callback',{@cbRunPreprocessing,model,'ROI'}); % set here, because of model.    
280)         set(btnRunButton3,'Enable','on');
281) end
282) 

283) function model = createSecondStepPanel(model,parent,DEFAULT)
284) basecolor = 'w';
285) 

286) pTime = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0.0 0.8 1 0.2]);
287)     set(pTime,'Title','Decode Timeframe Options');

288)     set(pTime,'BackgroundColor',basecolor);

289)     grid_h = 0.3;
290)     grid_w = 0.3;
291)     time_grid = cell([3 3]);
292)     time_grid{1,1} = [0.0 0.63 grid_w grid_h];
293)     time_grid{2,1} = [0.4 0.63 grid_w grid_h];
294)     time_grid{3,1} = [0.7 0.63 grid_w grid_h];
295)     time_grid{1,2} = [0.0 0.33 grid_w grid_h];
296)     time_grid{2,2} = [0.4 0.33 grid_w grid_h];
297)     time_grid{3,2} = [0.7 0.33 grid_w grid_h];
298)     time_grid{1,3} = [0.0 0.03 grid_w grid_h];
299)     time_grid{2,3} = [0.4 0.03 grid_w grid_h];
300)     time_grid{3,3} = [0.7 0.03 grid_w grid_h];
301) 
302)     lStart      = createLabel(pTime, cell2mat(time_grid(2,1)) ,'Start [sec]');
303)     lEnd        = createLabel(pTime, cell2mat(time_grid(3,1)) ,'End [sec]');
304)     lFrameShift = createLabel(pTime, cell2mat(time_grid(1,2)),'Frame Shift');
305)     lFramsSize  = createLabel(pTime, cell2mat(time_grid(1,3)),'Frame Size');
306)     
307)     model.txtFrameShiftStart   = createTextField(pTime,cell2mat(time_grid(2,2)),DEFAULT.frameshiftstart);
308)     model.txtFrameShiftEnd     = createTextField(pTime,cell2mat(time_grid(3,2)),DEFAULT.frameshiftend);
309)     model.txtFrameShiftDur     = createTextField(pTime,cell2mat(time_grid(2,3)),DEFAULT.frameshiftdur);
310) 

311)     

312) pSVM = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0 0.4 0.5 0.4]);

313)     set(pSVM,'Title','SVM Classification');
314)     set(pSVM,'BackgroundColor',basecolor);
315) 

316)     model.txtSVMopts = createTextField(pSVM,[0 0.83 1 0.16],DEFAULT.svmoptstring);

317)     set(model.txtSVMopts,'HorizontalAlignment','left');
318)     

319)     model.txtSVMnfold = createTextField(pSVM,[0.0 0.66 0.5 0.16],DEFAULT.svmnfold);

320)     createLabel(pSVM,[0.5 0.50 0.5 0.25 ],'-Fold CrossVal');
321)     

322)     model.chkSVMrnd = uicontrol(pSVM,'Style','checkbox','Units','normalized','Position',[0.1 0.50 0.9 0.16]);

323)     set(model.chkSVMrnd,'String','Randomize Datapoints');
324)     set(model.chkSVMrnd,'BackgroundColor','w');
325)     set(model.chkSVMrnd,'Value',DEFAULT.svmrnd);
326)     

327)     btnRunSVM = uicontrol(pSVM,'String','run batchmode SVM Crossvalidation',...
328)         'Units','normalized',...
329)         'Position',[0 0.25 1 0.25]);
330)     set(btnRunSVM,'Enable','on');
331)     
332)     btnRunXSVM = uicontrol(pSVM,'String','run SVM X-Subject validation',...
333)         'Units','normalized',...
334)         'Position',[0 0.0 1 0.25]);
335)     set(btnRunXSVM,'Enable','on');

336)     

337) pSOM = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0.5 0.4 0.5 0.4]);

338)     set(pSOM,'Title','SOM Classification');
339)     set(pSOM,'BackgroundColor',basecolor);
340) 

341)     model.txtSOMopts = createTextField(pSOM,[0 0.75 1 0.25],'3x3 rect');

342)     set(model.txtSOMopts,'HorizontalAlignment','left');

343)     set(model.txtSOMopts,'Enable','off');

344) 
345)     model.txtSOMnfold = createTextField(pSOM,[0.0 0.50 0.5 0.25],DEFAULT.svmnfold);

346)     set(model.txtSOMnfold,'Enable','off');

347)     createLabel(pSOM,[0.5 0.50 0.5 0.25 ],'-Fold CrossVal');
348) 
349)     btnRunSOM = uicontrol(pSOM,'String','run SOM Crossvalidation',...
350)         'Units','normalized',...

351)         'Position',[0.0 0.25 1 0.25]);

352)     set(btnRunSOM,'Enable','on');

353) 
354)     btnRunXSOM = uicontrol(pSOM,'String','run SOM X-Subject validation',...
355)         'Units','normalized',...
356)         'Position',[0.0 0.0 1 0.25]);

357)     set(btnRunXSOM,'Enable','on');

358)     
359) pSearchlight = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0.0 0.1 1 0.3]);
360)     set(pSearchlight,'Title','Spatiotemporal FB classification');
361)     set(pSearchlight,'BackgroundColor',basecolor);
362)     
363)     lSearchligh = createLabel(pSearchlight, [0 0.6 0.5 0.3],'Searchlight Radius');
364)     model.txtSearchlightRadius = createTextField(pSearchlight,[0.5 0.6 0.5 0.3],DEFAULT.searchlightradius);
365)     
366)     btnRunFBS = uicontrol(pSearchlight,'String','run Spatiotemporal FB classification',...
367)         'Units','normalized',...
368)         'Position',[0.0 0.0 1 0.3]);

369)     set(btnRunFBS,'Enable','on');

370)     

371) 
372) % button callbacks set here, because of model.
373)     set(btnRunSVM, 'Callback',{@cbRunDecode,model,'SVM'}); 
374)     set(btnRunXSVM,'Callback',{@cbRunDecode,model,'XSVM'}); 
375)     set(btnRunSOM, 'Callback',{@cbRunDecode,model,'SOM'});

376)     set(btnRunXSOM,'Callback',{@cbRunDecode,model,'XSOM'});
377)     set(btnRunFBS,'Callback',{@cbRunDecode,model,'FBS'});

378) end
379) 

380) function model = createVisualStepPanel(model,parent,DEFAULT)

381)     pButtonPane = uipanel(parent,'Units','normalized','Position',[0 0.5 1 0.5]);

382) %     set(pButtonPane,'Title','Plot');
383)     set(pButtonPane,'BackgroundColor','w');
384) 

385)     btnPlot01 = uicontrol(pButtonPane,'String','plot performance and SE',...

386)         'Units','normalized',...

387)         'Position',[0.0 0.0 0.5 0.25]);
388)     set(btnPlot01,'Callback',{@cbPlot,model,'simple'});

389)     set(btnPlot01,'Enable','on');

390)     
391)     btnPlot02 = uicontrol(pButtonPane,'String','plot subject performance and mean with SE',...
392)         'Units','normalized',...
393)         'Position',[0.5 0.0 0.5 0.25]);
394)     set(btnPlot02,'Callback',{@cbPlot,model,'x-subject-val'});
395)     set(btnPlot02,'Enable','on');
396) 
397) %     btnPlot03 = uicontrol(pButtonPane,'String','plot class performance and mean',...
398) %         'Units','normalized',...
399) %         'Position',[0.0 0.5 0.5 0.25]);
400) %     set(btnPlot03,'Callback',{@cbPlot,model,'class performance'}); 
401) %     set(btnPlot03,'Enable','on');
402)     

403) end
404) 

405) 

406) function cbSwitchTask(src,evnt,task,taskpanel)
407) set(taskpanel.preprocessing,'Visible','off');
408) set(taskpanel.classification,'Visible','off');

409) set(taskpanel.plot,'Visible','off');

410) 
411) switch task
412)     case 'PRE'
413)         set(taskpanel.preprocessing,'Visible','on');
414)     case 'CLASSIFY'
415)         set(taskpanel.classification,'Visible','on');
416)     case 'PLOT'

417)         set(taskpanel.plot,'Visible','on');

418) end
419) end
420) 

421) 

422) function cbRunPreprocessing(src,evnt,model,task)

423) main(model,'pre',task);
424) end
425) 
426) function cbRunDecode(src,evnt,model,task)
427) main(model,'decode',task);

428) end
429) 

430) function cbPlot(src,evnt,model,type)
431) main(model,'plot',type);
432) end
433) 
434) 

435) function model = mcb_cd(src,evnt,model)
436) disp('CD');
437) directory_name = uigetdir(model.baseDir,'Select Study Base Directory ...');
438) model.baseDir = directory_name;
439) model = scanDirs(model);
440) end
441) 
442) function mcb_save(src,evnt,model)
443) disp('SAVE');
444) baseDir  = model.baseDir;
445) timeLine = getTimeLineParams(model);
446) classDefString = getClassDefString(model);
447) coordDefString = getCoordDefString(model);
448) 
449) [file path] = uiputfile('*.mat','Save current Params ...',model.baseDir);
450) save( fullfile(path,file),'baseDir','timeLine','classDefString','coordDefString') ;
451) end
452) 
453) function model = mcb_load(src,evnt,model)
454) disp('LOAD');
455) [file path] = uigetfile('*.mat','Load Params ...',model.baseDir);
456) l = load(fullfile(path,file));
457) % assignin('base','l',l);
458) model = setTimeLineParams(model,l.timeLine);
459) model = setClassDefString(model,l.classDefString);
460) model = setCoordDefString(model,l.coordDefString);
461) model.baseDir = l.baseDir;
462) model = scanDirs(model);
463) 
464) end
465) 

466) function label = createLabel(parent,  pos, labelText)
467)     label = uicontrol(parent,'Style','text','Units','normalized','String',labelText,'Position',pos);
468)     set(label,'HorizontalAlignment','left');
469)     set(label,'BackgroundColor','w');
470) end
471) 
472) function txt = createTextField(parent,pos,model)

473) %     textfieldcolor = [0.9 0.9 0.0];
474)     textfieldcolor = 'w';